BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491431
Length=2521
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G32760.2 | Symbols: | ENTH/VHS/GAT family protein | chr4:15... 4087 0.0
AT4G00420.2 | Symbols: | Double-stranded RNA-binding domain (D... 130 7e-29
> AT4G32760.2 | Symbols: | ENTH/VHS/GAT family protein | chr4:15799077-15804173
FORWARD LENGTH=2671
Length=2671
Score = 4087 bits (2213), Expect = 0.0
Identities = 2441/2547 (96%), Gaps = 31/2547 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGAGAGAGAGAAGGGCGTGAATTCCTGAGCGAGAGATTCTTCGCCGGAGTAATCTCTTTG 60
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 128 AGAAAGAGAGAAGGGCGTGAATTCCTGAGCGAGAGATTCTTCGCCGGAGTAATCTCTTTG 187
Query 61 CGTGATCTTA-CGGCTGCTTAATTCTTCTTCGCCTGATT--AAAGCTT----ATTTGTCT 113
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | || ||| ||||
Sbjct 188 CGTGATCTTACCGGCTGCTTAATTCGTCTTCGCCTGATTCGTTGGTTTCAAAATTCGTCT 247
Query 114 CTCTCTTTCAATCGGAGGTTAA-T-TTTTTCGGTTTGGGGGTCAAAGCAAAGATGGTGAA 171
|||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 248 CTCTCTTTCAATCGGAGGTTAATTGTTTTTCTGTTTGGGGGTCAAAGCGAAGATGGTGAA 307
Query 172 CGCTATGGTGGAGAGAGCGACGAGCGAGATGCTGATCGGACCTGATTGGGCTATGAATCT 231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 308 CGCTATGGTGGAGAGAGCGACGAGCGAGATGCTGATCGGGCCTGATTGGGCTATGAACCT 367
Query 232 CGAGATCTGTGATATGCTCAATAGCGATCCAGCGCAAGCAAAAGATGTTGTGAAAGGCAT 291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 368 CGAGATCTGTGATATGCTCAATAGCGATCCAGCGCAAGCAAAAGATGTTGTGAAAGGCAT 427
Query 292 TAAAAAACGGATTGGTAGCAGGAATCCAAAAGCTCAACTTCTTGCCTTAACTCTGCTTGA 351
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 428 TAAAAAACGGATTGGTAGCAGGAATCCAAAAGCTCAGCTTCTTGCCTTAACTCTGCTTGA 487
Query 352 GACAATAGTGAAGAACTGTGGTGACATGGTTCATATGCATGTGGCTGAGAAGGGTGTTAT 411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 488 GACAATAGTGAAGAACTGTGGTGACATGGTTCATATGCATGTGGCTGAGAAAGGTGTTAT 547
Query 412 TCATGAGATGGTCCGGATAGTTAAGAAGAAGCCGGACTTCCATGTCAAAGAGAAGATTCT 471
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 548 TCATGAGATGGTCCGGATAGTTAAGAAGAAGCCGGACTTCCATGTCAAAGAGAAGATTCT 607
Query 472 GGTCCTTATCGATACATGGCAAGAGGCCTTTGGTGGCCCTAGGGCAAGATATCCACAATA 531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 608 GGTCCTTATCGATACATGGCAAGAGGCCTTTGGTGGCCCTAGGGCAAGATATCCACAATA 667
Query 532 CTATGCAGGATACCAGGAATTGTTGCGTGCTGGGGCTGTTTTCCCTCAGAGATCAGAGAG 591
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 668 CTATGCAGGATACCAGGAATTGTTGCGTGCTGGTGCTGTTTTCCCTCAGAGATCAGAGAG 727
Query 592 ATCAGCTCCTGTGTTCACACCTCCACAAACACAGCCTTTGACGTCTTACCCTCCAAATCT 651
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 728 ATCAGCTCCTGTGTTCACACCTCCTCAAACACAGCCTTTGACATCTTACCCTCCAAATCT 787
Query 652 TCGTAACGCTGGACCTGGTAATGATGTGCCTGAACCTTCAGCAGAGCCAGAATTTCCGAC 711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 788 TCGTAACGCTGGACCTGGTAATGATGTGCCTGAACCTTCAGCAGAGCCAGAATTTCCGAC 847
Query 712 CCTAAGTTTGTCGGAGATTCAAAATGCAAAAGGTATCATGGATGTGCTTGCGGAAATGCT 771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 848 TCTAAGTTTGTCGGAGATTCAAAATGCAAAAGGTATCATGGATGTGCTTGCGGAGATGCT 907
Query 772 GAGTGCATTAGAGCCCGGAAACAAGGAGGATCTCAAACAAGAAGTGATGGTCGATCTGGT 831
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 908 GAGTGCATTAGAGCCCGGAAACAAGGAGGATCTCAAACAAGAGGTTATGGTCGATCTGGT 967
