BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491368
Length=2994
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G33170.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 4658 0.0
> AT4G33170.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr4:15995701-15998673 REVERSE LENGTH=2973
Length=2973
Score = 4658 bits (2522), Expect = 0.0
Identities = 2786/2916 (96%), Gaps = 7/2916 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 83 CTCC-TCCTCTACGTCTTACTTCTGCTGCTTCACCGTTTTCATCTTCTTCGACTTCGTCA 141
|||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 61 CTCCGTCCTCTGCGTTTTACTTCTGCTGCTTCGCCGTCTTCATCTTCCTCGTCTTCGTCA 120
Query 142 CAATGTTTCGGCTTTCTTCGGGATGCAATCTCCACGTCGGACTTGATGCTCGGCAAATGT 201
||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 121 CAATGGTTCGGCTTTCTTCGGAATGCAATCACCTCGTCGGACTTGATGCTCGGAAAATGT 180
Query 202 ACACACGCACGTATCCTAGCCTTAGAGGAAAACCCAGAACGATTCCTTG-TCAACAATCT 260
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || | ||||||||
Sbjct 181 ACACACGCACGTATCCTAACCTTCGAGGAAAACCCAGAACGATTCC-TGATTAACAATCT 239
Query 261 CATCTCCATGTACTCAAAGTGTGGATCACTCACTTATGCCCGCCGAGTGTTCGATAAAAT 320
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CATCTCCATGTACTCCAAGTGTGGATCACTCACTTATGCTCGCCGAGTGTTCGATAAAAT 299
Query 321 GCCTGAAAGAGATCTTGTTTCCTGGAACTCGATTTTAGCTGCCTATGCTCAGTCTTCCGA 380
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GCCTGACAGAGATCTTGTTTCCTGGAACTCGATTTTAGCTGCCTATGCTCAGTCTTCCGA 359
Query 381 AGGTGTTGTCGAGAACGTTAAAGAAGCTTTTCTTCTTTTCCGGATTTTACGCCAGGACGT 440
| | |||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 360 ATGCGTTGTCGAGAACATTCAACAAGCTTTTCTTCTTTTCAGGATATTACGCCAGGACGT 419
Query 441 TGTGTATACCAGTCGAATGACTCTGTCTCCGATGTTGAAACTGTGTTTGCATTCTGGGTA 500
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 420 TGTGTATACCAGTCGAATGACTCTGTCTCCAATGTTGAAACTTTGTTTGCATTCTGGGTA 479
Query 501 TGTATGCGCTTCAGAGTCATTTCATGGGTATGCTTGCAAGATCGGTTTGGACGGCGATGA 560
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 480 TGTGTGGGCTTCAGAGTCATTTCATGGGTATGCTTGCAAGATTGGTTTGGACGGTGATGA 539
Query 561 ATTTGTTGCCGGAGCTCTTGTTAACATATATTTGAAGTTTGGTAAGGTTAAGGAAGGTAA 620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 ATTTGTTGCCGGAGCTCTTGTTAACATATATTTGAAGTTTGGTAAGGTTAAGGAAGGTAA 599
Query 621 GGTTTTGTTTGAGGAGATGCCTTATAGAGATGTGGTGTTATGGAACTTGATGTTGAAGGC 680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GGTTTTGTTTGAGGAGATGCCTTATAGAGATGTGGTGTTATGGAACTTGATGTTGAAGGC 659
Query 681 TTATCTGGAAATGGGTTTTAAGGAAGAAGCAATTGACCTCTCTTCTGCATTTCATACAAG 740
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 660 TTATCTGGAAATGGGTTTTAAGGAAGAAGCAATAGACCTCTCTTCTGCATTTCATTCAAG 719
Query 741 TGGCTTACATCCCAATGAGATCACTTTGCGTTTACTCT-CTAGAATTTCTGGTGATGATT 799
