BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491633
Length=2106
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G31120.1 | Symbols: SKB1, ATPRMT5 | SHK1 binding protein 1 |... 3469 0.0
> AT4G31120.1 | Symbols: SKB1, ATPRMT5 | SHK1 binding protein 1
| chr4:15132011-15136639 REVERSE LENGTH=2174
Length=2174
Score = 3469 bits (1878), Expect = 0.0
Identities = 2033/2108 (96%), Gaps = 9/2108 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGAAGAGATGCCGCTCGGAGAAAGAGGAGGATGGGAGCGCACCGAGTCCAGGTACTGCGG 60
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||
Sbjct 65 AGAAGAGATGCCGCTCGGAGAGAGAGGAGGATGGGAGAGGACCGAGTCCAGATACTGCGG 124
Query 61 CGTTGAGACTGATTTCTCCAACGATGTTACTCATCTTCTCAACTTCAACATTTCCACCGG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 125 CGTTGAGACTGATTTCTCCAACGATGTTACTCATCTTCTCAACTTCAACATTTCCACCGG 184
Query 121 CGGTTTTGACTATATCCTCGCTCCTCTGGTCGATCCTTCGTATAGGCCGAGCTTGGTGGA 180
||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 185 CGGTTTTGACTATGTTCTCGCTCCTCTGGTGGATCCTTCGTATAGGCCGAGCTTGGTGGA 244
Query 181 AGGAAATGGTGTAGATACTCAGGTTCTTCCAGTCTCTGGCTCTGACTTAGTCTTGTCACC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 245 AGGAAATGGTGTAGATACTCAGGTTCTTCCAGTCTGTGGCTCTGACTTAGTCTTGTCACC 304
Query 241 TTCTCAATGGAGCAGTCATGTTGTTGGAAAAATTAGTTCGTGGATTGACTTGGATTCTGA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 305 TTCTCAATGGAGCAGTCATGTTGTTGGAAAAATTAGTTCGTGGATTGACTTGGATTCTGA 364
Query 301 AGATGAGGTCTTGCGGATGGATTCAGAAACCACATTGAAGCAGGAAGTAGCTTGGGCTAC 360
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 365 AGATGAGGTCTTACGGATGGATTCAGAAACCACATTGAAGCAAGAAATAGCTTGGGCTAC 424
Query 361 TCATCTCTCCTTACAGGCATGTCTTCTTCCCACTCCTAAAGGGAAATCGTGCGCCAATTA 420
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 425 TCATCTCTCCTTACAGGCATGCCTTCTTCCCACTCCTAAAGGGAAATCGTGCGCCAATTA 484
Query 421 TGCCAGATGTGTGAACCAGATCTTACAAGGGCTGACTACCTTGCAGTTATGGCTGAGGGT 480
|||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 485 TGCCAGATGTGTGAACCAGATCTTACAAGGCCTCACTACCTTGCAGTTATGGCTAAGGGT 544
Query 481 TCCACTGGTGAAGTCTGATGGTGATTCAATGGATGATACCTCAGAGGGATTGAATGATTC 540
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 545 TCCACTGGTGAAGTCTGAAGGTGATTCAATGGATGATACCTCAGAGGGACTGAATGATTC 604
Query 541 CTGGGAGCTGTGGAATTCGTTTCGTCTTCTTTGTGAGCATGACAGTAAGCTGTCTGTTGC 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 605 CTGGGAGCTGTGGAATTCGTTTCGTCTTCTTTGTGAGCATGACAGTAAGCTGTCTGTTGC 664
Query 601 TCTTGATGTTCTGAGTACGCTACCCTCTGAAACTTCACTAGGGCGCTGGATGGGAGAGTC 660
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 665 TCTTGATGTTCTGAGTACACTACCCTCTGAAACTTCACTAGGGCGCTGGATGGGAGAGTC 724
Query 661 TGTGAGAGCAGCCATATTAAGCACTGATGCTTTCTTAACAAATGCTCGGGGTTATCCTTG 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 TGTGAGAGCAGCCATATTAAGCACTGATGCTTTCTTAACAAATGCTCGGGGTTATCCTTG 784
Query 721 CTTGTCAAAACGCCACCAAAAGTTAATAGCAGGATTTTTTGATCATGCTGCCCAGGTTGT 780
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 785 CTTGTCCAAACGCCACCAAAAGTTAATAGCAGGATTTTTTGATCATGCTGCCCAGGTTGT 844
Query 781 AATTTCTGGAAAGCCTGTTCATAATCTTCAAAAGCCTCTTGATTCTAACACGGAGGGTAC 840
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 845 AATTTGTGGAAAGCCTGTTCATAATCTTCAAAAGCCTCTTGATTCTAGCTCGGAGGGTAC 904
Query 841 AGAGAAGAATCCGCTGCGGATATATTTGGACTATGTTGCTTATCTGTTCCAAAAGATGGA 900
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 AGAGAAGAATCCTCTGCGCATATATTTGGACTATGTTGCTTATCTGTTCCAAAAGATGGA 964
Query 901 ATCACTTCCTGAACAGGAACGCATCGAGCTGGGCTACAGGGATTTTTTGCAGGCACCCCT 960
||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 ATCACTTTCTGAACAGGAACGCATCGAGCTGGGTTACAGGGATTTTTTGCAGGCACCCCT 1024
Query 961 GCAGCCTCTTATGGACAACCTCGAAGCCCAAACCTATGAGACGTTTGAGAGAGACTCTGT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1025 GCAGCCTCTTATGGACAACCTCGAAGCCCAAACCTATGAGACGTTTGAGAGAGACTCTGT 1084
