BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg490975
Length=3248
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G36630.1 | Symbols: EMB2754 | Vacuolar sorting protein 39 | ... 5378 0.0
> AT4G36630.1 | Symbols: EMB2754 | Vacuolar sorting protein 39
| chr4:17271819-17276616 REVERSE LENGTH=3364
Length=3364
Score = 5378 bits (2912), Expect = 0.0
Identities = 3148/3260 (97%), Gaps = 24/3260 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCGACGATATGGTTCACAACGCTTATGATTCGTTTCAGCTTCTCAAAGATTGTCCCGCTA 60
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 85 TCGAAGATATGGTTCACAACGCTTATGATTCGTTTCAGCTTCTCAAAGATTGTCCCGCTA 144
Query 61 GGATCGATGCTGTTGAATCCTACGGCTCCAAGCTCTTCGCCGGATGCTATGACGGTTCTC 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 145 GGATCGATGCTGTTGAATCCTACGGCTCCAAGCTCTTCGCTGGATGTTATGACGGTTCTC 204
Query 121 TCCGCATTTACTCTCCACCGGAATCTTCTGCCTCCGATCCGTCGGAGCTGCATCAAGAGA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 205 TCCGCATTTACTCTCCACCGGAATCTTCTGCCTCCGATCCGTCGGAGCTGCATCAAGAGA 264
Query 181 CTTACGTGCTTGAGACGACCGTGGCTGGATTCTCTAAGAAACCGATTGTGGCGATGGAGG 240
|||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 265 CTTACGTGCTAGAGAAGACGGTAGCTGGATTCTCTAAGAAACCGATTGTGGCGATGGAGG 324
Query 241 TTTTGGCTTCAAGAGAGTTGCTTTTGTCTCTCTCTGAGTCAATTGCGTTTCATGGACTTC 300
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 325 TTTTGGCTTCGAGAGAGTTGCTTTTGTCTCTCTCTGAGTCAATTGCGTTTCATGGACTTC 384
Query 301 CTAATTTGGAGACTGTTGCTGTGATTACTAAAGCTAAAGGCGCTAATGCTTATTCGTGGG 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 385 CTAATTTGGAGACTGTTGCTGTGATTACTAAAGCTAAAGGTGCTAATGCTTATTCTTGGG 444
Query 361 ATGATCGGCGTGGGTTCTTGTGTTTCTCTAGGCAAAAGAGGGTTTGTGTTTTCAAGCACG 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 445 ATGATCGGCGTGGGTTCTTGTGTTTCTCTAGGCAAAAGAGAGTCTGTGTTTTCAAGCACG 504
Query 421 ATGGAGGAGGTGGATTTGTAGAGGTCAGAGACTATGGAGTTCCTGATACTGTCAAGTCGA 480
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 505 ATGGAGGAGGAGGATTTGTAGAGGTCAGAGACTATGGAGTTCCTGATACTGTCAAGTCTA 564
Query 481 TTTCTTGGTGTGGAGAAAACATCTGTTTAGGCATTAAAAAAGAGTATCTGATACTTAACA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |
Sbjct 565 TTTCTTGGTGTGGAGAAAACATCTGTTTAGGCATTAAGAAAGAGTATGTGATACTTAATA 624
Query 541 CTGCTAATGGGACACTCTCTGAGGTTTTTCCTTCTGGTAGGGTTGCTCCTCCTCTCGTGA 600
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 625 CTGCTAATGGGACTCTCTCTGAGGTGTTTCCTTCTGGTAGGGTTGCTCCTCCTCTCGTGA 684
Query 601 TATCTCTACCTTCTGGTGAACTTCTTTTGGGAAAGGAGAACATTGGAGTTTTTGTTGATC 660
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 685 TATCTCTACCTTCTGGTGAACTTATTTTGGGAAAGGAGAACATTGGAGTTTTTGTTGATC 744
Query 661 AAAATGGGAAGCTCCTTCAAACAGAGAGAATTTGTTGGTCAGAGGCCCCAACGTCTATTG 720
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 745 AAAATGGGAAGCTCCTTCAAACAGAGAGAATCTGTTGGTCAGAGGCCCCAACGTCTATTG 804
Query 721 TCATTCAAAACCCTTATGCAATAGCCTTGTTGCCTCGTCGAGTTGAGGTTCGCTTGCTCC 780
