BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491000
Length=3164
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G36360.1 | Symbols: BGAL3 | beta-galactosidase 3 | chr4:1717... 4972 0.0
> AT4G36360.1 | Symbols: BGAL3 | beta-galactosidase 3 | chr4:17176342-17181261
REVERSE LENGTH=3187
Length=3187
Score = 4972 bits (2692), Expect = 0.0
Identities = 3018/3172 (95%), Gaps = 36/3172 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 12 tctccttcgtcttcttctt-ctcccttctctctccttattaa-aacctttcttc-ACAGA 68
||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| || | | ||| |
Sbjct 21 TCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTTCCTTCTCTCTCCTTATTAAGAA--AGAC--CAACACA 76
Query 69 GAAAC-TAA-CACAAACTT-TTTCCTTCTCTCTGTGAAGGTTAATGCGGGAAATGGGGAG 125
|| || || | | ||| || ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 77 GACACGGAAGAAGTAGCTTGGTT-CTTCTCTTTGTGAAGGTGAATGCGGGAGATGGGGAC 135
Query 126 TGGAGACTCTGCTTCGAGACTGATTCTCTGGTTCTGCTTAGGGCTTTTGATTCTAGGTGT 185
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 136 TGGAGATTCTGCTTCGAGACTGATTCTCTGGTTCTGCTTAGGGTTTTTGATTCTAGGTGT 195
Query 186 TGGATTTGTGCAATGTGGAGTTACTTATGACCGTAAAGCACTTCTCATTAATGGACAGAG 245
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 196 TGGATTTGTGCAATGTGGAGTTACTTATGACCGGAAAGCACTTCTCATTAATGGACAGAG 255
Query 246 ACGAATCCTCTTCTCTGGTTCCATACATTACCCTCGAAGCACTCCTGATATGTGGGAAGG 305
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 256 ACGAATCCTCTTCTCTGGCTCCATACATTACCCTCGAAGCACTCCTGATATGTGGGAAGA 315
Query 306 TTTGATTCAGAAGGCGAAAGATGGAGGCATTGATGTGATTGAGACTTATGTATTCTGGAA 365
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 316 TTTGATTCAGAAGGCGAAAGATGGAGGCATTGATGTGATTGAGACGTATGTGTTCTGGAA 375
Query 366 TCTTCATGAGCCCACTCCTGGAAAGTACGATTTTGAAGGGAGAAATGATTTGGTGAGATT 425
|||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 376 TCTTCATGAGCCTTCTCCTGGAAAATACGATTTTGAAGGGAGAAATGATTTGGTGAGATT 435
Query 426 CGTGAAGACGATTCACAAAGCTGGTCTATATGCTCATCTTCGAATTGGACCTTATGTTTG 485
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 436 CGTGAAGACGATTCACAAAGCTGGTTTATATGCTCATCTTCGAATTGGACCTTATGTTTG 495
Query 486 CGCCGAGTGGAATTTCGGAGGATTCCCTGTTTGGCTCAAGTATGTTCCTGGAATCAGCTT 545
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 496 CGCCGAGTGGAATTTTGGAGGATTCCCTGTTTGGCTCAAGTATGTTCCTGGAATCAGCTT 555
Query 546 CAGAACAGATAATGAGCCTTTTAAGAGAGCTATGAAAGGATTCACAGAGAGAATAGTTGA 605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 556 CAGAACAGATAATGAGCCTTTTAAGAGAGCTATGAAAGGATTCACAGAGAGAATAGTTGA 615
Query 606 GCTGATGAAGAGTGAGAACTTGTTTGAGTCCCAGGGTGGTCCCATTATCCTCTCTCAGAT 665
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 616 GCTGATGAAGAGTGAGAACTTGTTCGAGTCCCAGGGTGGTCCCATTATCCTTTCTCAGAT 675
Query 666 TGAGAATGAGTATGGAAGACAAGGCCAGTTATTGGGTGCTGAAGGTCACAACTACATGAC 725
