BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491683
Length=2469
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G30700.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4122 0.0
> AT4G30700.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr4:14962493-14965015 REVERSE LENGTH=2523
Length=2523
Score = 4122 bits (2232), Expect = 0.0
Identities = 2391/2470 (97%), Gaps = 2/2470 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTGAAAGGCAAAAAGCCAAATGCTACTACGGACAGTGTCGGCCGCCACCGCCGAGACAA 60
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTGAAAGGCAAAAAGCCAAATGCTGCTACGGACAGTATCGTCCGCCACCGCCGAGACAA 60
Query 61 CCGCTGCATTGATAAGCAAGAACAAC-TTTCTCGATCTCTTCAAAAGATCAACTTCTATA 119
|||| |||||||||||||||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CCGCCGCATTGATAAGCAAGAAC-ACATATCTCGATTTCTTCAAAAGATCAACTTCTATA 119
Query 120 TCTCACCTTGCTCAAACCCATGCTCAGATCGTTCTCCATGGCTTCCGCAACGACATCTCA 179
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 120 TCTCACCTTGCTCAAACCCATGCTCAGATCATTCTCCATGGCTTCCGAAACGACATCTCA 179
Query 180 TTGCTCACCAAGCTTACCCAACGACTCTCCGACCTCGGCGCCATTTACTACGCACGCGAC 239
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TTGCTCACCAAGCTTACTCAACGACTCTCCGACCTCGGCGCCATTTACTACGCACGCGAC 239
Query 240 ATTTTCCTCTCCGTCCAAAGACCTGACGTTTTCCTTTTCAACGTCCTCATGCGTGGCTTC 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 ATTTTCCTCTCCGTCCAAAGACCTGACGTTTTCCTTTTCAACGTCCTCATGCGTGGCTTC 299
Query 300 TCCGTCAACGAATCACCTCACTCTTCGCTCGCTGTGTTCGCTCATCTAAGGAAATCCACT 359
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TCCGTCAACGAATCACCTCACTCTTCGCTCTCTGTGTTCGCTCATCTAAGGAAATCCACT 359
Query 360 GATCTCAAGCCCAACAGCTCCACCTACGCCTTCGCTATATCAGCTGCTTCTGGGTTTCGT 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 360 GATCTCAAGCCCAACAGCTCCACCTACGCCTTCGCTATCTCGGCTGCTTCTGGGTTTCGT 419
Query 420 GACGACAGAGCTGGCTGTGTTATTCATGGTCAAGCGATCGTTGATGGGTGTGACTCAGAA 479
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GACGACAGAGCTGGCCGTGTTATTCATGGTCAAGCGGTCGTTGATGGGTGTGACTCAGAA 479
Query 480 TTGCTTCTTGGGTCGAACATTGTTAAGATGTACTTTAAGTTTTGGCGAGTCGAAGATGCT 539
||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TTGCTGCTTGGGTCTAACATTGTTAAGATGTACTTCAAGTTTTGGCGAGTCGAAGATGCT 539
Query 540 AGGAAGGTGTTCGACAGAATGCCTGAGAAAGACACAATTTTGTGGAACACGATGATATCT 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 AGGAAGGTGTTCGACAGAATGCCTGAGAAAGACACCATTTTGTGGAACACGATGATATCT 599
Query 600 GGTTACCGAAAGAATGAAATGTATGTGGAATCTATTCAGGTTTTCAGGGATTTGATCAAT 659
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GGCTACCGAAAGAATGAAATGTATGTGGAATCTATTCAGGTTTTCAGGGATTTGATCAAT 659
Query 660 GAAAACTGTACCCGTTTGGACACAACAACTCTGCTTGATATTCTTCCCGCTGTTGCAGAG 719
|| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GAGAGCTGTACCCGTTTGGACACTACAACTCTGCTTGATATTCTTCCCGCTGTTGCAGAG 719
Query 720 TTGCAGGAGCTGAGACTCGGGATGCAAATCCATAGTCTTGCTACAAAAACTGGGTGCTAC 779
