BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg490578 Length=3517 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT4G38190.1 | Symbols: ATCSLD4, CSLD4 | cellulose synthase like... 5903 0.0 > AT4G38190.1 | Symbols: ATCSLD4, CSLD4 | cellulose synthase like D4 | chr4:17909919-17913641 REVERSE LENGTH=3513 Length=3513 Score = 5903 bits (3196), Expect = 0.0 Identities = 3420/3526 (97%), Gaps = 23/3526 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCGTCCACACCCT-CTCAAACTTCTAAAAAGGTCCGTAACAATTCCGGTAGCGGCCA 59 ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGCGTCCAC-GCCTCCTCAAACTTCTAAAAAGGTCCGTAACAATTCCGGTAGCGGCCA 59 Query 60 AACCGTCAAATTTGCAAGACGAACATCTAGCGGACGATATGTGAGTTTATCTCGAGATAA 119 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 60 AACCGTCAAATTTGCAAGACGAACATCTAGCGGAAGATATGTGAGTTTATCTCGAGATAA 119 Query 120 TATTGAATTATCAGGCGAGCTCTCTGGGGACTATTCTAACTATACGGTGCACATACCTCC 179 ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 120 TATAGAATTATCAGGCGAGCTCTCCGGGGATTATTCTAACTATACGGTGCACATACCTCC 179 Query 180 GACGCCGGACAATCAGCCCATGGCCACCAAAGCCGAAGAGCAATACGTGTCCAATTCTTT 239 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 180 GACGCCGGACAATCAGCCCATGGCCACCAAAGCCGAAGAGCAATACGTGTCAAATTCTTT 239 Query 240 ATTTACTGGTGGTTTCAACAGTGTAACACGTGCACATCTTATGGACAAAGTCATCGATTC 299 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 240 ATTTACTGGTGGTTTCAACAGTGTAACACGTGCACATCTTATGGACAAAGTGATCGATTC 299 Query 300 AGATGTCACACACCCTCAGATGGCTGGCGCTAAAGGCTCCTCGTGTGCCATGCCTGCTTG 359 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 300 AGATGTCACACACCCTCAGATGGCTGGCGCTAAAGGCTCTTCGTGTGCCATGCCTGCTTG 359 Query 360 CGACGGAAAAGTCATGAAAGACGAGAGAGGAAAGGACGTGATGCCATGTGAATGCCGGTT 419 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 CGACGGAAATGTCATGAAAGACGAGAGAGGAAAGGACGTGATGCCATGTGAATGCCGGTT 419 Query 420 CAAGATCTGTAGGGATTGCTTCATGGACGCCCAGAAAGAGACAGGTCTTTGTCCAGGATG 479 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 420 TAAGATCTGTAGGGATTGCTTCATGGACGCCCAGAAAGAGACAGGCCTTTGTCCAGGATG 479 Query 480 CAAGGAACAATACAAAATCGGGGACCTAGATGACGATACGCCTGATTTTTCTAGTGGTGC 539 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| Sbjct 480 CAAGGAACAATACAAAATCGGGGACCTAGATGACGATACGCCTGACTATTCTAGTGGTGC 539 Query 540 TCTCCCCTTACCAGCTCCAGGGAAAGATCAACGTGGCAACAACAACAACATGTCTATGAT 599 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 TCTCCCCTTACCAGCTCCAGGGAAAGATCAACGTGGGAACAACAACAACATGTCTATGAT 599 Query 600 GAAGAGGAACCAAAACGGTGAATTTGATCACAACAGATGGTTATTCGAGACGCAAGGCAC 659 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 600 GAAGAGGAACCAAAACGGTGAATTTGATCACAACAGATGGCTATTCGAGACGCAAGGCAC 659 Query 660 ATATGGTTACGGTAATGCGTATTGGCCTCAAGACGAAATGTATGGCGATGATATGGATGA 719 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 ATATGGGTACGGTAATGCGTATTGGCCTCAAGACGAAATGTATGGCGATGATATGGATGA 719 Query 720 AGGAATGAGAGGCGGCATGGTGGAAACAGCTGACAAGCCATGGCGGCCATTGAGCCGACG 779 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 720 AGGGATGAGAGGCGGCATGGTGGAAACAGCTGACAAGCCATGGCGGCCACTGAGCCGACG 779 Query 780 AATCCCAATCCCAGCCGCCATCATTAGTCCGTACAGATTATTAATCGCCATTCGTTTTGT 839 |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| Sbjct 780 AATCCCTATTCCAGCCGCCATCATTAGTCCTTACAGATTACTAATCGTCATTCGTTTTGT 839 Query 840 CGTGCTATGtttttttCTAACTTGGAGGATCCGAAATCCTAACGAGGACGCGGTATGGTT 899 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| Sbjct 840 CGTGCTATGTTTTTTTCTAACTTGGAGGATCCGAAATCCTAACGAAGACGCAATATGGTT 899 Query 900 ATGGCTGATGTCTATAATATGCGAGCTTTGGTTTGGATTTTCATGGATTCTAGACCAGAT 959 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 ATGGCTCATGTCTATAATATGCGAGCTTTGGTTTGGATTTTCATGGATTCTAGACCAGAT 959 Query 960 CCCTAAGTTGTGTCCAATAAACCGGTCCACTGACCTGGAAGTTCTTCGTGACAAATTTGA 1019 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 CCCTAAGTTGTGTCCAATAAACCGGTCCACTGACCTGGAAGTTCTTCGTGACAAATTTGA 1019 Query 1020 CATGCCTTCTCCCTCCAACCCCACAGGGAGGTCTGATCTTCCAGGTATTGACCTTTTTGT 1079 ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1020 CATGCCTTCTCCCTCCAACCCAACAGGGAGGTCGGATCTCCCAGGTATTGACCTTTTTGT 1079 Query 1080 GTCAACGGCAGATCCAGAGAAAGAGCCACCCCTTGTCACCGCCAATACTATTCTGTCCAT 1139 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| Sbjct 1080 GTCAACGGCAGATCCAGAGAAAGAGCCGCCCCTTGTCACCGCCAACACGATTCTGTCCAT 1139 Query 1140 ATTGGCCGTTGATTATCCGGTGGAGAAGGTGTCATGCTATCTTTCTGATGATGGAGGAGC 1199 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 ATTGGCCGTTGATTATCCGGTGGAGAAGGTGTCATGCTATCTTTCTGATGATGGAGGAGC 1199 Query 1200 TCTTCTATCCTTTGAAGCTATGGCAGAAGCTGCTAGCTTTGCGGATCTTTGGGTACCTTT 1259 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1200 TCTTCTATCCTTTGAAGCTATGGCAGAAGCTGCTAGCTTTGCGGATCTCTGGGTACCTTT 1259 Query 1260 TTGTCGCAAACATAACATTGAGCCCCGAAATCCAGACACGTATTTCAGTTTGAAGATAGA 1319 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 TTGTCGCAAACATAACATTGAGCCTCGAAATCCAGACTCGTATTTCAGTTTGAAGATAGA 1319 Query 1320 TCCAACAAAAAATAAGAGCAGAATTGATTTTGTCAAGGACAGAAGGAAGATTAAGAGGGA 1379 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1320 TCCAACAAAGAATAAGAGCAGAATTGATTTTGTCAAGGACAGAAGAAAGATTAAGAGGGA 1379 Query 1380 GTATGATGAATTCAAGGTTCGCATCAACGGCCTCCCTGACTCAATACGGAGGAGGTCAGA 1439 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 GTATGATGAATTCAAGGTTCGCATCAACGGCCTCCCTGACTCAATACGGAGGAGGTCAGA 1439 Query 1440 TGCATTTAACGCAAGGGAGGAAATGAAAGCACTAAAACAGATGAGGGAGAGCGGAGGTGA 1499 ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1440 TGCATTTAATGCAAGGGAGGAAATGAAAGCTCTAAAACAGATGAGGGAGAGCGGAGGTGA 1499 Query 1500 TCCAACAGAACCTGTTAAAGTCCCCAAAGCCACGTGGATGGCCGATGGCACCCACTGGCC 1559 ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1500 TCCAACAGAGCCTGTGAAAGTCCCCAAAGCCACGTGGATGGCAGATGGCACCCACTGGCC 1559 Query 1560 AGGAACTTGGGCAGCCTCTACTCGAGAGCATTCCAAAGGTGATCATGCTGGGATTCTCCA 1619 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1560 AGGAACTTGGGCAGCCTCTACTCGAGAGCATTCCAAAGGTGATCATGCTGGGATTCTCCA 1619 Query 1620 GGTGATGTTGAAACCACCTAGCAGCGATCCATTAATTGGCAATAGCGACGATAAAATCAT 1679 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| Sbjct 1620 GGTGATGTTGAAACCACCTAGCAGCGATCCATTAATTGGAAATAGCGACGATAAAGTCAT 1679 Query 1680 TGACTTTTCAGACACGGACACTCGTTTACCCATGTTTGTCTATGTGTCACGTGAGAAGCG 1739 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1680 