BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg490770
Length=4689
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G39850.3 | Symbols: PXA1 | peroxisomal ABC transporter 1 | c... 5247 0.0
> AT4G39850.3 | Symbols: PXA1 | peroxisomal ABC transporter 1 |
chr4:18488437-18497133 FORWARD LENGTH=4846
Length=4846
Score = 5247 bits (2841), Expect = 0.0
Identities = 3116/3246 (96%), Gaps = 29/3246 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 tctctctctctctctctctctcGATTT-GGGGAGTTCCGTTACGGTGGACTAGTACGTCT 59
||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 88 TCTCTCTCTATCTCTATCTCTCGATTTGGGGGAGTTCCGTCACGGTGGACTAGTACGTCT 147
Query 60 CGTTGCCGTTGGTGGCGGAGTCGGAATTAA-TTCCTCGGCGTTGAGATTCACATGGTCTA 118
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 148 CGTTGCCGTTGGTGGCGTAGTCGGAATTAATTTCCTCGGCGTTGAGATTCACATGGTCTA 207
Query 119 GAATTCGAACTTAGTTGG-TGGTGGTGTTGTTACGATTTCCGATTTGTCGAGtttttttt 177
|||||| | || || ||| || || ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 208 GAATTCTAGCTAAG-TGGTTGTTGTTGTTGTTACGATTTCCGATTTCTCGAG-TTTTTTT 265
Query 178 tATTAGGTTGAATTTAGCTTCTGTTGCAATTTATTTCTCCTGGAGACACTCTCATACTGA 237
| ||| | |||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||| | | |
Sbjct 266 T-TTA---T--ATTTAGCTTCTGTTTC-GTTTATCCCTCCCGGAGACACTC-C-T--T-- 312
Query 238 GGT--AAT-TCT--T-CTCAGGTGTTTTGTACACTTGTTGTCAAGAAGAAACCAGTTTTG 291
||| ||| ||| | || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 313 GGTCGAATCTCTCATGCTGAGGTGTTTTGGACACTTGTTGTCAAGAAGAAACCAGTTTTG 372
Query 292 GTTCTGATTAATCGTTGGTTGG-AGA-ATACTCAATTCCA-GCCATGCCTTCACTCCAAC 348
|||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 373 GTTCTGATTAATCGTTGGTTGGAAAATATACTCAATTCCAGGCCATGCCTTCACTTCAAC 432
Query 349 TGTTGCAGTTAACTGAGCGGGGTCGGGGTCTTGTAGCGTCAAGACGGAAATCTATACTGC 408
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 433 TATTGCAGTTAACTGAGCGGGGTCGGGGTCTTGTAGCGTCAAGACGGAAATCTATACTGC 492
Query 409 TTGCGGCTGGGATTGTAGCTGCTGGTGGAACTGCTGTTTACCTGAAATCAAGGGTCAGC- 467
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 493 TTGCGGCTGGGATTGTAGCTGCTGGTGGAACTGCTGTTTACCTGAAATCAAGGGTC-GCT 551
Query 468 TCCCCAAGGCCTGATTCTTCGCGTCATTGCAATGGTCAGAGTGATGATGATGAGGCATTG 527
|||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 552 TCCCGGAGGCCTGATTCTTCGCGTCTTTGCAATGGTCAGAGTGATGATGATGAGACTTTG 611
Query 528 GAAAAGCTGACAGGAAATGATAAAAATGCAAAGATAACCATGAAAAAGAAGAAAGGAGGA 587
||||||||||| | || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 612 GAAAAGCTGACTGCAACTGATCAAAATGCAAAGATAACCACGAAAAAGAAGAAAGGAGGA 671
Query 588 GGGTTGAAGTCTCTTCAGGTTCTGACTTCTATTCTTCTGTCTCAGATGGGAAAAATGGGT 647
|| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 672 GGATTGAAGTCTCTTCAGGTTCTGACTGCTATTCTTCTCTCTCAGATGGGAAAAATGGGT 731
Query 648 GCCAGGGATCTTTTGGCACTAGTCGCCACAGTGGTTTTCAGAACAGCTTTGAGCAATAGA 707