||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||| | |||||||||| ||||||||||
Sbjct 720 TGGTTTAAATCCCAATGAAATCACTCTGCGTTTACT-TGCTAGAATTTCAGGTGATGATT 778
Query 800 CTGAAGCAGGACAAGTGAAATCCTTTGAAAATGGAAATGATGCGTCTGCTGTTTCAGAAA 859
|||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 779 CTGATGCAGGACAAGTGAAATCCTTTGCAAATGGTAATGATGCTTCTTCTGTTTCAGAAA 838
Query 860 TAATATCCAGGAACAAAAGATTGAGTGGATATCTCCATGCAGGCCAGTATTCAGCTCTTC 919
|||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TAATATTCAGGAACAAAGGATTGAGTGAATATCTCCATTCAGGCCAGTATTCAGCTCTTC 898
Query 920 TCAAATGTTTTATGGATATGGTTGAGTCCGACTTGGAATGTGATCAAGTCACATTTATTT 979
||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TCAAATGTTTTGCGGATATGGTAGAGTCCGACGTGGAATGTGATCAAGTCACATTTATTT 958
Query 980 TAGTGTTAGCTACAGCTGTTAGATTAGATAGTTTAGCATTAGGGCAGCAAGTTCATTGTA 1039
|| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TAATGTTAGCTACAGCTGTTAAAGTAGATAGTTTAGCATTAGGGCAGCAAGTTCATTGTA 1018
Query 1040 TGGCATTGAAGTTAGGACTTGATTTGATGCTCACTGTTTCGAACAGTCTAATAAACATGT 1099
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1019 TGGCATTGAAGTTAGGACTTGATTTGATGCTTACTGTTTCGAATAGTCTAATAAACATGT 1078
Query 1100 ACTGTAAACTGAGAAAAATCGGTTTAGCTAGGACAGTATTTAACAATATGAGTGAACGAG 1159
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1079 ACTGTAAACTGAGAAAATTCGGTTTCGCTAGGACAGTATTTGACAATATGAGTGAACGAG 1138
Query 1160 ATTTGATTTCGTGGAATTCAGTTATTGCCGGAATAGCTCAAAGTGACCTAGAAGTAGAAG 1219
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||
Sbjct 1139 ATTTGATTTCGTGGAATTCAGTTATTGCCGGAATAGCTCAAAATGGCTTAGAAGTAGAAG 1198
Query 1220 CAGTGTGTCTGTTTATGCAGTTGTTACGTTGCGGCCTCAAACCAGACCATTATACTATGA 1279
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1199 CAGTGTGTCTGTTTATGCAGCTGTTACGTTGCGGCCTCAAACCAGACCAGTATACTATGA 1258
Query 1280 CGAGTGTTCTAAAGGCTGCTTCTTCTCTTCCTGAAGGCTTGTCGTTGAGTAAACAAATTC 1339
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1259 CGAGTGTTCTAAAGGCTGCTTCTTCTCTTCCTGAAGGCTTGTCGTTGAGTAAACAAGTAC 1318
Query 1340 ATGTTCATGCAATTAAAACCAATAATGTTGCTGACAGTTTTGTCTCTACTGCTCTGATTG 1399
|||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 ATGTTCATGCAATTAAAATCAATAATGTTTCTGATAGTTTTGTCTCTACTGCTCTGATTG 1378
Query 1400 ATGCCTACTCTCGGAACAGATGTATGAAAGAGGCAGAGGTTTTGTTTGGGAGGAATAATT 1459
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1379 ATGCCTACTCTCGGAACAGATGTATGAAAGAGGCAGAGATTTTGTTTGAGAGGCATAATT 1438
Query 1460 TTGATCTCGTCGCTTGGAATGCCATGATGTCTGGTTATACCCAAAGTCATGACGGTCATA 1519
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 TTGATCTCGTCGCTTGGAATGCCATGATGGCTGGTTATACCCAAAGTCATGACGGTCATA 1498
Query 1520 AGACTCTGGAGCTCTTCGCTTTGATGCATAAACAGGGAGAGAGATCTGATGATTTCACAC 1579