TGATTTTTCAGACACGGACACTCGTTTACCCATGTTTGTGTATGTGTCACGTGAGAAGCG 1739 Query 1740 ACCGGGCTATGATCACAACAAGAAAGCTGGAGCCATGAATGCACTTGTTCGTGCCTCTGC 1799 || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1740 GCCTGGATATGATCACAACAAGAAAGCTGGAGCCATGAATGCACTTGTTCGTGCCTCTGC 1799 Query 1800 TATTCTCTCAAATGGACCTTTTATCCTTAATCTTGATTGTGATCATTACATCTATAACTG 1859 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1800 TATCCTCTCAAATGGACCTTTTATCCTTAATCTTGATTGTGATCATTACATCTATAACTG 1859 Query 1860 TAAGGCCATCCGAGAAGGGATGTGTTTTATGATGGACAGAGGTGGTGAAGACATTTGCTA 1919 ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1860 TAAGGCCGTACGAGAAGGGATGTGTTTTATGATGGACAGAGGTGGTGAAGACATTTGCTA 1919 Query 1920 CATTCAGTTTCCGCAAAGATTTGAAGGCATCGATCCTTCTGATAGATATGCTAACAATAA 1979 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1920 CATTCAGTTTCCGCAAAGATTCGAAGGCATCGATCCTTCTGATAGATATGCTAACAATAA 1979 Query 1980 CACTGT-TTTCTTTGACGGTAATATGCGTGCTCTCGACGGAGTCCAGGGACCAGTTTATG 2038 |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1980 CACTGTATTT-TTTGACGGTAATATGCGTGCTCTCGACGGTGTCCAGGGACCAGTTTATG 2038 Query 2039 TTGGAACAGGTACTATGTTTAGGCGCTTTGCTCTCTACGGTTTTGATCCACCCAACCCTG 2098 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2039 TTGGAACAGGTACTATGTTTAGGCGCTTTGCTCTCTATGGTTTTGATCCACCCAACCCTG 2098 Query 2099 ACAAGCTTCTTGAGAAGAAGGAATCAGAAACAGAGGCTCTAACCACCAGTGACTTTGACC 2158 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2099 ACAAGCTTCTTGAGAAGAAGGAATCAGAAACAGAGGCTCTAACCACCAGTGACTTTGACC 2158 Query 2159 CGGACCTTGATGTCACACAACTCCCTAAGCGCTTTGGCAACTCCACACTCCTAGCTGAGT 2218 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2159 CGGACCTTGATGTCACACAACTCCCCAAGCGCTTTGGGAACTCCACACTCCTAGCTGAGT 2218 Query 2219 CAATTCCTATTGCAGAGTTCCAAGGTCGTCCATTGGCAGACCACCCGGCTGTCAAGTACG 2278 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2219 CAATTCCAATTGCAGAGTTCCAAGGTCGTCCATTGGCAGACCACCCGGCTGTCAAGTACG 2278 Query 2279 GTCGTCCTCCCGGAGCCCTTAGAGTCCCTCGTGACCCACTTGATGCTACCACTGTCGCAG 2338 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2279 GTCGTCCTCCCGGAGCCCTTAGAGTCCCTCGTGACCCACTTGATGCTACCACTGTCGCAG 2338 Query 2339 AGTCTGTTTCTGTAATCTCTTGTTGGTATGAGGATAAAACGGAATGGGGAGATAGAGTTG 2398 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2339 AGTCTGTTTCTGTAATCTCTTGTTGGTATGAGGATAAAACGGAGTGGGGAGATAGAGTTG 2398 Query 2399 GGTGGATTTATGGGTCGGTGACAGAGGACGTGGTCACAGGATACCGCATGCATAATCGTG 2458 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2399 GATGGATTTATGGGTCGGTGACAGAGGACGTGGTCACAGGATACCGCATGCATAATCGTG 2458 Query 2459 GGTGGCGCTCTGTTTACTGCATCACTAAGCGAGATTCTTTTCGAGGCTCTGCTCCCATTA 2518 |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2459 GGTGGCGCTCGGTTTACTGCATAACTAAGCGAGATTCTTTTCGAGGCTCTGCACCCATTA 2518 Query 2519 ATCTCACGGATCGTCTTCACCAGGTGTTGCGGTGGGCCACTGGGTCTGTTGAGATCTTCT 2578 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2519 ATCTCACGGATCGTCTTCACCAGGTGTTGCGGTGGGCCACTGGGTCTGTTGAGATCTTCT 2578 Query 2579 TCTCTAGAAGCAACGCCATTCTCGCCTCCAAACGTCTCAAGTTCCTCCAACGTCTCGCAT 2638 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2579 TCTCTAGAAACAACGCCATTCTCGCCTCCAAACGTCTCAAGTTCCTCCAACGTCTCGCAT 2638 Query 2639 