BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491583
Length=2870
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G31540.1 | Symbols: ATEXO70G1, EXO70G1 | exocyst subunit exo... 4759 0.0
> AT4G31540.1 | Symbols: ATEXO70G1, EXO70G1 | exocyst subunit exo70
family protein G1 | chr4:15284389-15287306 REVERSE LENGTH=2918
Length=2918
Score = 4759 bits (2577), Expect = 0.0
Identities = 2804/2907 (96%), Gaps = 42/2907 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTGGGTATCTCTCTCTCTAGAGAAACTATCACACCGTTTCGATTCTTCCGCCAAACTCTC 60
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 17 CTGGGTCTCTCTCTCTCTAGAGAAACTATCACACCGTTTTGATTCTTCCGCTAAACTCTC 76
Query 61 GCCGTCGGGTAAATTTTTTGCCGGCGACCCATTAAAGTGGAAGAGCTTATCTATACTCGA 120
|||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 77 GCCGTCGGATAAACTTTTCGCCGGCGACCCTTTAAAGTAGAAGACCTTATCTATACTCGA 136
Query 121 TTTCTTTAGTTTGAGTGTCTTAGTTAAAAAGTGACTTCCTGTCTGGGAATTATCTGGTTT 180
||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 137 TTTCTTTCGTTTGAGTGTCTTAGTTAAAAAGTTACTCCCTTTCTGGGAATTCTCTGGTTT 196
Query 181 CGGTTCTTGCAA-TTTTTCGGTGgttgtttggtagctgtggaaatttctgtgtctgggtt 239
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 197 CGGTTCTTGCAATTTTTTCGGTGGTTGTTTGGTAGCTGTGAAAATTTCTGTGTCTGGGTT 256
Query 240 tgtttgtttctgtttgtgagtttttgttgctaactaggtttttgggtttggtttgatttA 299
||||||||||||||||| | | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 257 TGTTTGTTTCTGTTTGT--G---TAATTGCTAACTAGATTTCTGGGTTTGGTTTGATTTA 311
Query 300 TTG--A-----AA--GT--T------G--G--aaaaaaa-a-aGAGGAAAGTGTTTGATG 336
||| | || || | | | ||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 312 TTGAAAGTTGGAAGGGTAATAAAAGAGACGAAAAAAAAAGAGAGAGGAAAGTGTTTGATG 371
Query 337 TTTTGCATCTGATTCTGAATCG-----------AAGTCATCATTTTTATTAGGAATAAAG 385
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 372 TTTTGCATCTGATTCTGAATCGATTAATCTCCAAAGTCATCATTTTTATTAGGAATAAAG 431
Query 386 TTTGGAAGATTAGTAACTTTCCTTGGAGTGAGA-TTTTCTGGGTTTTCTAGGG-TTTATT 443
|||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 432 TTTGGAAGATTACTTGCTTTCCTTGGAGTGAGATTTTTCTGGGTTTTCTAGGGTTTTATT 491
Query 444 TTGATTGAATTTAGTAATGGCGGAGTCTACTGGGGTGGATCGTGGGATTCAGAGCTTGAT 503
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 492 TTGATTGAATTTAATGATGGCGGAGTCTACTGGGGTGGATCGTGGGATTCAGAGCTTGAT 551
Query 504 AGCTGCTAGAAAGTCTTTAAAATTGAGTCTTGAGAAATCAAAAGCCATTGGGTTAGCTTT 563
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 552 AGCTGCTAGAAAGTCTTTAAAATTGAGTCTTGAGAAATCAAAAGCCATTGGGTTAGCTTT 611
Query 564 GAGTAAAACTGGGCCTAGGTTTGAGGAGATTGAGCAGAGATTGCCGTTGCTTGAAGCTGC 623
| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 612 GGGTAAAACTGGTCCTAGGTTTGATGAGATTGAGCAGAGATTGCCGTTGCTTGAAGCTGC 671
Query 624 GGTGAGGCCGATACGAGCTGATGGAGAAGCTCTTAAGGATGTTGGTGGTAACATTAACCG 683
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 672 GGTTAGGCCGATACGAGCTGATGGAGAAGCTCTCAAGGATGTTGGTGGTAACATTAACCG 731
Query 684 AGCTGTTGGTCCTGCAGCCGCGGTGCTTAAGGTGTTTGATGCTGTTCATGGACTTGAGAA 743
|||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 732 AGCTGTTGGTCCTGCAGCTGCTGTGCTTAAGGTGTTCGATGCTGTTCATGGACTTGAGAA 791
Query 744 GTCTTTGTTATCAGATCCCAAGAACGATCTTTCGAGTTATTTATCGGTATTGAAGCGGTT 803
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 792 GTCTTTGTTATCAGATCCCAAGAACGATCTTTCGAGTTATTTATCGGTGTTGAAGCGGTT 851
Query 804 AGAGGAAGCTTTGAAGTTTCTAGGGGAGAATTGTGGGTTAGCTATCCAGTGGTTGGAAGA 863
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 852 AGAGGAAGCTTTGAAGTTTCTAGGGGAGAATTGTGGTTTAGCTATCCAGTGGTTGGAAGA 911
Query 864 TATAGTTGAGTATCTTGATGATCACCATGTTGCTGATGAGAAGTATCTTTCGAATTTAAA 923
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 912 TATAGTTGAGTATCTTGATGATCACCATGTCGCTGATGAGAAGTATCTTTCGAATTTAAA 971
Query 924 GAAATCTTTGAGAGGGCTTAGTGAATTTCATAATGACGGTGGAGGAGGAGAAGAGAAAGA 983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 972 GAAATCTTTGAGAGGGCTTAGTGAATTTCATAATGACCGTGGAGGAGGAGAAGAGAAAGA 1031
Query 984 GAGATCTCAATTGCGTCTTGATGGCGGGCTTAGGAATGCTGCTTTAGATAAGCTGGAAAA 1043
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1032 GAGATCTCAATTGCGTCTTGATGGCGGGCTTAGGAATGCTGCTTTAGATAAGCTGGAAAA 1091
Query 1044 CGAGTTCAGGAGGCTCTTGAAGGATAACAGTGTACCACTTCCTATGGCGTCTCCATCATC 1103
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1092 CGAGTTCAGGAGGCTCTTGAAGGATAACAGTGTACCACTTCCAATGGCGTCTCCATCATC 1151
Query 1104 ACTCGTTGATCAGGCTTGCATTGCACCGTCTCAGCTGCCTGTAACTGTAATTCATAAACT 1163
||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1152 ACTCGGTGATCAGGCTTGCATTGCACCGTCTCAGTTGCCTGTTACTGTAATTCATAAACT 1211
Query 1164 GCAAGCCATTCTTGGGAGACTCAGAGCTAATAATAGACTCGACAAGTGCATTTCAATATA 1223
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1212 GCAAGCCATTCTTGGGAGACTCAGAGCTAATAACAGACTCGACAAGTGCATTTCAATATA 1271
Query 1224 CGTTGAAGTGAGGAGCTTGAATGTTAGAGCTAGTCTTCAAGCACTTGACTTAGATTATCT 1283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 CGTTGAAGTGAGGAGCTTGAATGTTAGAGCTAGTCTTCAAGCACTTGACTTAGATTATCT 1331
Query 1284 AGATATCTCGGTTTCTGAGTTCAACGATGTGCAGAGCATAGAAGGGTATATAGCTCAGTG 1343
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 AGATATCTCGGTTTCTGAGTTCAACGATGTGCAGAGCATAGAAGGGTATATAGCTCAGTG 1391
Query 1344 GGGGAATCATTTAGAGTTTGCGGTTAAGCATCTGTTCGAAGCAGAGTTCAAGCTTTGCAA 1403
