BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491464
Length=3249
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G32551.2 | Symbols: LUG | LisH dimerisation motif;WD40/YVTN ... 3413 0.0
> AT4G32551.2 | Symbols: LUG | LisH dimerisation motif;WD40/YVTN
repeat-like-containing domain | chr4:15707481-15713662 FORWARD
LENGTH=3595
Length=3595
Score = 3413 bits (1848), Expect = 0.0
Identities = 1986/2053 (97%), Gaps = 7/2053 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1201 GGTTCAAATCAAGGCAGCAACAACCTTACACTTAAAGGGTGGCCACTCACTGGATTTGAT 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1463 GGTTCAAATCAAGGCAGCAACAACCTTACACTTAAAGGGTGGCCACTCACTGGATTTGAT 1522
Query 1261 CAGCTTCGTTCTGGTCTTCTTCAGCAGCAAAAACCATTTATGCAGTCTCAGTCTTTTCAC 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1523 CAGCTTCGTTCTGGTCTTCTTCAGCAGCAAAAACCATTTATGCAGTCTCAGTCTTTTCAC 1582
Query 1321 CAACTCAACATGTTGACTCCGCAGCATCAGCAACAGCTCATGCTGGCTCAACAGAATCTA 1380
|||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1583 CAACTCAACATGCTAACTCCTCAGCATCAGCAACAGCTCATGCTGGCTCAACAGAATCTA 1642
Query 1381 AATTCACAGTCCGTCAGTGAAGAGAACAGAAGACTTAAAATGCTATTGAACAACCGGAGC 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1643 AATTCACAGTCCGTCAGTGAAGAGAACAGAAGACTGAAAATGCTATTGAACAACCGGAGC 1702
Query 1441 ATGAGTCTAGGAAAGGATGGCCTTGGGAGTTCTGTTGGGGATGTGCTACCAAATGTCGGA 1500
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1703 ATGACCCTAGGAAAGGATGGCCTTGGGAGTTCTGTAGGGGATGTGTTACCAAATGTCGGA 1762
Query 1501 TCGTCTTTACAACCTGGTGGCTCTCTTTTGCCTCGTGGAGACACCGATATGCTACTAAAG 1560
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1763 TCGTCATTACAACCTGGTGGCTCTCTTTTGCCTCGTGGAGACACCGATATGCTACTTAAG 1822
Query 1561 TTAAAGATGGCTCTGTTACAGCAGCAGCAGCAACATCAACAGCAGGGTGGTGGTAATCCA 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1823 TTAAAGATGGCTCTGTTACAGCAGCAGCAGCAAAATCAACAGCAGGGTGGTGGGAATCCA 1882
Query 1621 CCACAGCCACAGCCGCAGCCACAACCACTTAATCAGCTTGCCCTTTCAAATCCGCAACCA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1883 CCACAGCCACAGCCGCAGCCACAACCACTTAATCAGCTTGCCCTTACAAATCCGCAACCA 1942
Query 1681 CAGAGTTCAAATCACAGTATTCATCAACAAGATAAATTGGGAGGTGGTGGTAGTATTACG 1740
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1943 CAGAGTTCAAATCACAGTATTCATCAACAAGAGAAATTGGGAGGTGGTGGTAGTATTACG 2002
Query 1741 ATGGATGGTAGCATGTCAAATTCTTTTCGAGGAAACGAACAGGTATTGAAGAATCAGAGT 1800
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2003 ATGGATGGTAGCATTTCAAATTCTTTTCGAGGAAACGAACAGGTATTGAAGAATCAGAGT 2062
Query 1801 GGGAGGAAAAGAAAGCAACCGCTTTCGTCTTCTGGGCCAGCTAATAGTTCAGGAACAGCT 1860
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2063 GGGAGGAAAAGAAAGCAACCGGTTTCGTCTTCTGGACCAGCTAATAGTTCAGGAACAGCT 2122
Query 1861 AACACTGCGGGACCATCACCAAGCTCAGCACCTTCTACACCTTCAACTCATACTCCTGGA 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2123 AACACTGCGGGACCATCACCAAGCTCAGCACCTTCTACACCTTCAACTCATACTCCTGGA 2182
Query 1921 GATGTGATTTCTATGCCTAATCTGCCGCACAGCGGTGGTTCCTCCAAATCAATGATGATG 1980
