BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg492371
Length=1536
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G24710.1 | Symbols: | P-loop containing nucleoside triphosp... 2449 0.0
> AT4G24710.1 | Symbols: | P-loop containing nucleoside triphosphate
hydrolases superfamily protein | chr4:12745547-12748995
REVERSE LENGTH=1633
Length=1633
Score = 2449 bits (1326), Expect = 0.0
Identities = 1469/1538 (96%), Gaps = 10/1538 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGATTGCCGAGCAAAACCCTATGGTGGAGGACACGATTCCGATTCCTCTTCCCAAT 60
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| ||
Sbjct 1 ATGGAGATTGCCGAGCAAAAACCTATGGTGGAGG--AC----CCGATTCCTCTTCCAAAC 54
Query 61 GCTTCCATGGAGGTCTCTCACCAGAATCCCATTGAAGCAACGACTATCCCCGAGCAAATT 120
|||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||| || | ||||||
Sbjct 55 GCTTCCATGGAGGTCTCTTACCAAAACCCCATTGAAGCAGCGACTATTCCAGTGCAAATA 114
Query 121 GCCGTCGCTGAGCCAGTCGCTACACCCAATCCTCCTCCTTGCCTCCACGAGAACAAATTC 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 115 GCCGTCGCTGAGCCAGTCGCTACACCCAATCCTCCTCCTTGCCTCCACGAGAACAAATTC 174
Query 181 CTCGTATCTGTGGAGGTCTGCTTAAAGCCTTCAAGCACGGCTCGTCTAGAGGATGTCCAG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 175 CTCGTATCTGTGGAGGTCTGCTTAAAGCCTTCAAGCACGGCTCGTCTAGAGGATGTCCAG 234
Query 241 AGAGCTGTAGAACGGATGCTGGAAACTAGGAGCATGAGCTATGCAGATGGACTGGTACTG 300
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 235 AGAGCTGTAGAACGGATGCTGGAAAATAGGAGCATGAGCTATGCAGATGGACTGGTTTTG 294
Query 301 ATACCTGCAGATGACTTGTTTCTTGTTGATAATGTGCAGAGAATTTGCATTTGTGATACA 360
|| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 295 ATTCCTGCAGACGACTTGTTCCTAGTTGATAATGTGCAAAGGATATGCATTTGTGATACA 354
Query 361 GAGGAATGGGTGAAAAATAATGATGTTCTCTTGTTCTGGCAAGTGAAGCCAGTTGTCCAC 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 355 GAGGAATGGGTGAAAAATAATGATGTTCTCTTGTTCTGGCAAGTGAAGCCAGTTGTGCAC 414
Query 421 GCCTTCCAGCTCTTTGAAGAAGGACCATGTGAGGACTTGTGCGCAGATGGACAACCTGCT 480
|||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 415 ACCTTTCAGCTCATTGAAGAAGGACCATGTGAGGACTTGTGTGCAGATGGACAACCTGCT 474
Query 481 AGCTTTAATGAATGGATTCTACCCGCTAAGGAGTTTGATGGCTTATGGGAAAGCCTAATA 540
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 AGCTTTAACGAATGGATTCTACCCGCAAAGGAGTTTGATGGCTTATGGGAAAGCCTAATA 534
Query 541 TATGAATCTGGACTTAAGCAAAGGTTACTACGGTACGCCGCAAGTGCGTTGCTGTTCACA 600
|||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| |||||||||||
Sbjct 535 TATGAATCTGGACTTAAGCAAAGGTTACTACGTTATGCTGCGAGTGCATTGCTGTTCACC 594
Query 601 CAGAAGGGTGTAAATCCAAATCTCGTTTCATGGAATAGGATTATTCTTTTGCACGGACCA 660
||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 CAGAAGGGTGTTAACCCAAATCTCGTTTCATGGAACAGGATTATTCTTTTGCACGGACCA 654
Query 661 CCAGGGACTGGCAAAACATCTCTTTGCAAAGCTTTGGCTCAAAAGCTTTCAATTCGGTGC 720
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 655 CCAGGGACTGGCAAAACATCCCTTTGCAAAGCGTTGGCTCAAAAGCTTTCAATCCGGTGC 714
