BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491117
Length=2637
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G35300.1 | Symbols: TMT2 | tonoplast monosaccharide transpor... 4095 0.0
> AT4G35300.1 | Symbols: TMT2 | tonoplast monosaccharide transporter2
| chr4:16796256-16799553 REVERSE LENGTH=2590
Length=2590
Score = 4095 bits (2217), Expect = 0.0
Identities = 2413/2506 (96%), Gaps = 20/2506 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 136 GTGGGTTTTGTCTCACTCACTCATCGTCGTTGATCAGTGACTCTG-TTTTGCGAAATTCT 194
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 99 GTGGATTTTGTTTCACTCACTCATCGTCGTTGATCAGTGACTCTGTTTTTGCGAAATTCT 158
Query 195 CTTCAGATTTCTTGATAAAAGATATAAGACGGAATCATGAGTGGAGCTGTGCTTGTTGCT 254
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 159 CTTCAGATTTCTTGATAAAAGATAGAAGACGGAATTATGAGTGGAGCTGTGCTTGTTGCT 218
Query 255 ATCGCTGCTGCTGTTGGCAACTTGTTACAAGGATGGGATAACGCAACTATTGCAGGAGCT 314
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 219 ATTGCTGCTGCTGTTGGCAACTTGTTACAAGGATGGGATAACGCAACTATTGCAGGAGCT 278
Query 315 GTGTTGTACATAAAAAAGGAGTTTAATTTGGAGAGTAATCCATCAGTGGAAGGTCTAATT 374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 279 GTGTTGTACATAAAAAAGGAGTTTAATTTGGAGAGTAATCCATCAGTGGAAGGTCTAATT 338
Query 375 GTGGCGATGTCACTTATTGGTGCTACTCTGATTACAACATGCTCTGGAGGGGTAGCTGAT 434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 339 GTGGCGATGTCACTTATTGGTGCTACTCTGATTACAACATGCTCTGGAGGGGTAGCTGAT 398
Query 435 TGGCTTGGTCGCCGTCCGATGCTAATATTGTCCTCAATTCTCTACTTTGTTGGTTCTCTA 494
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 399 TGGCTTGGTCGCCGTCCCATGCTAATATTGTCCTCAATTCTCTACTTTGTTGGTTCTCTA 458
Query 495 GTAATGCTATGGTCTCCAAACGTTTATGTGTTGCTCTTAGGAAGGTTGTTAGATGGATTT 554
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 459 GTAATGCTATGGTCTCCGAATGTTTATGTGTTGCTCTTAGGAAGGTTGTTAGATGGATTT 518
Query 555 GGGGTTGGTCTTGTGGTCACACTTGTTCCTATTTATATATCCGAGACTGCACCTCCTGAG 614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 519 GGGGTTGGTCTTGTGGTCACACTTGTTCCTATTTATATATCTGAGACTGCACCACCTGAG 578
Query 615 ATTAGGGGACTGTTGAATACGCTTCCGCAGTTCACTGGCTCTGGAGGGATGTTCTTATCG 674
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 579 ATTAGGGGACTGTTGAATACGCTACCGCAGTTCACTGGCTCTGGAGGGATGTTCTTATCT 638
Query 675 TACTGTATGGTTTTCGGAATGTCGTTGATGCCATCTCCTAGCTGGAGATTGATGCTTGGT 734
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 639 TACTGTATGGTTTTCGGAATGTCGTTGATGCCATCACCTAGCTGGAGATTGATGCTTGGT 698
Query 735 GTCCTTTTCATCCCTTCCCTTGTCTTTTTCTTCCTCACGGTCTTCTTCTTGCCCGAGTCC 794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 699 GTCCTTTTCATCCCTTCCCTTGTCTTTTTCTTCCTCACGGTCTTCTTCTTGCCCGAGTCC 758
Query 795 CCAAGGTGGCTCGTGAGCAAAGGTCGAATGCTTGAAGCAAAGCGGGTTCTTCAGAGACTA 854
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 759 CCAAGGTGGCTCGTGAGCAAAGGTCGAATGCTTGAAGCAAAGCGGGTTCTTCAGAGACTG 818
Query 855 CGTGGTCGCGAAGATGTTTCTGGTGAGATGGCTCTGTTGGTTGAGGGTCTTGGAATTGGA 914
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 819 CGTGGTCGCGAAGATGTGTCTGGTGAGATGGCTTTGTTGGTTGAGGGTCTTGGAATTGGA 878
Query 915 GGTGAAACAACAATAGAGGAATATATAATTGGTCCTGCGGATGAAGTTACTGATGATCAT 974
