BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491312
Length=1493
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G33680.1 | Symbols: AGD2 | Pyridoxal phosphate (PLP)-depende... 2601 0.0
> AT4G33680.1 | Symbols: AGD2 | Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent
transferases superfamily protein | chr4:16171694-16174686
REVERSE LENGTH=1595
Length=1595
Score = 2601 bits (1408), Expect = 0.0
Identities = 1465/1493 (98%), Gaps = 1/1493 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GGAAAAATGTCGTCAACCCATCAGTTAGTTTCTTCGATGATCTCTTCTTCCTCATCTACT 60
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 51 GGAAAAATGTCGTCGACCCATCAGTTAGTTTCTTCGATGATCTCTTCTTCCTCATCCACT 110
Query 61 TTCCTAGCCCCTTCAAATTTCAATCTCAGAACTCGAAATGCTTGCTTACCTATGGCAAAA 120
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 111 TTCTTAGCCCCTTCAAATTTTAATCTCAGAACTCGAAATGCTTGCTTACCCATGGCAAAA 170
Query 121 CCGGTCAATACTTGCAAATGCGTTGCAACGCCGCAAGAGAAGATTGAGTATAAGACGAAG 180
| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 171 CGGGTCAATACTTGCAAATGTGTTGCTACGCCGCAAGAGAAGATCGAGTATAAGACCAAA 230
Query 181 GTGTCACGGAATTCAAACATGTCCAAACTTCAGGCTGGATACCTATTCCCGGAGATTGCA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 231 GTGTCACGGAATTCAAACATGTCCAAACTTCAGGCTGGATACCTATTCCCGGAGATTGCA 290
Query 241 AGACGAAGGTCTGCACACTTGTTGAAATATCCAGATGCACAAGTTATAAGTCTTGGAATA 300
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 291 AGAAGAAGGTCTGCACACTTGTTGAAATATCCAGATGCACAAGTTATAAGTCTTGGAATA 350
Query 301 GGCGACACAACTGAGCCAATTCCTGAAGTGATCACTTCTGCTATGGCAAAGAAAGCTCAT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 351 GGCGACACAACTGAGCCAATTCCTGAAGTGATCACTTCTGCTATGGCAAAGAAAGCTCAT 410
Query 361 GAGTTGTCAACAATAGAGGGATATAGTGGTTATGGTGCTGAACAAGGTGCAAAGCCACTG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 411 GAGTTGTCAACAATAGAGGGATATAGTGGTTATGGTGCTGAACAAGGTGCAAAGCCACTG 470
Query 421 AGAGCTGCTATTGCGAACACATTCTACAGTGGCCTTGGCATAGGGGATGATGACGTTTTT 480
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 471 AGAGCTGCTATTGCGAAAACATTCTACGGTGGCCTTGGCATAGGGGATGATGACGTTTTT 530
Query 481 GTTTCTGATGGAGCTAAATGTGATATCTCACGTCTCCAGGTTATGTTTGGTTCCAATGTT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 531 GTTTCTGATGGAGCTAAATGTGATATCTCACGTCTCCAGGTTATGTTTGGTTCCAATGTT 590
Query 541 ACAATTGCTGTTCAGGATCCTTCATATCCGGCTTATGTCGACTCCAGTGTTATTATGGGT 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 591 ACAATTGCTGTTCAGGATCCTTCATATCCGGCTTATGTGGACTCCAGTGTTATTATGGGT 650
Query 601 CAGACTGGGCAATTTAACACTGATTTGCAAAAGTATGGAAACATCGAGTACATGAGATGC 660
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 651 CAGACTGGGCAATTTAACACTGATGTGCAAAAGTATGGAAACATCGAGTACATGAGATGC 710
Query 661 ACTCCAGAGAATGGCTTCTTTCCCGACTTGTCCACTGTTGGCAGGACAGATATAATTTTC 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 ACTCCAGAGAATGGCTTCTTTCCCGACTTGTCCACCGTTGGCAGGACAGATATAATTTTC 770
