BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491620
Length=2150
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G31200.2 | Symbols: | SWAP (Suppressor-of-White-APricot)/su... 3424 0.0
AT4G31190.1 | Symbols: | hypothetical protein | chr4:15159798-... 379 5e-104
> AT4G31200.2 | Symbols: | SWAP (Suppressor-of-White-APricot)/surp
RNA-binding domain-containing protein | chr4:15161636-15164914
REVERSE LENGTH=2623
Length=2623
Score = 3424 bits (1854), Expect = 0.0
Identities = 2021/2098 (96%), Gaps = 26/2098 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 73 GTTTATA-A-ATGGATCGAAGACAGCACGATTATGCTGCTTCTTCTGGGTTGCCTTATGC 130
||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 76 GTTTATATACATGGATCGAAGACAGCACGATTATGCTGCTTCTTCTGGGTTACCTTATGC 135
Query 131 TCAGCAACAGCAGCAACAAGGCCCTAACTTTCAACAGCAACAACAACCGCAATTCGGATT 190
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 136 TCAGCAACAGCAGCAACAAGGTCCTAACTTTCAACAGCAACAACAACCACAATTCGGATT 195
Query 191 TCAT---C--CA----CAGTATCCTTCACCAATGAACGCTTCTGGTTTCATTCCTCCTCA 241
|||| | || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 196 TCATCCGCAACATCCTCAGTATCCATCACCAATGAATGCTTCTGGTTTCATTCCTCCTCA 255
Query 242 TCCTTCTATGCAGCAGTTCCCTTACCAGCATCCTATGCATCAGCAGCAGCAGCAACCGCA 301
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 256 TCCTTCTATGCAGCAGTTCCCTTACCAGCATCCTATGCAT---CAGCAGCAGCAACCGCA 312
Query 302 GCTTCTTCCTCATCCTCCTCACCCGCAGATGTTTGGTCAACAGCAACCTCAGGCTTTCCT 361
|| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 313 GCATCTTCCTCATCCTCCTCACCCACAGATGTTTGGTCAACAGCAACCTCAGGCTTTCCT 372
Query 362 TCCTCATTTACCTCCACATCACCTTCCTCCCCCATTCCCTGGACCGTATGATTCAActcc 421
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 373 TCCTCACTTACCTCCACATCACCTTCCTCCGCCATTCCCTGGACCGTATGATTCTGCTCC 432
Query 422 tcctcctcctcctccGGCGGATCCAGAGCTGCAGAAACGGATTGATAAGCTTGTTGAGTA 481
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 433 TCCTCCTCCTCCTCCAGCTGATCCAGAGCTGCAGAAACGGATTGATAAGCTTGTTGAGTA 492
Query 482 TTCGGTTAAGAATGGTCCCGAGTTTGAGGCTATGATGCGAGATAGACAGAAGGATAATCC 541
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 493 TTCGGTTAAGAACGGTCCTGAGTTTGAGGCTATGATGCGAGATAGACAGAAGGATAATCC 552
Query 542 TGATTATGCGTTTCTCTTTGGGGGTGAAGGGCATGGTTATTACCGCTATAAGCACTTTCT 601
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 553 TGATTATGCGTTTCTGTTTGGGGGTGAAGGTCATGGTTATTACCGCTATAAGCACTTTCT 612
Query 602 CTCTATGCATCCCCCTGGAGGACCCTTTGATCCTCCATTTCCGTCATCTTCTATGCCTAT 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 613 CTCTATGCATCCCCCTGGAGGACCCTTTGATCCTCCATTCCCGTCATCTTCAATGCCTAT 672
Query 662 GATACATCATCCACCAAATCCCATGATGAGTCCTTCAATGAACAATGTGCCTGGTGCATT 721
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 673 GATACATCATCCGCCAAATCCCATGATGAGTCCTTCAATGAACAATGTACCTGGTGCATT 732
Query 722 GGCTGTGCCACCAATCCGTCAACCTCCTTTCCCACCATTCCATG---ACCACCA----C- 773
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 733 GGCTGTGCCACCAATCCGCCAACCTCCTTTCCCACCATTCCATGACCACCACCAGCTCCA 792
Query 774 -CAGCATCTTCCTCAACCTCATCCTTTTGCTCCCCATGCTCGTCCTGATTTTGATCAGTC 832
