BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg492099
Length=3316
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G26970.1 | Symbols: ACO2 | aconitase 2 | chr4:13542918-13548... 5594 0.0
AT4G26980.1 | Symbols: | RNI-like superfamily protein | chr4:1... 124 4e-27
> AT4G26970.1 | Symbols: ACO2 | aconitase 2 | chr4:13542918-13548629
FORWARD LENGTH=3349
Length=3349
Score = 5594 bits (3029), Expect = 0.0
Identities = 3223/3319 (97%), Gaps = 4/3319 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTCTCTC-TT-CCTCGTCCCTTCCACGATCTTCTTCCAATCTCAAATATCCCATTTTCT 58
|||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 27 TCTCTCTCTTTCCCTCGTCCATTCCACGATCTTCTTCCAATCTCAAATCTCCCATTTTCT 86
Query 59 -GGGCTTTCATTTTGATCCTTCTTCCTTCTTCTGGAGATTTCTCCAATCTCTTCAACTGT 117
| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 87 AGTG-TTTCATTTTGATCCTTCTTCCTTCCTCTGGAGATTTCTCAAATCTCTTCAACTAT 145
Query 118 TTTGATTTGCCGCCATGTATCGACGCGCCACTTCCGGCGTGCGTTCTGCCTCCACGAGGC 177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 146 TTTGATTTGCCGCCATGTATCGACGCGCCACTTCCGGCGTGCGTTCTGCCTCCGCAAGGC 205
Query 178 TTTCTTCTTCCCTCACGAAGATCGCCTCTACCGAGACAGCTTCGGTTTCGGCTCCCTCAG 237
|||||||||||||| | | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 206 TTTCTTCTTCCCTCTCCAGGATCGCCTCTAGCGAGACAGCTTCGGTTTCGGCTCCATCTG 265
Query 238 CGCCATTGCTTCTCAATCAGATGAACCGATCTAAGAGCTTCTCTTCGGCTCTCCGCTCGT 297
|| | | ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 266 CGTCGTCGCTTCGCAATCAGACGAACCGATCTAAGAGTTTCTCCTCGGCTCTCCGCTCCT 325
Query 298 TTCGAGTTTGCTCTGCTTCCACGCGGTGGAGCCATGGTGTGAGCTGGGGATCGCCTGCTA 357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 326 TTCGAGTTTGCTCTGCTTCCACGCGGTGGAGCCATGGTGGGAGCTGGGGATCGCCTGCTA 385
Query 358 GCCTTCGTGCTCAATCTAGGAACTCCGCTCCGGTGATGGAGAAATTTGAACGGAAATACG 417
||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 386 GCCTTCGCGCTCAAGCTAGGAATTCCACTCCGGTTATGGAGAAATTTGAACGGAAATACG 445
Query 418 CAACCATGGCTTCTGAGCATGCCTACAAGGATATTTTGACAAGTCTTCCTAAACCTGGTG 477
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 446 CAACCATGGCTTCTGAGCATTCCTACAAGGATATTTTGACAAGTCTTCCTAAACCTGGTG 505
Query 478 GTGGAGAGTATGGAAACTACTACTCGTTACCAGCTTTAAACGATCCAAGAGTTGATAAGC 537
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 506 GTGGAGAGTATGGAAAGTACTACTCGTTACCAGCTTTAAACGATCCAAGAATTGATAAGC 565
Query 538 TGCCATTTTCTGTAAGGATATTATTGGAATCAGCGATTCGTAACTGTGACAACTATCAAG 597
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 566 TGCCATTTTCTGTAAGGATACTATTGGAATCAGCGATTCGTAACTGTGACAACTATCAAG 625
Query 598 TCACAAAGGATGACGTTGAGAAAATCCTCGACTGGGAGAATACATCTACTAAGCAGGTTG 657
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 626 TCACAAAGGATGACGTTGAGAAAATCCTTGACTGGGAGAATACATCTACTAAGCAGGTTG 685
Query 658 AAATTGCCTTCAAGCCAGCCCGTGTTATTTTACAGGACTTCACTGGAGTACCAGTTCTAG 717
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 686 AAATTGCCTTCAAGCCAGCCCGTGTTATCTTACAGGACTTCACTGGAGTACCAGTTCTAG 745
Query 718 TTGATCTTGCTTCGATGAGGGATGCAGTGAAGAATCTTGGTAGTGATCCTAGCAAGATCA 777
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 746 TTGATCTTGCTTCTATGAGGGATGCAGTGAAGAATCTTGGTAGTGATCCTAGCAAGATCA 805
