BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg490475
Length=3241
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G00900.1 | Symbols: ECA2, ATECA2 | ER-type Ca2+-ATPase 2 | c... 5081 0.0
> AT4G00900.1 | Symbols: ECA2, ATECA2 | ER-type Ca2+-ATPase 2 |
chr4:382663-386529 REVERSE LENGTH=3299
Length=3299
Score = 5081 bits (2751), Expect = 0.0
Identities = 3081/3242 (95%), Gaps = 16/3242 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACAAGAAGAAAAGAACCGTTTTTGAGTAGTTACAAAGTAAAGCTTTTGAGAACCAATGGA 60
|||||||||||| ||||| |||| | |||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 61 ACAAGAAGAAAATAACCG-TTTT--G-AGTT--AAAGTAAAGCTTTT--GAACCAATGGA 112
Query 61 GGAAGAGAAGTCGTTCTCTGCGTGGTCTTGGTCTGTTGAGCAATGTCTGAAAGAGTACAA 120
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 113 GGAGGAGAAGTCGTTCTCGGCGTGGTCTTGGTCTGTTGAGCAATGTTTGAAAGAGTACAA 172
Query 121 GACAAGACTAGACAAGGGTTTAACCAGTGAAGATATCCGATTCCGCCGTCAAAAGTACGG 180
||||||| |||||||||||||||| || |||||| ||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 173 GACAAGATTAGACAAGGGTTTAACTAGCGAAGATGTCCAAATCCGCCGTCAAAAGTACGG 232
Query 181 TTACAACGAGCTCGCTAAGGAGAAAGGCAAGCCCTTATGGCATCTTGTATTGGAACAGTT 240
|| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 233 TTTTAACGAGCTTGCTAAGGAGAAAGGCAAGCCTTTATGGCATCTTGTATTGGAACAATT 292
Query 241 TGACGATACGCTTGTGAAGATTCTTCTCGGTGCTGCGTTTATCTCTTTCGTTTTAGCCTT 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 293 CGACGATACGCTTGTGAAGATTCTTCTCGGTGCTGCGTTTATCTCTTTCGTTTTAGCCTT 352
Query 301 TTTAGGTGAAAGCGAGGAACATGGCTCAGGTTCAGGGTTCGAGGCCTTTGTTGAGCCTTT 360
||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 TTTAGGT------GAGGAACACGGCTCAGGTTCAGGGTTCGAGGCCTTTGTTGAGCCTTT 406
Query 361 TGTGATTGTTTTGATTCTGATTTTAAACGCTGTGGTTGGTGTGTGGCAAGAGAGTAATGC 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 407 TGTGATTGTTTTGATTCTGATTTTAAACGCTGTGGTTGGTGTGTGGCAAGAGAGTAATGC 466
Query 421 TGAGAAAGCACTCGAGGCTCTTAAAGAGATGCAATGTGAATCTGCAAAGGTTTTGAGAGA 480
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 467 TGAGAAAGCACTTGAGGCTCTTAAAGAGATGCAATGTGAATCTGCAAAGGTTTTGAGAGA 526
Query 481 TGGGACCGTGTTACCTAATTTGCCTGCTAGAGAGCTTGTTCCAGGGGATATAGTGGAGTT 540
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 527 TGGGAATGTGTTGCCTAATTTGCCTGCTAGAGAGCTTGTTCCAGGGGATATTGTGGAGTT 586
Query 541 AAATGTAGGAGATAAAGTCCCTGCTGATATGAGAGTTTCCGGTTTGAAAACATCGACTTT 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 587 AAATGTAGGAGATAAAGTCCCTGCTGATATGAGAGTTTCCGGTTTGAAAACATCCACTTT 646
Query 601 AAGACTCGAGCAAAGCTCGTTAACCGGTGAAGCAATGCCGGTTTTGAAAGGAGCGAATCC 660
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 647 AAGAGTCGAGCAAAGCTCGTTAACCGGTGAAGCAATGCCGGTTTTGAAAGGAGCGAATCT 706
Query 661 TGTTGTCACCGATGATTGTGAGCTGCAAGGGAAAGAGAATATGGTTTTCGCGGGAACAAC 720
||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 707 TGTAGTCATGGATGATTGTGAACTGCAAGGGAAAGAAAATATGGTTTTCGCTGGAACAAC 766
