BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491675
Length=3400
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G30790.1 | Symbols: | INVOLVED IN: autophagy; EXPRESSED IN:... 3099 0.0
> AT4G30790.1 | Symbols: | INVOLVED IN: autophagy; EXPRESSED IN:
24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages;
CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Autophagy-related protein 17 (InterPro:IPR007240),
Autophagy-related protein 11 (InterPro:IPR019460);
Has 8793 Blast hits to 6268 proteins in 570 species:
Archae - 89; Bacteria - 657; Metazoa - 4844; Fungi - 808;
Plants - 441; Viruses - 15; Other Eukaryotes - 1939 (source:
NCBI BLink). | chr4:14993086-14997785 REVERSE LENGTH=3744
Length=3744
Score = 3099 bits (1678), Expect = 0.0
Identities = 1785/1838 (97%), Gaps = 2/1838 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGCGGAAGCTTCACTGAGAGTTTCGCCGATGATGGCAAACTTCTTCTTTGTGTGGCT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGCGGAAGCTTCACTGAGAGTTTCGCCGATGATGGCAAGCTTCTTCTTTGTGTGGCT 60
Query 61 GAGAATGGCCACTCGTTTGAATTTCAATGCAGCGAGACTACTTCAGTTGAATCTGTGATG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GAGAATGGCCACTCGTTTGAATTTCAATGCAGCGAGACTACTTCAGTTGAATCTGTGATG 120
Query 121 CGTTTCGTTGAATCTGTTTCTGGTATTGGCTTCTCTGATCAGCTTCTTCTCTCGCTTGAC 180
|||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 121 CGTTTCGTTGAATCTGTTTCTGGTATTGCCTTATCTGATCAGCTTCTTCTCTCGCTAGAC 180
Query 181 ATGAAGCTTGAGCCACAAAAGCTGCTTTCTGCTTTTGGACTTCCTGCAAGTGACAGGGAA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATGAAGCTTGAGCCACAAAAGCTGCTTTCTGCTTTTGGACTTCCTGCAAGTGACAGGGAA 240
Query 241 GTGTTTATTTTCAACAAGGCTATGCTGCAAAGCAACTCTCACCCGCCATCACCGGAAGAT 300
|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 241 GTGTTTGTTTTCAACAAGGCTATGCTGCAAAGTAACTCTCATCCGCCATCACCAGAAGAT 300
Query 301 GTAGATTTACAAGACGTTACTGACGCTTTACCACCGGCTTCATTACATGAACATCATCCC 360
|||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTAGATTTGCAAGACGTTGCTGATGCTTTACCACCGGCTTCATTACATGAACATCATCCC 360
Query 361 TTGGATGATGCATCTGATCCAGCTTTAAAGGCTTTACCTTTGTATGAAAGGCAATTTCGT 420
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTGGATGATGCATCGGATCCAGCTTTAAAGGCTTTACCTTTGTATGAAAGGCAATTTCGT 420
Query 421 TACCATTTCCATAAAGGCCGCACCATCTACAATTGTACGGTTGTGAAGCATGAGAACTGC 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TACCATTTCCATAAAGGCCGCACCATCTACAATTGTACGGTTGTGAAGCATGAGAACTGC 480
Query 481 GAGAGGTTGACGAGAGAGCAAAAGGTACAACAGCGGGCTGTTGAAGTTGCTACGCGGAAT 540
|| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 481 GAAAGGTTAACGAGAGAGCAAAAGGTACAGCAGCGGGCTGTTGAAGTTGCTACTAGGAAT 540
Query 541 CTGGAACAGTATTACAGGGTGATCTATCAGAACTTTCTTGAATTTATGAAGCGTTATAAG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTGGAACAGTATTACAGGGTGATCTATCAGAACTTTCTTGAATTTATGAAGCGTTATAAG 600
Query 601 CATCAACACCGCCTCCACTCTGATTTGCTGATGAATTTCGGAAGGGATATTGAGAAATTG 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CATCAACACCGCCTCCACTCTGATTTGCTGATGAATTTTGGAAGGGATATTGAGAAATTG 660
Query 661 AGGTCAGCCAAGATTCACCCTTATCTTCAAACTGATTCAAGGAAATGCTTATTGGACTTT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 661 AGGTCAGCCAAGATTCACCCTTATCTTCAAACTGAGTCAAGGAAATGCTTGTTGGACTTT 720