Query 778 ACCCCTTGGTTCCTGTGGATCTTGTCGTTGATCACTCGATCCAAGTTGACTTTGCAAGGT 837
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 806 ACCCCTTGGTTCCTGTTGATCTTGTCGTTGATCACTCGATCCAAGTTGACTTTGCAAGGT 865
Query 838 CAGAAGATGCCGCACAGAAAAATTTGGAGCTTGAATTCAAAAGGAACAAAGAAAGATTTA 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 CAGAAGATGCCGCACAGAAAAATTTGGAGCTTGAATTCAAAAGGAACAAAGAAAGATTTA 925
Query 898 CGTTCCTTAAGTGGGGTTCAACGGCCTTCCAAAACATGCTGGTCGTTCCTCCTGGGTCTG 957
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 926 CGTTCCTTAAGTGGGGTTCAACAGCCTTCCAAAACATGCTGGTCGTTCCTCCTGGGTCTG 985
Query 958 GGATTGTCCATCAGGTCAACTTGGAATACCTTGGACGTGTTGTTTTCAACTCGAATGGAT 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 986 GGATTGTCCATCAGGTCAACTTGGAATACCTTGGACGTGTTGTTTTCAACTCGAAAGGAT 1045
Query 1018 TTCTCTACCCTGATAGCGTGGTTGGAACCGACTCCCACACAACCATGATTGATGGATTAG 1077
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 TTCTCTACCCTGATAGCGTTGTTGGAACCGACTCCCACACAACCATGATTGATGGATTAG 1105
Query 1078 GAGTCGCTGGGTGGGGTGTTGGAGGAATTGAGGCAGAGGCAGCAATGCTTGGTCAGCCCA 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 GAGTCGCTGGGTGGGGTGTTGGAGGAATTGAGGCAGAGGCAGCAATGCTTGGTCAGCCCA 1165
Query 1138 TGAGCATGGTGTTACCTGGCGTGGTCGGATTTAAGTTGGATGGAAAGTTGAAGGAAGGGG 1197
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 TGAGCATGGTGTTACCTGGCGTGGTCGGGTTTAAGTTGGATGGAAAGTTGAAGGAAGGGG 1225
Query 1198 TTACTGCTACTGATTTAGTTCTCACTGTGACCCAAATATTAAGGAAGCATGGTGTTGTCG 1257
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1226 TTACTGCTACTGATTTAGTTCTCACTGTGACCCAAATATTGAGGAAGCATGGTGTTGTCG 1285
Query 1258 GCAAGTTTGTTGAATTTTATGGTGAGGGGATGAGTGAACTTTCACTGGCTGATAGAGCCA 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 GCAAGTTTGTTGAATTTTATGGTGAGGGGATGAGTGAACTTTCACTGGCTGATAGAGCCA 1345
Query 1318 CAATTGCAAATATGTCTCCCGAGTATGGAGCAACTATGGGTTTCTTCCCAGTGGATCATG 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1346 CAATTGCAAATATGTCTCCCGAGTATGGAGCAACTATGGGTTTCTTCCCAGTGGATCATG 1405
Query 1378 TTACACTGGAGTACCTGAAGTTGACAGGAAGAAGCGACGAAACTGTGTCAATGATAGAAT 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406 TTACACTGGAGTACCTGAAGTTGACAGGAAGAAGCGATGAAACTGTGTCAATGATAGAAT 1465
Query 1438 CATATTTACGCGCAAACAATATGTTCGTTGACTACAACGAGCCCCAGCAAGAAAGAGCAT 1497
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1466 CATATTTGCGCGCAAACAATATGTTTGTTGACTACAACGAGCCTCAGCAAGAAAGAGCAT 1525
Query 1498 ACACATCTTATTTGCAGTTGGATTTGGGACATGTTGAACCATGTATTTCTGGGCCTAAAA 1557
||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1526 ACACATCTTATCTGCAGTTAGATTTGGGACATGTTGAACCATGTATTTCTGGTCCTAAAA 1585
Query 1558 GGCCTCATGACCGAGTGCCTCTGAAAGACATGAAGGCTGACTGGCATGCATGCCTTGACA 1617
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1586 GGCCTCATGACCGAGTGCCTCTGAAAGATATGAAGGCTGACTGGCATGCATGCCTTGACA 1645
Query 1618 ATCCTGTTGGATTCAAGGGTTTTGCAGTGCCAAAAGAAAAACAAGAAGAAGTTGTGAAGT 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1646 ATCCTGTTGGATTCAAGGGTTTTGCAGTGCCAAAAGAAAAACAAGAAGAAGTTGTGAAGT 1705
Query 1678 TCTCTTACAACGGACAACCTGCTGAGATCAAGCATGGTAGTGTTGTTATTGCGGCAATTA 1737