||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 793 ACAGCATCTTCCGCAGCCTCATCCTTTTGCGCCCCATGCTCGTCCTGATTTTGATCAGTC 852
Query 833 AACTCATGCATTCCGAGGTCTTTCTGGTCCACTCCCTGCTGATGTTGCAATGGAACTAAA 892
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 853 AACTCATGCGTTCCGAGGTCTTTCTGGTCCACTCCCTGCTGATGTTGCAATGGAACTAAA 912
Query 893 TAGTGTCTTGGGCAACCTTAATGGCACAAAAGAGTCTATCAAAAGTGCTAAGATTTGGTT 952
| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 913 TGGTGTCTTGGGCAACCTTAATGGCACGAAAGAGTCTATTAAAAGTGCTAAGATTTGGTT 972
Query 953 CATGCAGAGATCTCCCTTTGCACCAGCTTTAGCAGAGGCACTTAGAGACAGGGTCTTTGC 1012
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 973 CATGCAGAGATCTCCCTTTGCACCAGCTTTAGCAGAGGCACTTAGAGACAGGGTCTTTGC 1032
Query 1013 AATCGATGATTCTGATAGGCAGATGCACATAGTGTATCTAGCTAATGACATTCTATTCGA 1072
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1033 AATGGATGATTCTGATAGGCAGATGCACATAGTTTATCTAGCTAATGACATTCTCTTCGA 1092
Query 1073 CAGTTTACAACGAAGGACAAACTTGCACGAGTTTGACAATGAAGCTCTTGCTTTCAGACC 1132
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1093 CAGTTTACAACGAAGGACAAACTTGCACGAGTTTGACAATGAAGCTCTTGCTTTCAGACC 1152
Query 1133 TATTTTGGGTTCCATGCTCGGGAGGATTTACCACTTTCCACAAAACAAGGAAGAAAACCA 1192
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1153 TATTTTGGGTTCCATGCTGGGGAGGATTTACCACTTTCCACAAAACAAGGAAGAAAACCA 1212
Query 1193 GTCACGTCTGGAAAAGATTTTGCAGTTCTGGGCTTCTAAAGAGGTTTTTGATCAAGACAC 1252
||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1213 GTCACGTTTGGAGAAGATTTTGCAGTTTTGGGCTTCTAAGGAGGTTTTTGATCAAGACAC 1272
Query 1253 CATCTCCTCCCTTGAGAAAGAGATGAAAAGTGGACCACCTGCAAATACCTTTTCTCATTC 1312
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1273 CATCTCCTCTCTTGAGAAAGAGATGAAAAGTGGACCACCTGCAAATACCTTTTCTCATTC 1332
Query 1313 TCCCATTATAGCAGCAAATGCCTTACAACGTCCAGGAATGCTGCAACAGCCACCAAACAG 1372
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 TCCCATTATAGCAGCACATGCCTTACAACGTCCAGGAATGCTGCAACAGCCACCAAACAG 1392
Query 1373 TAATGTCCCCAGCACAATGAATTTAGAACATCTGACTAATCCGGTCGCAACCCAACAATT 1432
||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1393 TAATGTCTCTAGCACAATGAATTTAGAGCATCTGACTAATCCGGTCGCAACCCAACAATT 1452
Query 1433 TATCCCAAATGTGATGCCTCCTGGTGCCTTTCCCGGTTCCATACCGCTTAACGCTTCTGT 1492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1453 TATCCCAAATGTGATGCCTCCTGGTGCCTTTCCCGGTTCCATACCGCTTAACGCTTCTGT 1512
Query 1493 TCCACCACCAACCCAACCACCTGCTGGTGAGAAGCCGCCTCCTTATCCTCTCTTTCCTCC 1552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1513 TCCACCACCAACCCAACCACCTGCTGGTGAGAAGCCGCCTCCTTATCCTCTCTTTCCTCC 1572
Query 1553 TGGTTTGATCCCTGGGATGGTCAGAAAGATGCAGATTGGTAGTGGTGTGCCTTACTCTCC 1612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1573 TGGTTTGATCCCTGGGATGGTCAGAAAGATGCAGATTGGTAGTGGTGTGCCTTACTCTCC 1632
Query 1613 ATTGAGCCCTCTTGATATCCCAACGGTCATACCACCATCTGACACACCTCAATCTGAAGT 1672
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1633 ATTGAGCCCTCTTGATATCCCAACGGTCATACCACCTTCTGATACGCCTCAATCTGAAGT 1692
Query 1673 ACTCGAGAGAGTATCTAAGTTCTTCAAAGAGATAGGTGAGGTCAACCCAAGTGAAGGTCC 1732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1693 ACTCGAGAGAGTATCTAAGTTCTTCAAAGAGATAGGTGAGGTCAACCCAAGTGAAGGTCC 1752