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 676 TGAGAATGAGTATGGAAGACAAGGGCAGTTATTGGGCGCTGAAGGTCACAACTACATGAC 735
Query 726 ATGGGCAGCTAAAATGGCTATAGCAACTGAGACTGGTGTCCCGTGGGTCATGTGCAAAGA 785
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 736 ATGGGCAGCTAAAATGGCTATAGCAACTGAGACTGGTGTCCCGTGGGTCATGTGCAAAGA 795
Query 786 AGACGATGCCCCTGATCCTGTGATAAACACATGTAACGGTTTCTACTGTGATTCATTTGC 845
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 796 AGACGATGCCCCTGACCCTGTGATAAACACATGTAACGGTTTCTACTGTGATTCATTTGC 855
Query 846 TCCGAACAAGCCATACAAGCCTTTGATATGGACAGAGGCATGGAGCGGATGGTTCACTGA 905
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 856 TCCGAACAAGCCATACAAGCCTTTGATATGGACAGAGGCATGGAGCGGCTGGTTCACTGA 915
Query 906 GTTTGGTGGGCCAATGCACCATAGACCAGTTCAGGATCTGGCGTTTGGTGTTGCACGATT 965
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 916 GTTCGGTGGGCCAATGCACCATAGACCAGTTCAGGATCTGGCGTTTGGTGTTGCACGTTT 975
Query 966 CATACAAAAAGGAGGTTCTTTTGTTAACTACTACATGTATCATGGAGGAACTAACTTTGG 1025
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 976 CATACAAAAAGGAGGATCTTTTGTTAACTACTACATGTATCATGGAGGAACTAACTTTGG 1035
Query 1026 AAGAACAGCCGGAGGTCCATTTGTCACCACCAGCTATGATTATGATGCTCCAATCGACGA 1085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1036 AAGAACAGCCGGAGGTCCATTTGTCACCACCAGCTATGATTATGATGCTCCGATCGACGA 1095
Query 1086 ATATGGTTTAATCAGAGAACCTAAATATGGTCACCTAAAGGAGCTCCACAGAGCTATCAA 1145
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1096 ATATGGTTTAATCAGACAACCTAAATATGGTCACCTAAAGGAACTCCACAGAGCTATCAA 1155
Query 1146 GATGTGTGAAAAAGCTCTGGTGTCAGCTGATCCCGTTGTTACATCAATAGGAAACAAGCA 1205
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1156 GATGTGTGAGAAGGCTCTGGTGTCAGCTGATCCCGTTGTTACATCAATAGGAAACAAGCA 1215
Query 1206 ACAGGCTCATGTATACTCTGCAGAATCAGGAGATTGTTCGGCTTTCCTTGCAAACTATGA 1265
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1216 ACAAGCTCATGTATACTCTGCAGAATCAGGAGATTGTTCGGCTTTCCTAGCTAACTATGA 1275
Query 1266 CACAGAATCGACAGCAAGAGTTTTGTTCAACAACGTTCATTATAACTTACCTCCTTGGTC 1325
||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1276 TACAGAATCGGCAGCAAGAGTTTTGTTTAACAACGTTCATTATAACTTACCTCCTTGGTC 1335
Query 1326 AATCAGCATTCTTCCCGACTGTAGAAATGCTGTCTTCAATACTGCAAAGGTTGGAGTTCA 1385
|||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1336 AATCAGTATTCTTCCAGACTGTAGAAATGCAGTCTTCAATACTGCAAAGGTTGGAGTTCA 1395
Query 1386 AACATCCCAGATGGAAATGTTGCCTACAGACACAAAGAATTTCCAGTGGCAGAGTTATTT 1445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1396 AACATCCCAGATGGAAATGTTGCCTACAGACACAAAGAATTTCCAGTGGGAGAGTTATTT 1455
Query 1446 GGAAGATCTTTCTTCTCTGGATGACAGCTCCACATTCACCACTCAAGGACTCTTAGAGCA 1505
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1456 GGAAGATCTTTCTTCTCTAGATGACAGCTCCACATTCACCACTCACGGACTCTTGGAGCA 1515
Query 1506 GATAAATGTCACACGTGACACAAGCGATTATCTTTGGTACATGACTAGTGTTGATATCGG 1565
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1516 GATAAATGTCACGCGTGACACAAGCGATTATCTTTGGTACATGACGAGTGTTGATATCGG 1575
