BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491303
Length=2142
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G33760.1 | Symbols: | tRNA synthetase class II (D, K and N)... 3679 0.0
> AT4G33760.1 | Symbols: | tRNA synthetase class II (D, K and
N) family protein | chr4:16189144-16193269 REVERSE LENGTH=2145
Length=2145
Score = 3679 bits (1992), Expect = 0.0
Identities = 2093/2143 (98%), Gaps = 1/2143 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CCCAACAATGTCTCTCCTCCTGCGAACTTTGCCTCTCCGACCTGCTCGTTTCCTCTCCGC 60
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3 CCCAACAATGTCTCTCCTCCTACGAACTTTGCCTCTCCGACCTACTCGTTTCCTCTCCGC 62
Query 61 CACCGCCATATCCGCCTCTAACGCTGCTAATTTCTTCTTCGTACCCAAATGGAGAAACCC 120
||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 63 CACAGCCATATCCATCTCTAACGCTACTAATTTCTTCGTCGTACCCAAACGGACAAACCC 122
Query 121 ACTTCCTGGAACCCGAAGAACCTTCTCCAGCTCCCCTGTTGCAGCTGCCTCCGGCGATGT 180
|||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 ACTTCCCGGAACTCGAAGAACCTTCTCCAGTTCCCCTGTTGCAGCTGCCTCCGGCGATGT 182
Query 181 AGTAGTGAAGCCGGTTCCGTCTCCTCCGTCGGTTCTTCGGTGGGTGTCACGCACAGAGCT 240
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 183 AGTAGTGAAGCCGGTTCCATCTCCTCCGTCGGTTCTCCGGTGGGTGTCACGGACAGAGCT 242
Query 241 ATGCGGGGAGTTATCAGTCGATGATGTTGGTAAAAGGGTCCACCTTTGCGGATGGGTCGC 300
|||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 243 ATGCGGCGAGTTATCAGTCAATGATGTTGGTAAAAGAGTCCACCTTTGCGGATGGGTCGC 302
Query 301 CCTTCACCGAGTCCATGGTGGCCTCACTTTCCTTAATCTTAGAGATCATACCGGCATTGT 360
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 CCTTCACCGAGTTCATGGTGGCCTCACTTTCCTTAATCTTAGAGATCATACCGGCATTGT 362
Query 361 CCAGGTGAGGACGCTTCCGGATGAGTTTCCTGAGGCACATGGCTTGATCAATGACATGAG 420
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 CCAGGTTAGGACGCTTCCGGATGAGTTTCCTGAGGCACATGGCTTGATCAATGACATGAG 422
Query 421 GCTTGAGTACGTTGTTTTGGTGGAAGGTACTGTGCGTAGTAGGCCAAATGAGTCCGTCAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 GCTTGAGTACGTTGTTTTGGTGGAAGGTACTGTGCGTAGTAGGCCAAATGAGTCCGTCAA 482
Query 481 CAAGAAAATGAAAACAGGATTCGTCGAGGTAGTTGCAGAGCATGTCGAAATATTGAATCC 540
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 483 CAAGAAAATGAAAACGGGATTCGTCGAGGTAGTTGCAGAGCATGTTGAAATATTGAATCC 542
Query 541 TGTGAGGACAAAACTTCCCTTCTTAGTTACTACTGCAGACGAGAACAAGGATTTGATTAA 600
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 543 TGTGAGGACAAAGCTTCCCTTCTTAGTTACTACTGCAGACGAGAACAAAGATTTGATTAA 602
Query 601 AGAAGAAATTCGCTTAAGATTTCGATGTCTTGATCTACGCCGTCAGCAAATGAAGAATAA 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 AGAAGAAATTCGCTTAAGATTTCGATGTCTTGATCTGCGCCGTCAGCAAATGAAGAATAA 662
Query 661 TATAGTGCTTCGCCATAATGTGGTGAAGCTGATTAGGAGATACCTAGAAGACAGACATGG 720
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 TATAGTTCTTCGCCATAATGTGGTGAAGCTGATTAGGAGATACCTAGAAGACAGACATGG 722
Query 721 TTTTATTGAGATTGAAACTCCAATACTCTCTAGATCTACTCCAGAAGGCGCGCGAGATTA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 TTTTATTGAGATTGAAACTCCAATACTCTCTAGATCTACTCCAGAAGGCGCGCGAGATTA 782
Query 781 TCTGGTTCCCTCAAGAATTCAGTCAGGAACATTCTATGCTTTGCCACAAAGTCCACAGCT 840
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 TCTGGTTCCGTCAAGAATTCAGTCAGGAACATTCTATGCTTTGCCACAAAGTCCACAGCT 842
Query 841 TTTCAAACAGATGTTAATGGTCTCTGGTTTTGACAAATATTACCAGATAGCAAGATGTTT 900
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 843 CTTCAAGCAGATGTTAATGGTCTCTGGTTTTGACAAATATTACCAGATAGCCAGATGTTT 902
Query 901 TAGAGATGAAGATCTAAGAGCTGATAGGCAGCCTGAATTCACTCAGCTTGATATGGAAAT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 903 TAGAGATGAAGATCTAAGAGCTGATAGGCAGCCTGAATTTACTCAGCTTGATATGGAAAT 962
Query 961 GGCTTTCATGCCTATGGAAGACATGCTGAAGCTGAATGAAGATCTTATTCGTAAGGTCTT 1020
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 963 GGCTTTCATGCCTATGGAGGACATGCTGAAGCTGAATGAAGATCTTATCCGTAAGGTGTT 1022
