BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg490975 Length=3248 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT4G36630.1 | Symbols: EMB2754 | Vacuolar sorting protein 39 | ... 5378 0.0 > AT4G36630.1 | Symbols: EMB2754 | Vacuolar sorting protein 39 | chr4:17271819-17276616 REVERSE LENGTH=3364 Length=3364 Score = 5378 bits (2912), Expect = 0.0 Identities = 3148/3260 (97%), Gaps = 24/3260 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 TCGACGATATGGTTCACAACGCTTATGATTCGTTTCAGCTTCTCAAAGATTGTCCCGCTA 60 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 85 TCGAAGATATGGTTCACAACGCTTATGATTCGTTTCAGCTTCTCAAAGATTGTCCCGCTA 144 Query 61 GGATCGATGCTGTTGAATCCTACGGCTCCAAGCTCTTCGCCGGATGCTATGACGGTTCTC 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 145 GGATCGATGCTGTTGAATCCTACGGCTCCAAGCTCTTCGCTGGATGTTATGACGGTTCTC 204 Query 121 TCCGCATTTACTCTCCACCGGAATCTTCTGCCTCCGATCCGTCGGAGCTGCATCAAGAGA 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 205 TCCGCATTTACTCTCCACCGGAATCTTCTGCCTCCGATCCGTCGGAGCTGCATCAAGAGA 264 Query 181 CTTACGTGCTTGAGACGACCGTGGCTGGATTCTCTAAGAAACCGATTGTGGCGATGGAGG 240 |||||||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 265 CTTACGTGCTAGAGAAGACGGTAGCTGGATTCTCTAAGAAACCGATTGTGGCGATGGAGG 324 Query 241 TTTTGGCTTCAAGAGAGTTGCTTTTGTCTCTCTCTGAGTCAATTGCGTTTCATGGACTTC 300 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 325 TTTTGGCTTCGAGAGAGTTGCTTTTGTCTCTCTCTGAGTCAATTGCGTTTCATGGACTTC 384 Query 301 CTAATTTGGAGACTGTTGCTGTGATTACTAAAGCTAAAGGCGCTAATGCTTATTCGTGGG 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| Sbjct 385 CTAATTTGGAGACTGTTGCTGTGATTACTAAAGCTAAAGGTGCTAATGCTTATTCTTGGG 444 Query 361 ATGATCGGCGTGGGTTCTTGTGTTTCTCTAGGCAAAAGAGGGTTTGTGTTTTCAAGCACG 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| Sbjct 445 ATGATCGGCGTGGGTTCTTGTGTTTCTCTAGGCAAAAGAGAGTCTGTGTTTTCAAGCACG 504 Query 421 ATGGAGGAGGTGGATTTGTAGAGGTCAGAGACTATGGAGTTCCTGATACTGTCAAGTCGA 480 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 505 ATGGAGGAGGAGGATTTGTAGAGGTCAGAGACTATGGAGTTCCTGATACTGTCAAGTCTA 564 Query 481 TTTCTTGGTGTGGAGAAAACATCTGTTTAGGCATTAAAAAAGAGTATCTGATACTTAACA 540 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| | Sbjct 565 TTTCTTGGTGTGGAGAAAACATCTGTTTAGGCATTAAGAAAGAGTATGTGATACTTAATA 624 Query 541 CTGCTAATGGGACACTCTCTGAGGTTTTTCCTTCTGGTAGGGTTGCTCCTCCTCTCGTGA 600 ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 625 CTGCTAATGGGACTCTCTCTGAGGTGTTTCCTTCTGGTAGGGTTGCTCCTCCTCTCGTGA 684 Query 601 TATCTCTACCTTCTGGTGAACTTCTTTTGGGAAAGGAGAACATTGGAGTTTTTGTTGATC 660 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 685 TATCTCTACCTTCTGGTGAACTTATTTTGGGAAAGGAGAACATTGGAGTTTTTGTTGATC 744 Query 661 AAAATGGGAAGCTCCTTCAAACAGAGAGAATTTGTTGGTCAGAGGCCCCAACGTCTATTG 720 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 745 AAAATGGGAAGCTCCTTCAAACAGAGAGAATCTGTTGGTCAGAGGCCCCAACGTCTATTG 804 Query 721 TCATTCAAAACCCTTATGCAATAGCCTTGTTGCCTCGTCGAGTTGAGGTTCGCTTGCTCC 