BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491670
Length=2721
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G30825.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3823 0.0
> AT4G30825.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr4:15009605-15012319 FORWARD LENGTH=2715
Length=2715
Score = 3823 bits (2070), Expect = 0.0
Identities = 2535/2751 (92%), Gaps = 66/2751 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGTTCCTTAAGATTGTCCATTCCATTGGACCCATTCGACTC------AAAAAGGTTT 54
|||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1 ATGGGTTCGTTAAGGTTTTCCATTCCATTGGACCCATTTGACTCAAAAAGAAAAAGGTTT 60
Query 55 CACTTTTCTGCGAACCCATT-TCAGTTTCCTGATCAAGTTCCAATT--TTTTCAGTTAGC 111
|| |||||||| ||||| || |||||||||||| ||| |||||||| ||| |||| |
Sbjct 61 CATTTTTCTGCAAACCC-TTCTCAGTTTCCTGACCAATTTCCAATTCACTTT--GTTACC 117
Query 112 ACTAGTGTTCCCGCCACT--AG-------AATCGGTTC-TCTGATTAGGGT-C--AAGAA 158
| |||| ||| ||||||| || ||||||||| || || |||||| | | ||
Sbjct 118 AGTAGTATTCACGCCACTAGAGCTTCCTCAATCGGTTCTTC-GACTAGGGTGCTTGACAA 176
Query 159 AATTCGAGTATCTCGTCTCGATATTGAAGCAAAGGAGGCCGAGAATGCTATTGATTCTG- 217
||||||||| ||| |||||| || |||||| || | ||||||||||||| ||||||
Sbjct 177 AATTCGAGTCTCTAGTCTCGGTACTGAAGC-AA--A---CGAGAATGCTATTAATTCTGC 230
Query 218 -A-TTCCGTTAATGTGGAGAGAAGCTC-GAATTCTAAATTTCAAGGTAGAGATACTTTCA 274
| | | | | ||||||||||||| | || ||||||| | | ||| |
Sbjct 231 AAGTGCAGCTCCTGTGGAGAGAAGC-CGGAGTTCTAAA--T-----T-GAG------T-- 273
Query 275 CGAGTGGTAATCAGAGAGGGACAAAGAAAGATGTGGCTCGGAAGTTCAGTTTCCGAAGAG 334
| || | |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 274 -G-GT-G--ATCAGAGAGGGACAAAGAAATATGTAGCTCGGAAGTTCAGTTTCCGAAGAG 328
Query 335 AAAGCAATGATCTTGAGCTTGAGAATTTGTTTGTGAACAATGGGGAAATAGATGTTAATT 394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 329 GAAGCAATGATCTTGAGCTTGAGAATTTGTTTGTGAACAATGGGGAAATAGATGTTAACT 388
Query 395 ACTCTGCTATTAAACCTGGTTTGAGTTTCGAGCATTGCAATGGTATATTGAAACGGCTTG 454
| || |||||||| || ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 389 ATTCCGCTATTAAGCCCGGTCAGAGTTTGGAGCATTGCAATGGAATATTGAAACGGCTTG 448
Query 455 AGAGTTGCAGTGACACTAATGCCATCAAGTTCTTTGATTGGATGAGATGTAAAGGAAAAT 514
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 449 AGAGTTGCAGTGACACGAATGCCATCAAATTCTTTGATTGGATGAGATGTAATGGTAAAT 508
Query 515 TGGAAGGTAACTTTGGTGCTTACAGTTTGATTCTTAGAGTTTTAGGAAGGAGGGAAGAAT 574
||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 509 TGGTAGGTAACTTTGTTGCTTATAGTTTGATTCTCAGAGTTTTAGGAAGGAGAGAAGAAT 568
Query 575 GGAACCGAGCAGAGGATCTGATCGAA-GAGTTGTGTGGATTTCA-GGGCTTTCAGCAGAG 632
|| ||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||| | | |||||| ||||
Sbjct 569 GGGACCGAGCCGAGGATCTGATC-AAGGAGCTGTGTGGATTTCATGAG-TTTCAGAAGAG 626
Query 633 TTTTCAGGTCTTCAACACGGTTATATACGCTTGTACTAAAAAGGGGAATGTGAAGTTAGG 692
|| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 627 TTATCAGGTCTTCAACACGGTTATATATGCATGTACTAAAAAGGGAAATGTGAAATTAGC 686
Query 693 TTCAAAGTGGTTTCAGATGATGTTGGAGCTCGGTGTTAGACCAAATGTGGCTACAATAGG 752
||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 687 TTCAAAGTGGTTTCACATGATGTTGGAGTTTGGTGTTAGACCAAATGTGGCTACAATAGG 746
Query 753 TATGCTAATGGATCTTTACCAGAAGAACTGGAATGTTGATGAAGCGGAATTCGCATTTTC 812
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 747 TATGCTCATGGGTCTTTACCAGAAGAACTGGAATGTTGAAGAAGCGGAATTTGCATTTTC 806