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 732 GCCAGGGATCTTTTGGCACTAGTCGCCACCGTGGTTTTCAGAACAGCTTTGAGCAATAGA 791
Query 708 TTGGCAAAAGTGCAAGGTTTCCTTTTCCGTGCTGCTTTCTTAAGGCGTGCGCCACTGTTT 767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 792 TTGGCAAAAGTGCAAGGTTTCCTTTTCCGTGCTGCTTTCTTAAGGCGTGCGCCACTGTTT 851
Query 768 CTACGACTCATCTCCGAGAATATTATGTTGTGTTTCATGCTATCGACGTTGCACTCTACA 827
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 852 CTACGGCTCATCTCCGAGAATATTATGTTGTGTTTCATGCTATCAACATTGCACTCTACT 911
Query 828 TCAAAGTACATAACTGGGGCCTTGAGTTTGCGATTCAGAAAGATATTGACGAAGATTATC 887
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 912 TCAAAGTACATAACTGGGGCATTGAGTTTGCGATTCAGAAAGATATTGACCAAGATTATC 971
Query 888 CATTCACATTATTTTGAGAATATGGTTTATTATAAAATATCACACGTGGATGGTCGGATA 947
|||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 972 CATTCACACTATTTTGAGAATATGGTATATTACAAAATATCACACGTGGATGGTCGGATT 1031
Query 948 ACGCACCCCGAGCAGCGAATTGCCAGCGATGTGCCAAGATTCTCCTCAGAGTTAAGCGAT 1007
|||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1032 ACGCACCCTGAACAAAGAATTGCCAGCGATGTACCAAGATTCTCCTCAGAGTTGAGCGAT 1091
Query 1008 CTTATACTGGATGATTTGACGGCGGTTACTGATGGAATTTTGTATGCATGGCGCCTGTGT 1067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092 CTTATACTGGATGATTTGACGGCGGTTACTGATGGAATTTTGTATGCATGGCGCCTGTGT 1151
Query 1068 TCATATGCTAGTCCAAAATACATCTTCTGGATACTGGCCTATGTACTGGGGGCTGGGACG 1127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1152 TCATATGCTAGTCCAAAATACATCTTCTGGATACTGGCCTATGTACTGGGGGCTGGGACG 1211
Query 1128 GCGATAAGGAACTTTTCTCCTTCTTTTGGGAAATTGATGTCCAAGGAACAGCAGTTAGAA 1187
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1212 GCGATAAGAAACTTTTCTCCTTCTTTTGGGAAATTGATGTCCAAGGAACAGCAGTTAGAA 1271
Query 1188 GGGGAGTACCGGCAACTTCATTCACGCTTAAGGACTCATTCGGAAAGCATAGCATTTTAT 1247
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1272 GGAGAGTACCGGCAACTTCATTCACGCTTAAGGACTCATTCGGAAAGCATAGCATTCTAT 1331
Query 1248 GGTGGGGAAACCAGGGAAGAATCTCATATACAACAAAAGTTCAAGAATCTTGTTAGCCAT 1307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 GGTGGGGAAACCAGGGAAGAATCTCATATACAACAAAAGTTCAAGAATCTTGTTAGCCAT 1391
Query 1308 ATGAGCCATGTGCTTCATGATCACTGGTGGTTTGGTATGATCCAAGATTTTCTGCTGAAG 1367
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 ATGAGTCACGTGCTTCATGATCACTGGTGGTTTGGTATGATCCAAGATTTTCTGCTGAAG 1451
Query 1368 TATCTTGGTGCCACAGTTGCAGTTATTCTGATTATCGAACCATTCTTCTCTGGGCATCTA 1427
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1452 TATCTTGGGGCCACAGTTGCAGTTATTCTGATTATCGAACCATTCTTCTCTGGGCATCTA 1511
Query 1428 AGACCTGACGACTCGACCTTAGGAAGAGCCGAGATGCTAAGCAATATAAGATATCACACT 1487
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1512 AGACCTGACGACTCGACCTTAGGAAGAGCTGAGATGCTTAGCAATATAAGATATCACACT 1571