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 805 TCATTCAAAACCCTTATGCGATAGCCTTGTTACCTCGTCGAGTTGAGGTTCGCTTGCTCC 864
Query 781 GAAGTCCATATCCTTTAATACAGACAATTGTTCTTCAAAACATTCGTCGCCTGGTCAAGA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 865 GAAGTCCATATCCTTTAATACAGACAATTGTTCTTCAAAACATTCGTCGCCTGGTCAAGA 924
Query 841 GCAACAATGCTGTGATTGTTGGTTTGGATAACTCTGTTTATGTTCTCTTCCCTGTCTCTA 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 925 GCAACAATGCTGTGATTGTTGGTTTGGATAACTCTGTTTATGTTCTCTTCCCTGTCTCTA 984
Query 901 TTGGTGCCCAGATTGTGCAATTAACAGCTTCGGGAAATTTTGAGGAAGCCTTAGCTCTAT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 985 TTGGTGCCCAGATTGTGCAATTAACAGCTTCGGGAAATTTTGAGGAAGCCTTAGCTCTAT 1044
Query 961 GCAAAGTACTCCCCCCTGAAGAGTCAAGCCTACGAGCTGCGAAAGAGAGTTCGATTCATA 1020
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1045 GCAAAGTACTCCCCCCTGATGAGTCAAGCCTACGAGCTGCGAAAGAGAGTTCAATTCACA 1104
Query 1021 CAAGATTTGCTCATTATCTTTTTGAGAACGGGAGCTATGAGGAAGCCATGGAACACTTCC 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 CAAGATTTGCTCATTATCTTTTTGAGAACGGGAGCTATGAGGAAGCCATGGAACACTTCC 1164
Query 1081 TCGCATCTCAAGTAGATATCACGCATGTACTTTCCATGTATCCCTCCATCATTCTTCCTA 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1165 TCGCATCTCAAGTAGATATCACGCATGTACTTTCCATGTATCCATCCATCATTCTTCCTA 1224
Query 1141 AAACAACTATTATTCCTCAACCAGATAAGATGGTGGACATGTCTGGTGATGAAGCATCTC 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1225 AAACAACTATTATTCCTCAACCAGATAAGATGGTGGACATTTCTGGTGATGAAGCATCTC 1284
Query 1201 TGTCAAGAGGTTCATCTGGCATTTCAGATGATATGGAGTCTTCATCTCCTCGATATTTTT 1260
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1285 TGTCAAGAGGTTCATCCGGCATTTCAGATGATATGGAGTCTTCATCTCCTCGATATTTTT 1344
Query 1261 TGGAACCTGAGGACAATACAGCCCTTGAATCTAAGAAAATGAGTCACAACACTTTGATGG 1320
||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1345 TGGAATCTGAGGACAATGCAGACCTTGAATCTAAGAAAATGAGTCACAACACTTTGATGG 1404
Query 1321 CTCTTATAAAGTACTTGCAGAAGAGGAGGCCGGCTGTTATCGAGAAGGCCACTTCTGAAG 1380
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 CTCTTATAAAGTACTTGCTGAAGAGGAGGCCGGCTGTTATCGAGAAGGCCACTTCTGAAG 1464
Query 1381 GAACAGAAGAGGTCATTTCGGATGCTGTTGGTAAAACTTATGGGGCATATGATTCATCTA 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1465 GAACAGAAGAGGTCATTTCGGATGCTGTTGGTAAAACTTACGGGGCAAATGATTCATCTA 1524
Query 1441 AGTCTAAGAAGTCCAGCAAGGGACGTGGTATGATCCCTCTTAATTCAGGTGCCAGAGAGA 1500
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1525 AGTCTAAGAAGTCCAGCAAGGGACGTGGTATGATCCCTCTTAATTCAGGTGCAAGAGAGA 1584
Query 1501 TGGCAGCAATCCTTGATACAGCTCTTCTCCAAGCACTTCTACACACTGGCCAGTCTGGAG 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1585 TGGCAGCAATCCTTGATACAGCTCTTCTCCAAGCACTTCTACACACTGGCCAGTCTGGAG 1644
Query 1561 CTGCTATAGAGTTATTAAAGGGTGTCAACTACTGTGACGTTAAGATTTGTGAGGAGATTC 1620
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645 CTGCTATAGAGTTATTAAAGGGTGTCAACTACAGTGACGTTAAGATTTGTGAGGAGATTC 1704