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 879 GGTGAAACAACCATAGAGGAATATATAATTGGTCCCGCGGATGAAGTTACTGATGATCAT 938
Query 975 GATATAGCTGTGGATAAGGATCAAATTAAATTGTATGGTGCAGAAGAAGGGCTGAGTTGG 1034
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 939 GATATAGCTGTGGATAAGGATCAAATTAAGTTATATGGTGCAGAAGAAGGGCTGAGTTGG 998
Query 1035 GTTGCTAGGCCAGTCAAAGGAGGAAGCACTATGAGCGTTTTGTCTCGCCATGGAAGTACA 1094
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 999 GTTGCTAGGCCAGTCAAAGGAGGAAGCACTATGAGTGTTTTGTCTCGCCATGGAAGTACA 1058
Query 1095 ATGAGCAAGAGGCAAGGCTCATTGATTGATCCTCTTGTCACACTGTTTGGGAGCGTTCAC 1154
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1059 ATGAGCAGGAGGCAAGGCTCATTGATTGATCCTCTTGTCACACTGTTTGGGAGCGTTCAC 1118
Query 1155 GAGAAGATGCCAGACACTGGAAGCATGAGGAGTGCCTTGTTCCCACATTTTGGGAGTATG 1214
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1119 GAGAAGATGCCGGACACTGGAAGCATGAGGAGTGCCTTGTTCCCACATTTTGGGAGTATG 1178
Query 1215 TTCAGTGTGGGAGGGAATCAACCGAGAAATGAAGACTGGGATGAAGAGAATCTTGTTGGA 1274
|||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 TTCAGTGTTGGAGGGAATCAACCAAGACATGAAGATTGGGATGAAGAGAATCTTGTTGGA 1238
Query 1275 GAAGGTGACGATTATCCATCCGACCATGGAGATGATTCTGATGATGATCTTCATTCTCCG 1334
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1239 GAAGGTGAGGATTATCCATCCGACCATGGAGATGATTCTGAAGATGATCTTCATTCTCCG 1298
Query 1335 TTGATCTCACGTCAAACGACAAGCATGGAGAAAGACATGCCTCACACTGCTCATGGAACT 1394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1299 TTGATCTCACGTCAAACGACAAGCATGGAGAAAGACATGCCTCACACTGCTCATGGAACT 1358
Query 1395 CTTTCTAACTTCAGACATGGAAGTCAAGTGCAGGGAGCTCAAGGGGAAGGAGCGGGTAGT 1454
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359 CTTTCTACCTTCAGACATGGAAGTCAAGTGCAGGGAGCTCAAGGGGAAGGAGCGGGTAGT 1418
Query 1455 ATGGGGATTGGAGGTGGATGGCAAGTGGCATGGAAATGGACTGAAAGAGAAGATGAATCG 1514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1419 ATGGGGATTGGAGGTGGATGGCAAGTGGCATGGAAATGGACGGAAAGAGAAGATGAATCG 1478
Query 1515 GGACAGAAAGAAGGTGGATTCAAGCGGATATACTTGCATCAAGAAGGTTTCCCGGGATCT 1574
||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1479 GGACAGAAAGAAGGTGGGTTTAAACGGATATACTTGCATCAAGAAGGTTTCCCAGGATCT 1538
Query 1575 CGACGTGGCTCAATTGTTTCATTGCCTGGAGGTGATGGAACCGGTGAGGCAGAGTTTGTA 1634
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1539 CGACGTGGCTCAATTGTTTCATTGCCTGGTGGTGATGGAACCGGTGAGGCAGATTTTGTA 1598
Query 1635 CAAGCGTCTGCTTTGGTTAGCCAACCAGCTCTTTATTCCAAAGACCTTCTCAAGGAACAT 1694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1599 CAAGCGTCTGCTTTGGTTAGCCAACCAGCTCTTTATTCCAAAGACCTTCTCAAAGAACAT 1658
Query 1695 TCAATTGGTCCTGCTATGATGCATCCATCCGAAACAGCTAAAGGGTCAATTTGGCATGAT 1754
||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1659 ACAATTGGTCCTGCTATGGTACATCCATCCGAAACAACTAAAGGGTCAATTTGGCATGAT 1718
Query 1755 CTTCATGATCCTGGAGTCAAACGTGCATTAGTCGTAGGAGTCGGACTTCAAATACTTCAA 1814
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1719 CTTCATGATCCTGGAGTCAAGCGTGCATTAGTCGTAGGAGTTGGACTTCAAATACTTCAG 1778
Query 1815 CAGTTCTCAGGCATCAACGGAGTTCTTTACTACACACCGCAAATCCTTGAGCAGGCGGGT 1874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1779 CAGTTCTCAGGCATCAACGGAGTTCTTTACTACACACCGCAAATCCTTGAGCAGGCGGGT 1838
Query 1875 GTCGGGATTCTACTATCGAACATGGGGATTAGTTCTTCCTCAGCATCCTTACTTATAAGT 1934