Query 832 GGAGCAGTGTCGTACATACAAACAAAGAGTGGTACACCTCGTCAACTCGACTTCGGACGA 891
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 968 GGAGCAGTGTCGTACATACAAACAAAGAGTGGTGCACCTCGTCAACTCGACTTCGGACGA 1027
Query 892 GTCTTTGTTATGTCAAGGTCTGGCTTTGAATGATGACTTGCAGCGTGTCTTAACCAATTA 951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1028 GTCTTTGTTATGTCAAGGTCTGGCTTTGAATGATGACTTGCAGCGTGTCTTAACCAATTA 1087
Query 952 TGAAGCAATCGCTTCTGGATTACCTGGAACTTCTGCTCAGATCGAGAAGCCCAAGTCCGA 1011
||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088 TGAAGCAATTGCTTCTGGATTACCTGGAACTTCTTCTCAGATCGAGAAGCCCAAGTCCGA 1147
Query 1012 GACAGGAAAATCCCTTGTTGATGTTGATGGTCCACTTATTGATACCGGGGACAGCAGTAA 1071
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1148 GACAGGAAAATCCCTTGTTGATGTTGATGGTCCACTTATTGATACAGGGGACAGCAGTAA 1207
Query 1072 TCAGGCGAACGGAGCTACATCAAGTTCTGGTAACGGGGTTCTAAATCAGTTGGCCCTCCC 1131
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1208 TCAGGCGAACGGAGCTACATCGAGCTCTGGTAACGGGGTTCTAAATCAGTTGGCCCTCCC 1267
Query 1132 TGCACCACCTGTAACTAATGGTTCAGCCAATTCCAAAATAGACCTCCTTAGTGGCGATGA 1191
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1268 TGCACCACCTGTAACTAATGGTTCAGCCAATTCCAAAATAGACCTCCTCAGTGGCGATGA 1327
Query 1192 TCTTGCCCTTTTTCCTGTTGGACCTCCTCAGCCAGCAAGTCCGGTTGCATCAGATCAAAA 1251
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1328 TCTTGCCCTTGTTCCTGTTGGACCTCCTCAGCCAGCAAGTCCGGTTGCATCAGATCAAAA 1387
Query 1252 TGCGCTTGCCCTTATTGATATGTTCTCAGACAATACTAATAATCCAAGTCCTGCAACTGC 1311
||| || |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388 TGCACTCGCCCTTATCGACATGTTCTCAGATAATACTAATAATCCAAGTCCTGCAACTGC 1447
Query 1312 ACCAACTGGCAATCCAGCCCAGAGTATTCCTTTGAATCCTCAAGGGCACCAACAACCAAA 1371
||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1448 ACCAAGTGGCAATCCAGCTCAGAATATTCCTTTGAATCCTCAAGGGCACCAACAACCAAA 1507
Query 1372 TAGTCAAGCTGGAGAAGCTGGCTTACAACCATCCAATGGATCTGCGTCTCAAATGGGTTA 1431
||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||
Sbjct 1508 TAGTCAAGCTGGAGAAGCTGGATTACAACAATCCAATGGATTTGCGCCTCAAGTGGGTTA 1567
Query 1432 TTCGCAGTTTGAGCAGCCATCATACGGGCAAGGAGTCTCTTCTCCCTGGAGCAGTCAGCC 1491
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568 TTCGCAGTTTGAGCAGCCATCATACGGGCAAGGAGTCTCTTCTCCCTGGAGCAGTCAGCC 1627
Query 1492 TGCACAGCAACCACACCAGCCATCTTATG--G-TGCCCAAGACAGTATGGCATTTCCACC 1548
||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1628 TGCACAGCAACCAGTCCAGCCATCTTATGAAGGTGCCCAAGACAGTACGGCATTTCCACC 1687
Query 1549 TCCCCCATGGGAAGCTCAGCTCCAAGACT-TCAGTCCCTCTGCGGAGTCAGGAAGTCCGT 1607
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1688 TCCCCCATGGGAAGCTCAGCTCCAAGACTAT-AGTCCCTCTGCGGAGTCAGGAAGTCCGT 1746
Query 1608 TTTCTCCTGGAATGCATCCAACACAGACCCCCTTCACACATGCTCAACCAGTTAACAACA 1667
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 TTTCTCCTGGAATGCATCCAACTCAGACTGCCTTCACACATGCTCAACCAGTTAACAACA 1806
Query 1668 ACAATCCATATCCTCAAATTCCCCAAACCGGGCCACCAGTCAACAACAACAGTCCATATG 1727
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1807 ACAATCCATATCCTCAAATTCCCCAAACCGGGCCACCAGTCAACAATAACAGTCCATATG 1866
Query 1728 CTCAAATGCCCCAAACAGATCAAGCAGTTAACAACAACAGTCCATATCCTCAAATGCCAC 1787
|||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1867 CTCAAATGCCCCAAACAGGTCAAGCAGTTGCCAACATCAGTCCATATCCTCAAATTCCAC 1926