Query 721 GTCAAGGAAGATAACCTCAAAAAGGCTGCGGAGAATTGTGCAAGCTCTCACAGGCAATTT 780
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GTCAAGGAAGATAACCTCAAAAAGGCTGTGGAGAATTGTGCAAGCTCTCACAGGCAATTT 780
Query 781 GAGAATAAGATTGCACAGTTCCAGCAGATGTTTGTCGAGGTCAAGCGCAAGGTAGAAGAG 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GAGAATAAGATTGCACAGTTCCAGCAGATGTTTGTCGAGGTCAAGCGCAAGGTAGAAGAG 840
Query 841 TTGTTTGCCTGCAGGGCTTCCTTATCAATGAAGAACTTAGAAGTGACTGTTAAGGATCAC 900
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TTGTTTGCCTGCAGGGCTTCTTTATCAATGAAGAACTTAGAAGTGACTGTTAAGGATCAT 900
Query 901 GAACGGTTCATTGATGAGGAAAAGAGCATAATGCAGTCTCTCAGCAAAGATGTCAATACG 960
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GAACGCTTCATTGATGAGGAAAAGAGCATTATGCAGTCTCTCAGCAAAGATGTCAATACG 960
Query 961 GTTAAGAAACTTGTGGATGATTGCATGTCTAGCCAATTGTCCTCATCTCTTCGTCCCCAC 1020
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 961 GTTAAGAAACTTGTGGATGATTGTATGTCTAGCCAAGTGTCCTCATCTCTGCGTCCCCAT 1020
Query 1021 GATGCTGTTTCAGCCCTGGGTCCTATGTACGAAGTGCATGACAAGAATCACCTTCCCAAA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GATGCTGTTTCAGCCCTGGGTCCTATGTACGAAGTGCATGACAAGAATCACCTTCCCAAA 1080
Query 1081 ATGCAAGCTTGCTATAACTCGATTTCAGAATTGCTGGATTTCTGCAAGAGCAAGAAGAAT 1140
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1081 ATGCAAGCTTGCTATAACTCAATTTCAGAATTACTGGATTTCTGCAAGAACAAGAAGAAT 1140
Query 1141 GAGATGAACAACTTTGTGCACAGTTACATGCAAAAGATAACATACGTCACATATATCATC 1200
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GAGATGAACAACTTTGTACACGGTTACATGCAAAAGATAACATACGTCACATATATCATC 1200
Query 1201 AAAGATGCTAAGTTACAGTTTCCCGTTTTTAGAGAGGCAATGGTTCGCCAGGATGACTTA 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AAAGATGCTAAGTTACAGTTTCCCGTTTTTAGAGAGGCAATGGTTCGCCAGGATGACTTA 1260
Query 1261 TTTGCAGACTTGAAGTTAGTCCGTGGTGTTGGCCCCGCTTATAGGGCCTGTCTTGCAGAG 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TTTGCAGACTTGAAGTTAGTCCGTGGTGTTGGCCCCGCTTATAGGGCCTGTCTTGCAGAG 1320
Query 1321 GTGGTGAGAAGAAAAGCCTCTATGAAGCTTTACATGGGCATGGCTGGGCAATTGGCAGAG 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GTGGTGAGAAGAAAAGCCTCTATGAAGCTTTACATGGGCATGGCTGGGCAATTGGCAGAG 1380
Query 1381 AAGCTTGCTATGAAGAGGGAAACAGAGGTCAGGAAACGTGAGGAGTTTCTTAAAACACAT 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1381 AAGCTTGCTATGAAGAGGGAAACAGAGGTCAGGAAACGTGAGGAGTTTCTTAAAACCCAT 1440
Query 1441 GGTCCCTTCGTACCTCGAGACGTGTTGGCTTCAATGGGTTTATATGATACTCCCACTCAG 1500
|| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1441 GGCCCCTTTGTACCTCGTGACGTGTTGGCTTCAATGGGTTTATACGATACTCCTACTCAG 1500
Query 1501 TGTGATGTCAATGTTGCTCCGTATGATACTAGTCTGCTCAATATTGAAATCGCAGACGTT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1501 TGTGATGTCAATGTTGCTCCGTATGATACTAGTTTGCTCAATATTGAAATCTCAGATGTT 1560
Query 1561 GATCGATATGCTCCTGAGTTTCTAGTTGGGTTACATTCGAAGGTTGCATCCTCAAGGAGT 1620
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||
Sbjct 1561 GATCGATATGCTCCTGAGTTTCTAGTTGGGTTACATTCGAAGATTGCATCCTTAAAGAGT 1620
Query 1621 TCACTGACCATGTCTAGTGATAGCTCGCTCTCCGCTGAGCCTGAGGAGATAGGTATAGAC 1680
||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 TCACTGACCATGTCTGGTGATAGCTCGCTTTCCGCTGAGCCTGAGGAGATAGGTATAGAC 1680