Query 1566 TGACACTGAATCATTCTTGCATGGAGGAGAGCTACCAACTCTCATTATTCAATCTACAGG 1625
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1576 TGACAGTGAATCATTCTTGCATGGAGGAGAGCTACCAACTCTCATTATTCAATCTACAGG 1635
Query 1626 CCATGCCGTGCATATATTTGTCAATGGACAGCTTTCAGGTTCTGCCTTTGGAACAAGGCA 1685
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1636 CCATGCCGTGCATATATTTGTCAATGGACAGCTTTCAGGTTCTGCCTTTGGAACAAGGCA 1695
Query 1686 AAACAGGAGATTCACTTATCAGGGAAAGATCAATCTGCATTCTGGAACTAACAGAATTGC 1745
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1696 AAACAGGAGATTTACTTATCAGGGAAAGATCAATCTGCATTCTGGAACTAACAGAATTGC 1755
Query 1746 GTTGCTGAGTGTTGCTGTTGGATTACCAAATGTGGGTGGACACTTTGAGTCATGGAATAC 1805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1756 GTTGCTGAGTGTTGCTGTTGGATTACCAAATGTGGGTGGACACTTTGAGTCATGGAATAC 1815
Query 1806 TGGAATCTTGGGTCCAGTGGCATTGCATGGGTTGAGTCAAGGGAAAAGGGATTTGTCATG 1865
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1816 TGGAATCTTGGGTCCGGTGGCATTGCATGGGTTGAGTCAAGGGAAAATGGATTTGTCATG 1875
Query 1866 GCAGAAATGGACATACCAGGTGGGGCTGAAAGGTGAAGCTATGAATCTTGCATTTCCAAC 1925
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1876 GCAGAAATGGACATACCAGGTGGGACTGAAAGGTGAAGCTATGAATCTTGCATTTCCAAC 1935
Query 1926 CAACACTCCCTCTATTGGATGGATGGATGCGTCCTTAACTGTACAAAAGCCTCAGCCTTT 1985
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1936 CAACACTCCCTCTATTGGATGGATGGATGCGTCCTTAACTGTACAAAAGCCTCAGCCTTT 1995
Query 1986 GACATGGCACAAGACTTATTTTGATGCACCCGAAGGAAATGAGCCTCTTGCTTTGGACAT 2045
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1996 GACATGGCACAAGACTTATTTTGATGCGCCCGAAGGAAATGAGCCGCTTGCTTTGGACAT 2055
Query 2046 GGAAGGAATGGGAAAAGGGCAGATTTGGGTGAATGGTGAGAGCATTGGAAGATACTGGAC 2105
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2056 GGAAGGAATGGGAAAAGGTCAGATTTGGGTGAACGGTGAGAGCATCGGAAGATACTGGAC 2115
Query 2106 AGCATTTGCGACTGGTGACTGTAGTCATTGTAGCTACACCGGAACATATAAACCGAACAA 2165
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2116 AGCATTTGCGACTGGTGACTGCAGTCATTGTAGCTACACTGGAACATATAAACCGAACAA 2175
Query 2166 ATGCCAAACCGGCTGTGGTCAACCTACACAAAGATATTACCATGTGCCGAGATCATGGTT 2225
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2176 ATGCCAAACCGGCTGTGGTCAACCTACACAAAGGTGGTACCATGTGCCGAGAGCTTGGTT 2235
Query 2226 AAAGCCGAGCCAAAATCTGTTGGTTATATTCGAGGAGCTTGGTGGAAATCCATCAACTGT 2285
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2236 AAAGCCGAGCCAAAATCTGTTGGTCATATTCGAGGAGCTTGGTGGAAACCCATCAACTGT 2295
Query 2286 CACTTTGGTCAAAAGATCAGTATCCGGAGTTTGTGCTGAAGTTTCTGAATACCACCCTAA 2345
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2296 CTCTTTGGTCAAAAGATCAGTATCAGGAGTTTGTGCTGAAGTTTCTGAATACCACCCGAA 2355
Query 2346 TATCAAGAACTGGCAAATCGAAAGCTATGGAAAAGGACAGACATTTCATAGACCCAAGGT 2405
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2356 TATCAAGAACTGGCAAATCGAAAGCTACGGAAAGGGACAGACATTTCATAGACCCAAGGT 2415