780 ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 805 TCATTCAAAACCCTTATGCGATAGCCTTGTTACCTCGTCGAGTTGAGGTTCGCTTGCTCC 864 Query 781 GAAGTCCATATCCTTTAATACAGACAATTGTTCTTCAAAACATTCGTCGCCTGGTCAAGA 840 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 865 GAAGTCCATATCCTTTAATACAGACAATTGTTCTTCAAAACATTCGTCGCCTGGTCAAGA 924 Query 841 GCAACAATGCTGTGATTGTTGGTTTGGATAACTCTGTTTATGTTCTCTTCCCTGTCTCTA 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 925 GCAACAATGCTGTGATTGTTGGTTTGGATAACTCTGTTTATGTTCTCTTCCCTGTCTCTA 984 Query 901 TTGGTGCCCAGATTGTGCAATTAACAGCTTCGGGAAATTTTGAGGAAGCCTTAGCTCTAT 960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 985 TTGGTGCCCAGATTGTGCAATTAACAGCTTCGGGAAATTTTGAGGAAGCCTTAGCTCTAT 1044 Query 961 GCAAAGTACTCCCCCCTGAAGAGTCAAGCCTACGAGCTGCGAAAGAGAGTTCGATTCATA 1020 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | Sbjct 1045 GCAAAGTACTCCCCCCTGATGAGTCAAGCCTACGAGCTGCGAAAGAGAGTTCAATTCACA 1104 Query 1021 CAAGATTTGCTCATTATCTTTTTGAGAACGGGAGCTATGAGGAAGCCATGGAACACTTCC 1080 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1105 CAAGATTTGCTCATTATCTTTTTGAGAACGGGAGCTATGAGGAAGCCATGGAACACTTCC 1164 Query 1081 TCGCATCTCAAGTAGATATCACGCATGTACTTTCCATGTATCCCTCCATCATTCTTCCTA 1140 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1165 TCGCATCTCAAGTAGATATCACGCATGTACTTTCCATGTATCCATCCATCATTCTTCCTA 1224 Query 1141 AAACAACTATTATTCCTCAACCAGATAAGATGGTGGACATGTCTGGTGATGAAGCATCTC 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1225 AAACAACTATTATTCCTCAACCAGATAAGATGGTGGACATTTCTGGTGATGAAGCATCTC 1284 Query 1201 TGTCAAGAGGTTCATCTGGCATTTCAGATGATATGGAGTCTTCATCTCCTCGATATTTTT 1260 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1285 TGTCAAGAGGTTCATCCGGCATTTCAGATGATATGGAGTCTTCATCTCCTCGATATTTTT 1344 Query 1261 TGGAACCTGAGGACAATACAGCCCTTGAATCTAAGAAAATGAGTCACAACACTTTGATGG 1320 ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1345 TGGAATCTGAGGACAATGCAGACCTTGAATCTAAGAAAATGAGTCACAACACTTTGATGG 1404 Query 1321 CTCTTATAAAGTACTTGCAGAAGAGGAGGCCGGCTGTTATCGAGAAGGCCACTTCTGAAG 1380 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1405 CTCTTATAAAGTACTTGCTGAAGAGGAGGCCGGCTGTTATCGAGAAGGCCACTTCTGAAG 1464 Query 1381 GAACAGAAGAGGTCATTTCGGATGCTGTTGGTAAAACTTATGGGGCATATGATTCATCTA 1440 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| Sbjct 1465 GAACAGAAGAGGTCATTTCGGATGCTGTTGGTAAAACTTACGGGGCAAATGATTCATCTA 1524 Query 1441 AGTCTAAGAAGTCCAGCAAGGGACGTGGTATGATCCCTCTTAATTCAGGTGCCAGAGAGA 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1525 AGTCTAAGAAGTCCAGCAAGGGACGTGGTATGATCCCTCTTAATTCAGGTGCAAGAGAGA 1584 Query 1501 TGGCAGCAATCCTTGATACAGCTCTTCTCCAAGCACTTCTACACACTGGCCAGTCTGGAG 1560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1585 TGGCAGCAATCCTTGATACAGCTCTTCTCCAAGCACTTCTACACACTGGCCAGTCTGGAG 1644 Query 1561 CTGCTATAGAGTTATTAAAGGGTGTCAACTACTGTGACGTTAAGATTTGTGAGGAGATTC 1620 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1645 