BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491378
Length=2753
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G33090.1 | Symbols: APM1, ATAPM1 | aminopeptidase M1 | chr4:... 4458 0.0
> AT4G33090.1 | Symbols: APM1, ATAPM1 | aminopeptidase M1 | chr4:15965741-15970456
REVERSE LENGTH=2852
Length=2852
Score = 4458 bits (2414), Expect = 0.0
Identities = 2578/2659 (97%), Gaps = 4/2659 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTGCAAGTTATAGAAAATGGATCAGTTCAAAGGTCAGCCTCGTCTACCCAAGTTCGCCG 60
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 22 TCTGCAAGTAATAGAAAATGGATCAGTTCAAAGGTGAGCCTCGTCTACCCAAGTTCGCCG 81
Query 61 TCCCCAAGCGCTACGATCTCCGCCTCAATCCCGATCTCATCGCCTGCACCTTCGCCGGAA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 82 TCCCCAAGCGCTACGATCTCCGCCTCAATCCCGATCTCATCGCCTGCACCTTCACTGGAA 141
Query 121 CTGTTGCCATCGACCTCGACATAGTCGCCGATACTCGTTTCATCGTTCTCAACGCAGCTG 180
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 142 CTGTAGCCATCGATCTCGACATAGTCGCCGATACTCGTTTCATCGTTCTCAACGCAGCTG 201
Query 181 ATCTCTCCGTCAACGATGCCTCCGTTTCCTTCACTCC-CCGTTCCTCCTCTAAGGCGCTT 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 202 ATCTCTCCGTCAACGATGCCTCCGTTTCCTTCACTCCTCC-TTCCTCCTCTAAGGCGCTT 260
Query 240 GCACCTCCAAAAGTTGTCATGTTTGAGGAGGATGAGATTCTAGTGCTTGACTTTGGTGAG 299
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 261 GCAGCTCCAAAAGTTGTCTTGTTTGAGGAGGATGAGATTCTCGTGCTTGAGTTTGGTGAG 320
Query 300 ATTCTTCCCCATGGAGTGGGAATTCTGGAACTGGGGTTCAATGGAGTACTAAATGACAAA 359
||||||||||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 321 ATTCTTCCCCATGGAGTGGGAGTTCTGAAACTTGGTTTCAATGGAGTACTAAATGACAAA 380
Query 360 ATGAAGGGATTCTACAGAAGTACCTATGAACATAACGGTGAGAAGAAGAATATGGCAGTT 419
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 ATGAAGGGATTCTACAGAAGTACTTATGAACATAACGGTGAGAAGAAGAATATGGCAGTT 440
Query 420 ACCCAGTTTGAGCCAGCTGATGCAAGGAGATGCTTTCCGTGCTGGGATGAACCTGCTTGC 479
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 441 ACCCAGTTTGAACCAGCTGATGCTAGGAGATGCTTTCCATGTTGGGATGAACCTGCTTGC 500
Query 480 AAGGCTACCTTCAAGATTACATTAGAGGTGCCAACTGATTTGGTGGCTCTCTCCAATATG 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 AAGGCTACCTTCAAGATTACATTAGAGGTGCCAACTGATTTGGTGGCTCTCTCCAATATG 560
Query 540 CCAGTCATGGAGGAGAAAGTCAATGGGAATCTGAAGATTGTCTCCTATCAAGAGTCACCA 599
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 CCAATAATGGAGGAGAAAGTCAATGGGAATCTGAAGATTGTCTCCTATCAAGAGTCACCA 620
Query 600 ATCATGTCTACATATTTGGTAGCAATTGTTGTTGGTTTGTTTGACTACGTGGAAGATCAT 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 ATCATGTCTACATATTTGGTAGCAATTGTTGTTGGTTTGTTTGACTACGTGGAAGATCAT 680
Query 660 ACATCTGATGGGGTTAAAGTCAGAGTATACTGTCAAGTGGGCAAAGCCGACCAAGGGAAA 719
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 ACATCCGATGGGATTAAAGTCAGAGTATACTGTCAAGTGGGCAAAGCCGACCAAGGGAAA 740
Query 720 TTTGCATTGCATGTTGGTGCCAAGACATTGGATCTGTTCAAAGAGTACTTTGCTGTGCCA 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TTTGCATTGCATGTTGGTGCCAAGACATTGGATCTGTTCAAAGAGTACTTTGCTGTGCCA 800
Query 780 TATCCCCTTCCCAAAATGGATATGATTGCAATACCAGATTTTGCTGCCGGAGCTATGGAG 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 801 TATCCCCTTCCCAAAATGGATATGATTGCAATACCAGATTTTGCTGCCGGAGCTATGGAG 860
