BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg491483 Length=2557 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT4G32430.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4013 0.0 > AT4G32430.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | chr4:15652892-15655474 FORWARD LENGTH=2583 Length=2583 Score = 4013 bits (2173), Expect = 0.0 Identities = 2454/2586 (95%), Gaps = 33/2586 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATCACCATTTCCCTCAGAAGCTAAAACCTCTCTTCTTCTCCGATATTAGTTCACTCGTTG 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| Sbjct 1 ATCACCATTTCCCTCAGAAGCTAAAACCTCTCTTCTTCTCCGATATAAGTACACTTGTTG 60 Query 61 CCGAATTAGAATCCCACTAGTTTGCTTCTCATGACCCTTCTGAATTATCTACACTGTAAT 120 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 61 TCGAATTAGAATCCGACTAGTTTGCTTCTCATGACCCTTCTGAACTATCTACACTGTAAT 120 Query 121 CGCTCAAAATCGTCACTTTTTCAAAGATTTTACTCTCCTTATAGAATTGCTCACAAGCTG 180 ||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 CGCTCAAAATCATTTCTTTTTCAGAGATTTTACTCTCCTTATAGAATTGCTCACAAGCTG 180 Query 181 TTCGATGGAAGTTCCCAGCGAAATGCGACAACTTCCATCAACCATTCAATCAGTGAATCC 240 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TTCGATGGAAGTTCCCAAAGAAATGCGACAACTTCCATTAACCATTCAATCAGTGAATCC 240 Query 241 TTACGGAGAAACTCTCCGGCACAAGCCCTTGCGATCTTCAAGGAAAATCTCCAGCTGGGT 300 ||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TTACGGAGAAATTCTCCGGCACGAGCTCTTTCGATCTTCAAGGAAAATCTCCAGCTGGGT 300 Query 301 TATTTTGGTCGTAATATGGACGAAGTTACTCTTTGTCTTGCGCTTAAAGCATGTCGTGGA 360 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 TATTTTGGTCGTCATATGGACGAAGTTACTCTTTGTCTTGCGCTTAAAGCATGTCGTGGA 360 Query 361 GACTTGAAACGCGGCTGCCAAATCCACGGGTTTTCCACAACTTGTGGGTTTACTTCCTTT 420 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| Sbjct 361 GACTTGAAACGCGGCTGCCAAATCCACGGGTTTTCCACAACTTCTGGGTTCACTTCCTTT 420 Query 421 GTCTGTGTTTCAAACGCTGTAATGGGTATGTACCGTAAAGCCGGTCGCTTTGACAATGCT 480 || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 GTTTGTGTTTCAAACGCAGTAATGGGTATGTACCGTAAAGCCGGTCGCTTTGACAATGCT 480 Query 481 TTGTACATATTTGAGAATCTGGTTGACCCTGATGTTGTTTCTTGGAACACTATACTCTCT 540 |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 TTGTGCATATTTGAGAATCTGGTTGATCCTGATGTTGTTTCTTGGAACACTATACTCTCT 540 Query 541 GGGTTTGATGACAATCAAATTGCTCTGAATTTTGTTGTTAGGATGAAATCTGCTGGAGTA 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 GGGTTTGATGACAATCAAATTGCTCTGAATTTTGTTGTTAGGATGAAATCTGCTGGAGTA 600 Query 601 GTTTTTGACGCATTCACTTATTCCACCGCTCTTAGCTTCTGTGTGGGCTCTGAAGGATTT 660 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 GTTTTTGACGCATTCACTTATTCCACTGCTCTTAGCTTCTGTGTGGGCTCTGAAGGATTT 660 Query 661 CGTTTAGGATTGCAGTTGCAATCTACTGTGGTGAAATCCGGACTGGAGTCTGATCTTGTC 720 | |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 CTTTTAGGATTGCAGTTGCAGTCAACTGTGGTGAAAACCGGACTGGAGTCTGATCTTGTC 720 Query 721 GTTGGAAATTCGTTCATTACAATGTATTCGCGGTCTGGAAGTTTCAGAGGAGCTCGGAGA 780 |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 GTTGGAAACTCGTTTATTACAATGTATTCGCGGTCTGGAAGTTTCAGAGGAGCTCGGAGA 780 Query 781 GTTTTTGATGAAATGCCGTTTAAGGATATGATCTCATGGAACTCTTTATTGTCAGGACTT 840 ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 GTTTTTGATGAAATGTCGTTTAAGGATATGATTTCATGGAACTCTTTATTGTCAGGACTT 840 Query 841 TCACAAGAAGGCACTTTTGGGTTTGAAGCGGTGCTTATCTTTAGGGACATGATGCGAGAA 900 || |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 TCTCAAGAAGGCACTTTCGGGTTTGAAGCAGTGGTTATCTTTAGGGACATGATGCGAGAA 900 Query 901 GGTGTGGAGCTTGATCACGTGTCTTTTACTAGCGTGATTACGACTTGTTGTCACGAAACA 960 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 901 GGTGTGGAGCTTGATCACGTGTCTTTTACTAGCGTGATTACTACCTGTTGTCACGAAACT 960 Query 961 GACTTGAAGCTGGCCAGGCAAATCCATGGTTTGTGCATAAAAAGAGGTTATGAATCACTT 1020 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 GACTTGAAGCTGGCCAGGCAAATTCATGGTTTGTGCATAAAAAGAGGTTATGAATCACTT 1020 Query 1021 TTAGAAGTTGGTAATATTTTGATGTCAAGGTACTCGAAGTGCGGGGTTTTAGAAGCTGTG 1080 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| Sbjct 1021 TTAGAAGTTGGTAATATTTTGATGTCAAGGTACTCCAAGTGTGGGGTTTTGGAAGCTGTG 1080 Query 1081 AAATCAGTGTTTTACCAAATGAGCGAGCGGAATGTTGTCTCTTGGACAACAATGATTTCC 1140 |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1081 AAATCAGTGTTTCACCAAATGAGTGAGCGGAATGTTGTCTCTTGGACAACAATGATTTCC 1140 Query 1141 TCGAATAGAGATGATGCTGTGTCCATCTTTCTTAATATGCGGTTAGATGGAGTTTACCCA 1200 ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1141 TCGAATAAAGACGATGCTGTGTCCATCTTCCTTAATATGCGGTTTGATGGAGTTTACCCT 1200 Query 1201 AACGAGGTCACATTTGTCGGATTACTCAACGCTGTGAAGTGCAATGAGCAAATCAAAGAA 1260 ||||||||||| ||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1201 AACGAGGTCACTTTTGTTGGATTAATCAATGCCGTGAAGTGCAATGAGCAAATCAAAGAA 1260 Query 1261 GGGCTTAAAATTCATGGGTTATGCATCAAGACCGGTTTTGTTTCAGAACCATCTGTAGGC 1320 |||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 GGGCTTAAAATTCATGGGCTATGCATCAAGACAGGCTTTGTTTCAGAACCATCTGTAGGC 1320 Query 1321 AACAGTTTCATCACAATGTATGCCAAGTTTGAGGCTCTGGAAGATGCCAAGAAGGCATTT 1380 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1321 AACAGTTTCATCACATTGTATGCCAAGTTTGAGGCTCTGGAAGATGCCAAGAAGGCTTTT 1380 Query 1381 GATGATATAACTTTCCGGGAGATTATTTCCTGGAATGCTATGATATCTGGATTTGCACAA 1440 || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 GAGGATATAACTTTCCGGGAGATTATATCCTGGAATGCTATGATATCTGGATTTGCACAA 1440 Query 1441 AATGGATTCTCACATGAAGCTCTAAAGATGTTCTTATCAGCAACAGCAGAAACAATGCCA 1500 ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| Sbjct 1441 AATGGATTCTCTCATGAAGCTCTCAAGATGTTCTTATCCGCAGCAGCAGAAACAATGCCG 1500 Query 1501 AATGAATACACTTTCGGAAGTGTCTTGAATGCAATAGCTTTTGCAGAGGATATATCTGTA 1560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1501 AATGAATACACTTTCGGAAGTGTCTTGAATGCAATAGCTTTTGCAGAGGATATATCTGTA 1560 Query 1561 AAGCACGGTCAGCGTTGCCATGCTCATTTACTGAAATTGGGTTTGAATAGTTGTCCTGTT 1620 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1561 AAGCAAGGTCAGCGTTGCCATGCTCATTTACTGAAATTGGGTTTGAATAGTTGTCCTGTT 1620 Query 1621 GTTTCAAGCGCGCTTCTTGATATGTACGCCAAGCGTGGGAACATTAATGAATCTGAGAAA 1680 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1621 GTTTCAAGCGCGCTTCTTGATATGTACGCCAAGCGTGGGAACATTGATGAATCTGAGAAA 1680 Query 1681 GTCTTTAACGAGATGTCTCAAAGGAACCAATTTGTTTGGACATCGATAATATCAGCCTAT 1740 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1681 