BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491515
Length=2899
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G32180.1 | Symbols: ATPANK2, PANK2 | pantothenate kinase 2 |... 4708 0.0
> AT4G32180.1 | Symbols: ATPANK2, PANK2 | pantothenate kinase 2
| chr4:15537559-15543779 REVERSE LENGTH=2935
Length=2935
Score = 4708 bits (2549), Expect = 0.0
Identities = 2770/2877 (96%), Gaps = 13/2877 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 31 AAAAATGGCGGGTCAAGAGGACGAGCATGATCCAATTCTTGACGATAAAAAAGAAGCTGA 90
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 61 AAAAATGGCGGGTCAAGAGGATGAGTATGATCCAATTCTTGACAATAAAAGAGAAGCTGA 120
Query 91 AGCAAAATCTGAGGTTTGTGTTGGTGGTGGTGAGAGAGATATGGCTCCTTCTACTTCTGG 150
|||||||||| |||||| ||||| || || | | | | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGCAAAATCTCAGGTTTCTGTTGCTGCTGAT-A-A-AAATATGGCTCCTTCTACTTCTGG 177
Query 151 AACTTCGATCCACAGATCGGGCTCTAGACCTCAGCTTGATCTAAGCAAAGCTGAAATTCA 210
||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 178 TACTCCGATCCACAGATCAGGCTCTAGACCTCAGCTTGATCTAAGCAAAGCCGAAATTCA 237
Query 211 GGGGAATCTCGAGGAGAGAGATCCCACCATTTTGTTGCCTAATCAGTCTGATGATATCTC 270
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 GGGGAACCTCGAGGAGAGAGATCCCACCATTTTATTGCCTAATCAGTCTGATGATATCTC 297
Query 271 TCATTTAGCTCTTGATATCGGAGGTTCTTTGATAAAGTTGTTGTATTTTTCACGACATGA 330
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 TCATTTGGCTCTTGATATCGGAGGTTCTTTGATAAAGTTGTTGTATTTTTCACGACATGA 357
Query 331 GGACTACTCGAATGATGGTGATAAGCGGAAGAGGACGATCAAGGAGAGATTGGGTATAAC 390
||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 358 GGACTACTCTAATGATGATGATAAGCGGAAGAGGACGATCAAGGAGAGATTGGGTATTAC 417
Query 391 TAATGGCAACTTGAGAAGCTATCCTGTTCTTGGTGGCAGACTTCATTTTGTCAAGTTTGA 450
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 CAATGGCAACTTGAGAAGTTATCCTGTTCTTGGTGGTAGACTTCATTTTGTCAAGTTTGA 477
Query 451 GACTCACAAAATAAATGAGTGCTTGGATTTTATTCATTCCAAGCAGCTTCATCGCCGAGA 510
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 GACTCACAAAATTAATGAGTGCTTGGATTTTATTCATTCCAAGCAGCTTCATCGCCGAGA 537
Query 511 TCCTTATCCTTGGAGTTCAAAAACCTTGCCTTTGGGGACTGGTGTTATCAAGGTCACAGG 570
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TCCTTATCCTTGGAGTTCAAAGACCTTGCCTTTGGGGACTGGTGTTATCAAGGTCACAGG 597
Query 571 TGGCGGGGCCTATAAATTTGCAGACTTGTTCAAGGAACGGCTGGGCGTTAGTATTGAGAA 630
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 TGGCGGGGCATTTAAATTTGCAGACTTGTTCAAGGAACGGCTGGGCGTTAGTATTGAGAA 657
Query 631 AGAAGATGAAATGCATTGCCTTGTTTCTGGAGCAAATTTTTTGCTCAAAGCTATTCGACA 690
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 658 AGAAGATGAAATGCATTGTCTTGTTTCTGGAGCAAATTTTTTGCTCAAGGCTATTCGACA 717
Query 691 TGAAGCCTTCACGCACATGGAGGGTGAGAAAGAATTTGTACAGATAGATCCCAATGACTT 750
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 TGAAGCCTTTACGCACATGGAGGGTGAGAAAGAATTTGTACAGATAGATCCCAATGACTT 777
Query 751 GTATCCCTATCTTCTTGTGAACGTTGGATCTGGTGTTAGCATAATCAAGGTTGATGGTGA 810
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 GTATCCTTATCTTCTTGTGAACGTTGGATCTGGTGTTAGCATAATCAAGGTTGATGGTGA 837
Query 811 GGGAAAGTTTGAACGTGTGAGTGGGACTAATGTTGGCGGTGGTACCTATTGGGGCTTAGG 870
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 AGGAAAGTTTGAACGTGTGAGTGGAACTAATGTTGGCGGTGGTACCTATTGGGGCTTAGG 897
Query 871 AAGACTTCTAACGAAGTGCAAGAGTTTTGATGAATTGCTAGAACTCAGCCAAAAGGGAGA 930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 AAGACTTCTAACGAAGTGCAAGAGTTTTGATGAATTGCTAGAACTCAGCCAAAAGGGAGA 957