Query 1733 CATGGGATCTGAATCACAGGACGACTATGATAATTATGAGCGGGATAGTCCACAGCGGAA 1792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1753 CATGGGATCTGAATCACAGGACGACTATGATAATTATGAGCGGGATAGTCCACAGCGGAA 1812
Query 1793 AGGAGGTGCCTGCATTCCTCCACCTCCCAACCTACAGGTGGACCCTGAGACAGGAACATA 1852
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1813 AGGAGGTGCCTGCATTCCTCCACCTCCCAATCTACAGGTGGACCCCGAGACAGGAACATA 1872
Query 1853 TGCGGATGGAAGCACCGATAAAAAGAGTGGATCTGGGAGATTGGGACTTGGGGCAACAGC 1912
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1873 TGCGGATGGAAGCACCGATAAAAAGAGTGGATCTGGGAGATTGGGACTTGGGGCAACAGC 1932
Query 1913 TGATCCCAACGAACCAACTCAGTACGATGATGTTTATACATCTTACAGGAAACACAGAAG 1972
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1933 TGATCCCAACGAACCAACTCAGTACGATGATGTTTATACATCTTACAGGAAACACAGAAG 1992
Query 1973 TACGAATTATCACACATCCATGAGTGCAAGAGCTACAACCAGATGAGATTCGGTTCCAGT 2032
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1993 TACGAATTATCACACATCCATGAGTGCAAGAGCTACAACCAGATGAGATTC--T-CCAGT 2049
Query 2033 TCCCATCTTCTAATGGCTAGTTCAGTCTGTTTAGAGTCGAGCCTTCTAGTGTCTAGTTGT 2092
|| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2050 TCTCATCTTTTAATGGCTAGTTCAGTCTGTTTAGGGTCGAGCCTTCTAGTGTCTAGTTGT 2109
Query 2093 TAATGTGACAAATGTGATCTTCTCTCAGCTTTGAAATAGAATTATCATCACATCCATT 2150
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2110 TAATGTGACAAATGTGATCTTCTCTCAGCTTTGAAATAGAATTATCATCACATCGATT 2167
> AT4G31190.1 | Symbols: | hypothetical protein | chr4:15159798-15160175
REVERSE LENGTH=378
Length=378
Score = 379 bits (205), Expect = 5e-104
Identities = 221/228 (97%), Gaps = 3/228 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1383 AGCACAATGAATTTAGAACATCTGACTAATCCGGTCGCAACCCAACAATTTATCCCAAAT 1442
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 28 AGCACAATGAATTTAGAGCATCTG---AATCCGGTCGCAACCCAACAGTTTATCCCAAAT 84
Query 1443 GTGATGCCTCCTGGTGCCTTTCCCGGTTCCATACCGCTTAACGCTTCTGTTCCACCACCA 1502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 85 GTGATGCCTCCTGGTGCCTTTCCCGGTTCCATACCGCTTAACGCTTCTGTTCCACCACCA 144
Query 1503 ACCCAACCACCTGCTGGTGAGAAGCCGCCTCCTTATCCTCTCTTTCCTCCTGGTTTGATC 1562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 145 ACCCAACCACCTGCTGGTGAGAAGCCGCCTCCTTATCCTCTCTTTCCTCCTGGTTTGATC 204
Query 1563 CCTGGGATGGTCAGAAAGATGCAGATTGGTAGTGGTGTGCCTTACTCT 1610
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 205 CCTGGGATAGTCAGAAAGATGCAGATCGGTAGTGGTGTGCCTTACTCT 252
Score = 189 bits (102), Expect = 1e-46
Identities = 108/111 (97%), Gaps = 0/111 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1908 ACAGCTGATCCCAACGAACCAACTCAGTACGATGATGTTTATACATCTTACAGGAAACAC 1967
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 268 ACAGCTGATCCCAACGAACCAACTCAGTACGATAATGTTTATACGTCTTACAGGAAATAC 327
Query 1968 AGAAGTACGAATTATCACACATCCATGAGTGCAAGAGCTACAACCAGATGA 2018
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 328 AGAAGTACGAATTATCACACATCCATGAGTGCAAGAGCTACAACCAGATGA 378
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106625957580
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5