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2183 GATGTGATCTCTATGCCTAATCTGCCGCACAGTGGTGGTTCCTCCAAATCAATGATGATG 2242
Query 1981 TTTGGCACTGAAGGAACTGGGACTCTTACATCTCCATCAAATCAGTTGGCTGATATGGAT 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2243 TTTGGCACTGAAGGAACTGGGACTCTTACATCTCCATCAAATCAGTTGGCTGATATGGAT 2302
Query 2041 CGATTTGTGGAAGATGGGTCACTTGACGACAATGTTGAGTCTTTTTTATCCCAGGAGGAT 2100
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2303 CGATTTGTGGAAGATGGATCACTTGACGACAATGTTGAGTCTTTTTTATCCCAGGAGGAT 2362
Query 2101 GGTGATCAACGGGACGCTGTTACGCGGTGTATGGATGTTAGTAAAGGTTTCACGTTTAAT 2160
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2363 GGTGATCAACGGGACGCTGTTACACGGTGTATGGATGTTAGTAAAGGTTTTACGTTTACT 2422
Query 2161 GAAGTGAATTCAGTACGAGCGAGCACAACCAAAGTTACCTGTTGCCACTTCTCATCGGAT 2220
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2423 GAAGTGAATTCAGTACGTGCGAGCACAACCAAAGTTACCTGTTGCCACTTCTCATCGGAT 2482
Query 2221 GGAAAAATGCTTGCTAGTGCCGGACATGACAAAAAGGCTGTACTATGGTACACAGACACT 2280
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2483 GGAAAAATGCTTGCTAGTGCTGGACATGACAAAAAGGCTGTACTATGGTACACAGACACT 2542
Query 2281 ATGAAGCCAAAGACGACCCTAGAGGAGCACACAGCTATGATAACAGATATACGTTTTAGT 2340
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2543 ATGAAGCCAAAGACGACCCTAGAGGAGCACACAGCTATGATAACAGATATCCGTTTTAGT 2602
Query 2341 CCAAGCCAACTTCGCCTTGCAACTTCTTCGTTTGACAAAACTGTCAGGGTTTGGGATGCT 2400
|| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2603 CCTAGCCAGCTTCGCCTTGCGACTTCTTCGTTTGACAAGACTGTCAGGGTTTGGGATGCT 2662
Query 2401 GATAATAAAGGTTATTCCCTTCGTACTTTCATGGGACATTCTTCTATGGTTACATCACTT 2460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2663 GATAATAAAGGTTATTCCCTTCGTACTTTCATGGGACATTCTTCTATGGTTACATCACTT 2722
Query 2461 GACTTCCATCCCGTCAAGGATGACCTCATATGTTCCTGTGACAATGATAACGAAATAAGG 2520
|||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2723 GACTTCCATCCCATCAAGGATGATCTTATATGTTCCTGTGACAATGATAACGAAATAAGG 2782
Query 2521 TACTGGAGCATCAACAATGGAAGTTGCACAAGAGTGTACAAGGGTGGTTCCACCCAGATG 2580
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2783 TACTGGAGTATCAACAATGGAAGTTGCACAAGAGTGTACAAGGGTGGTTCCACCCAGATA 2842
Query 2581 AGGTTCCAACCACGTGTTGGAAAGTATCTAGCGGCTTCATCAGCAAATCTTGTCAATGTA 2640
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2843 AGGTTCCAACCACGTGTTGGAAAGTATCTTGCGGCTTCATCAGCAAATCTTGTCAATGTA 2902
Query 2641 CTAGATGTTGAAACACAAGCTATTCGACACTCTTTACAGGGGCATGCTAATCCAATAAAC 2700
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2903 CTAGATGTAGAAACACAAGCTATTCGACACTCTTTACAGGGGCATGCTAATCCGATAAAC 2962
Query 2701 TCGGTGTGCTGGGATCCTTCTGGTGACTTCTTGGCATCGGTTAGTGAAGATATGGTAAAA 2760
||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2963 TCGGTTTGCTGGGATCCCTCTGGTGACTTCCTGGCATCTGTTAGTGAAGATATGGTAAAA 3022
Query 2761 GTATGGACACTGGGGACTGGTAGTGAAGGGGAATGTGTTCATGAGCTAAGCTGCAATGGC 2820
|||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3023 GTATGGACGCTGGGGACAGGTAGTGAAGGAGAATGTGTTCATGAGCTAAGCTGCAACGGG 3082