Query 931 TAATAGTGCCATTGACATGCTCGTTGGTGATATTTATGGTGGCATGGATTATTCCAAGAT 990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 958 TAATAGTGCCATTGACATGCTCGTTGGTGATATTTATGGTGGCATGGATTACTCCAAGAT 1017
Query 991 TGGTCTCTCTGCTTCAACAATAGCTTCTAGTTTTGGCAAGGCCATATCTGAAAATAAGGA 1050
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1018 TGGTCTCTCTGCTTCAACAATAGCTTCTAGTTTTGGCAAGGCGATATCTGAAAATAAGGA 1077
Query 1051 ACTGGATGATTACAGACCTGAAGATATTTCCTTGTCTCTGCTGCGGATGATTTCGTACAA 1110
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1078 ACTGGACGATTACAGACCTGAAGATATTTCCTTGTCTCTGTTGCGGATGATTTCATACAA 1137
Query 1111 TATTGGGCAGATATCATACTTGAATGCCCTTCGCTTTGGGTTGAAGCGAATATTTTTTGG 1170
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 TATTGGGCAGATATCGTACTTGAATGCCCTTCGCTTTGGGTTGAAGCGAATATTTTTTGG 1197
Query 1171 AGGATTTTTCATAAGGGGTCACGCATATACCATGGACACAATTTCCTTTGCTGTACATTT 1230
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1198 AGGATTTTTCATAAGGGGTCATGCATATACCATGGATACAATTTCATTTGCTGTACATTT 1257
Query 1231 CTGGTCGAAAGGAGAGATGCAAGCTATGTTCTTGAGGCATGAAGGTTTTCTGGGTGCTCT 1290
|||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 CTGGTCTAAGGGAGAGATGCAAGCTATGTTCTTGAGACATGAAGGTTTTCTGGGTGCTCT 1317
Query 1291 TGGTGCGTTCATGAGCTATGAGAAGCACGGATTGGATGATTTAATGTCCCATCAGTTGGT 1350
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 AGGTGCGTTCATGAGCTATGAGAAGCACGGATTGGATGATTTAATGTCCCATCAGTTGGT 1377
Query 1351 TGAGAGGTTCCCAATGGGTGCACCATATACTGGAGGAAATATTCACGGACCACCGCTCGG 1410
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1378 TGAGAGGTTCCCAATGGGTGCACCATATACTGGAGGAAATATTCACGGACCACCACTCGG 1437
Query 1411 TGATTTGAACGAGAAGATTTCGTGGATGGAGAAGTTTGTGCGTAGAGGAACTGAAATAAC 1470
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TGATTTGGACGAGAAGATTTCGTGGATGGAGAAGTTTGTGCGTAGAGGAACTGAAATAAC 1497
Query 1471 TGCTCCTGTACCGATGACTCCATCAAAAACGACTGGGCTTGGAGGGTTTGAAGTTCCCTC 1530
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1498 TGCTCCTGTACCAATGACTCCATCAAAAACGACTGGGCTTGGAGGGTTTGAAGTTCCATC 1557
Query 1531 ATCCAGAGGTAGTGCTCTAAGATCTGACGCCAGTGCTTTAAATGTTGGTGTTCTCCATTT 1590
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1558 ATCCAGAGGTAGTGCTTTAAGATCTGACGCCAGTGCTTTAAATGTTGGTGTTCTCCATCT 1617
Query 1591 TGTGCCCACACTGGAGGTGTTCCCATTACTGGCTGATCC-AAAGACGTATGAGCCTAACA 1649
|||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1618 TGTGCCCACATTGGAGGTGTTCCCATTACTAGCTGATCCGAAA-ACGTATGAGCCTAACA 1676
Query 1650 CGATTGATCTATCAGATCAAGGCGAACGAGAGTACTGGCTCAAAGTTTTGTCCGAGCATT 1709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 CGATTGATCTATCAGATCAAGGCGAACGAGAGTACTGGCTCAAAGTTTTGTCCGAGCATT 1736
Query 1710 TGCCAGACCTCGTTGATACGGCTGTGGCAAGTGAAGGAGGAACTGAGGATGCGAAAAGGC 1769
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1737 TGCCAGACCTCGTTGATACGGCTGTAGCAAGTGAAGGAGGAACCGAGGATGCGAAAAGGC 1796
Query 1770 GGGGTGATGCTTTTGCTCGTGCCTTTTCTGCTCATTTGGCAAGATTAATGGAGGAGCCAG 1829
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 GGGGTGATGCTTTTGCTCGTGCTTTTTCTGCTCATTTGGCAAGATTAATGGAGGAGCCAG 1856
Query 1830 CTGCATATGGAAAGCTAGGGCTAGCAAATCTTTTGGAACTTAGGGAAGAATGCTTAAGGG 1889
|||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1857 CTGCATATGGAAAGCTGGGGCTGGCAAATCTCTTGGAACTTAGGGAAGAATGCTTAAGAG 1916
Query 1890 AATTCCAGTTTGTTGATGCCTATAGAAGCATCAAGCAAAGAGAGAACGAGGCATCACTTG 1949
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1917 AATTCCAGTTTGTTGATGCCTATAGAAGCATCAAGCAAAGGGAGAACGAGGCATCACTTG 1976