Query 1021 TAAATACATCCAATATCAAAGAGCAGTTGAGAAAGCCTTGGTGGACAGAGTACCTGATGA 1080
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1085 TAAATACATCCAATATCAAAGAGCAGTTGAGAAAGCCTTGGTGGACAGGGTACCTGATGA 1144
Query 1081 AAAAGCATCCGAGTTGACTACTGTATGTCTGATGGTTGTGGGGGCAGGAAGAGGACCCCT 1140
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1145 AAAAGCATCCGAGTTGACTACTGTC---CTGATGGTTGTGGGGGCAGGAAGGGGACCCCT 1201
Query 1141 TGTGAGGGCATCGTTACAGGCAGCAGAAGAAACTGGTCGGAAGTTGAAAGTTTATGCCGT 1200
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 TGTGAGGGCATCGTTACAGGCAGCTGAAGAAACTGATCGGAAGTTGAAAGTTTATGCCGT 1261
Query 1201 GGAAAAGAATCCTAATGCAGTTGTAACACTCCACAATTTGGTTAAGATGGAAGGATGGGA 1260
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 GGAAAAGAATCCTAATGCCGTTGTAACACTCCATAATTTGGTTAAGATGGAAGGATGGGA 1321
Query 1261 AGGCATTGTTACGATAATATCCTGTGACATGCGTTTTTGGAATGCTCCTGAGCAAGCTGA 1320
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1322 AGACGTTGTTACGATAATATCCTGTGACATGCGTTTTTGGAATGCTCCCGAGCAAGCTGA 1381
Query 1321 TATATTGGTTAGCGAACTGCTGGGTTCTTTTGGAGACAATGAACTTTCTCCTGAGTGTCT 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 TATATTGGTTAGCGAACTGCTGGGTTCTTTTGGAGACAATGAACTTTCTCCTGAGTGTCT 1441
Query 1381 CGATGGAGCCCAAAGGTTTCTGAAGCCAGACGGAATTTCTATTCCATCTTCGTATACAAG 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||
Sbjct 1442 TGATGGAGCCCAAAGGTTTCTGAAGCCAGACGGAATTTCAATACCATCCTCGTATACAAG 1501
Query 1441 TTTCATACAGCCTATAACAGCTTCGAAGCTTTACAATGACGTTAAGGCACATAAAGATCT 1500
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1502 TTTCATACAGCCTATAACAGCTTCGAAGCTTTACAATGACGTTAAGGCTCATAAAGATCT 1561
Query 1501 TGCACACTTTGAAACTGCTTATGTTGTCAAGCTGCATAGTGTAGCAAAACTTGCCCCTTC 1560
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1562 TGCGCACTTTGAAACTGCTTATGTTGTCAAGCTGCATAGTGTAGCAAAGCTTGCTCCTTC 1621
Query 1561 CCAATCTGTTTTCACATTTACTCATCCAAACTTCTCAACAAAAGCCAACAACCAACGGTA 1620
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||
Sbjct 1622 CCAGTCTGTTTTCACATTTACTCATCCAAACTTCTCAACGAAAGTCAACAACCAACGCTA 1681
Query 1621 TAAGAAGCTTCAGTTCAATTTACCAAGCGACGCTGGCTCAGCTTTGGTGCATGGATTCGC 1680
||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1682 TAAGAAGCTTCAGTTCAGTCTACCAAGCGATGCTGGCTCAGCTTTGGTGCATGGATTCGC 1741
Query 1681 TGGCTATTTTGATTCCATCCTTTATAAAGATGTTCATCTTGGGATCGAGCCTACAACAGC 1740
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742 TGGCTATTTTGATTCCGTCCTTTATAAAGATGTTCATCTTGGGATCGAGCCTACAACAGC 1801
Query 1741 AACACCAAACATGTTCAGCTGGTTCCCAATCTTTTTCCCATTGAGGAAGCCTGTGGAGGT 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 AACACCAAACATGTTCAGCTGGTTCCCAATCTTTTTCCCATTGAGGAAGCCTGTGGAGGT 1861
Query 1801 TCACCCTCG-TACTCCATTAGAAGTACACTTTTGGAGGTGTTGTGGTTCCTCAAAGGTTT 1859
||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1862 TCACCCT-GATACTCCATTAGAAGTACACTTTTGGAGGTGTTGTGGTTCCTCAAAGGTTT 1920
Query 1860 GGTATGAATGGTCGGTGTCTTCACCTACTCCATCTCCAATGCATAACACCAATGGCCGTT 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GGTATGAATGGTCGGTGTCTTCACCTACTCCATCTCCGATGCATAACACCAATGGCCGTT 1980
Query 1920 CGTATTGGGTTGGCCTTTAG-ATTAGGGACTTT-GACTGATGATGAAAAAGTTATGTAAT 1977
|||| ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1981 CGTACTGGGTTGGCCTTTAGGATTAGAGACTTTTGACTGATGACGAAAAAGTTATGTAAT 2040
Query 1978 CTTATTGTTCTGTACTTTTATGTCACAAGAAAGACCAATGTTTACGAGTGAATGAAAACT 2037
|||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2041 CTTATTGTGCTGTA-TTTT-TGTCACAAGAAAGACTAAAGTTTACGAGTGAATCAAATCT 2098
Query 2038 CTTTTGACCTTGTTAATGTTTGTACTTTTTCAGAAATTTCATTGCACTTTTAATACAGAG 2097
|| |||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2099 CTCTTGACCTTATTTATGTTTGTACTTTTTCAGTAATTTCATTGCACTTTTAATACAAAG 2158
Query 2098 CTATCTCT 2105
||||||||
Sbjct 2159 CTATCTCT 2166
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104417133600
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5