BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg490823
Length=2384
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G37910.1 | Symbols: mtHsc70-1 | mitochondrial heat shock pro... 3651 0.0
> AT4G37910.1 | Symbols: mtHsc70-1 | mitochondrial heat shock protein
70-1 | chr4:17825080-17828180 REVERSE LENGTH=2418
Length=2418
Score = 3651 bits (1977), Expect = 0.0
Identities = 2261/2397 (94%), Gaps = 24/2397 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTCTGACCTTAAACCCTACGATCTC-AAAATCTCCACCGACTCTCATCAAATCAAATGG 59
|||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 27 TCTCCGACCTTAAACCCTCCGATC-CAAAAATCTCCACCGACTCTAATCCAATCAAATGG 85
Query 60 CCTCCGTCGCACTTCTACGGTCCCTTCGCCGCCGTGAAGTCCAAACGGCTTCCGTATCTG 119
|||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 86 CCTCCGTCGCGCTTCTACGGTCTTTTCGTCGCCGTGAAGTCCAAATGGCTTCCGTATCTG 145
Query 120 CGTTTAAATCCATCTCCGGAAATGGAAAGACGTCTTTGTTTGGGAAATTGGGTTACTTGG 179
||||||||||| | |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 146 CGTTTAAATCCGTTTCCGCAAATGGAAAGAATTCTATGTTTGGGAAATTAGGTTACTTGG 205
Query 180 CGAGACCTTTCTGCTCGAGGCCTGTAGGGAATGATGTTATCGGTATTGATTTGGGTACTA 239
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 206 CGAGACCTTTCTGCTCGAGGCCTGTGGGGAATGATGTTATTGGTATTGATTTGGGTACTA 265
Query 240 CCAATTCTTGTGTAGCTGTGATGGAAGGAAAGACCCCTAGGGTTATTGAGAATGCGGAAG 299
|||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 266 CCAATTCTTGTGTATCTGTGATGGAGGGAAAGACCGCTAGGGTTATTGAGAATGCGGAAG 325
Query 300 GAAGTCGAACCACACCATCAGTGGTTGCTATTAACCAAAAAGGGGAACTCCTTGTTGGGA 359
||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 326 GAAGTCGAACCACACCATCGGTTGTTGCTATGAACCAAAAAGGGGAACTCCTTGTTGGAA 385
Query 360 CACCGGCTAAACGCCAGGCTGTGACCAATCCAACAAACACGATTTTCGGTTCTAAACGTT 419
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 386 CACCGGCTAAACGTCAGGCCGTGACCAATCCAACAAACACGATTTTCGGTTCTAAACGTT 445
Query 420 TGATTGGGAGACGTTTTGACGATCCACAGACACAGAAGGAGATGAAAATGGTTCCTTATA 479
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 446 TGATTGGGAGACGTTTTGATGATCCACAGACTCAGAAGGAGATGAAAATGGTTCCTTACA 505
Query 480 AGATTGTCAAGGCACCTAACGGTGATGCTTGGGTCGAAGCCAATGGACAGATGTTTTCTC 539
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 506 AGATTGTTAAGGCACCTAACGGTGATGCTTGGGTCGAAGCCAATGGACAAAAGTTTTCTC 565
Query 540 CCAGTCAGATTGGAGCTAATATTCTCACTAAAATGAAGGAAACCGCTGAAGCTTACCTCG 599
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 566 CCAGTCAGATTGGAGCTAATGTCCTCACTAAAATGAAGGAAACAGCTGAAGCTTACCTCG 625
Query 600 GGAAATCTATCACCAAAGCTGTTGTTACTGTTCCAGCGTATTTCAATGATGCACAGAGAC 659
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 626 GGAAATCTATCAACAAAGCTGTTGTTACCGTTCCAGCTTATTTCAATGATGCACAGAGAC 685
Query 660 AAGCCACCAAGGATGCTGGGAAAATCTCTGGTCTTGATGTCCTGAGGATCATCAACGAAC 719
||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 686 AAGCCACTAAGGATGCTGGGAAAATCGCTGGTCTTGATGTCCAGAGGATCATCAACGAAC 745