|||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1499 AGACTCTGAAGCTTTTTGCTTTGATGCATAAACAGGGAGAGAGATCTGATGATTTCACGC 1558
Query 1580 TCGCAACAGTGCTTAAGACATGTGGTTTCTTGTTTGCAATTAATCAAGGAAAGCAAGTCC 1639
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TCGCAACAGTGTTTAAGACATGTGGTTTCTTGTTTGCCATAAATCAAGGAAAGCAAGTCC 1618
Query 1640 ATGCTTATGCAATCAAATCTGGATATGACTTAGATCTATGGGTCAGCAGTGGGATTTTGG 1699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 ATGCTTATGCAATCAAATCTGGATATGACTTAGATCTATGGGTCAGCAGTGGGATTTTGG 1678
Query 1700 ATATGTATGTAAAATGTGGCGATATGAGTGCAGCACAGTTTGCCTTCGATAGTATTCCCG 1759
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1679 ATATGTATGTAAAATGTGGCGATATGAGTGCAGCACAATTTGCCTTTGATAGTATTCCCG 1738
Query 1760 TGCCTGACGATGTTGCTTGGACGACTTTGATATCAGGATGCATAGAAAATGGAGAAGAAG 1819
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 TACCTGACGATGTTGCTTGGACGACTATGATATCAGGATGCATAGAAAATGGAGAAGAAG 1798
Query 1820 AACGAGC-TCTTCATGTTTTTAGCCAGATGAGGCTCATGGGAGTGTTGCCTGATGAATTT 1878
|| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 AAAGAGCGT-TTCATGTTTTTAGCCAGATGAGGCTCATGGGAGTGTTGCCTGATGAATTT 1857
Query 1879 ACAATAGCCACACTTGCGAAAGCAAGCTCTTGTTTGACAGCATTAGAACAGGGGCGCCAA 1938
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 ACAATAGCCACACTTGCGAAAGCAAGCTCTTGTTTGACGGCATTAGAACAGGGGCGCCAA 1917
Query 1939 ATTCATGCAAATGCCCTCAAGTTGAATTGTACGAGTGACCCATTCGTTGGAACTTCACTT 1998
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1918 ATTCATGCAAATGCCCTCAAGTTGAATTGTACGAATGACCCTTTCGTTGGAACTTCACTT 1977
Query 1999 GTGGACATGTATGCTAAGTGTGGAAGCATAGACGATGCATATTGTTTGTTTAAAAGGATA 2058
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1978 GTGGACATGTATGCTAAGTGTGGAAGCATAGACGATGCATATTGTTTGTTTAAAAGAATA 2037
Query 2059 GAGATGATGAACATCACTGCCTGGAATGCCATGTTAGTGGGATTAGCTCAACACGGGGAA 2118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2038 GAGATGATGAACATCACTGCCTGGAATGCCATGTTAGTGGGATTAGCTCAACATGGGGAA 2097
Query 2119 GGGAAAGAAGCACTCCAGCTTTTCAAACAGATGGAATCACTGGGTATAAAACCTGATAAG 2178
||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 GGGAAAGAAACGCTCCAGCTTTTCAAACAGATGAAATCTCTGGGTATAAAACCTGATAAG 2157
Query 2179 GTCACATTTATTGGCGTTCTGTCTGCTTGCAGTCACTCAGGCTTGGTATCAGAGGCATAC 2238
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 GTCACATTTATCGGCGTTCTTTCTGCTTGCAGTCACTCAGGCTTGGTATCAGAGGCATAC 2217
Query 2239 AAGTATATTCGATCAATGCATCGAGACTATGGCATTAAACCAGAAATAGAACACTACTCT 2298
||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2218 AAGCATATGCGATCAATGCATGGAGACTATGGCATTAAACCTGAAATAGAACACTACTCT 2277
Query 2299 TGTTTGGCTGATGCGCTTGGCCGTGCTGGACTTGTTAAAGAGGCTGAAAATTTGATTGAC 2358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 2278 TGTTTGGCTGATGCGCTTGGCCGTGCTGGACTTGTTAAACAGGCTGAAAATTTGATCGAG 2337