Query 721 GGTTGTTAACGGAAGCTGCGTTTGCATTGTGACGAGTATCGGTATGGATACGGAAATCGG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 767 GGTTGTTAACGGAAGCTGCGTTTGCATTGTGACAAGTATAGGTATGGATACGGAGATCGG 826
Query 781 AAAAATACAGACG-CAGATTCACGAGGCGTCGCTTGAAGAGAGTGAGACTCCGTTAAAGA 839
||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 827 GAAAATCCAGA-GACAGATTCACGAGGCGTCGCTTGAAGAGAGCGAGACTCCGTTAAAGA 885
Query 840 AGAAGCTAGACGAGTTCGGGAGTAGATTGACTACAGCTATCTGCATTGTCTGTGTTCTTG 899
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 886 AGAAGCTAGACGAGTTTGGGAGTAGATTGACTACAGCTATTTGCATTGTCTGTGTTCTTG 945
Query 900 TGTGGATTATTAACTACAAGAACTTTGTTTCTTGGGATGTTGTGGATGGCTATAAACCTG 959
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 TGTGGATGATAAACTACAAGAACTTTGTTTCTTGGGATGTTGTGGATGGCTATAAACCTG 1005
Query 960 TGAATATCAGGTTTTCATTCGAGAAATGCACTTACTACTTCAAAATCGCGGTTGCTCTAG 1019
||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1006 TGAATATCAAGTTTTCATTCGAGAAATGTACTTACTACTTCAAAATCGCTGTTGCTCTCG 1065
Query 1020 CCGTGGCAGCAATTCCTGAGGGTTTACCTGCTGTGATCACGACATGTCTAGCTTTAGGGA 1079
| |||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1066 CAGTGGCAGCGATACCCGAGGGTTTACCCGCTGTGATCACGACATGTTTAGCTTTAGGGA 1125
Query 1080 CAAAGAAAATGGCGCAGAAGAACGCAATAGTGAGGAAGCTTCCGAGTGTAGAGACACTCG 1139
| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1126 CGAGGAAAATGGCGCAGAAGAACGCGATAGTGAGGAAGCTCCCGAGTGTAGAGACACTCG 1185
Query 1140 GTTGCACAACTGTTATCTGTTCAGACAAAACCGGGACTTTAACAACAAACCAGATGTCTG 1199
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 GTTGCACAACTGTGATCTGTTCAGATAAAACCGGGACTTTAACAACAAACCAGATGTCTG 1245
Query 1200 CAACCGAATTCTTCACATTAGGCGGTAAAACAACGACTACTCGAGTCTTTTCTGTCAATG 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||
Sbjct 1246 CAACCGAATTCTTCACATTAGGCGGTAAAACAACGACTACTCGAGTGTTTTCAGTCAGTG 1305
Query 1260 GTACGACTTATGATCCTAAAGACGGTGGAATTGTTGATTGGGGATCCAACAATATGGATG 1319
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1306 GTACGACTTATGATCCTAAAGATGGTGGAATTGTGGATTGGGGCTGCAACAATATGGATG 1365
Query 1320 CTAACTTGCAAGCTGTTGCTGAGATATGTTCAATTTGTAATGATGCTGGGGTGTTCTATG 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1366 CTAACTTGCAAGCTGTTGCTGAGATATGTTCAATTTGTAATGATGCTGGAGTGTTCTATG 1425
Query 1380 AAGGAAAGTTGTTTAGAGCAACGGGTTTGCCTACAGAAGCTGCCTTGAAAGTTCTTGTTG 1439
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1426 AAGGGAAGTTGTTTAGAGCAACAGGTTTGCCTACAGAAGCAGCATTGAAAGTTCTTGTTG 1485
Query 1440 AGAAGATGGGTATTCCAGAGAAGAAGAACGGTGAGAATATCGAGGAAGTTGCAAACTTTT 1499
||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 1486 AGAAGATGGGTATCCCGGAGAAGAAGAACAGTGAGAACATCGAGGAAGTTACAAACTTTT 1545
Query 1500 CAGACAATGGTAGCTCAGTGAAGCTAGCTTGTTGCGATTGGTGGAACAAAAGATCGAAAA 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1546 CAGACAATGGTAGCTCAGTGAAGCTAGCTTGTTGCGATTGGTGGAACAAAAGATCGAAAA 1605
Query 1560 AGGTAGCGACACTCGAGTTTGATCGCGTCCGTAAGTCCATGAGTGTTATTGTGCGCGAAC 1619