Query 720 CTACAGCTGCTGCACTATCATATGGTATGAACAACAAGGAAGGTGTCATTGCAGTGTTTG 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 746 CTACAGCTGCTGCACTATCATATGGTATGAACAACAAGGAAGGTGTCATTGCAGTGTTTG 805
Query 780 ATCTTGGAGGTGGAACCTTTGATGTTTCTATCTTGGAAATCTCAAGTGGTGTTTTTGAGG 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 806 ATCTTGGAGGTGGAACCTTTGATGTTTCTATCTTGGAAATCTCAAGTGGTGTTTTTGAGG 865
Query 840 TTAAAGCAACAAATGGAGATACCTTTTTGGGAGGGGAAGACTTTGACAACACTTTGTTGG 899
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 866 TTAAAGCAACAAATGGAGATACCTTTTTGGGAGGAGAAGACTTTGACAACACCTTGTTGG 925
Query 900 AGTACTTGGTTGATGAGTTCAAAAGATCAGATAATATTGATCTGACTAAAGACAAGCTTG 959
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 926 AGTACTTGGTTAATGAGTTCAAAAGATCAGATAATATTGATCTGACTAAAGACAACCTTG 985
Query 960 CCCTCCAGAGGCTGAGAGAAGCTGCAGAGAAGGCCAAGATTGAGCTCTCTTCGACATCCC 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |
Sbjct 986 CCCTCCAGAGGCTGAGAGAAGCTGCAGAGAAGGCCAAGATTGAGCTCTCATCGACAACTC 1045
Query 1020 AGACCGAAATCAACCTGCCTTTCATTACAGCGGATGCTTCAGGAGCTAAGCACTTGAACA 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 AGACCGAAATCAACCTGCCTTTCATTACAGCGGATGCTTCAGGAGCTAAGCACTTGAACA 1105
Query 1080 TCACCTTAACTAGGTCAAAGTTTGAAGCTCTGGTGGGCAAGTTGATCGAGAGAACAAGAT 1139
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1106 TCACCTTAACTAGGTCAAAGTTTGAAGGTTTGGTGGGCAAGTTGATTGAGAGAACAAGAT 1165
Query 1140 CCCCGTGCCAAAACTGCCTGAAGGATGCTGGAATCACAGTTAAGGAAGTTGATGAGGTTC 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 CCCCGTGCCAAAACTGCCTGAAGGATGCTGGAGTCACAATTAAGGAAGTTGATGAGGTTC 1225
Query 1200 TTCTTGTTGGTGGAATGACCCGTGTTCCCAAAGTGCAAGAGATAGTTTCTGAGATCTTTG 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1226 TTCTTGTTGGTGGAATGACCCGTGTTCCCAAAGTGCAAGAGATAGTTTCTGAGATCTTTG 1285
Query 1260 GGAAGAGTCCTTGTAAAGGTGTTAACCCGGATGAAGCGGTTGCCATGGGAGCAGCCATTC 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 GGAAGAGTCCTTGTAAAGGTGTTAACCCGGATGAAGCGGTTGCCATGGGAGCAGCCATTC 1345
Query 1320 AAGGTGGTATCCTCCGTGGTGATGTGAAGGAGCTGCTTCTTTTGGATGTTACTCCTCTCT 1379
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1346 AAGGTGGTATCCTCCGTGGTGATGTGAAGGATTTGCTTCTTTTGGACGTGGTTCCTCTCT 1405
Query 1380 CATTGGGTCTCGAAACACTTGGAG-GAA-TCTTCACCAAGTTGATTCAACGAAACACCAC 1437
|||||||| | |||||| |||| | | | |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1406 CATTGGGTATTGAAACA-TTGG-GTGCAGTCTTCACCAAGTTGATTCCACGAAACACCAC 1463
Query 1438 TATTCCCACAAAGAAATCTCAGGTTTTCTCCACAGCTGCAGACAACCAGATGCAAGTGGG 1497
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1464 TATTCCCACAAAGAAGTCTCAGGTTTTCTCCACAGCTGCTGACAACCAGATGCAAGTGGG 1523
Query 1498 AATCAAAGTTCTTCAGGGAGAACGTGAAATGGCATCGGACAACAAACTGCTTGGAGAATT 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1524 AATCAAAGTTCTTCAGGGAGAACGTGAAATGGCGGCTGACAACAAAGTGCTTGGAGAATT 1583
Query 1558 CGACCTTATGGGGATCCCACCAGCACCTAGAGGAATGCCACAGATCGAAGTTACATTCGA 1617