Query 1681 ACTTTTGACAAAGACAATTTTGATGATATCCTAGCAGCCTCTGAATTAATAGAGATAGCT 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 ACTTTTGACAAAGACAATTTTGATGATATCCTAGCAGCCTCTGAATTAATAGAGATAGCT 1740
Query 1741 GGAACCAGCAAGATGGAAGTTGAGAATGCAAAACTAAAAGCTGACCTTGCTTCTGCAATC 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 GGAACCAGCAAGATGGAAGTTGAGAATGCAAAACTAAAAGCTGACCTTGCTTCTGCAATC 1800
Query 1801 TCTCGGATCTGTTCCCCTAGGCCCACAATTTCAA-ATG 1837
|||||||||||||| |||||||||||||| || |||
Sbjct 1801 TCTCGGATCTGTTCAT-TAGGCCCACAATTTGAATATG 1837
Score = 2569 bits (1391), Expect = 0.0
Identities = 1477/1517 (97%), Gaps = 11/1517 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1889 GTATGGATGAGAATATGGTGGATTCCTCTCAGGTACTCAGTCATCCGCTTGACTCATCGA 1948
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2216 GTATGGATGAGAATATGGTGGATTCCTCTCAGGTGCTCAGTCAACCGCTTGACTCATCGA 2275
Query 1949 TGCTGGAAAGCCAGCAAAACAATGAGAAAGGTGGAAAGGATAGTGAGGCTGGGGAAATGG 2008
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 TGCTGGAAAGCCAGCAAAACAACGAGAAAGGTGGAAAAGATAGTGAGGCTGGGGAAATGG 2335
Query 2009 GTGTGTTTCTAAGTAACAGTTCGACAGCCGAGAGCCCACAAAAATCTTTAGATGATAATG 2068
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2336 GTGTGTTTCTAAGTAACAGTTCGACAGCTGAGAGCCCACAAAAATCTTTGGATGATAATG 2395
Query 2069 TGGCAACTGGCAGAGGTTTAGATGCCAAACACAGTGATGATATTATCTTGGAACTTAGAA 2128
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 TGGCAACTGGCAGAGGTTTAGATGCCAAAGACAGTGGTGATATTATCTTGGAACTTAGAA 2455
Query 2129 ATGAGCTGATGGAAAAGTCCAATAAACTGAGTGAAATAGAGTCCAAGCTAAATGGTGCTA 2188
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 ATGAGCTGATGGAAAAGTCCAATAAACTGAGTGAAATGGAGTCCAAGCTAAATGGTGCTA 2515
Query 2189 TGGAAGAGGTATCCAATTTGAGCAGAGAGTTGGAAACGAATCAGAAGCTTCTTGAAGAAT 2248
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2516 TGGAAGAGGTATCCAATTTGAGCAGAGAGTTGGAAACGAATCAGAAGCTTCTCGAAGAAT 2575
Query 2249 CCCAGATGAATTGTGCACATTTGGAGAACTGCTTACATGAAGCAAGAGAAGAAGCCCAGA 2308
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 CCCAGATGAATTGTGCGCATTTGGAGAACTGCTTACATGAAGCAAGAGAAGAAGCCCAGA 2635
Query 2309 CCCATCTTTGTGCTGCTGATCGTAGAGCTTCTCAGTATACTGCACTTCGTGCATCAGCTG 2368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 CCCATCTTTGTGCTGCTGATCGTAGAGCTTCTCAGTATACTGCACTTCGTGCATCAGCTG 2695
Query 2369 TGAAGATGCGAGGTCTCTTTGAAAGATTCCGGAGCTCTGTCTGTGCTGGCAGTGGGATTG 2428
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2696 TGAAGATGCGAGGTCTCTTTGAAAGATTCCGGAGCTCTGTCTGTGCTGGTAGTGGGATTG 2755
Query 2429 CTGATTTTGCCGACTCCTTGCGAACTTTGGCTCAAGCTTTAGCCAACTCCGTTAATGAAA 2488
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 CTGATTTTGCTGACTCCTTGCGAACTTTGGCTCAAGCTTTAGCCAACTCCGTTAATGAAA 2815
Query 2489 ATGAAGATGATGGTACTACTGAGTTCCGGAAATGCATCCGAGTCCTGGCAGACAAAGTTA 2548
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2816 ATGAAGATGATGGTACTACTGAGTTCCGGAAATGCATCCGAGTCCTGGCAGACAAAGTTA 2875
Query 2549 GCTTCCTCTCCAAACACCGGGAGGAATTACTGGAGAAGTGCCAAAATCTTGAAGCCACAA 2608
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2876 GCTTCCTCTCCAAACACCGGGAGGAATTATTGGAGAAGTGCCAAAATCTTGAAGCCACAA 2935
Query 2609 GTGAACAGACAAGAAAGGACTTGGAGGAAAAGAAAGAGCTGGTGAAAACATTGTACACTA 2668