Query 1488 AGTGTCATTATATCTCTCTTTCAGGCGTTGGGAACACTTTCTATAAGTTCCAGGCGGCTC 1547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1572 AGTGTCATTATATCTCTCTTTCAGGCGTTGGGAACACTTTCTATAAGTTCCAGGCGGCTC 1631
Query 1548 AACCGACTCAGTGGTTATGCTGACCGTATCCACGAGTTGATGGCTGTCTCAAGAGAACTC 1607
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 AACCGACTCAGTGGTTATGCTGACCGAATCCATGAGTTGATGGCTGTCTCAAGAGAACTC 1691
Query 1608 AGTGGTGATGAGAAATCATCTTTCCAGAGAAATAGAAGCAGAAATTACCTAAGTGAAGCT 1667
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1692 AGTGGTGATGATAAATCGTCTTTCCAGAGAAATAGAAGCAGAAATTATCTAAGTGAAGCT 1751
Query 1668 AATTATGTTGAGTTTTCCGATGTCAAGGTTGTTACTCCAACCGGAAATGTTTTGGTGGAG 1727
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1752 AATTATGTAGAGTTTTCCGATGTCAAGGTTGTTACTCCAACCGGAAATGTTTTGGTGGAG 1811
Query 1728 GATCTCACCCTTCGAGTTGAGCAAGGGTCTAATCTTCTGATTACAGGTCCTAATGGAAGT 1787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1812 GATCTCACCCTTCGAGTTGAGCAAGGGTCTAATCTTCTGATTACAGGTCCTAATGGAAGT 1871
Query 1788 GGCAAGAGTTCCCTTTTCCGAGTATTAGGAGGTCTATGGCCCCTGGTGTCTGGGCATATT 1847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1872 GGCAAGAGTTCCCTTTTCCGAGTATTAGGAGGTCTATGGCCCCTGGTGTCTGGACATATT 1931
Query 1848 GTGAAGCCAGGAGTTGGTTCTGATCTTAACAAGGAGATCTTCTACGTGCCGCAACGGCCT 1907
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1932 GTGAAGCCAGGAGTTGGTTCTGATCTTAACAAGGAGATCTTCTATGTGCCGCAACGGCCT 1991
Query 1908 TATATGGCAGTAGGAACACTTCGTGACCAGTTAATATATCCTCTTACTTCTGACCAAGAG 1967
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1992 TATATGGCAGTAGGAACACTTCGTGACCAGTTAATATATCCTCTTACTTCTGGCCAAGAG 2051
Query 1968 AGTGAACCGCTCACTGAGATTGGAATGGTGGAGCTATTGAAAAATGTTGATCTAGAATAT 2027
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2052 AGTGAACTGCTCACTGAGATTGGAATGGTGGAGCTATTGAAAAATGTTGATCTAGAATAT 2111
Query 2028 TTATTGGATCGCTACCAACCTGAAAAAGAGGTTAATTGGGGTGACGAATTATCACTTGGA 2087
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2112 TTATTGGATCGCTACCAACCTGAAAAAGAGGTTAATTGGGGTGATGAATTATCTCTTGGA 2171
Query 2088 GAGCAACAGAGATTGGGGATGGCCAGACTATTCTACCACAAACCCAAGTTTGCAATTCTA 2147
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2172 GAGCAACAGAGATTGGGTATGGCCAGACTATTCTACCACAAACCCAAATTTGCAATTCTA 2231
Query 2148 GATGAATGCACAAGTGCTGTCACAACTGATATGGAAGAACGCTTTGCCGCCAAGGTTCGA 2207
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2232 GATGAATGCACAAGTGCTGTCACAACTGATATGGAAGAACGCTTTGCCGCTAAGGTTCGA 2291
Query 2208 GCTATGGGAACTTCTTGCATAACAATTTCCCATCGTCCAGCGCTTGTTGCATTCCATGAT 2267
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292 GCTATGGGAACTTCTTGCATAACAATCTCCCATCGTCCAGCGCTTGTTGCATTCCATGAT 2351
Query 2268 GTTGTTCTGTCATTAGACGGTGAAGGGGGTTGGAGTGTTCACTACAAGAGGGATGACTCT 2327
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2352 GTTGTTCTGTCATTAGACGGTGAAGGAGGATGGAGTGTTCATTACAAGAGGGATGACTCT 2411