Query 2821 AACAAATTCCAGTCATGTGTTTTCCATCCCGCTTACCCCTCGCTGCTCGTAATTGGTTGC 2880
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3083 AACAAATTCCAGTCATGTGTTTTCCATCCGGCTTACCCCTCGCTGCTCGTAATTGGTTGC 3142
Query 2881 TACCAGTCTTTAGAACTATGGAACATGTCAGAGAACAAGACGATGACATTACCAGCTCAC 2940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3143 TACCAGTCTTTAGAACTATGGAACATGTCAGAGAACAAGACGATGACATTACCAGCTCAC 3202
Query 2941 GAAGGGCTAATTACGTCGTTGGCTGTATCAACTGCAACTGGATTGGTTGCATCAGCTAGT 3000
|||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3203 GAAGGGCTAATTACATCTTTGGCTGTTTCAACTGCAACTGGATTGGTTGCATCAGCTAGT 3262
Query 3001 CATGATAAACTAGTGAAGCTGTGGAAGTGAAAACTATGAGAG-G-AAAAGACATGTTTGT 3058
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| | ||||||
Sbjct 3263 CATGATAAGCTAGTGAAACTGTGGAAGTGAAAACTATGAGAGAGGAAAAGAGACGTTTGT 3322
Query 3059 TGTTTAGGTATTATTATTAGTAATCATGGtttttttt--AACTTGTAGTGTTCTCTCTCG 3116
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3323 TGTTTAGGTATTATTA---GTAATCATGGTTTTTTTTTTAACTTGTAGTGTTCTCTCTCG 3379
Query 3117 GCCATTATCTCGATCTCAAGATAGTTTTTCAGATATTGAACAAATGTTGTTGTATGATCT 3176
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3380 GCCATTATCTCGATCTCAAGATAGTTTTCCAGATGTTGAACAAATGTTGTTGTATGATCT 3439
Query 3177 GACTAAATTGGGATCTTGAGAAATTGTGAAAAACTCTCGTTGTAATCTTTACTAGTCCTT 3236
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3440 GACGAAATTGGGATCTTGAGAAATTGTGAACAACTCTTGTTGTAATCTTTACTAGTCCTT 3499
Query 3237 TTGGCTCAGCTTT 3249
|||||||||||||
Sbjct 3500 TTGGCTCAGCTTT 3512
Score = 1672 bits (905), Expect = 0.0
Identities = 1109/1197 (93%), Gaps = 55/1197 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 62 TGAAGTGTTTAATCTTATTCAGTTTCTGAGAAAATTAGGTGGGGAGGTGAAAAAGGGGGA 121
||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 155 TGAAGTGTTAAATCTTCTTCAGTTTCTGGGGAAATTAGGTGGGGAGGTGAAAAAGGGGGA 214
Query 122 AA-ATCATTGAATTTGGTTTCTCTCTGCTGTGCAATAAT--TTTCGGAGAGGATTGAGAA 178
|| || |||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||
Sbjct 215 AATATAATTGAAATTGGGTTCTCTCTGCTGTGCAATAATAATTTCTGAGAGGATTGTGAA 274
Query 179 GAA--GCTCTTATGTAAGAAGATA--TC------------TTACATGGGAATCTGACATT 222
||| ||| ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||
Sbjct 275 GAAGCGCTTTTATGTAAGAAGATATCTCATTATTAGTTATTTACATGAGAATCTGACATT 334
Query 223 CTAAACAACTGTCTGTGGGGTTAGTTTTGTCC-AAGAAC-A-ACAGAGATGTCTCAGACC 279
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 335 CTTAACAACTGTCTGTGGGGTTAGTTTTGTCCAAAGAACTATACAGAGATGTCTCAGACC 394
Query 280 AACTGGGAAGCTGATAAAATGTTGGATGTCTATATCCATGATTATCTGGTTAAAAGAGAT 339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 395 AACTGGGAAGCTGATAAAATGTTGGATGTCTATATCCATGATTATCTGGTTAAAAGAGAT 454
Query 340 TTGAAAGCTACAGCACAGGCTTTCCAAGCTGAAGGAAAAGTGTCATCGGATCCAGTCGCT 399
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 455 TTGAAAGCTACAGCTCAGGCTTTCCAAGCTGAAGGAAAAGTGTCATCGGATCCAGTTGCT 514