Query 840 AATTATGGTTTAGTTACATACCGTGAAACAGCTCTTCTCTATGATGAGCAACATTCAGCA 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 861 AATTATGGTTTAGTTACATACCGTGAAACAGCTCTTCTCTATGATGAACAACATTCAGCT 920
Query 900 GCTTCTAACAAACAGAGGGTTGCCACTGTAGTTGCTCATGAACTGGCCCACCAGTGGTTT 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 921 GCTTCTAACAAACAGAGGGTTGCCACTGTAGTTGCTCATGAACTGGCCCACCAGTGGTTT 980
Query 960 GGCAATCTTGTTACTATGGAGTGGTGGACTCATCTATGGCTGAATGAGGGTTTTGCTACT 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 981 GGCAATCTTGTTACTATGGAGTGGTGGACTCATCTATGGCTGAATGAGGGTTTTGCTACT 1040
Query 1020 TGGGTCAGCTACTTGGCTACTGATAGTTTGTTCCCTGAATGGAAAATCTGGACCCAGTTT 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1041 TGGGTCAGCTACTTGGCTACTGATAGTTTGTTCCCTGAATGGAAAATCTGGACCCAGTTT 1100
Query 1080 TTAGATGAATCTACTGAGGGTCTAAGGCTAGATGGGCTTGAGGAGTCTCACCCGATAGAG 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1101 TTAGATGAATCTACTGAGGGTCTAAGGCTAGATGGGCTTGAGGAGTCTCACCCGATAGAG 1160
Query 1140 GTGGAGGTTAATCATGCTGCTGAAATTGATGAAATATTTGATGCAATAAGCTATAGGAAG 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1161 GTGGAGGTTAATCATGCTGCTGAAATTGATGAAATATTTGATGCAATAAGCTACAGAAAG 1220
Query 1200 GGTGCATCTGTCATCCGCATGCTACAAAGCTATCTTGGTGCTGAAATTTTTCAGAAGTCT 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1221 GGTGCATCTGTCATCCGCATGCTACAAAGCTATCTTGGTGCTGAGGTTTTTCAGAAGTCT 1280
Query 1260 CTTGCTGCATATATTAAAAATCACGCTTACTCGAACGCGAAGACAGAAGATTTATGGACT 1319
||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1281 CTTGCTGCATACATTAAAAATCACGCTTATTCAAACGCGAAGACAGAAGATTTATGGGCT 1340
Query 1320 GCTTTGGAAGCTGGATCAGGAGAACCTGTGAACAAGCTTATGAGTTCTTGGACAAAGCAA 1379
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 GCTTTGGAAGCGGGATCCGGAGAACCTGTGAACAAGCTTATGAGTTCTTGGACAAAGCAA 1400
Query 1380 AAAGGATATCCTGTTGTCTCAGCCAAGATTAAAGATGGAAAATTGGAACTTGAACAGTCT 1439
|||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1401 AAAGGATATCCTGTCGTCTCAGCCAAAATAAAAGATGGAAAATTGGAACTCGAGCAGTCT 1460
Query 1440 CGTTTCCTGTCAAGTGGTTCTCCTGGGGAAGGACAATGGATTGTGCCAGTAACTTTGTGC 1499
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 1461 CGATTCTTGTCAAGTGGTTCTCCTGGGGAAGGACAATGGATTGTACCAGTGACCTTGTGT 1520
Query 1500 TGTGGTTCATATGAAAAGCGCAAAAACTTCTTATTGGAATCCAAATCTGGAGCGTATGAT 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1521 TGTGGTTCATATGAAAAGCGCAAAAACTTCTTATTAGAATCCAAATCTGGAGCGTATGAT 1580
Query 1560 TTAAAGGAATTATTAGGCTGCTCCATTGCCGAGGGTAGCGACAAAAACAATGGGACATGT 1619
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1581 TTAAAGGAATTATTGGGCTGCTCCATTGCCGATGGTAGCGACAAAATTAATGGGACATGT 1640
Query 1620 TCGTGGATAAAAATCAATGTTGATCAGGCTGGTTTCTATAGGGTGAAATATGATGACAGC 1679
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1641 TCTTGGATAAAAATCAATGTTGATCAGGCTGGATTCTATAGGGTGAAATATGATGACAGC 1700
Query 1680 CTTGCGGCTGGACTCAGAAATGCAACAGAGAGTAAAAGCTTGACGTCTATCGATAGATAT 1739
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1701 CTTGCGGCTGGACTCAGAAATGCAACAGAGAGCCAAAGCTTGACTTCTATCGATAGATAT 1760
Query 1740 GGTATTTTGGATGATTCTTTTGCACTTTCTATGGCTCGTCAGCAATCTCTGGCCTCTTTG 1799