Query 1621 TCATGAAAAGTAAAAATTATTCTGCACTATTAGAACTATTCAAGAGCAATTCGATGCACC 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705 TCATGAAAAGTAAAAATTATTCTGCACTATTAGAACTGTTCAAGAGCAATTCGATGCACC 1764
Query 1681 ATGAAGCCCTTAAGCTTCTTAATCAGCTGGCTGAGGAGTCCAAATCAGACCAGTCACAAA 1740
|||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||| || ||||||||||||
Sbjct 1765 ATGAAGCCCTTAAGCTTCTTAACCAGCTGGCGGATGAGTCTAAAACAAACCAGTCACAAA 1824
Query 1741 CTGAAGTTACACAGATATTTAGTCCTGAGTTGATCATTGAATATCTCAAGCCTCTCTGCA 1800
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1825 CTGATGTTACACAGATATTTAGTCCTGAGTTGATCATCGAATATCTCAAGCCTCTCTGCA 1884
Query 1801 GGACTGATCCTATGCTTGTCTTGGAGTACTCTATGCTTGTCCTGGAAAGCTGTCCAACTC 1860
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1885 GGACTGATCCAATGCTTGTCTTGGAGTATTCTATGCTTGTCCTGGAAAGCTGTCCAACTC 1944
Query 1861 AAACCATCGACTTGTTTTTGTCTGGAAATATCTCAGCTGACCTTGTCAATTCGTATCTGA 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1945 AAACCATCGACTTGTTTTTGTCTGGAAATATCTCAGCTGACCTTGTCAATTCGTATCTGA 2004
Query 1921 AGCAGCATGCTCCAAATATGCAGGGTAGATATTTAGAACTTATGATGGCTATGAATGAAA 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2005 AGCAGCATGCTCCAAATATGCAGGGTAGATATTTAGAACTTATGATGGCAATGAATGACA 2064
Query 1981 CCGCAGTTTCTGGAAATCTCCAAAACGAGATGGTACAAATCTACCTTTCAGAAGTGCTTG 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2065 CCGCAGTTTCTGGAAATCTCCAAAACGAGATGGTACAAATCTATCTTTCAGAAGTGCTTG 2124
Query 2041 ACTTGTATGCTGCAAAGAGTGCCCAGCAGAAATGGGATGAGAAGGATCATCCTCCCGAAA 2100
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2125 ACTTGTATGCTGCAAAGAGTGCGCAGCAGAAATGGGATGAGAAGGATCATCCTCCTGAAA 2184
Query 2101 GGAAAAAACTATTGTCTGCGTTAGAGAGCATCTCCGGATACAGTCCACAGCCTTTGTTGA 2160
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2185 GGAAAAAACTATTGTCTGCGTTAGAGAGCATCTCCGGATATAGTCCGCAGCCTTTGTTGA 2244
Query 2161 AGCGTCTTCCACGTGATGCTCTCTATGAAGAGCGTGCAGTTATATTGGGCAAAATGAATC 2220
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2245 AGCGTCTTCCACGTGATGCTCTCTATGAAGAGCGTGCAGTTATATTGGGCAAAATGAACC 2304
Query 2221 AACATGAGCTTGCTTTGTCGATCTATGTTCATAAGCTTCATGCACCTGATCTGGCGTTGG 2280
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2305 AACATGAGCTTGCTTTGTCCATCTATGTTCATAAGCTTCATGCACCTGATCTGGCGCTGG 2364
Query 2281 CTTACTGTGATCGTATATATGAGTCCGTTTCTTATCTACCATCTGGAAAACCGTCAAGCA 2340
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2365 CTTACTGTGATCGTATATATGAGTCTGTTACTTATCTACCATCTGGAAAACCGTCAAGCA 2424
Query 2341 ATATCTACCTCACAGTGCTACAAATATACCTGAACCCTAAGAAAAGCGCAAAAGACTTTG 2400
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2425 ATATCTACCTCACAGTGCTGCAAATATACCTGAATCCTAAGAAAAGCGCAAAAGACTTTG 2484
Query 2401 CAAAACGAATTGTAGCTCTAGGATCATTCGAAAGTTCAGAGACTACAAAGATGATGGACT 2460
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||
Sbjct 2485 CAAAACGAATTGTAGCTCTAGGATCATTCGAAAGTTCAGACACCACAAAAATGATGGACT 2544