Query 2328 GCCCTTCTGACGGATGCTGAAATTGATTCAGCGAAAATTTCAGATACTGATCGGCAAAAT 2387
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2412 GCCCTTCTGACGGATGCTGAAATTGATTCAGTGAAAAGTTCAGATACAGATCGGCAAAAT 2471
Query 2388 GATGCGATGGTTGTTCAAAGAGCGTTTGCTGCAGCTAGAAAGGAATCTGCTACTAAATCA 2447
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2472 GATGCGATGGTTGTTCAACGAGCGTTTGCTGCAGCTAGAAAGGAATCTGCTACTAATTCA 2531
Query 2448 AAGGCTCAGTCGTACCAGACACAGTTAATTGCAAGATCGCCTGTTGTAGATAAAAGTGTA 2507
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2532 AAGGCTCAGTCGTACCAGACACAGTTAATTGCAAGATCACCTGTTGTAGATAAAAGTGTA 2591
Query 2508 GTGTTGCCTCGTTTTCCTCAACCTCAAACATCCCAAAGGGCTTTACCATCAAGAGTAGCT 2567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2592 GTGTTGCCTCGTTTTCCTCAACCTCAAACATCCCAAAGGGCTTTACCATCAAGAGTAGCT 2651
Query 2568 GCAATGTTAAACGTGTTGATACCCACTATATTTGACAAACAAGGAGCACAACTGCTTGCT 2627
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 2652 GCAATGTTAAACGTGTTGATACCCACTATATTTGACAAGCAAGGAGCTCAACTGCTTGCT 2711
Query 2628 GTTGCCTGCCTTGTCGTCTCAAGAACACTGATCTCTGACCGAATAGCCTCTTTGAATGGG 2687
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2712 GTTGCTTGCCTTGTCGTCTCAAGAACGCTGATCTCTGACCGAATAGCCTCTTTGAATGGG 2771
Query 2688 ACCACTGTGAAGTATGTCTTGGAGCAGGATAAGGCAGCCTTTGTTCGTTTGATTGGTTTG 2747
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2772 ACCACTGTGAAGTATGTCTTGGAGCAAGATAAGGCAGCCTTTGTTCGTTTGATTGGTTTG 2831
Query 2748 AGTGTCCTCCAAAGTGGTGCATCTTCTATAATTGCTCCTTCATTAAGGCATTTAACGCAA 2807
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2832 AGTGTTCTCCAAAGTGGTGCATCTTCTATAATTGCTCCTTCACTAAGGCATTTAACGCAA 2891
Query 2808 AGGCTAGCGTTAGGGTGGAGGATTCGTTTGACTCAACATCTGCTACGGAATTATTTGAGA 2867
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 2892 AGGCTAGCGTTAGGGTGGAGGATTCGTTTGACTCAACATCTGCTAAGGAACTATTTGAGA 2951
Query 2868 AATAATGCGTTTTACAAGGTTTTCCACATGTCAGGCAATAGTATTGATGCGGATCAGAGA 2927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2952 AATAATGCGTTTTACAAGGTTTTCCACATGTCAGGCAATAGTATTGATGCGGACCAGAGA 3011
Query 2928 CTCACTCGTGACCTGGAAAAGTTAACCTCTGACTTGTCTGGACTTCTTACTGGAATGGTA 2987
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3012 CTCACTCGTGACCTGGAAAAGTTAACCGCTGACTTGTCTGGACTTCTTACTGGAATGGTA 3071
Query 2988 AAGCCATCGGTCGACATTCTCTGGTTCACCTGGAGGATGAAGTTATTGACTGGTCAGAGG 3047
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3072 AAGCCATCGGTTGACATTCTCTGGTTCACCTGGAGGATGAAGTTACTGACTGGTCAGAGG 3131
Query 3048 GGAGTTGCCATACTTTACACATATATGTTACTTGGTCTGGGTTTTCTGAGACGTGTTGCT 3107
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3132 GGAGTTGCCATACTTTACACATATATGTTACTTGGTCTTGGTTTTCTGAGACGTGTTGCT 3191
Query 3108 CCCGATTTCGGTGATCTAGCCGGTGAAGAACAGCTGCTTGAGGGGAAGTTTAGGTTTATG 3167