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TTGCAGGAGCTGAGACTCGGCATGCAAATCCATAGTCTTGCTACAAAAACTGGGTGCTAC 779
Query 780 TCCCACGATTATGTTCTTACTGGTTTCATCTCACTATACTCAAAGTGTGGAAAGATTAAG 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TCCCACGATTATGTTCTTACTGGTTTCATCTCACTATACTCAAAGTGTGGAAAGATTAAG 839
Query 840 ATGGCAAGTACTCTGTTTCGTGAGTTTCGTAGACCAGATATAGTAGCTTACAACGCAATG 899
|||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 840 ATGGGAAGTGCTCTGTTTCGTGAGTTTCGTAAACCAGATATAGTAGCTTACAATGCAATG 899
Query 900 ATTCATGGGTATACTTCCAATGGAGAGACCGAGCTCTCTTTAAGCCTGTTTAAAGAGCTG 959
||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 ATTCATGGGTACACATCCAATGGAGAGACTGAGCTCTCTTTAAGCCTGTTTAAAGAGCTG 959
Query 960 ATGTTATCAGGAGCAAAGTTGAAGTCAAGCACGCTGGTCAGTCTGGTCCCTGTCTCTGGT 1019
|||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 960 ATGTTATCAGGAGCAAGGTTGAGGTCAAGCACGTTGGTGAGTCTGGTCCCTGTCTCTGGT 1019
Query 1020 CATCTTATGCTTATATATGCCATTCATGGTTACAGCTTGAAATCGAATTTCCTGTCTCAT 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CATCTTATGCTTATATATGCCATTCATGGTTACTGCTTGAAATCGAATTTCCTGTCTCAT 1079
Query 1080 ACTTCTGTCTCAACCGCGTTAACTACGGTTTATAGTAAATTGAATGAGATAGAATCAGCC 1139
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GCTTCTGTCTCAACCGCGTTAACTACGGTTTATAGTAAATTGAATGAGATAGAATCAGCC 1139
Query 1140 CGGAAGCTTTTTGATGAGTCTCCGGAAAAAAGCTTGCCATCTTGGAATGCAATGATCTCA 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CGGAAGCTTTTTGATGAGTCTCCGGAAAAAAGCTTGCCATCTTGGAATGCAATGATCTCA 1199
Query 1200 GGTTACACCCAAAACGGGTTGACAGAGGACGCGATATCTCTCTTCAGAGAAATGCAGAAT 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GGTTACACCCAAAACGGGTTGACAGAGGACGCGATATCTCTCTTCAGAGAAATGCAGAAG 1259
Query 1260 TCAGAATTCAGTCCAAACCCTGTCACAATAACTTGTATTCTATCAGCTTGTGCGCAGTTA 1319
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TCTGAATTCAGTCCAAACCCTGTCACAATAACTTGTATTCTATCAGCTTGTGCGCAGTTA 1319
Query 1320 GGAGCTTTAAGTTTGGGGAAATGGGTTCATGATTTAGTAAGGAGCACAGATTTTGAGTCT 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GGAGCTTTAAGTTTGGGGAAATGGGTTCATGATTTAGTAAGGAGCACAGATTTTGAGTCT 1379
Query 1380 AGCATATATGTGTCGACTGCTTTGATTGGTATGTATGCGAAGTGTGGAAGCATTGCAGAA 1439
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 AGCATATATGTGTCTACTGCTTTGATTGGTATGTATGCAAAGTGTGGAAGCATTGCAGAA 1439
Query 1440 GCTCGCAGATTGTTTGACTTTATGCCAAAGAAGAATGAAGTTACATGGAACACGATGATT 1499
|| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GCACGCCGATTGTTTGACTTGATGACAAAGAAGAATGAAGTTACATGGAACACGATGATT 1499
Query 1500 TCCGGTTATGGACTTCATGGACATGGACAAGAAGCTCTGACTATCTTCTCTGAGATGTTG 1559
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||
Sbjct 1500 TCTGGTTATGGACTTCATGGACAAGGACAAGAAGCTCTGAATATTTTCTATGAGATGTTG 1559
Query 1560 AATTCCGGCATTCCACCAACACCAGTCACTTTCCTCTGCGTTCTTTACGCTTGTAGTCAT 1619
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AATTCCGGTATTACACCAACACCAGTCACTTTCCTCTGCGTTCTTTACGCTTGTAGTCAT 1619
Query 1620 GCTGGCCTGGTCAAAGAAGGTGATGAGATATTCAACTCCATGATCCACCGGTATGGTTTT 1679