||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1606 AGGTAGCGACATTAGAGTTTGATCGCGTTCGTAAGTCCATGAGTGTTATTGTGAGCGAAC 1665
Query 1620 CAAATGGAGAAAACCGGCTTCTCGTTAAGGGTGCAGCTGAGAGTATACTTGAGAGAAGTT 1679
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1666 CAAATGGACAAAACCGGCTTCTCGTTAAGGGTGCTGCTGAGAGTATACTTGAGAGAAGTT 1725
Query 1680 CTTTTGCACAACTCGCTGATGGATCTCTTGTCCCTTTAGATGATTCTAGCAGAGAAGTAA 1739
|||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1726 CTTTTGCACAGCTTGCTGATGGATCTCTTGTAGCTTTAGATGAATCTAGCAGAGAAGTAA 1785
Query 1740 TCCTCAAGAAACATTCTGAAATGACTTCAAAGGGATTAAGATGTTTAGGATTGGCTTACA 1799
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1786 TCCTTAAGAAACATTCTGAAATGACTTCAAAAGGATTAAGATGTTTAGGATTAGCTTACA 1845
Query 1800 AAGACGAATTAGGAGAGTTTTCGGATTACTCTTCTGAAGAACATCCTTCACACAAGAAGC 1859
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 AAGACGAATTAGGAGAGTTTTCGGATTACTCTTCCGAAGAACATCCTTCACACAAGAAGC 1905
Query 1860 TTTTAGACCCTTCTAGCTATTCGAACATCGAAACAAATCTAATCTTCGTTGGAGTTGTTG 1919
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1906 TTTTGGACCCTTCTAGCTATTCGAACATCGAAACAAATCTAATCTTTGTTGGAGTTGTTG 1965
Query 1920 GTCTAAGAGATCCTCCGCGTGAAGAAGTTGGAAGAGCAATTGAAGATTGCAGAGACGCTG 1979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1966 GTCTAAGAGATCCTCCGCGTGAAGAAGTTGGAAGAGCAATTGAAGATTGCAGAGACGCAG 2025
Query 1980 GGATTAGAGTAATGGTGATAACTGGGGATAACAAATCAACAGCTGAAGCTATATGTTGTG 2039
|||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2026 GGATAAGAGTAATGGTTATAACTGGAGATAACAAATCAACAGCTGAAGCTATTTGTTGTG 2085
Query 2040 AGATTAGATTGTTTTCAGAGAATGAAGATCTTTCGCAGAGTAGCTTCACCGGTAAAGAGT 2099
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2086 AAATTAGATTGTTTTCGGAGAATGAAGATCTTTCGCAGAGTAGCTTCACTGGTAAAGAGT 2145
Query 2100 TTATGTCTTTTCCGGCTTCACGGAGATCCGAAATTCTGTCAAAATCTGGAGGGAAAGTGT 2159
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2146 TTATGTCTCTTCCGGCTTCACGGAGATCCGAGATTCTGTCAAAATCTGGAGGGAAAGTGT 2205
Query 2160 TCTCTCGAGCTGAGGCAAGGCATAAGCAAGAAATCGTTAGGATGCTTAAAGAAATGGGAG 2219
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2206 TCTCTCGAGCTGAGCCAAGGCATAAGCAAGAAATCGTTAGGATGCTTAAGGAAATGGGAG 2265
Query 2220 AAATCGTTGCGATGACAGGTGATGGTGTGAATGATGCTCCTGCGTTGAAACTCGCTGACA 2279
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2266 AAATAGTTGCCATGACAGGTGATGGTGTGAATGATGCTCCTGCTTTGAAACTTGCTGACA 2325
Query 2280 TTGGTATTGCCATGGGAATCACTGGAACTGAGGTTGCGAAAGAAGCTTCGGATATGGTTC 2339
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2326 TTGGTATCGCCATGGGAATCACTGGAACTGAGGTTGCCAAAGAAGCTTCGGATATGGTTC 2385
Query 2340 TTGCAGATGATAATTTCAGTACTATCGTCTCGGCTGTAGCAGAAGGTCGTTCCATTTACA 2399
||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2386 TTGCAGATGATAATTTCAGTACTATAGTATCAGCTGTAGCAGAAGGTCGGTCCATTTACA 2445
Query 2400 ACAATATGAAAGCTTTTATCAGGTATATGATATCATCAAACGTTGGAGAAGTAATCTCCA 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2446 ACAATATGAAAGCTTTTATCAGGTATATGATATCATCAAACGTTGGAGAAGTAATCTCCA 2505