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1839 GTCGGGATCCTACTATCGAACATGGGGATTAGTTCTTCCTCAGCATCCTTACTTATAAGT 1898
Query 1935 GCATTGACAACCTTTGTGATGTTACCTGCAATCGCCGTTGCAATGAGGCTCATGGATCTC 1994
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1899 GCATTGACAACCTTTGTGATGTTACCTGCAATAGCTGTTGCAATGAGGCTCATGGATCTT 1958
Query 1995 TCAGGTCGAAGGACTTTGCTTCTCACCACGATACCAATCCTGATAGCATCTCTATTGGTC 2054
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1959 TCTGGTCGAAGGACCTTGCTTCTCACCACGATACCAATCCTGATAGCATCTCTATTGGTT 2018
Query 2055 TTAGTAATCTCGAATCTCGTTCACATGAACAGCATTGTGCACGCAGTCTTATCAACCGTA 2114
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2019 TTAGTAATCTCAAATCTTGTTCACATGAACAGCATTGTGCACGCGGTCTTATCAACCGTA 2078
Query 2115 AGTGTTGTGCTCTACTTCTGTTTCTTCGTGATGGGTTTCGGTCCTGCTCCAAACATCCTC 2174
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2079 AGCGTTGTGCTCTACTTCTGCTTCTTCGTGATGGGTTTCGGTCCTGCTCCAAACATCCTC 2138
Query 2175 TGTTCAGAGATCTTTCCAACTCGAGTCCGCGGAATCTGCATCGCCATCTGCGCACTCACC 2234
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2139 TGTTCAGAGATTTTTCCAACTCGAGTCCGCGGAATCTGCATCGCCATCTGCGCACTCACC 2198
Query 2235 TTCTGGATCTGTGACATTATCGTCACTTACAGTCTCCCTGTGCTGCTCAAATCCATTGGA 2294
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2199 TTCTGGATCTGTGACATAATCGTCACTTACAGTCTCCCCGTGCTGCTCAAATCCATTGGA 2258
Query 2295 CTTGCTGGTGTGTTTGGAATGTACACAATCGTCTGTTGCATCTCATGGGTCTTTGTGTTC 2354
|| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2259 CTAGCTGGTGTGTTTGGAATGTACGCAATCGTATGTTGCATTTCATGGGTCTTTGTGTTC 2318
Query 2355 ATTAAAGTCCCCGAAACTAAAGGCATGCCACTTGAAGTCATCACAGAGTTCTTCTCCGTT 2414
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2319 ATTAAAGTCCCGGAAACTAAAGGCATGCCACTTGAAGTCATCACAGAGTTCTTTTCTGTT 2378
Query 2415 GGAGCTAGACAAGCTGAAGCTGCCAAAAACGAGTGAGAAACTAAAAGACTTG---AGATC 2471
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 2379 GGAGCTAGACAAGCTGAAGCTGCTAAAAACGAGTGAGAAACTGAAAGACTTGTTGAGATA 2438
Query 2472 AAAAGTTTGTGTAATGTTTCCATGTTCATGTGGATTTGTTGTTGTCTTTTTACTTTGTGC 2531
||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2439 AAAAGTTTGTGTAAT------AT-T-CATGTGGATTTGTTGTTGTCTTTTTACTTTGTGC 2490
Query 2532 AGTAATAATCAtctctctctctctctctGTTTCTTCTTCCTCATGTGGGGAGaaaaaaaa 2591
|||||||||||||||||||| | | || || ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2491 AGTAATAATCATCTCTCTCTGT-T-TC-GT--CTTCTTC---ATGTGGGGAGAAAAAAAA 2542
Query 2592 GTTTCAAACTTTCAATTACGAATCTCTTTATTATCATTTACCATTT 2637
|||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2543 GTTTCAAACTTTCAGTTACGAATCTCTTTATTACCATTTACCATTT 2588
Score = 141 bits (76), Expect = 3e-32
Identities = 97/106 (92%), Gaps = 6/106 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GATTTAAACCAAAAGGGTAAACAAAAGAAATGCTTTTTGTTTGCTTAGTGACGCCATTGA 60
|||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GATTTAAACCAAAAGGGTAAAC------AATGCTTTATGATTGCTTAGTGACGCCATTGA 54
Query 61 AGCAGCGGCTCACAGATAGTGGCTTCTTCTGCCTCCAATTCCAAGT 106
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 55 AGCAGCGGCTCACTGATAGTGGCTTCTTCTGCCTCCAATTCCAAGT 100
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130935721230
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5