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1761 GGTATTTTGGATGATTCGTTTGCACTTACTATGGCTCGTCAGCAATCACTGGCCTCATTG 1820
Query 1800 CTCACTTTGAT-TAGTGCTTACAAGGAGGAACTTGACTATACCGTGCTGTCAAATCTTAT 1858
||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1821 CTCACTTTG-TGTAGTGCTTACAAGAAGGAACTTGACTATACTGTGCTGTCAAATCTTAT 1879
Query 1859 TGCTATAAGCTACAAAGTTGTGAAGATTGGAGCAGATGCAGATCAAGCACTGATGTCTGG 1918
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1880 TGCTATAAGCTACAAAGTTGTGAAGATTGGAGCAGATGCAAATCAAGAACTGATGTCTGG 1939
Query 1919 GATTAAACATTTCTTCATTGGCGTTTTCCAATTTGCTGCTGGGAAACTTGGTTGGGACCC 1978
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1940 GATTAAACATTTCTTCATTGGCGTTTTCCAGTTTGCTGCTGGGAAACTTGGTTGGGATCC 1999
Query 1979 TAAACAAGGCGAGAGCCATCTAGATGCTATGCTGAGAGGGGAAGTCTTAACTGCACTTGC 2038
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2000 TAAGCAAGGCGAGAGCCATCTAGATGCTATGCTGAGAGGGGAAGTCTTAACTGCACTTGC 2059
Query 2039 TGTGTTTGGGCATGATGAGACACTAAAGGAAGCAGTTCGAAGATTTGATGCATTTTTGGC 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2060 TGTGTTTGGGCATGATGAGACACTAAAGGAAGCAGTTCGAAGATTTGATGCATTTTTGGC 2119
Query 2099 TGATAGGAACACTTTGCTTCTGCCTCCTGACATTAGAAGGGCTGCTTATGTTGCTGTAAT 2158
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2120 TGATAGGAACACTCCGCTTCTGCCTCCTGACATTAGAAGGGCTGCTTATGTTGCTGTAAT 2179
Query 2159 GCAGAGAGCTAACAAGTCAGACAAATCTGGTTATGAGTCTCTTCTGAGAGTTTATAGGGA 2218
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2180 GCAGAGAGCTAACAAATCAGACAAATCTGGTTATGAGTCTCTTCTGAGAGTTTATAGGGA 2239
Query 2219 AACCGACCTGAGCCAAGAGAAAACACGAATCTTAGGTTCTTTAGCATCTTGCCCAGACCC 2278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2240 AACCGACCTGAGCCAAGAGAAAACACGAATCTTAGGTTCTTTAGCATCTTGCCCAGACCC 2299
Query 2279 CACTATAGTTCAAGATGTTCTTAACTTCGTATTGTCTGATGAGGTCCGTAATCAAGATGC 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2300 CACTATAGTTCAAGATGTTCTTAACTTCGTATTGTCTGATGAGGTCCGTAATCAAGATGC 2359
Query 2339 ACTTTATGGACTTTCCGGTGTAAGTTGGGAAGGACGTGAAGTAGCTTGGAAATGGCTACA 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2360 ACTTTATGGACTTTCCGGTGTAAGTTGGGAAGGACGTGAAGTAGCTTGGAAATGGCTACA 2419
Query 2399 AGAGAAGTGGGAGTATATAGGAAACACATGGGGCTCCGGATTTCTCATAACGCGCTTCAT 2458
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2420 GGAAAAGTGGGAGTATATAGGAAACACATGGGGCTCCGGATTTCTCATAACACGCTTCAT 2479
Query 2459 AAGTGCAGTTGTATCACCGTTTGCGTCGTTTGAGAAAGCCAAGGAAGTGGAGGAGTTTTT 2518
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2480 AAGTGCAGTTGTATCGCCGTTTGCGTCGTTTGAGAAAGCCAAAGAAGTGGAGGAGTTTTT 2539
Query 2519 TGCAACAAGATCAAAGCCTTCGATGGCAAGAACCTTGAAGCAGAGCATTGAAAGGGTACA 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2540 TGCAACAAGATCAAAGCCTTCGATGGCAAGAACCTTGAAGCAGAGCATTGAAAGGGTACA 2599
Query 2579 TATAAACGCCAATTGGGTGGAGAGTATCAAGAAGGAAGATAATCTCACGCAGCTCGTTGC 2638
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2600 TATCAATGCCAATTGGGTGGAGAGTATCAAGAAGGAAGATAATCTCACGCAGCTCGTTGC 2659
Query 2639 TCAGCTCTCTTCAAACTAA 2657
|||||||||||||||||||
Sbjct 2660 TCAGCTCTCTTCAAACTAA 2678
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 136755086618
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5