Query 400 ATCGACGCACCTGGTGGATTTCTGTTTGAGTGGTGGTCTGTCTTCTGGGATATATTTATT 459
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 515 ATTGACGCACCTGGTGGATTTCTGTTTGAGTGGTGGTCTGTCTTCTGGGATATATTTATT 574
Query 460 GCTAGGACCAATGAGAAGCATTCCGAGGTTGCTGCATCTTACATCGAGACACAGATGATC 519
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 575 GCTAGGACCAATGAGAAGCATTCCGAGGTTGCTGCATCTTACATAGAGACACAGATGATC 634
Query 520 AAAGCACGAGaacagcaattgcagcaatctcaacacccacaagtttcacagcagcagcag 579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 635 AAAGCACGAGAACAGCAATTGCAGCAATCTCAACACCCACAAGTTTCACAGCAGCAGCAG 694
Query 580 caacaacaacagcagcaaatacaaatgcaacaactcttgttgcaacgtgcacagcaacag 639
||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 695 CAACAACAACAACAGCAGATTCAAATGCAACAACTCTTGTTGCAACGTGCACAGCAACAG 754
Query 640 cagcagca--a-caacaacaacatcatcaccatcagcaacagca---gca---gcagca- 689
|||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 755 CAGCAGCAGCAACAACAACAACATCATCATCATCAGCAACAGCAACAGCAACAGCAGCAG 814
Query 690 -a-cagcaaca--a-catca--a--aa--------tcaa--cca-cc---ttctcaacag 726
| |||||||| | || || | || |||| ||| || ||||||||||
Sbjct 815 CAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAACAACAACATCAAAACCAACCACCTTCTCAACAG 874
Query 727 cagcagcagcaaccaacgcctcaacaccaacagcagccaacaccacagcagcagccacag 786
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 875 CAGCAGCAGCAATCAACGCCTCAACACCAACAGCAGCCTACACCACAGCAGCAGCCTCAG 934
Query 787 AGAAGAGACGGGTCCCACCTTGCAAATGGATCAGCAAATGGACTCGTTGGTAATAACAGT 846
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 935 AGAAGAGACGGGTCCCACCTTGCAAATGGATCAGCAAATGGACTCGTTGGTAATAACAGT 994
Query 847 GAACCAGTTATGAGGCAAAATCCTGGGTCTGGGAGCTCCTTAGCTAGTAAAGCATATGAG 906
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 995 GAACCAGTTATGAGGCAAAATCCTGGGTCTGGGAGTTCCTTAGCTAGTAAAGCATATGAG 1054
Query 907 GAGCGGGTCAAAATGCCTACTCAGAGGGAGTCCTTAGATGAGGCTGCTATGAAGCGATTT 966
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1055 GAGCGTGTAAAAATGCCTACTCAGAGGGAGTCCTTAGATGAGGCTGCTATGAAGCGATTT 1114
Query 967 GGGGACAATGTTGGGCAACTGTTGGATCCAAGTCATGCATCAATGTTGAAATCTGCTGCA 1026
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1115 GGGGACAATGTTGGACAACTGTTGGACCCAAGTCATGCATCAATATTGAAATCTGCTGCA 1174
Query 1027 GCCTCCGGACAGCCTGCAGGGCAAGTGTTACACAGTACAAGTGGTGGTATGTCTCCACAG 1086
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1175 GCCTCTGGACAGCCTGCAGGGCAAGTGTTACACAGTACAAGTGGTGGTATGTCTCCACAG 1234
Query 1087 GTTCAAGCTCGAAATCAGCAACTACCTGGGTCTGCAGTGGATATTAAAAGTGAGATCAAT 1146
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1235 GTTCAAACTCGAAATCAGCAACTTCCTGGGTCTGCAGTGGATATTAAAAGTGAGATCAAT 1294
Query 1147 CCCGTGCTCACTCCCAGAACTGCTGTTCCAGAAGGATCGTTGATTGGAATTCCTGGT 1203
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1295 CCCGTGCTCACTCCCAGAACTGCTGTTCCAGAAGGATCGTTGATTGGAATTCCTGGT 1351
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161637890346
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5