CTGCTATAGAGTTATTAAAGGGTGTCAACTACAGTGACGTTAAGATTTGTGAGGAGATTC 1704 Query 1621 TCATGAAAAGTAAAAATTATTCTGCACTATTAGAACTATTCAAGAGCAATTCGATGCACC 1680 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1705 TCATGAAAAGTAAAAATTATTCTGCACTATTAGAACTGTTCAAGAGCAATTCGATGCACC 1764 Query 1681 ATGAAGCCCTTAAGCTTCTTAATCAGCTGGCTGAGGAGTCCAAATCAGACCAGTCACAAA 1740 |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||| || |||||||||||| Sbjct 1765 ATGAAGCCCTTAAGCTTCTTAACCAGCTGGCGGATGAGTCTAAAACAAACCAGTCACAAA 1824 Query 1741 CTGAAGTTACACAGATATTTAGTCCTGAGTTGATCATTGAATATCTCAAGCCTCTCTGCA 1800 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1825 CTGATGTTACACAGATATTTAGTCCTGAGTTGATCATCGAATATCTCAAGCCTCTCTGCA 1884 Query 1801 GGACTGATCCTATGCTTGTCTTGGAGTACTCTATGCTTGTCCTGGAAAGCTGTCCAACTC 1860 |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1885 GGACTGATCCAATGCTTGTCTTGGAGTATTCTATGCTTGTCCTGGAAAGCTGTCCAACTC 1944 Query 1861 AAACCATCGACTTGTTTTTGTCTGGAAATATCTCAGCTGACCTTGTCAATTCGTATCTGA 1920 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1945 AAACCATCGACTTGTTTTTGTCTGGAAATATCTCAGCTGACCTTGTCAATTCGTATCTGA 2004 Query 1921 AGCAGCATGCTCCAAATATGCAGGGTAGATATTTAGAACTTATGATGGCTATGAATGAAA 1980 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | Sbjct 2005 AGCAGCATGCTCCAAATATGCAGGGTAGATATTTAGAACTTATGATGGCAATGAATGACA 2064 Query 1981 CCGCAGTTTCTGGAAATCTCCAAAACGAGATGGTACAAATCTACCTTTCAGAAGTGCTTG 2040 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2065 CCGCAGTTTCTGGAAATCTCCAAAACGAGATGGTACAAATCTATCTTTCAGAAGTGCTTG 2124 Query 2041 ACTTGTATGCTGCAAAGAGTGCCCAGCAGAAATGGGATGAGAAGGATCATCCTCCCGAAA 2100 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2125 ACTTGTATGCTGCAAAGAGTGCGCAGCAGAAATGGGATGAGAAGGATCATCCTCCTGAAA 2184 Query 2101 GGAAAAAACTATTGTCTGCGTTAGAGAGCATCTCCGGATACAGTCCACAGCCTTTGTTGA 2160 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 2185 GGAAAAAACTATTGTCTGCGTTAGAGAGCATCTCCGGATATAGTCCGCAGCCTTTGTTGA 2244 Query 2161 AGCGTCTTCCACGTGATGCTCTCTATGAAGAGCGTGCAGTTATATTGGGCAAAATGAATC 2220 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2245 AGCGTCTTCCACGTGATGCTCTCTATGAAGAGCGTGCAGTTATATTGGGCAAAATGAACC 2304 Query 2221 AACATGAGCTTGCTTTGTCGATCTATGTTCATAAGCTTCATGCACCTGATCTGGCGTTGG 2280 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2305 AACATGAGCTTGCTTTGTCCATCTATGTTCATAAGCTTCATGCACCTGATCTGGCGCTGG 2364 Query 2281 CTTACTGTGATCGTATATATGAGTCCGTTTCTTATCTACCATCTGGAAAACCGTCAAGCA 2340 ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2365 CTTACTGTGATCGTATATATGAGTCTGTTACTTATCTACCATCTGGAAAACCGTCAAGCA 2424 Query 2341 ATATCTACCTCACAGTGCTACAAATATACCTGAACCCTAAGAAAAGCGCAAAAGACTTTG 2400 ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2425 ATATCTACCTCACAGTGCTGCAAATATACCTGAATCCTAAGAAAAGCGCAAAAGACTTTG 2484 Query 2401 CAAAACGAATTGTAGCTCTAGGATCATTCGAAAGTTCAGAGACTACAAAGATGATGGACT 2460 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| Sbjct 2485 CAAAACGAATTGTAGCTCTAGGATCATTCGAAAGTTCAGACACCACAAAAATGATGGACT 