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1706 TCTCATACAACGGACAACCTGCTGAGATCAAGCATGGTAGTGTTGTTATTGCGGCAATTA 1765
Query 1738 CTAGTTGTACAAACACGTCAAACCCTAGTGTCATGATCGGGGCAGCACTCGTTGCaaaaa 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1766 CTAGTTGTACAAACACGTCAAACCCTAGTGTCATGATCGGAGCAGCACTCGTTGCAAAAA 1825
Query 1798 aaGCTTCGGATCTTGGCCTGGAGGTAAAACCATGGGTTAAGACAAGTCTTGCTCCAGGGT 1857
||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1826 AAGCTTCAGATCTTGGCCTGAAGGTAAAACCATGGGTTAAGACAAGTCTTGCTCCAGGGT 1885
Query 1858 CTAGAGTTGTCGAGAAATATTTGGATCGAAGTGGGCTCCGAGAGTACTTGACCAAGCAAG 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1886 CTAGAGTTGTCGAGAAATATTTGGATCGAAGTGGGCTCCGAGAGTCCTTGACCAAGCAAG 1945
Query 1918 GATTCGAAATTGTCGGCTACGGCTGCACAACATGCATTGGGAATTCTGGAAACCTTGACC 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1946 GATTCGAAATTGTCGGCTACGGCTGCACAACATGCATTGGGAATTCTGGCAACCTTGACC 2005
Query 1978 CAGAAGTTGCATCTGCTATAGAAGGAACTGATATCATCCCGGCTGCTGTGCTGTCTGGAA 2037
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2006 CAGAAGTTGCATCTGCTATAGAAGGAACTGATATCATCCCAGCTGCTGTGCTGTCTGGAA 2065
Query 2038 ACCGAAACTTTGAAGGTCGTGTTCATCCACAAACAAGAGCTAACTATCTTGCGTCACCAC 2097
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2066 ACCGAAACTTTGAAGGTCGTGTTCATCCACAAACAAGAGCAAACTATCTTGCGTCACCAC 2125
Query 2098 CATTAGTTGTTGCTTATGCCCTTGCTGGAACGGTTGACATTGATTTTGAGAAAGAGCCTA 2157
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2126 CATTAGTTGTTGCTTATGCCCTTGCTGGAACGGTGGACATTGATTTTGAGAAAGAGCCTA 2185
Query 2158 TAGGAACCGGAAGAGATGGCAAAAGTGTGTACCTGAGGGACGTATGGCCAAGCAATGAGG 2217
|||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2186 TAGGAACCAGAAGTGATGGAAAAAGTGTGTACCTGAGGGATGTATGGCCAAGCAATGAGG 2245
Query 2218 AAGTTGCTCAGGTTGTTCAATATAGCGTGCTACCAAGCATGTTCAAGAGCTCGTACGAAA 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2246 AAGTTGCTCAGGTTGTTCAATATAGCGTGCTACCAAGCATGTTCAAGAGCTCGTACGAAA 2305
Query 2278 CAATAACAGAGGGAAACCCCTTGTGGAATGAACTCTCTGCTCCGAGTTCCACGTTATATT 2337
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2306 CAATAACAGAGGGAAACCCCTTGTGGAATGAACTCTCTGCACCGAGTTCCACGTTATATT 2365
Query 2338 CTTGGGATCCAAACTCCACGTACATTCATGAACCTCCGTATTTCAAGAATATGACCGCAA 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366 CTTGGGATCCAAACTCCACGTACATTCATGAACCTCCGTATTTCAAGAATATGACCGCAA 2425
Query 2398 ATCCACCTGGTCCTCGTCAAGTGAAGGATGCCTACTGCTTGTTGAACTTTGGGGACAGCG 2457
||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2426 ATCCACCTGGTCCTCGTGAAGTGAAGGATGCTTACTGCTTGTTGAACTTTGGGGACAGTG 2485
Query 2458 TAACAACAGACCACATCTCTCCAGCAGGAAACATTCAAAAAACTAGTCCTGCTGCAAAGT 2517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2486 TAACAACAGACCACATCTCTCCAGCAGGAAACATTCAAAAAACTAGTCCTGCTGCAAAGT 2545
Query 2518 TTCTAATGGACCGTGGTGTGATTCCAGAAGACTTCAACTCATATGGAAGTCGAAGGGGAA 2577
||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2546 TTCTAATGGACCGTGGTGTGATTTCGGAAGATTTCAACTCATATGGAAGTCGAAGGGGAA 2605
Query 2578 ACGACGAGGTTATGGCTCGTGGTACATTTGCCAATATCCGTATTGTTAACAAGCTCTTGA 2637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2606 ACGACGAGGTTATGGCTCGTGGTACATTTGCCAATATCCGTATTGTTAACAAGCTCTTGA 2665