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 3192 CCCGATTTCGGTGATCTAGCCGGTGAAGAACAGCAGCTTGAAGGGAAGTTTCGGTTTATG 3251
Query 3168 CACGAGAGGCTGAACACTCATGCTGAATCTATTGCATTCTTTGGAGGTGGAGCACGAGAA 3227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3252 CACGAGAGGCTGAACACTCATGCTGAATCTATTGCATTCTTTGGAGGTGGAGCTCGAGAA 3311
Query 3228 AAGGCT 3233
||||||
Sbjct 3312 AAGGCT 3317
Score = 2405 bits (1302), Expect = 0.0
Identities = 1402/1450 (97%), Gaps = 8/1450 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3234 ATGGTTGACGCAAAATTCAGGGCCCTACTGGACCACTCTCTCATGCTCTTGAGGAAGAAA 3293
||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3363 ATGGTTGACAAAAAATTCAGGGCCCTACTGGATCATTCTCTCATGCTCTTGAGGAAGAAA 3422
Query 3294 TGGTTGTATGGCATACTTGATGATTTTGTGACAAAGCAACTCCCCAATAATGTGACGTGG 3353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3423 TGGTTGTATGGCATACTTGATGATTTTGTGACAAAGCAACTTCCCAATAATGTGACGTGG 3482
Query 3354 GGATTGAGTTTATTGTATGCCCTAGAACACAAGGGAGACAGAGCACTTGTCTCCACTCAA 3413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3483 GGATTGAGTTTATTGTATGCCCTAGAACACAAGGGAGACAGAGCACTTGTCTCCACTCAA 3542
Query 3414 GGCGAGTTGGCACATGCGTTGCGGTATCTAGCTTCTGTTGTCTCCCAAAGCTTTATGGCT 3473
|| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3543 GGTGAATTGGCACATGCATTGCGGTATCTAGCTTCTGTTGTCTCCCAAAGCTTTATGGCT 3602
Query 3474 TTTGGCGATATTCTTGAACTACACAAGAAGTTCCTTGAGCTCTCTGGTGGTATTAACAGA 3533
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3603 TTTGGCGATATTCTTGAACTACACAAGAAGTTCCTGGAGCTCTCTGGTGGTATTAACAGA 3662
Query 3534 ATTTTTGAGCTCGATGAGTTTTTGGATGCCTCTCAGTCAGGTGTTACCTCAGAAAATCAC 3593
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3663 ATTTTTGAGCTCGATGAGTTTTTGGATGCTTCTCAGTCAGGTGTTACCTCAGAAAATCAA 3722
Query 3594 ACAAGTCGTTTGGATTCTCAAGATCTACTTTCCTTTTCGGAGGTGGATATCATTACCCCT 3653
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3723 ACAAGTCGTTTGGATTCTCAAGATCTACTTTCCTTTTCGGAGGTGGATATCATTACCCCT 3782
Query 3654 GCTCAGAAACTGATGGCTAGCAAGTTGTCATGCGAAATAGTTTCAGGGAAAAGTCTGCTC 3713
||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3783 GCTCAGAAATTGATGGCTAGCAAGTTGTCGTGTGAAATAGTTTCAGGGAAAAGCCTGCTC 3842
Query 3714 GTCACAGGTCCAAATGGTAGTGGAAAGACTTCAGTATTTAGAGTCCTTAGAGATATCTGG 3773
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3843 GTCACAGGTCCAAATGGTAGTGGAAAGACTTCAGTATTTAGAGTCCTTAGAGATATCTGG 3902
Query 3774 CCCACTGTATGTGGAAGACTTACCAAACCATCGTTGGATATCAAAGAACTTGGGTCAGGG 3833
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3903 CCCACTGTATGTGGAAGACTTACCAAACCATCATTGGATATCAAAGAACTTGGGTCAGGG 3962
Query 3834 AATGGCATGTTTTTTGTCCCGCAGCGACCTTATACATGTTTAGGGACACTGAGAGATCAA 3893
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3963 AATGGCATGTTTTTTGTCCCGCAGCGACCTTATACATGTTTAGGGACACTGAGAGATCAA 4022
Query 3894 ATTATATACCCTCTATCTAAAGAAGAAGCAAAGAAAAGGGCAGCAAAGTTGTACACCAAT 3953