GTCTTTAACGAGATGTCTCAAAAGAACCAATTTGTTTGGACATCGATAATATCAGCCTAT 1740 Query 1741 TCAAGCCACGGTGATTTC-AATTCCGTGATGAACTTGTTCCACGAGATGATTAAAGAAAA 1799 ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1741 TCAAGCCACGGTGATTTTGAAA-CCGTGATGAACTTGTTCCACAAGATGATTAAAGAAAA 1799 Query 1800 CGTAGCACCAGACCTAGTCACTTTTCTCTCTGTGTTAACAGCTTGTAATAGAAAAGGTAT 1859 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1800 CGTAGCACCAGACCTAGTCACTTTTCTCTCTGTGTTAACAGCTTGTAATAGAAAAGGAAT 1859 Query 1860 GGTAGACAAAGGGC-ATGAGATTTTGAACATGATGATCGAAGACTACAATCTTGAGCCGT 1918 ||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1860 GGTAGACAA-GGGCTATGAGATTTTCAACATGATGATCGAAGTCTACAATCTTGAGCCGT 1918 Query 1919 CTCATGAGCATTACTCATGTATGGTTGATATGCTTGGCCGAGCTGGGAGATTAAAAGAAG 1978 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1919 CTCATGAGCATTACTCATGTATGGTTGATATGCTTGGCCGAGCTGGGAGATTGAAAGAAG 1978 Query 1979 CAGAAGAGCTTATGAGTGAAGTTCCTGGAGGACCAGGAGAGTCGATGCTGCAGAGCATGC 2038 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1979 CAGAAGAGCTTATGAGTGAGGTTCCTGGAGGACCAGGAGAGTCGATGCTTCAGAGCATGC 2038 Query 2039 TCGGGTCTTGTAGACTGCACGGGAATGTGAAAATGGGAGCAAAAGTGGCTGAGCTTGCAA 2098 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2039 TCGGGTCTTGTAGGCTGCACGGGAATGTGAAAATGGGAGCAAAAGTGGCTGAGCTTGCAA 2098 Query 2099 TGGAGATGAAACCGGAATTGTCAGGATCTTACGTTCAGATGTATAACATCTATGCAGAGA 2158 |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2099 TGGAAATGAAACCGGAACTGTCAGGTTCTTACGTTCAGATGTATAACATCTATGCAGAGA 2158 Query 2159 AAGAACAGTGGGATAAAGCTGCAGAGATTAGGAAAGCAATGAGGAAGAAAAATGTAAGTA 2218 ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2159 AAGAAGAGTGGGATAAAGCTGCAGAGATCAGGAAAGCAATGAGGAAGAAAAACGTAAGTA 2218 Query 2219 AAGAAGCTGGATTCAGTTGGATCGATGTTGGTGACACTGAAGGGTCTTTAACGATGCAAG 2278 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2219 AAGAAGCTGGATTCAGTTGGATCGATGTTGGTGACACTGAAGGGTCTTTAACGATGCAAG 2278 Query 2279 GTTTCTCTTCAGGGGATAAGTCGCATCCGAAATCTGATGAGATTTATAGGATGGTGGAAA 2338 |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2279 GTTTCTCTTCAGGGGATAAGTCTCATCCAAAATCTGATGAGATTTATAGAATGGTGGAAA 2338 Query 2339 TTGTTGGATTGGAGATGAATTTGGCGGGGAAGGTTGCAGTTTAGGGCT-TT--T-AA-GT 2393 || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || || | || || Sbjct 2339 TTATTGGATTGGAGATGAATTTGGAGGGGAAAGTTGCAGTTTAGGACTCTTACTCAAAGT 2398 Query 2394 TCTAAA-A-----A---AT---T-A-------GAAATGTTAGCTATAGATTTACATGAAC 2433 |||||| | | || | | |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2399 TCTAAAGAGTTGTAGTTATAGATCAAAAATTAGAAATGTTAGCTATAGATTTACATGAAC 2458 Query 2434 TCACTGAGTGTATGATTA-TTG-ATTACTTGCTACCTACATACGTGCACATTGGTTATGT 2491 |||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||| || ||| Sbjct 2459 TCACTGAGTGTATGATTACTTTTATTT-TTGC-ACCTACATACGTGCACATTGATTTTGT 2516 Query 2492 AAGGACCATAGTAAACCGGTAAAGCATGGTTCTCTGATTTTGACCTTATTGACCGGTTCG 2551 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2517 AAGGACCATGGTAAACCGGTAAAGCATGGTTCTCTGATTTTGACCTTATTGACCGGTTCG 2576 Query 2552 ATTGAT 2557 |||||| Sbjct 2577 ATTGAT 2582 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 126922365790 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5