Query 2638 AAGGAGAAGTTGGCCCCAAGACTGTTCACATTCCAACTGGAGAGAAGCTTAGCGTTTTTG 2697
||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2666 AAGGAGAAGTTGGCCCCAACACTGTTCACATTCCGACTGGAGAGAAGCTTAGCGTTTTCG 2725
Query 2698 ATGCAGCAAGTAAATACAAGACCGCTGAACAGGATACGATCATCCTGGCTGGTGCTGAGT 2757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2726 ATGCAGCAAGTAAATACAAGACCGCTGAACAGGATACGATCATCCTGGCTGGTGCTGAGT 2785
Query 2758 ATGGAAGTGGTAGCTCTCGGGATTGGGCTGCAAAGGGCCCCTTGCTTTTGGGAGTAAAAG 2817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2786 ATGGAAGTGGTAGCTCTCGGGATTGGGCTGCAAAGGGTCCCTTGCTTTTGGGAGTGAAAG 2845
Query 2818 CTGTAATTGCCAAGAGCTTTGAGAGAATCCACCGCAGCAACCTGGCTGGTATGGGGATCA 2877
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2846 CTGTAATTGCCAAGAGCTTTGAGAGAATCCATCGCAGCAACCTGGCTGGTATGGGGATCA 2905
Query 2878 TTCCTCTGTGTTTCAAGTCCGGGGAGGATGCGGAAACCCTTGGACTGACCGGTCATGAAC 2937
||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2906 TTCCTCTGTGTTTCAAGGCTGGGGAGGACGCGGAAACCCTTGGACTCACTGGTCATGAAC 2965
Query 2938 GCTACACAGTCCACCTTCCTACAAAAGTCAGTGACATTAGACCCGGTCAAGACGTCACTG 2997
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2966 GCTACACAGTCCACCTTCCTACAAAAGTTAGTGACATTAGACCCGGTCAAGACGTCACTG 3025
Query 2998 TAACCACTGACAGTGGCAAATCCTTTGTCTGCACCCTGCGTTTTGATACAGAGGTCGAAT 3057
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3026 TAACCACTGACAGTGGCAAATCCTTTGTCTGCACCCTGCGTTTTGATACAGAGGTGGAAT 3085
Query 3058 TGGCATACTATGATCACGGCGGTATTCTACCATACGTCATCCGGAGTTTGAGCGCCAAGT 3117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3086 TGGCATACTATGATCACGGCGGTATTCTACCATACGTCATCCGGAGTTTGAGCGCCAAGT 3145
Query 3118 GATCTCAGAGTGTTTCTCGCCTTTTGTTTTCTTCTTATGTTAAGATCCAAATAAAGCAAG 3177
||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3146 GATCTCAAAGTGTTTTTCGCCTTTTGTTTTCTTCTTATGTTAAGATCCCAATAAAGCAAG 3205
Query 3178 TTTTGTGAGCATCTCTTTTCTTTCAGGTTACACTAAACCTTTATCGGCAAGAGTTGCTAT 3237
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 3206 TTTTGTGAGCATCTTTTTTCTTTCAGGTTACACTAAACCTTTGTTGGCAAGAGTTGCTAT 3265
Query 3238 AAGAAAATGCAAAAATACACACTTCATTCTATAAACAGTTTAACGTATCTTTGACTGTAG 3297
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3266 AAGAAAATGCAAAAATACACACTTCATTTTATAAACAGTTTAACGTATCTTTGACCGTAG 3325
Query 3298 CACCAATTGAAAGATCTGG 3316
|| ||||||||||| ||||
Sbjct 3326 CATCAATTGAAAGACCTGG 3344
> AT4G26980.1 | Symbols: | RNI-like superfamily protein | chr4:13548546-13550722
REVERSE LENGTH=1377
Length=1377
Score = 124 bits (67), Expect = 4e-27
Identities = 75/79 (95%), Gaps = 0/79 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 3238 AAGAAAATGCAAAAATACACACTTCATTCTATAAACAGTTTAACGTATCTTTGACTGTAG 3297
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1377 AAGAAAATGCAAAAATACACACTTCATTTTATAAACAGTTTAACGTATCTTTGACCGTAG 1318
Query 3298 CACCAATTGAAAGATCTGG 3316
|| ||||||||||| ||||
Sbjct 1317 CATCAATTGAAAGACCTGG 1299
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 164999075527
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5