Query 813 TCATATGAGAAAATTTGGGATTGTGTGTGAATCTGCTTACTCCTCGATGATAACGATTTA 872
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 807 TCATATGAGAAAATTCGGGATTGTGTGTGAATCTGCTTACTCCTCGATGATAACGATTTA 866
Query 873 CACACGCTTGAGATTATATGATAAAGCAGAGGAAGTTATACACTTGATGAAACAAGATAG 932
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 867 CACGCGTTTGAGATTATATGATAAAGCAGAGGAAGTTATAGACTTGATGAAACAAGATAG 926
Query 933 AGTGAGGCTGAAGTTAGAGAATTGGTTAGTGATGCTTAATGCTTATAGTCAGCAAGGCAA 992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 927 AGTGAGGCTGAAGTTAGAGAATTGGTTAGTGATGCTTAATGCTTATAGTCAACAAGGAAA 986
Query 993 AATGGAGCAAGCTGAATCTGTTTTGATCGCTATGGAAGC--CGAGGGTTTTGCTCCGAAT 1050
|||||||| |||||||||| | ||| | |||||||||| || ||||||| ||||||||
Sbjct 987 AATGGAGCTAGCTGAATCTATATTGGTTTCTATGGAAGCTGCG-GGGTTTT-CTCCGAAT 1044
Query 1051 ATTATTGCATACAATACTCTGATAACTGGTTATGGTAAGGTTTCTAAAATGGAGGCTGCA 1110
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1045 ATCATTGCATACAATACTCTGATAACTGGTTATGGTAAGATTTTTAAGATGGAGGCTGCA 1104
Query 1111 AAGAGTTTATTCCACCGCCTCTATGATATTGGGCTGGAACCAGATGAAACAAGTTACAGG 1170
|| |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1105 CAGGGTTTGTTCCACCGCCTCTGTAATATTGGGCTGGAACCAGATGAGACAAGTTACAGG 1164
Query 1171 TCGATGATTGAAGGTTGGGGCCGTGCTGACAATTACGAGGAGGCAAAACATTACTCTCAA 1230
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1165 TCAATGATTGAAGGTTGGGGCCGCGCTGACAATTACGAGGAGGCAAAACATTACTATCAA 1224
Query 1231 GAGCTGAAGCGGTGTGGATATAAACCCAATTCATCCAATCTTTTTACTTTGATCAATTTG 1290
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1225 GAGCTGAAGCGGTGTGGTTATAAACCCAATTCATTCAATCTTTTTACTTTAATCAATTTA 1284
Query 1291 CAAGCTAAATATGGAGACAGAGATGGTGCTATTAAGACGATCGAAGATATGACTAGTATC 1350
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 1285 CAGGCTAAATATGGAGACAGAGATGGTGCTATTAAGACAATCGAAGATATGACTGGTATC 1344
Query 1351 GGATGCCAATACCCCTCGATCCTTGGCATCATTCTGCAGGCTTATGAGAAGGTGGGGAAG 1410
|| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1345 GGGTGCCAATATTCCTCGATTCTTGGCATCATTCTGCAGGCTTATGAGAAGGTGGGGAAG 1404
Query 1411 ATCGATGCGGTGCCTTATGTTCTCAAAGGTTCTTTTCATAATCATATCCGTTTAAACCAG 1470
|| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 ATTGATGTGGTGCCTTGCGTTCTCAAAGGTTCTTTTCATAATCATATCCGTTTAAACCAG 1464
Query 1471 ACTTCTTTCTCGATTCTAGTGATGGCATATATCAAACATGGTATGCTTGATGATTGCTTG 1530
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1465 ACTTCTTTCTCGAGTCTAGTGATGGCATATGTCAAACATGGTATGGTTGATGATTGCTTG 1524
Query 1531 GCGTTGTTGCGAGaaaaaaaGTGGAGAGACTCAGCATTTGAGTCCCACTTGTATCATCTG 1590
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525 GGGTTGTTGCGAGAAAAAAAGTGGAGAGACTCAGCATTTGAGTCCCACTTGTATCATCTG 1584
Query 1591 TTGATTTGCTCTTGCAAAGAATCTGGGCAACTTACTGATGCTGTGAAATTATACAACCAT 1650
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1585 TTGATTTGCTCTTGCAAAGAATCTGGTCAACTTACTGATGCTGTGAAAATATACAACCAT 1644
Query 1651 ACAATGGAATCAGATGAAGAGATAAATCTGCATATTACGTCCACAATGATTGACATTTAT 1710
| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1645 AAAATGGAATCTGATGAAGAGATAAATCTGCACATTACGTCTACAATGATTGACATTTAT 1704
Query 1711 ACTGTGATGGGTGAATTTGGTGAAGCAGAGAAGCTTTATTTAAATTTGAAATCTTCTGGA 1770
|||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705 ACTGTGATGGGTGAGTTTAGTGAAGCGGAGAAGCTTTATTTAAATTTGAAATCTTCTGGA 1764
Query 1771 GTTGTGTTGGACAGGATTGGGTTCAGCATCGTGGTGCGGATGTACGTTAAAGCCGGATCC 1830