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4023 ATTATATACCCTCTATCTAAAGAAGAAGCAGAGAAAAGGGCAGCAAAGTTGTACACCAGT 4082
Query 3954 GGAGAGAGCGCAACAGAAGCTGGAAGCATTCTGGATGCTCATTTGAAAACCATTCTGGAG 4013
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4083 GGAGAGAGCTCAACAGAAGCTGGAAGCATTCTGGATTCTCATTTGAAAACCATTCTGGAG 4142
Query 4014 AATGTTCGATTAGTTTATCTCTTGGAAAGAGATGTAGGTGGTTGGGATGCTACTACCAAT 4073
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4143 AATGTTCGGTTAGTTTATCTCTTGGAAAGAGACGTAGGTGGTTGGGATGCTACTACCAAT 4202
Query 4074 TGGGAAGACATATTATCTCTTGGAGAGCAACAGAGACTAGGCATGGCACGTTTATTCTTT 4133
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4203 TGGGAAGACATATTATCTCTTGGAGAGCAACAGAGATTAGGCATGGCACGTTTATTCTTT 4262
Query 4134 CACAGACCGAAGTTTGGAGTCCTTGATGAATGCACAAATGCGACGAGTGTTGATGTTGAG 4193
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4263 CACAGGCCGAAGTTTGGAGTCCTTGATGAATGCACAAATGCGACGAGTGTTGATGTTGAG 4322
Query 4194 GAACAGCTCTATAGGGTTGCACGAGACATGGGCGTCACTTTCATAACCTCATCACAACGG 4253
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4323 GAACAGCTCTATAGAGTTGCACGAGACATGGGAGTCACTTTCATAACCTCATCACAACGG 4382
Query 4254 CCGGCTCTGATCCCATTCCATTCCTTGGAGCTAAGGCTGATTGATGGAGAAGGAAACTGG 4313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4383 CCGGCTCTGATCCCATTCCATTCCTTGGAGCTAAGGCTGATTGATGGAGAAGGAAACTGG 4442
Query 4314 GAGCTCCGTTCGATCGAACAGACAACAGAGTAAACTCAGCAAAACATTTA-AGAAAGGTC 4372
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4443 GAGCTCCGTTCGATCGAACAGACAACAGAGTGAACTCAGCAAAACATTTTTAGAAAGGTC 4502
Query 4373 TCTATATAGTTCTTAAAGAAAAAAGTAATAAAGTTAAAAGCCATTAGACGATGCAAGCTA 4432
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4503 T--ATATAGTTGTTAAAGAAAAAAGTAATAAAGTTAAA-GCCATTAGACGATGCAAGCTA 4559
Query 4433 TATGGTATGTAGTTTATCGATTCTTCCTCCTCGATCGCAAGGAGTGGAAGAGAATGCGTC 4492
||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4560 TATGGTATGTAGTATATGGATTCTTCCTC---GATCGCAAGGAGTGGAAGAGAATGCGTC 4616
Query 4493 GATGCTACTGCTTTTGTTAGATTTGGAGGATT-GATTTGATTCTAGATATATATAAATGT 4551
||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4617 GATGCTAGTGCTTTTGTTAGAATTGGAGGATTTGATTTGATTCTAGATATATATAAATGT 4676
Query 4552 AGGTGATTGAATTGGTGGAGCATTTTGAGTTCTCCTATGGAGTATGTTCTTAGCTTTGAA 4611
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4677 AGGCGATTGAATTGGTGGAGCATTTTGAGTTCTCCTATGGAGTATGGTCTTAGCTTTGAA 4736
Query 4612 GAAACAAAGAATATAGTGATCACTCAAATAATGTACAGTTCGTTTCTGTTTCCTCTGTTG 4671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 4737 CAAACAAAGAATATAGTGATCACTCAAATAATGTACAGTTCGTTTCAATTTCCTTTGTTG 4796
Query 4672 GGATTACTTT 4681
|||||| |||
Sbjct 4797 GGATTAGTTT 4806
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 233878288266
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5