2544 Query 2461 CTGTTTTATCTTCAAAAGCTAAAGGAGGCCGATCCAAGAAAATTGTTGCAATAGAAGGTG 2520 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2545 CTGTTTTATCTTCAAAAGCTAAAGGAGGCCGATCCAAGAAAATTGTTGCAATAGAAGGCG 2604 Query 2521 CTGAGGATATGCGAGTTGGTCTCAGTAGCAGCACTGACAGTGGAAGAAGCGATGTTGATA 2580 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2605 CTGAGGATATGCGAGTTGGTCTCAGTAGCAGCACTGACAGTGGAAGAAGCGATGTTGATA 2664 Query 2581 CTGAAGAACCCTTGGAAGAAGGAGACTCCACCGTTATGATCTCTGAAGTTCTTGATCTGT 2640 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2665 CTGAAGAACCCTTGGAAGAAGGAGACTCCACCGTTATGATCTCTGAAGTTCTTGATCTGT 2724 Query 2641 TGAGCCAAAGGTGGGAGAGGATCAACGGTGCACAAGCCCTCAAGCTTTTACCTAGAGAAA 2700 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2725 TGAGCCAAAGGTGGGAGAGGATCAACGGTGCACAAGCCCTCAAGCTTTTGCCTAGAGAAA 2784 Query 2701 CTAAACTTCAGAACCTACTTCCATTTCTTGCACCCCTTCTAAGAAATTCAAGTGAAGCAC 2760 ||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2785 CTAAACTCCATAACCTGCTTCCGTTTCTTGCACCCCTTCTAAGAAATTCAAGTGAAGCTC 2844 Query 2761 ACAGGAACTTTTCAGTCATCAAGAGTTTGAGGCAGAGTGAAAACTTACAGGTGAAAGAGG 2820 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2845 ACAGAAACTTTTCAGTCATCAAGAGTTTGAGGCAGAGTGAAAACTTACAGGTGAAAGAGG 2904 Query 2821 AACTGTACAAACATAGGAAAGGAGTAGCGCAAGTAACAAGCGATAGCATGTGCTCATTGT 2880 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2905 AACTATACAAACATAGGAAAGGAGTAGCGCAAGTAACAAGCGAAAGCATGTGCTCATTGT 2964 Query 2881 GCAACAAGAAGATCGGGACAAGCGTCTTTGCTGTTTATCCCAACGGGAAAACGTTAGTTC 2940 ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2965 GCAACAAGAAGATAGGGACAAGCGTATTTGCTGTTTATCCCAACGGGAAAACGTTAGTTC 3024 Query 2941 ACTTTGTCTGCTTCAGAGATTCTCAAGGCATGAAAGCTGTTTCTAAGACATCACATGGAA 3000 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 3025 ACTTTGTATGCTTCAGAGATTCTCAAGGCATGAAAGCTGTTTCTAAGACAACACATGGAA 3084 Query 3001 GAAGACGATGAGAGGTCATCATCATCATTACTGTAACAAAGAG-G-TTTAAGACACTAAA 3058 |||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||| Sbjct 3085 GAAGACGATGAG-G-TAATCATCA--ATTACTGTAACAAAGAGAGGTTTAAGACACTAAA 3140 Query 3059 CCATCTTTTCTTTTT-ACAAAACTCCCAAAGTGCAATTAAAGAAAAAGCTCCTTTCGT-T 3116 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 3141 CCATCTTTTCTTTTTTACAAAACTCCCAAAGTGCAATTAAAGAAAAAGCTCCTTTCGTGT 3200 Query 3117 -GTTTGTCTGTTTATAGAGAGATAGTTGGAGCTAAAttttttggttgtgttttcttcttt 3175 ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| || ||| ||||| | Sbjct 3201 TGTTTGTCTGTTTATAGAGAGAGATTTGGAGCTAC-TTTTTTGGT-GT-TTT-CTTCTGT 3256 Query 3176 gttttcttttgtttgtttggttgAAAATGATGGTCTTGAC-----A-AAA-CCAGTTTGA 3228 | ||| ||| || |||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||| Sbjct 3257 GGTTT-TTT-GT--GTTTGGTTCAAAATGATGGTCTTGACTCTTGACAAAACCAGTTTGG 3312 Query 3229 TTCTTGTTGTAAAATCTGTT 3248 ||||||||||||||||||| Sbjct 3313 CTCTTGTTGTAAAATCTGTT 3332 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 161587723403 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5