Query 1950 CTGTTTTACCTGATTTACTTGAAGAGCTTGATTCGATGAGCGAGGAGGCAAGGTTGCTTA 2009
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 CTGTTTTACCTGATTTACTTGAGGAGCTTGATTCGATGAGCGAGGAGGCAAGGTTGCTTA 2036
Query 2010 CACTTATAGAAGGTGTTCTTGCAGCAAACATATTCGACTGGGGATCTCGAGCATGTGTGG 2069
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 CACTTATAGAAGGTGTTCTTGCTGCAAACATATTTGACTGGGGATCTCGAGCATGTGTGG 2096
Query 2070 ATCTATATCACAAAGGAACCATTATTGAAATATACAGAATGAGCCGCAACAAGATGCAGA 2129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2097 ATCTATATCACAAAGGAACCATTATTGAAATATACAGAATGAGTCGCAACAAGATGCAGA 2156
Query 2130 GACCGTGGAGGGTAGATGATTTTGATGCTTTTAAAGAAAGGATGCTTGGATCTGGAGGTA 2189
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 GACCGTGGAGGGTAGACGATTTTGATGCTTTCAAAGAAAGGATGCTTGGATCTGGAGGTA 2216
Query 2190 AGCAGCCTCATCGACATAAAAGAGCATTACTTTTTGTTGATAACTCGGGCGCAGACGTCA 2249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2217 AGCAGCCTCATCGACATAAAAGAGCATTACTTTTTGTTGATAACTCGGGAGCAGATGTCA 2276
Query 2250 TTCTTGGGATGCTTCCTCTTGCCCGAGAGTTTCTCCGCCGTGGGACTGAAGTTGTTCTAG 2309
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 2277 TTCTTGGGATGCTTCCTCTTGCTCGAGAGTTTCTCCGTCGAGGGACTGAAGTTGTTCTAG 2336
Query 2310 TGGCGAACTCTCTTCCTGCTCTTAACGACGTGACCGCTATGGAACTCCCTGATATAGTCG 2369
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2337 TGGCAAACTCTCTTCCTGCTCTTAACGACGTGACCGCTATGGAACTGCCTGATATAGTCG 2396
Query 2370 CTGGGGCTGCTAAGCACTGTGACATCTTGAGGAGAGCGGCAGAAATGGGAGGCTTACTTG 2429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 CTGGGGCTGCTAAGCACTGTGACATCTTGAGGAGAGCGGCAGAAATGGGAGGCTTACTTG 2456
Query 2430 TGGATGCGATGGTAAATCCGGGGGATGGATCAAAGAAGGATTCAACGTCAGCACCATTGA 2489
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 TGGATGCGATGGTAAATCCAGGGGATGGATCAAAGAAGGATTCAACGTCAGCACCATTGA 2516
Query 2490 TGGTTGTTGAAAATGGATGTGGAAGTCCTTGCATTGACCTGAGACAAGTCAGCTCTGAGC 2549
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2517 TGGTTGTTGAAAATGGATGTGGAAGTCCTTGTATCGACCTCAGACAAGTCAGCTCTGAGC 2576
Query 2550 TTGCAGCCGCTGCCAAAGACGCTGATCTTGTTGTCTTGGAAGGTATGGGTAGAGCACTTC 2609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2577 TTGCAGCCGCTGCCAAAGACGCTGATCTTGTTGTCTTGGAAGGTATGGGAAGAGCACTTC 2636
Query 2610 ACACCAACTTCAACGCTCAATTCAAATGCGAGGCTCTCAAGCTAGCAATGGTGAAAAATC 2669
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2637 ACACCAACTTCAACGCTCAATTCCAATGCGAGGCTCTCAAGCTAGCAATGGTTAAAAATC 2696
Query 2670 AGAGATTGGCTGAGAAGTTGATAAAAGGAAACATTTATGATTGCGTATGCAGATACGAGC 2729
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2697 AGAGATTGGCTGAGAAGTTGATAAAAGGAAACATATATGATTGTGTATGCAGATACGAGC 2756
Query 2730 CTCCCTCTCTTTAACAATGTAATGT-TAAGTTTCTTCAACCTTTAGACTACTGTTGTATA 2788
||||||| |||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2757 CTCCCTCGCTTTAACAATGTTATGTATCA-TTTCTTCAACCTTTAGACTACTGTTGTATA 2815
Query 2789 CAGATTAAGCATTCGGCATATGT-At-t-t-tttttATTTAGACTAAACTTTTACTGTAT 2844
||||||||||||||| ||| || || | | ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2816 CAGATTAAGCATTCGTCATGTGGCATATGTATTTTTATTTAGACTACACTTTTACTGTAT 2875
Query 2845 AAAATTGTATTTGAATAAATCAAAATCGCTTGCTA-AA-GAGCATCATCAGGGTTCA 2899
|||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||
Sbjct 2876 AAAATTGTATTTGAATGAATCAAAATCACTTGCTATAAAGAGCATCATGAGGGTTCA 2932
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 144079460296
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5