ACCTCAATGTTGGGATATACCCTTTCACGTCTCTGTTTCTCATCCTCTATTGTTTTCTTC 2698 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2639 ACCTCAATGTTGGGATATACCCTTTCACGTCTCTGTTTCTCATCCTCTATTGTTTTCTTC 2698 Query 2699 CGGCATTCTCTCTTTTCTCTGGACAGTTCATCGTGCGGACGCTCAGTATCTCCTTCTTAG 2758 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2699 CGGCATTCTCTCTTTTCTCTGGACAGTTCATCGTGCGGACGCTCAGTATCTCCTTCTTGG 2758 Query 2759 TCTACCTTCTTATAATCACCATTTGTTTGATTGGCTTGGCGGTTTTGGAGGTCAAGTGGT 2818 ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2759 TCTACCTTCTTATGATCACCATTTGTTTGATTGGATTGGCGGTTTTGGAGGTCAAGTGGT 2818 Query 2819 CTGGCATTGGGCTCGAAGAATGGTGGAGAAACGAACAGTGGTGGCTCATCTCAGGAACAA 2878 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2819 CTGGCATTGGGCTGGAAGAATGGTGGAGAAACGAACAGTGGTGGCTCATCTCAGGAACAA 2878 Query 2879 GCTCTCACCTTTACGCAGTGGTCCAAGGAATCCTCAAAGTGATTGCAGGGATCGAGATCT 2938 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2879 GCTCTCACCTTTACGCAGTGGTCCAAGGAGTCCTCAAAGTGATTGCAGGGATCGAGATCT 2938 Query 2939 CCTTTACCTTGACTTCCAAGTCAGGGGGAGATGACAATGATGACATATACGCAGATTTGT 2998 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| Sbjct 2939 CCTTTACCTTGACGACCAAGTCAGGGGGAGATGACAATGAAGACATATACGCGGATTTGT 2998 Query 2999 ACATAGTGAAATGGTCGTCGCTGATGATACCGCCTATAGTGATAGCAATGGTGAACATAA 3058 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2999 ACATAGTGAAATGGTCGTCGCTGATGATACCGCCTATAGTGATAGCAATGGTGAACATAA 3058 Query 3059 TAGCTATTGTGGTGGCGTTCATAAGGACGATATACCAAGCGGTGCCACAATGGAGCAAGC 3118 |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3059 TAGCGATTGTGGTGGCGTTCATCAGGACAATATACCAAGCGGTGCCACAATGGAGCAAGC 3118 Query 3119 TAATAGGAGGAGCATTTTTCAGCTTCTGGGTGTTGGCGCATTTGTATCCATTTGCAAAAG 3178 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3119 TAATCGGAGGAGCATTTTTCAGCTTCTGGGTGTTGGCGCATTTGTATCCATTTGCAAAAG 3178 Query 3179 GATTGATGGGACGAAGAGGCAAAACTCCAACGATAGTTTTTGTGTGGGCAGGTCTGATTG 3238 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 3179 GATTGATGGGACGAAGAGGCAAAACTCCAACCATAGTTTTTGTGTGGGCAGGTCTCATTG 3238 Query 3239 CCATCACCATCTCTCTACTGTGGACGGCCATAAACCCAAACACCGGACCTGCAGCTGCTG 3298 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3239 CCATCACCATCTCTCTACTGTGGACGGCCATAAACCCAAACACCGGACCTGCAGCTGCTG 3298 Query 3299 CTGAGGGTGTTGGAGGCGGTGGTTTTCAATTCCCGTAA--AAA---GCATTCATATAGGG 3353 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| Sbjct 3299 CAGAGGGTGTTGGAGGCGGTGGTTTTCAATTCCCGTAATTAAAAAAGCATTCATATAGG- 3357 Query 3354 CGACTTGAGAGTTTTGTAGACTAATCACAAGAAATTAATACGCT-TACTATCtttgtttc 3412 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 3358 CGACTTGAGAGTTTTGTAGACTAATCACAAGAAATTAATACG-TATACTATCTTTGTTTC 3416 Query 3413 cttttattttttttatttgtttttgtttCTTCTGGTAGTAAATTTTCAGATAACTACATA 3472 |||| | ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3417 -TTTT-TGTTTTT-----GTTTTTGTT-C--CTGGTAGTAAATTTTCAGATAACTACATG 3466 Query 3473 TA-ATCTGGATTGAGATGTCATGACTGTATAAATCAGCCTTTGTAT 3517 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3467 TATATCTGGATTGAGATGTCATGACTGTATAAATCAGCCTTTGTAT 3512 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 175082631070 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5