Query 2460 TCTTCTTAACCGCGGCATTGGGGATACCGGAATGTATGATACCTGTTCAGCTTCTTTGGG 2519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2506 TCTTCTTAACCGCGGCATTGGGGATACCGGAATGTATGATACCGGTTCAGCTTCTTTGGG 2565
Query 2520 TTAATCTGGTAACTGATGGTCCTCCAGCTACAGCGCTAGGCTTCAATCCAGCTGATATTG 2579
||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2566 TTAATCTTGTAACTGATGGTCCTCCTGCTACTGCGTTAGGCTTCAATCCAGCTGATATTG 2625
Query 2580 ATATTATGAAGAAACCACCCCGCAAAAGCGATGATTGTCTCATCGATTCATGGGTTCTTA 2639
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2626 ATATCATGAAGAAGCCACCCCGCAAAAGCGATGATTGTCTCATTGATTCATGGGTTCTTA 2685
Query 2640 TTCGATATCTAGTGATTGGTTCTTATGTTGGAGTTGCAACTGTGGGAATATTTGTCTTGT 2699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2686 TTCGATATCTAGTGATTGGTTCTTATGTTGGAGTTGCAACTGTTGGAATCTTTGTCTTGT 2745
Query 2700 GGTACACACAAGCTTCTTTCCTCGGGATTAGCCTAATCTCAGATGGACACACATTGGTCA 2759
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2746 GGTACACACAAGCTTCATTCCTTGGGATTAGCCTAATCTCAGATGGACACACATTGGTTA 2805
Query 2760 GCTTCAATCAGCTTCAGAACTGGTCAGAGTGTTCTTCGTGGGGAACGAACTTCACTGCGA 2819
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2806 GCTTCACTCAGCTTCAGAACTGGTCAGAGTGTTCTTCGTGGGGAACGAACTTCACGGCGA 2865
Query 2820 CTCCTTACACAATCGCAGGTGGTCTTAAGACCATCGCGTTTGAGAACAATCCTTGCGATT 2879
||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2866 CTCCTTACACAGTCGCAGGTGGTCTTAGGACCATCGCGTTTGAGAACAATCCTTGCGATT 2925
Query 2880 ACTTCACTCTTGGGAAAGTCAAGCCAATGACATTATCGCTCTCTGTTCTTGTGGCTATTG 2939
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| |
Sbjct 2926 ACTTCACTCTCGGGAAAGTCAAGCCAATGACATTATCACTCACCGTTCTTGTGGCTATCG 2985
Query 2940 AGATGTTTAACTCGCTGAACGCGTTGTCCGAAGACAACAGTCTCTTAACGATGCCACCAT 2999
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2986 AAATGTTTAACTCGCTGAACGCGTTGTCTGAAGACAACAGTCTCTTAACGATGCCACCAT 3045
Query 3000 GGAGAAACCCTTGGCTACTAGTGGCCATGACTGTCTCCTTGGGGCTTCACTGCGTGATCC 3059
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| || ||||
Sbjct 3046 GGAGAAACCCTTGGCTACTAGTGGCCATGACTGTCTCCTTTGCGCTACACTGTGTCATCC 3105
Query 3060 TCTACGTTCCTTTCTTAGCTAATGTGTTTGGGATTGTGCCTTTGAGTTTCAGGGAATGGT 3119
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3106 TCTATGTTCCTTTCTTAGCTAATGTGTTTGGGATTGTGCCTTTGAGTTTCAGGGAATGGT 3165
Query 3120 TTGTGGTTATTCTTGTTTCCTTCCCTGTGATTCTAATCGATGAAGCTCTCAAGTTCATTG 3179
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3166 TTGTGGTTATTCTTGTTTCCTTCCCTGTGATTCTGATCGATGAAGCTCTCAAGTTCATTG 3225
Query 3180 GGAGATGCAGAAGGACAAGAATGAAGAAGAAGATCAAGACAATGTAAAAGTCTGATCAAC 3239
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3226 GGAGATGCAGAAGGACAAGAATCAAGAAGAAGATCAAGACAATGTAAAAGTCTGATCAAC 3285
Query 3240 AC 3241
||
Sbjct 3286 AC 3287
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161236554802
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5