Query 1021 TTCAGAGATCAAAGGTATCCAGCTACCTGATCCATTCCCAAGGCTTACATATGCTGATGC 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 TTCAGAGATCAAAGGTATCCAGCTACCTGATCCATTCCCAAGGCTTACATATGCTGATGC 1082
Query 1081 AATGGATCGATATGGCTCAGATAGACCAGATACAAGATTTGATCTCGAGTTGAAAGATGT 1140
||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 AATGGATCGTTATGGATCCGATAGACCTGATACAAGATTTGATCTCGAGTTGAAAGATGT 1142
Query 1141 TTCAAACGTTTTCACAGAATCGTCCTTCAGGGTTTTCACGGAGGCCCTTGAAAGTGGTGG 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 TTCAAACGTTTTCACAGAATCGTCCTTCAGGGTTTTTACAGAGGCCCTTGAAAGTGGTGG 1202
Query 1201 AATCATTAAGGTATTATGTGTGCCTTTGGGTGCTAAAAAGTATTCAAACTCAGCTCTCAA 1260
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 AATCATTAAGGTATTGTGTGTGCCTTTGGGTGCTAAAAAGTATTCAAACTCAGCTCTCAA 1262
Query 1261 AAAAGGAGATATTTACAATGAAGCAATGAAATCCGGAGCAAAGGGTCTGCCTTTCTTGAA 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 AAAAGGAGATATTTACAATGAAGCAATGAAATCCGGAGCAAAGGGTCTGCCTTTCTTGAA 1322
Query 1321 GGTCTTGGATAATGGCGAGATCGAGGGAATTGCAGCATTAGTTTCTAGTTTAGATTCAGC 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1323 GGTCTTGGATAATGGCGAGATCGAGGGAATTGCAGCATTAGTTTCTAGTTTAGACTCAGC 1382
Query 1381 AGGTAAAATCAACTTTGTGAAACAATGTGGAGCAGCACCTGGTGATCTTATATTATTTGG 1440
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 AGGTAAAATAAACTTTGTGAAACAATGTGGAGCAGCACCTGGTGATCTTATATTATTTGG 1442
Query 1441 AGTGGGTCCTGTTACTTCGGTTAATAAAACCCTAGATAGGTTAAGACTCTTTGTAGCCCA 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 AGTGGGTCCTGTTACTTCGGTTAATAAAACCCTAGATAGGTTAAGACTCTTTGTAGCCCA 1502
Query 1501 TGACATGGATTTGATTGACCATTCCAAGCACTCAATTCTGTGGGTGACAGATTTCCCAAT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 TGACATGGATTTGATTGACCATTCCAAGCACTCAATTCTGTGGGTGACAGATTTCCCAAT 1562
Query 1561 GTTCGAGTGGAATGAGCCAGAGCAGAGGCTTGAGGCATTACATCATCCATTCACAGCTCC 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563 GTTCGAGTGGAATGAGCCAGAGCAGAGGCTTGAGGCATTACATCATCCATTCACAGCTCC 1622
Query 1621 AAAGCCTGAAGATATGGATGACTTGCCTTCTGCACGAGCTCTCGCTTATGACATGGTCTA 1680
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1623 TAAGCCGGAAGATATGGATGACTTGCCTTCTGCACGAGCTCTAGCTTATGACATGGTCTA 1682
Query 1681 TAATGGGGTCGAGATTGGTGGAGGAAGTTTGAGGATATATAAGCGGGACGTTCAAGAAAA 1740
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1683 TAATGGGGTCGAGATTGGTGGAGGAAGTTTGAGGATATATAAGCGGGATGTTCAAGAAAA 1742
Query 1741 GGTTTTGGAGATCATTGGCATCTCACCTGAAGAGGCTGAATCAAAGTTTGGCTATCTCCT 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1743 GGTTTTGGAGATCATTGGCATCTCACCTGAAGAGGCTGAATCAAAGTTTGGCTATCTTCT 1802
Query 1801 GGAGGCTCTTGACATGGGTGCTCCTCCTCATGGTGGAATTGCTTATGGATTGGATAGAAT 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 GGAGGCTCTTGACATGGGTGCTCCTCCTCATGGTGGAATTGCTTATGGATTGGATAGAAT 1862
Query 1861 GGTGATGATGCTGGGAGGTGCGAGTTCCATAAGAGATGTAATAGCCTTTCCAAAGACAAC 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1863 GGTGATGATGCTGGGAGGTGCGAGTTCCATAAGAGATGTAATAGCCTTTCCAAAGACAAC 1922
Query 1921 CACAGCGCAATGTGCCCTAACAAGGACTCCCTCGGAAGTCGATCCAAAGCAGCTTCAAGA 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923 CACAGCGCAATGTGCCCTAACAAGGACTCCCTCGGAAGTCGATCCAAAGCAGCTTCAAGA 1982
Query 1981 TCTCTCCATCCGCACCAAATAATAGCTCTCAACACAAACAATTGTATCTTCTGTTTACTC 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 TCTCTCCATCCGCACCAAATAATAGCTCTCAACACAAACAATTGTATCTTCTGTTTACTC 2042
Query 2041 TTAACATCATTGGTTATTGATTTTAAAGAAATTTGTTATCAATGTCAC-TTTTTGAAACA 2099
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2043 TTAACATCATTGGTTATTGATTTTAAAGAAATTTGTTATCAATGTCACCTTTTTGAAACA 2102
Query 2100 ATATTTGCAGAAGTGATTTTCAAAATTCCCACTTTTGACATAG 2142
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 ATATTTGCAGAAGTGATTTGCAAAATTCCCACTTTTGACATAG 2145
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106224353220
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5