Query 2461 CTGTTTTATCTTCAAAAGCTAAAGGAGGCCGATCCAAGAAAATTGTTGCAATAGAAGGTG 2520
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2545 CTGTTTTATCTTCAAAAGCTAAAGGAGGCCGATCCAAGAAAATTGTTGCAATAGAAGGCG 2604
Query 2521 CTGAGGATATGCGAGTTGGTCTCAGTAGCAGCACTGACAGTGGAAGAAGCGATGTTGATA 2580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2605 CTGAGGATATGCGAGTTGGTCTCAGTAGCAGCACTGACAGTGGAAGAAGCGATGTTGATA 2664
Query 2581 CTGAAGAACCCTTGGAAGAAGGAGACTCCACCGTTATGATCTCTGAAGTTCTTGATCTGT 2640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 CTGAAGAACCCTTGGAAGAAGGAGACTCCACCGTTATGATCTCTGAAGTTCTTGATCTGT 2724
Query 2641 TGAGCCAAAGGTGGGAGAGGATCAACGGTGCACAAGCCCTCAAGCTTTTACCTAGAGAAA 2700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2725 TGAGCCAAAGGTGGGAGAGGATCAACGGTGCACAAGCCCTCAAGCTTTTGCCTAGAGAAA 2784
Query 2701 CTAAACTTCAGAACCTACTTCCATTTCTTGCACCCCTTCTAAGAAATTCAAGTGAAGCAC 2760
||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2785 CTAAACTCCATAACCTGCTTCCGTTTCTTGCACCCCTTCTAAGAAATTCAAGTGAAGCTC 2844
Query 2761 ACAGGAACTTTTCAGTCATCAAGAGTTTGAGGCAGAGTGAAAACTTACAGGTGAAAGAGG 2820
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2845 ACAGAAACTTTTCAGTCATCAAGAGTTTGAGGCAGAGTGAAAACTTACAGGTGAAAGAGG 2904
Query 2821 AACTGTACAAACATAGGAAAGGAGTAGCGCAAGTAACAAGCGATAGCATGTGCTCATTGT 2880
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2905 AACTATACAAACATAGGAAAGGAGTAGCGCAAGTAACAAGCGAAAGCATGTGCTCATTGT 2964
Query 2881 GCAACAAGAAGATCGGGACAAGCGTCTTTGCTGTTTATCCCAACGGGAAAACGTTAGTTC 2940
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2965 GCAACAAGAAGATAGGGACAAGCGTATTTGCTGTTTATCCCAACGGGAAAACGTTAGTTC 3024
Query 2941 ACTTTGTCTGCTTCAGAGATTCTCAAGGCATGAAAGCTGTTTCTAAGACATCACATGGAA 3000
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3025 ACTTTGTATGCTTCAGAGATTCTCAAGGCATGAAAGCTGTTTCTAAGACAACACATGGAA 3084
Query 3001 GAAGACGATGAGAGGTCATCATCATCATTACTGTAACAAAGAG-G-TTTAAGACACTAAA 3058
|||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 3085 GAAGACGATGAG-G-TAATCATCA--ATTACTGTAACAAAGAGAGGTTTAAGACACTAAA 3140
Query 3059 CCATCTTTTCTTTTT-ACAAAACTCCCAAAGTGCAATTAAAGAAAAAGCTCCTTTCGT-T 3116
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3141 CCATCTTTTCTTTTTTACAAAACTCCCAAAGTGCAATTAAAGAAAAAGCTCCTTTCGTGT 3200
Query 3117 -GTTTGTCTGTTTATAGAGAGATAGTTGGAGCTAAAttttttggttgtgttttcttcttt 3175
||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| || ||| ||||| |
Sbjct 3201 TGTTTGTCTGTTTATAGAGAGAGATTTGGAGCTAC-TTTTTTGGT-GT-TTT-CTTCTGT 3256
Query 3176 gttttcttttgtttgtttggttgAAAATGATGGTCTTGAC-----A-AAA-CCAGTTTGA 3228
| ||| ||| || |||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||
Sbjct 3257 GGTTT-TTT-GT--GTTTGGTTCAAAATGATGGTCTTGACTCTTGACAAAACCAGTTTGG 3312
Query 3229 TTCTTGTTGTAAAATCTGTT 3248
|||||||||||||||||||
Sbjct 3313 CTCTTGTTGTAAAATCTGTT 3332
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161587723403
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5