||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1584 CGACCTTGTTGGCATCCCACCGGCACCTAGAGGAATGCCACAGATCGAAGTTACATTCGA 1643
Query 1618 CATTGATGCAAATGGTATTGTTACTGTGTCAGCGAAAGACAAAGCAACAGGTAAAGAGCA 1677
||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1644 CATTGATGCAAATGGTATTACTACTGTCTCAGCGAAAGACAAAGCAACAGGTAAAGAGCA 1703
Query 1678 -ACAGATCACAATCAGATCTTCAGGTGGTCTCTCAGACGATGAGATTAACAGAATGGTGA 1736
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1704 GA-ATATCACAATCAGATCTTCAGGTGGTCTCTCAGACGATGAGATTAACAGAATGGTGA 1762
Query 1737 AAGAAGCTGAGCTTAACGCACAGAAGGATCAAGAGAAGAAGCAGCTTATCGACCTTAGGA 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1763 AAGAAGCTGAGCTTAACGCACAGAAGGATCAAGAGAAGAAGCAACTTATCGACCTTAGGA 1822
Query 1797 ACAGTGCTGATACTACCATATACAGTGTTGAGAAGAGCTTGAGTGAATACAGAGAGAAGA 1856
||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1823 ACAGTGCTGATACAACAATTTACAGTGTAGAGAAGAGCTTGAGTGAATACAGAGAGAAGA 1882
Query 1857 TTCCAGCTGAGATTGCCTCTGAGATCGAAACTGCAGTGTCTGATCTCAGGACTGCTATGG 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1883 TTCCAGCTGAGATTGCCTCTGAGATCGAAACTGCAGTGTCTGATCTCAGGACTGCTATGG 1942
Query 1917 CTGGTGAGGAAATTGAAGACATCAAGGCTAAGCTCGAAGCTGCGAACAAGGCAGTGTCGA 1976
|||||||||| | || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1943 CTGGTGAGGATGTCGAGGACATCAAGGCTAAGGTCGAAGCTGCAAACAAGGCAGTGTCGA 2002
Query 1977 AGATCGGAGAACACATGTCTAAGGGATCCGGATCATCTGATTCCTCTGGACCCTCTGGTG 2036
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||| ||||||||
Sbjct 2003 AGATCGGAGAACACATGTCTAAGGGATCTGGATCATCTGGTTCCGATGGAAGCTCTGGTG 2062
Query 2037 AGGGTACAAGTGGAACTGAGCAGACGCCTGAAGCTGAATTTGAGGAAGCAAGCGGTTCAA 2096
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||
Sbjct 2063 AGGGTACAAGTGGGACTGAGCAGACGCCTGAAGCTGAATTCGAGGAGGCCAGTGGTTCAA 2122
Query 2097 GGAAGTGAGGTTGC---TAACCGGTTCCATACAAAAATCAGGtttttttCCAAA-TAAGT 2152
|||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2123 GGAAGTGAGGTTGCCGCTAACCGGTTCCATACAGAAATCAGGTTTTTC-CCAAAATAAGT 2181
Query 2153 TTA-AGTGCTTATCTCC-C--TCACAAATTTGAGTAGTTTTGTGTATTTAAAACCTTATT 2208
||| | ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2182 TTACA-TGCTTATCTCCTCCCTCACAAATTTGATTAGTTTTGTGTATTTAAAACCTTATT 2240
Query 2209 TGAGAGGCACCTCTTGATATCTTCGAAACCTATTGAGAGTCTCGGATGTAGTTTCTTTGA 2268
||||||| | || || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 2241 TGAGAGGTA--TC---ATCTCTTCGAAACCTATTGAGAGTCCCGGATGTAGTTTGTTTGA 2295
Query 2269 TTGGtttttttCATGAAATTTACGGTTATTATCTTGACCGGTTAA-TGAGTCAATTTCAG 2327
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2296 TTGGTTATTTTCATGAAGTTTACGGTTATTATCTTGACCGGTTAAATGAGTCAATTTCAC 2355
Query 2328 ATAAGATTATGACCTTTTAAGTTTGTTTTATGGATGAAGAATGGCGACAATTGAATT 2384
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2356 ATAAGATTATGACCTTTTAAGTTTGGTTTATGGATGAAGAATGGCGATAATTGAATT 2412
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118372885110
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5