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 GGGTAATCATTTAGAGTTTGCGGTTAAGCATCTGTTCGAAGCAGAGTTCAAGCTTTGCAA 1451
Query 1404 CGATGTCTTTGAGAGACTCGGTTTGAATGTTTGGATGGATTGCTTTTCTAAGATTGCTGC 1463
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1452 CGATGTCTTTGAGAGACTTGGTTTGAATGTTTGGATGGATTGCTTTTCAAAGATTGCTGC 1511
Query 1464 TCAGGCCGGTATGCTCGCGTTCCTTCAGTTTGGGAAAACTGTGACTGATAGCAAGAAAGA 1523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1512 TCAGGCCGGTATGCTCGCGTTCCTTCAGTTTGGGAAAACTGTGACTGATAGCAAGAAAGA 1571
Query 1524 TCCAATCAAGCTTCTGAAGCTGTTAGATATTTTTACTTCGTTGAACAAACTGAGAGCAGA 1583
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1572 TCCAATCAAGCTTCTGAAGCTGTTAGATATCTTTACGTCGTTGAACAAACTGAGAGCAGA 1631
Query 1584 TTTCAACCGTCTCTTTGGCGGAGCAGCCTGTATTGAGATCCAAAACTTCACAAGGGATCT 1643
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 TTTCAACCGCCTCTTTGGTGGAGCAGCCTGTATTGAGATCCAAAACTTCACAAGGGATCT 1691
Query 1644 CATCAAAAGGATAATCGATGGTGCAGCGGAAATCTTCTGGGAGCTTCTGGTTCAGGTAGA 1703
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1692 CATCAAAAGGATAATCGATGGTGCAGCGGAAATCTTCTGGGAGCTTCTGGTTCAGGTAGA 1751
Query 1704 GATTCAGAAACAAACCCCGCCTCCTAGCGATGGTGGTGTTCCTAGATTAGTCAGTTTTGT 1763
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1752 GATTCAGAAACAAACCCCGCCTCCTAGCGATGGTGGTGTTCCTAGATTAGTCAGTTTTGT 1811
Query 1764 AACTGATTACTGCAATAAACTTATTGGAGATAAGTACAAGTCAACACTAACTCAGGTTCT 1823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1812 AACTGATTACTGCAATAAACTTATTGGAGATAAGTACAAGTCAACACTAACTCAGGTTCT 1871
Query 1824 GCTCATACATAAGAGCTGGAGATCAGAAAGGTTCCAAGATAATCAGCTTATGGTTGAGGT 1883
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1872 GCTCATACATAAGAGCTGGAGATCAGAAAGGTTCCAAGATAATCAGCTTATGGTTGAGGT 1931
Query 1884 TTTAAGAATAATCAAAGCCATTGAGCAGAATCTGGATGTATGGATGAAAGCGTATCCGGA 1943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1932 TTTAAGAATAATCAAAGCCATTGAGCAGAATCTGGATGTATGGATGAAAGCGTATCCGGA 1991
Query 1944 TCAAACGCTTGCGCATTTCTTCGGTATGAATAATCACTGGCATTTATACAAGAACTTAAA 2003
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1992 TCAAACGCTTGCGCATTTCTTCGGTATGAATAATCACTGGCATTTATACAAGAACTTAAA 2051
Query 2004 GGGTACAAATATTGGGGATCATTTAGGAGATTCGTGGCTGAAAGAACATGATCAGTACAA 2063
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2052 GGGTACAAATATTGGGGATCATTTAGGAGATTCGTGGCTGAAAGAACATGATCAGTACAA 2111
Query 2064 AGAGTATTACGCCACTGTCTTCCTTAGAGACAGTTGGGGTAAGCTTCCAAGCCACTTGAG 2123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2112 AGAGTATTACGCCACTGTCTTCCTTAGAGACAGTTGGGGTAAGCTTCCAAGCCACTTGAG 2171