Query 2406 TCATTTGAAATGTAGTCCAGGTCAAGCAATTGCATCTATTAAGTTTGCAAGCTTCGGGAC 2465
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| || ||
Sbjct 2416 TCATTTGAAATGTAGTCCAGGTCAAGCAATTGCATCCATCAAATTTGCAAGCTTTGGAAC 2475
Query 2466 TCCTTTAGGAACCTGTGGAAGTTACCAACAAGGAGAGTGTCACGCCGCTACCTCATACGC 2525
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2476 TCCTTTAGGAACCTGCGGGAGTTACCAACAAGGAGAGTGTCACGCAGCTACCTCATACGC 2535
Query 2526 TATCTTAGAGAGGAAGTGTGTAGGGAAAGCGAGATGCGCAGTGACGATATCCAACACCAA 2585
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2536 TATCTTAGAGAGGAAGTGTGTAGGGAAAGCGAGATGCGCAGTGACGATATCCAACAGCAA 2595
Query 2586 TTTCGGGAAAGACCCGTGTCCGAATGTGCTGAAACGGTTGACCGTTGAAGCAGTTTGTGC 2645
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2596 TTTCGGGAAAGACCCGTGTCCAAATGTGCTGAAACGGTTGACTGTTGAAGCAGTTTGTGC 2655
Query 2646 CCCAGAGACATCTGTAACCACTTGGAGACCTTAAAGACAACCATTGTGCCCTTTTTCTA- 2704
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 2656 CCCAGAGACATCTGTAAGCACTTGGAGACCTTAAAGACAACCATTGAGCCCTTTGTCTAC 2715
Query 2705 AAAATTTTATAACCAAACAATACAGAGAGA-T-GAAGAAAAGAAAATGTAAGCTGTGTT- 2761
||||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2716 AAAATGT-ATAACCAAACAATACAGAGAGAGTTGAAGAAAAGAAATTGTAAGCTGTGTTT 2774
Query 2762 AAAAtgtgtgtgtgtgtgtgtgtTAGTATGAACAGAGAC-TTTGTGGGTTAGAGTAGTTT 2820
||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2775 AAAATATGTGTGTGTGTGTGT-T-AGTTTGAACAGAGACATTTGTGGGTTAGAGTAGTTT 2832
Query 2821 CAGTTAGATAAGAGAGAAGAGTCTGTAGAGTTGTGATGAGTCTTGGGCAATTCCG-GG-T 2878
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |
Sbjct 2833 CAGATAGATAAGAGAGAAGAGTCTGTAGAGTTGTGATGAGTCTCGGGCAATTCCGTGGCT 2892
Query 2879 CTTGTCAAAAACATTCAGGCCACCGGTCACCACCGACCATTTTAACCGGTTATGGAGACC 2938
| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2893 CAT-T-AAAAACGTTCAGGCCACCGGTCACCACCGACCATTTTAACCGGTTATGGAGACC 2950
Query 2939 GGGATTGTTAGGTCTGAATGAAGTCAGTTTAAGGTTTGATTTGATTTGATTTGTCTTTGT 2998
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||
Sbjct 2951 GGGATTGGTGGGTCTGAATGAAGTCAGTTTAAGGTTTGGTTT--T--GATTTGTCTTTGT 3006
Query 2999 AATCAACAAAAGAGGGTTCAGGTTTAGGAGAA-GGA--TCCTACGGTGACCCATTTCTAT 3055
||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 3007 AATCAACTAAAGAGGGTTCAGGTTTAGGAGAAAGGAGATCCTATGGTGACCCATTTCTTT 3066
Query 3056 CATATCTATTGTCGTTTCACTTTTCTAATTTAGTTGTATTTTTCCTTTTTCTATTTATCT 3115
|| | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 3067 CAAACCTATTGTCGTTTCACTTT-CTAATTTAGTTCTATTTTCCCTTTTTCTTTTTATCT 3125
Query 3116 AACAAAATATTTATGT--CATTAAAACTATTTTC-CTTTGTAAATTATAAAA 3164
|||||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 3126 AACAAAATATTTATGTTTCAT-AAA-CTATTTTTTCTTCGTAAATTATAAAA 3175
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 157373700191
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5