|||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 GCTGGCTTGGTCAAAGAAGGTGATGAAATTTTCAATTCCATGATCCACCGGTATGGTTTT 1679
Query 1680 GAACCATCAGTCAAGCATTACGCCTGTGTGGTTGATATTCTTGGCCGAGCAGGACACTTA 1739
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GAACCATCAGTCAAGCATTACGCCTGTATGGTTGATATTCTTGGCCGAGCAGGACACTTA 1739
Query 1740 CAGAGAGCATTGCAGTTTATAGAAGCAATGCCGATTCAGCCTGGTCCTTCTGTGTGGGAA 1799
||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1740 CAGAGAGCATTGCAGTTTATAGAGGCAATGTCGATTGAGCCTGGTTCTTCTGTGTGGGAA 1799
Query 1800 ACATTGCTAGGAGCTTGTAGGATTCACAAAGACACAAACCTTGCCCGAACAGTCTCTGAG 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 ACATTGCTAGGAGCTTGTAGGATTCACAAAGACACAAACCTTGCCCGAACAGTCTCTGAG 1859
Query 1860 AAGCTGTTTGAGCTAGATCCAGACAATGTAGGATACCATGTTTTGCTGTCGAATATTCAC 1919
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 AAGCTCTTTGAGCTAGATCCAGACAATGTAGGATACCATGTTTTGCTGTCGAATATTCAC 1919
Query 1920 TCAGCTGATAGAAACTATCCACAGGCTGCTACGGTTAGACAAACCGCAAAGAAGAGGAAA 1979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1920 TCAGCTGATAGAAACTATCCACAGGCTGCTACGGTTAGACAAACTGCAAAGAAGAGGAAA 1979
Query 1980 CTAGCCAAAGCTCCTGGATATACCTTAATAGAAATAGGTGAGACGCCTCATGTCTTTACC 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1980 CTAGCCAAAGCTCCTGGATATACCTTAATAGAAATAGGTGAAACGCCTCATGTCTTTACC 2039
Query 2040 TCAGGTGATCAGTCACATCCACAAGTAAAAGCAATCTATGAGAAGCTGGAGAAGCTCGAA 2099
||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2040 TCAGGTGATCAGTCACATCCACAGGTAAAGGAAATCTATGAGAAGCTGGAGAAGCTTGAA 2099
Query 2100 GGGAAGATGAGGGAAGCTGGGTACCAACCCGAGACTGAGTTGGCCCTGCATGATGTGGAG 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 GGGAAGATGAGGGAAGCTGGGTACCAACCCGAGACTGAGTTGGCCCTGCATGATGTGGAG 2159
Query 2160 GAGGAAGAAAGGGAGCTGATGGTGAAGGTTCACAGCGAGAGGCTAGCCATTGCCTTTGGA 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 GAGGAAGAAAGGGAGCTGATGGTGAAGGTTCACAGCGAGAGGCTAGCCATTGCCTTTGGA 2219
Query 2220 CTCATAGCTACTGAGCCAGGAACAGAAATCCGGATCATAAAGAATCTTCGGGTCTGTTTA 2279
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2220 CTCATAGCTACTGAGCCAGGAACTGAAATCCGGATCATAAAGAATCTTCGAGTCTGTTTA 2279
Query 2280 GACTGTCACACCGCAACCAAACTCATTTCAAAGATCACAGAGAGAGTGATTGTTGTAAGA 2339
||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 GACTGTCACACCGTAACCAAACTCATCTCAAAGATCACAGAGAGAGTGATTGTTGTAAGA 2339
Query 2340 GATGCCAACCGCTTCCATCACTTCAAAGACGGTGTCTGTTCATGTGGAGATTATTGGTAG 2399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 GATGCCAACCGCTTCCATCACTTCAAAGACGGTGTCTGTTCATGTGGAGATTATTGGTAG 2399
Query 2400 TGGCTTGTTTTTGGCCTCAACACAAGTTATACTGTACTCATCCTGTACCATTACATCACT 2459
|| || ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 2400 TGACTCGTTTTTGGCCTCAACACAAGTCATAGTGTACTCATCCTGTAACATTACCTCACT 2459
Query 2460 CATAATTGAT 2469
||||||||||
Sbjct 2460 CATAATTGAT 2469
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122507674806
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5