|||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1765 GTTGTGTTGGACAGGATTGGATTCAGTATTGTGGTGCGGATGTATGTGAAAGCCGGATCC 1824
Query 1831 TTGGAAGAAGCCTGTTCTGTCCTAGAAATCATGGATGAGCAGAAAGACATTGTTCCGGAT 1890
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1825 TTGGAAGAAGCCTGTTCTGTCCTAGAAATCATGGATGAGCAGAAAGACATTGTTCCGGAT 1884
Query 1891 GTGTACTTGTTTCGCGATATGCTTCGGATATATCAGAAGTGTGACCTTCAGGATAAACTC 1950
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1885 GTGTACTTGTTCCGCGATATGCTTCGGATATATCAGAAGTGTGACCTTCAGGATAAACTC 1944
Query 1951 CAGCATTTGTACTACAGGATTCGAAAGAGCGGGATCCATTGGGATCAGGAGATGTACAAT 2010
|||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1945 CAGCATCTGTACTACAGGATTCGAAAGAGTGGGATCCATTGGAATCAGGAGATGTACAAT 2004
Query 2011 TGTGTTATAAACTGTTGTGCGCGTGCTCTTCCGCTTGATGAACTCTCAAGAACCTTTGAG 2070
|||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2005 TGTGTTATAAACTGCTGCGCACGTGCTCTTCCGCTTGATGAACTCTCAGGAACCTTTGAG 2064
Query 2071 GAAATGATTCGATATGGATTTACTCCTAATACAGTCACATTCAATGTCCTCCTTGATGTT 2130
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2065 GAAATGATTCGATATGGATTCACTCCTAATACTGTCACATTCAATGTCCTCCTTGATGTA 2124
Query 2131 TATGGTAAAGCGAAGCTCTTCAAAAAGGTTAACGAGCTTTTCTTGTTGGCGAAAAGACAC 2190
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2125 TATGGTAAAGCCAAGCTCTTCAAAAAGGTTAACGAGCTTTTCTTGTTGGCGAAAAGACAC 2184
Query 2191 GGAGTTGTGGATGTAATATCCTACAACACCATTATAGCTGCCTATGGAAAGAACAAGGAC 2250
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2185 GGAGTTGTGGATGTTATATCCTACAACACCATTATAGCTGCCTATGGAAAGAACAAGGAC 2244
Query 2251 TTTACAAACATGTCATCAGCGATTAAGAATATGCAATTTGACGGGTTTTCTGTGTCACTT 2310
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2245 TATACAAACATGTCATCAGCGATTAAGAATATGCAATTTGACGGGTTTTCTGTGTCACTT 2304
Query 2311 GAAGCTTATAATACTTTGCTGGATGCATATGGGAAAGATAAACAGATGGAGAAATTCAGA 2370
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2305 GAAGCTTATAATACTTTGTTGGATGCATATGGGAAAGATAAACAGATGGAGAAATTCAGA 2364
Query 2371 AGCATCTTGAAGAGAATGAAGAAGTCTACAAGTGGACCGGATCATTATACATATAACATC 2430
||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2365 AGCATCTTGAAAAGAATGAAGAAGTCGACTAGTGGACCGGATCATTATACATACAACATC 2424
Query 2431 ATGATCAATATTTATGGTGAGCAAGGATGGATCGATGAAGTCGCTGGTGTTCTGAAAGAA 2490
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2425 ATGATCAATATATATGGAGAGCAAGGATGGATCGATGAAGTCGCTGATGTTCTGAAAGAA 2484
Query 2491 TTGAAAGAATCGGGACTTGGTCCTGACTTGTGTAGCTATAACACGCTGATAAAGGCGTAT 2550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2485 TTGAAAGAATCGGGACTTGGTCCTGACTTGTGTAGCTATAACACGCTGATAAAGGCGTAT 2544
Query 2551 GGTATAGGTGGAATGGTTGAAGAAGCTGTTGGGTTGGTGAAGGAGATGAGGGGAAAGAAC 2610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2545 GGTATAGGTGGAATGGTTGAAGAAGCTGTTGGGTTGGTGAAGGAGATGAGGGGAAGGAAC 2604
Query 2611 ATAACACCTGATAAAGTAACTTACACCAATCTGGTCACAGCTTTGCGCAGGAATGATGAA 2670
|||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2605 ATAATACCTGATAAAGTAACTTACACCAATTTGGTCACAGCTTTGCGCAGGAATGATGAA 2664
Query 2671 TTTCTTGAGGCTATTAAATGGTCTTTGTGGATGAAACAAATGGGTATATAG 2721
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2665 TTTCTTGAGGCTATTAAATGGTCTTTGTGGATGAAACAGATGGGTATATAG 2715
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135149744442
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5