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2936 GTGAACAGACAAGAAAGGATTTGGAGGAAAAGAAAGAGCTGGTGAAAACATTGTACACTA 2995
Query 2669 AGCACCAACTTGGGAAGCAGGCAAATAAGGAAAAGATATCATTTGGTCGTCTTGAAGTCC 2728
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2996 AACACCAACTTGGGAAGCAGGCAAATAAGGAAAAGATATCATTCGGTCGTCTTGAAGTCC 3055
Query 2729 ATGAGATCGCAGCATTTGTGCTAAACCAAGTAGGACATTACGAGGCAATCAACAGGAACT 2788
||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3056 ATGAGATAGCAGCATTTGTGCTAAACCAAGCAGGGCATTACGAGGCAATCAACAGGAACT 3115
Query 2789 GCCCAAATTACTACTTGTCCTCTGAATCCGAGGCATTGTTCACAGATCATCTCCCAAACC 2848
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3116 GCCCAAATTACTACTTGTCCTCTGAATCTGAGGCATTGTTCACAGATCATCTCCCAAGCC 3175
Query 2849 GGCCTACATACATTGTTGGACAGATTGTGCACATAGAGCGCCAAATAGTGAAACTGCCAT 2908
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3176 GGCCTACATACATTGTTGGACAGATTGTCCACATAGAGCGCCAAATAGTGAAACTGCCAT 3235
Query 2909 CACCACTTTCAGCTTCTGCTTCTCCTGAGGCGGGTAAGACACATCATCTCGGCTCAGACC 2968
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3236 CACAACTTTCAGCTTCTGCTTCTCCTGAGGCGGGTAAGACACATCATCTCTGCTCAGACC 3295
Query 2969 AGGGCTCGAGAACTCTGGCATCAAGTTCAATCTCAACATCAACTTCAGCAACAACAACAT 3028
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3296 AGGGCTCGAGAACTCTGGCATCAAGTTCAATCTCAACATCAACTTCAGCAACAACAACAT 3355
Query 3029 CAAACCCTTATGGTCTCTCTTCAGGATGTGAATACTTCATAGTGACGATAGCAATGCTTC 3088
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3356 CAAACCCTTATGGTCTCTCTTCAGGATGTGAATACTTCATAGTGACAATAGCAATGCTTC 3415
Query 3089 CTGACACTGCTATTCATCAACGAGCTTCCTGATCCTTTTGCTTGTTCCTAAGGCAG-A-- 3145
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3416 CTGACACTGCTATTCATCAACAAGCTTCCTGATCCTTTTGCTTGTTCCTAAGGCAGCAGA 3475
Query 3146 TAGACGTGATGGAAGAAAccccctccccccAAAAAGGAACAAAAAATGTAAATACTTTGA 3205
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3476 TAGACGTGATGGAAGAAACCCCCTCCCCCCAAAAAAGAACAAAAAATGTAAATACTTTGA 3535
Query 3206 ATTCAAATAACACAATCTAAAACCAGACAGCCCCTT-ATATGATTTGTGGGtttcatttg 3264
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3536 ATTCAAATAACACAATCTAAAACCAGACAGCCCCTTTATATGATTTGTGGGTTTCATTTG 3595
Query 3265 tctcttctttaattttcttttattt-catatctttcttctttATGTACATGTACAGCTGA 3323
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | |||
Sbjct 3596 TCTCTTCTTTAACTTTCTTTTATTTTCATATCTTTCTTCTTTATGTACA-G--C---TGA 3649
Query 3324 TGATCACTGATCTTAGTTTAATCTTTTCTCCTTGTATTGTACATACTCTGCTATAATTTG 3383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3650 TGATCACTGATCTTAGTTTAATCTTTTCTCCTTGTATTGTACATACTCTGCTATAATTTG 3709
Query 3384 AATGCTGTAATAAAAAG 3400
|||||||||||||||||
Sbjct 3710 AATGCTGTAATAAAAAG 3726
Score = 86.1 bits (46), Expect = 2e-15
Identities = 57/62 (92%), Gaps = 1/62 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1833 AAATGTGTTG-AATATGCTGCTGAGAAGACAGCAGAGGCATTGCAGGCCAAAGATGAGTA 1891
|||||||||| || ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1863 AAATGTGTTGAAAAATGCTGCAGATAAAACAGCAGAGGCATTGCAGGCCAAAGATGAGTA 1922
Query 1892 TG 1893
||
Sbjct 1923 TG 1924
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 169213098739
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5