Query 1788 AAAACGGTATGTACATGCCAAACCAACCAAATCAGGTTCTTGGGTCAGGCTATCCACCTC 1847
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1927 AAAACGGCGTGTACATGCCAAACCAACCAAATCAGGCTCTTGGGTCAGGCTATCAACCAC 1986
Query 1848 AGCAACAACAGCAGCAGCAGATGATGATGGCTCAGTACTATGCCCAACAGCAACAGC-A- 1905
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1987 AGCAACAACAGCAGCAGCAGATGATGATGGCTCAGTACTATGCCCAACAGCAACAGCTAC 2046
Query 1906 A-CA---------GCAACAGGCGTATGGAAACCAGATGGGAGGATACGGATATGGCTATA 1955
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2047 AGCAACAACAACAGCAACAGGCGTATGGAAACCAGATGGGAGGATACGGATATGGCTATA 2106
Query 1956 ATCAACAGCAACAAGGAAGCAGCCCATATCTGGACCAGCAAATGTACGGTTTATCCATGA 2015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2107 ATCAACAGCAACAAGGAAGCAGCCCATATCTGGACCAGCAAATGTACGGTTTATCCATGA 2166
Query 2016 GAGACCAGACATCGCATCAGGTACCATCATCATCATCTACCACATCTTATCTGCCTCCAA 2075
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2167 GAGACCAGACATCGCATCAGGTAGCATCATCATCATCTACCACATCTTATCTGCCTCCAA 2226
Query 2076 TGAAACCTAAGAATAAACCAGAGGACAAGCTATTTGGGGATCTTGTGGACATCTCCAAAT 2135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2227 TGAAACCTAAGAATAAACCAGAGGACAAGCTATTTGGGGATCTTGTGGACATCTCCAAAT 2286
Query 2136 TCAAGCCTACAAAACCGACTTCCGGAAGAGCTGGAACCATGTGAAAAATCCTCCATCCAT 2195
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2287 TCAAGCCTACAAAACCGACTTCCGGAAGAGCTGGTACCATGTGAAAATTCCTCCATCCAT 2346
Query 2196 CCATCATTTATCAGTATTCATCTCCTCTGTCTTTCTCAGCTAACTCTCTTTCTTCTCTTC 2255
||||||||| ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2347 TCATCATTTACCAGTATTCATCTCCTCTATCCTCCTCAGCTAACTCTCTTTCTTCTCTTT 2406
Query 2256 GTTAAGCTTTTTTCATCATTGATTTTATTACCCTCTTGGGAGATA-CATAGATATACATA 2314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2407 GTTAAGCTTTTTTCATCATTGATTTTATTACCCTCTTGGGAGATAACATAGATATACATA 2466
Query 2315 TATGTTATGTTCTTCCTTATAATTTACCGTTGGTTATGGATTTGTATATTTGTTGTAGAG 2374
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 2467 TGTGTTATGTTCTTCCTTATAATTTACCGTTGGTTATGGGTTTGTATATTTCTTGTAGAG 2526
Query 2375 AAAAGAAAACTGGAAAATCTTTTGTTGAGAACTCAGCGAGTTGGGGTTTGTCTCGAGATT 2434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2527 AAAAGAAAACTGGAAAATCTTTTGTTGAGAACTCAGCGATTTGGGGTTTGTCTCGAGATT 2586
Query 2435 CTATTTTAGGACCTTTTAATCTC--ATTTGTGTATTCAGACCTTTTATTTGGTATATGAC 2492
|||||||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2587 CTATTTTAGGACATTTTAATCTCTCATTTGTATTTTCAGACCTTTTATTTGTTATAT--C 2644
Query 2493 CATTGGCAATAAAGTTTGATATCAATT 2519
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2645 CATTGGCAATAAAGTTTGATATCAATT 2671
> AT4G00420.2 | Symbols: | Double-stranded RNA-binding domain
(DsRBD)-containing protein | chr4:181323-184387 REVERSE LENGTH=1052
Length=1052
Score = 130 bits (70), Expect = 7e-29
Identities = 77/80 (96%), Gaps = 1/80 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 265 GCAAGCAAAAGATGTTGTGAAAGGCA-TTAAAAAACGGATTGGTAGCAGGAATCCAAAAG 323
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 139 GCAAGCAAAAGATGTTGTGAAAGGCATTTAAAAAACGGATTGGTAGCAGGAATCCAAAAG 198
Query 324 CTCAACTTCTTGCCTTAACT 343
|||| ||||||||| |||||
Sbjct 199 CTCAGCTTCTTGCCATAACT 218
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125116355842
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5