Query 2359 TCAATGTCCATGGAAGCTTCAGCATCGATGTACAGAACTTTGCTTGCAGCTTGCCGAGTT 2418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 TCAATGTCCATGGAAGCTTCAGCATCGATGTACAGAACTTTGCTTGCAGCTTGCCGAGTT 2397
Query 2419 CAAGGGGACACAGAAACAGGGAAGAGAGTGGCAACTAAGCTTTTGGAGCTAGAGCCGTTG 2478
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2398 CAAGGGGACACAGAAACAGGGAAGAGAGTGGCAACTAAGCTTTTGGAGCTAGAGCCACTG 2457
Query 2479 GACTCATCAGCTTATGTGCTTTTATCCAACATGTATGCTGCTGCTTCCAAATGGGATGAG 2538
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 GACTCATCAGCTTATGTTCTTTTATCCAATATGTATGCTGCTGCTTCCAAATGGGATGAG 2517
Query 2539 ATGAAACTTGCCCGGACGATGATGAAAGGGCACAAAGTGAAAAAAGACCCAGGTTTCAGT 2598
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2518 ATGAAACTTGCCCGGACGATGATGAAAGGGCACAAAGTGAAAAAAGACCCGGGTTTCAGT 2577
Query 2599 TGGATCGAGGTGAAAAACAAGATCCATCTATTTGTCGTGGACGATAGGTCAAACCCGCAA 2658
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 2578 TGGATCGAGGTGAAAAACAAGATACATATATTTGTCGTGGATGATAGGTCAAACCGGCAA 2637
Query 2659 ACCGAGTTGATATACAAGAAAGTAAAAGATATGATAAGAGACATCAAACAAGAAGGGTAT 2718
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 ACCGAGTTGATATACAGGAAAGTAAAAGACATGATAAGAGACATCAAACAAGAAGGGTAT 2697
Query 2719 GTTCCTGAGACAGATTTCACACTTGTGGATGTGGAAGAAGAAGAGAAAGAGCGCGCCCTG 2778
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2698 GTTCCTGAGACAGATTTCACACTTGTAGATGTGGAAGAAGAAGAGAAAGAGCGTGCCCTG 2757
Query 2779 TACTACCACAGCGAGAAGCTGGCAGTTGCTTTCGGACTTTTGAGCTCTCCTCCATCCACA 2838
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2758 TACTACCACAGTGAGAAGCTAGCAGTTGCTTTCGGACTTTTGAGCACTCCTCCATCCACA 2817
Query 2839 CCGATCCGTGTGATTAAGAATCTACGCGTCTGTGGAGATTGTCACAATGCGATGAAATAT 2898
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2818 CCAATCCGTGTGATTAAGAATCTACGCGTCTGTGGAGATTGTCACAACGCGATGAAATAT 2877
Query 2899 ATAGCAAAGGTGTATGATAGAGAGATTGTACTTAGAGATGCAAACCGGTTTCACCGGTTC 2958
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 ATAGCAAAGGTGTATAATAGAGAGATTGTACTTAGAGATGCAAACCGGTTTCACCGGTTC 2937
Query 2959 AAAGACGGTATTTGCTCATGTGGTGATTATTGGTAG 2994
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 AAGGATGGTATTTGCTCATGTGGTGATTATTGGTAG 2973
Score = 84.2 bits (45), Expect = 7e-15
Identities = 57/63 (90%), Gaps = 0/63 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCGAGCAACCTCCAAGGCCATCCCTTTCTCCTTTCACAGAGCTCCCAAAGTTCAATGT 60
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||
Sbjct 1 ATGCGATCAACCTCCAAGGCCATCCCTTTCTCCTTTCACACATCTCTCATTGTTCAATGT 60
Query 61 CTC 63
|||
Sbjct 61 CTC 63
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 148845319881
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5