Query 721 TTCTGTTCCCCAAATAACCCTACGGGTGCTGCTGCCACGAGAGAGCAACTAAAGCAGTTA 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 771 TTCTGTTCCCCAAATAACCCTACGGGTGCTGCTGCCACGAGAGAGCAACTAACGCAGTTA 830
Query 781 GTTGAGTTTGCAAAGAAGAACGGTTCTATAATAGTGTATGATTCCGCCTATGCAATGTAC 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 831 GTTGAGTTTGCAAAGAAGAACGGTTCTATAATAGTGTATGATTCCGCCTATGCAATGTAC 890
Query 841 ATGTCTGATGATAACCCACGATCCATCTTCGAAATCCCTGGAGCAGAGGAGGTCGCTATG 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 891 ATGTCTGATGATAACCCACGATCCATCTTCGAAATCCCTGGAGCAGAGGAGGTCGCTATG 950
Query 901 GAGACAGCTTCGTTCAGCAAATATGCTGGTTTCACTGGAGTTCGACTTGGTTGGACTGTC 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 951 GAGACAGCTTCGTTCAGCAAATATGCTGGTTTCACTGGAGTTCGACTTGGTTGGACTGTC 1010
Query 961 ATCCCGAAACAGCTACTCTATTCAGACGGTTTCCCTGTTGCCAAAGACTTCAATCGGATT 1020
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011 ATCCCGAAAAAGCTACTCTATTCAGACGGTTTCCCTGTTGCCAAAGACTTCAATCGGATT 1070
Query 1021 ATCTGCACTTGTTTCAATGGTGCATCTAATCTCTCACAAGCTGGTGCTCTTGCTTGCCTT 1080
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1071 ATCTGCACTTGTTTCAATGGTGCATCTAATATCTCTCAAGCTGGTGCTCTTGCTTGCCTT 1130
Query 1081 ACACCTGAAGGACTTGAGGCAATGCACAAGGTGATTGGATTCTATAAAGAAAACACAAAC 1140
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 ACACCCGAAGGACTTGAGGCAATGCATAAGGTGATTGGATTCTATAAAGAAAACACAAAC 1190
Query 1141 ATAATCATTGACACATTCACATCTCTCGGGTATGATGTATATGGAGGAAAGAATGCGCCT 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1191 ATAATCATTGACACATTCACATCTCTCGGGTATGATGTATATGGAGGAAAGAATGCGCCT 1250
Query 1201 TACGTATGGGTTCACTTCCCGAACCAAAGCTCATGGGATGTGTTTGCTGAGATTCTGGAG 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 TACGTATGGGTTCACTTCCCGAACCAAAGCTCATGGGATGTGTTTGCTGAGATTCTGGAG 1310
Query 1261 AAGACTCATGTGGTTACAACTCCAGGAAGTGGGTTTGGACCAGGTGGTGAAGGGTTCGTC 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1311 AAGACTCATGTGGTTACAACTCCAGGAAGTGGGTTTGGACCAGGGGGTGAAGGGTTCGTT 1370
Query 1321 CGTGTCAGTGCCTTTGGTCACAGAGAGAACATCTTAGAGGCATGTCGAAGATTCAAGCAG 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 CGTGTCAGTGCCTTTGGTCACAGAGAGAACATCTTAGAGGCATGTCGAAGATTCAAGCAG 1430
Query 1381 CTTTACAAATGAAGAACCTTGTTTTGTAATCGTTCCTCATCATCATCACCCTCTTTTATG 1440
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1431 CTTTACAAATGAAGAACCTTGTTT-GTAATCGTTCCTCATCATCATCACCCTCTTTAATG 1489
Query 1441 ACATGATTTGAGTTAAAATAATGTCGTCTCCATTGTTTTCTGGAATTTGTAGA 1493
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1490 ACATGATTTGAGTTAAAATAATGTCGTTTCCATTGTTTTCTGGAATTTGTAGA 1542
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 73644199515
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5