Query 721 AACTCCAGATATCCACATTGCCAGTTGATTGAAGTCAATGCTCACTCTCTATTTAGTAAA 780
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 AACTCCAGATATCCACATTGCCAATTGATTGAAGTCAATGCTCACTCTCTATTTAGTAAA 774
Query 781 TGGTTCTCCGAAAGTGGCAAGCTGGTTGCCAAGCTTTTCCAAAAAATCCAAGAGATGGTG 840
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 TGGTTCTCTGAAAGTGGCAAGCTGGTTGCCAAGCTTTTCCAAAAAATCCAAGAGATGGTG 834
Query 841 GAGGAAGATGGAAATCTGGTATTTGTTTTGATCGATGAAGTTGAAAGTCTTGCTGCTGCT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 835 GAGGAAGATGGAAATCTGGTATTTGTTTTGATCGATGAAGTAGAAAGTCTTGCTGCTGCT 894
Query 901 CGAAAAGCTGCATTGTCTGGCTCAGAACCTTCAGATTCTATCCGGGTTGTGAATGCACTA 960
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 CGAAAAGCTGCATTGTCTGGCTCAGAACCGTCAGATTCTATCCGGGTTGTGAATGCACTA 954
Query 961 CTCACCCAAATGGACAAATTGAAATCAGCACCGAATGTGATAATCCTTACAACATCAAAC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 CTCACCCAAATGGACAAATTGAAATCAGCACCGAATGTGATAATCCTTACAACATCAAAC 1014
Query 1021 ATAACTACTGCTATTGATGTTGCTTTCGTGGATCGAGCTGACATAAAAGCTTATGTTGGG 1080
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 ATAACTACTGCTATTGATGTTGCTTTCGTGGATCGAGCTGACATAAAAGCTTATGTTGGC 1074
Query 1081 CCTCCAACTCTTCATGTTCGTTATGAAATATTAAGGTCTTGTGTTGAGGAATTAATAAGT 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 CCTCCAACTCTTCATGTTCGTTATGAAATATTAAGGTCTTGTGTTGAGGAATTAATAAGT 1134
Query 1141 AAAGGGATCATATCAAGTTTCCAGGGCTGTGATGGACTCTCAATTCCAAGCTTTTCAAGT 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1135 AAAGGGATCATATCAAGTTTCCAGGGCTGTGATGGACTCTCTATTCCAAGCTTTTCAAGT 1194
Query 1201 TTGAAAGAAAAAGCAAA-TGAAAGTGAGGTTCATGATACAAATACAGTTCCCTGGTTCTG 1259
||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1195 TTGAAAGAAAA-GTTAAGTGAAAGTGAGGTTCATGATACAAATACAGTTCCTTGGTTCTG 1253
Query 1260 TAAACAGTTGATAGAGGCTGCAAAAGGGTGCGAGGGTTTAAGTGGGAGATCATTGAGGAA 1319
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 CAAACAGTTGATAGAAGCTGCAAAAGGGTGCGAGGGTTTAAGTGGGAGATCATTGAGGAA 1313
Query 1320 GCTTCCGTTTTTAGCGCACGCAGCACTTGCAGATCCATATAGCCATGATCCAAGTAATTT 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 GCTTCCGTTTTTAGCGCACGCAGCACTTGCAGATCCATATAGCCATGATCCAAGTAATTT 1373
Query 1380 CTTGTGTACAATGATAGAAACAGCTAAGAGAGAGAAGTCTGAACAGCCTGAATGACCCTT 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1374 CTTGTGTACAATGATAGAAACAGCTAAGAGAGAGAAGTCTGAACAACCTGAATGACCATT 1433
Query 1440 TTTGTGAGGTCATAAACAAATAACAATGGATGTGGT-TTATTCAGAAAAATGTTATACTA 1498
|||||||||||||||||||||||||||| | || || || |||||||||||||||| |||
Sbjct 1434 TTTGTGAGGTCATAAACAAATAACAATGAA-GTTGTGTTGTTCAGAAAAATGTTATGCTA 1492
Query 1499 ATTGTTGATTAAACATCTCTTCATCATCTCCAGCTATG 1536
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1493 ATTGTTGATTAAACATCACTTCATCATCTACAGCTATG 1530
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 75802822950
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5