Query 2124 CCGAGAAGGGCTGATACTTTTCTCGGGTGGACATGCCACGGCTCGTGATCTTGTGAAGAA 2183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2172 CCGAGAAGGGCTGATACTTTTCTCGGGTGGACATGCCACAGCTCGTGATCTTGTCAAGAA 2231
Query 2184 GAGATTGAAAGCATTCAATGATGCGTTTGATGAGATGTATAAGAAGCAAGCATCATGGGT 2243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2232 GAGATTGAAAGCATTCAATGATGCGTTTGATGAGATGTATAAGAAGCAAGCATCATGGGT 2291
Query 2244 CTTACCAGAGAAAGATTTAAGGGATAGAGTTTGCCAGCAGATAGTTCAGGCTATTGTGCC 2303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292 CTTACCAGAGAAAGATTTAAGGGATAGAGTTTGCCAGCAGATAGTTCAGGCTATTGTGCC 2351
Query 2304 GGTTTACAGAAGCTATATGCAAAACTATGGGCCATTGGTTGAGAAAGACGCGAGTTCAAG 2363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352 GGTTTACAGAAGCTATATGCAAAACTATGGGCCATTGGTTGAGAAAGACGCGAGTTCAAG 2411
Query 2364 CAAGTATGTGAGATACACAGTGGTAGCTTTGGAGAAGATACTCAGTTCTCTTTACATGCC 2423
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2412 CAAGTATGTGAGATACACTGTGGTAGCTTTGGAGAAGATACTCAGTTCTCTTTACATGCC 2471
Query 2424 TAAGCCCATGAGATATGGAAGCTTCAAAGGAACACCGCCGAGTGAGAAATTCAAGAATGA 2483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2472 TAAGCCCATGAGATATGGAAGCTTCAAAGGAACACCGCCAAGTGAGAAATTCAAGAATGA 2531
Query 2484 TGTTGACCTTAGGCGTACTACTTCCGCGGTTGTCTGATTGAAGCCATGTTCTGTTCTCGA 2543
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2532 TGTTGACCTTAGGCGTACTACTTCTGCAGTTGTCTGATTGAAGCCATGTTCTGTTCTCGA 2591
Query 2544 ATGTTGTATTAAAATGTGTCCACATTGGTATGATCTCCATCTCCTGGAAGAAGAGGTATT 2603
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2592 ATGTTGTATTAAAATGTGTCCACATTGGTATGATCTCCATCTCCTGGAAGCAGAGGTATT 2651
Query 2604 GTTACACGTATATAAATACTGTCAATCAGGTATAGCTTTTAGTCATTGGTCAAGTCCCTT 2663
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2652 GTTACACGTATATAAATACTGTCAATCAGGTATAGCTTTTAGTCATTGGTCAAGTCCCTT 2711
Query 2664 TAGTTCATTAGTTTCATAAGACTTCATGTTAGGGACCAAGCGGGTTTAGATTATTCTATT 2723
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2712 TAGCTCATTAGTTTCATAAGACTTCATGTTAGGGACCAAGCGGGTTTAGATTATTCTATT 2771
Query 2724 TAATGTGTTAATCTGAAAAACAGGATTATAAAATGTGGGAATCCTATAATATTGAAAGAA 2783
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2772 TAATGTATTAATCTGAAGAACAGGATTATAAAATGTGGGATTCCTATAATATCGAAAGAA 2831
Query 2784 AAATTGTCCCTATAAATCTTCTTGTTCTCAGTGTTGTGCTACATTTGTAACTTTTATTAA 2843
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2832 AAATTGTCCCTATAAATCTTCTTGTTCTTAGTGTTGTGCTACATTTGTAACTTTTATTAA 2891
Query 2844 TTTTAAGACAATAAAGGAAAATTCAGC 2870
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2892 TTTTAAGACAATAAAGGAAAATTCAGC 2918
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 142624618949
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5