BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg492441
Length=2712
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G24190.1 | Symbols: SHD, HSP90.7, AtHsp90.7, AtHsp90-7 | Cha... 4481 0.0
> AT4G24190.1 | Symbols: SHD, HSP90.7, AtHsp90.7, AtHsp90-7 | Chaperone
protein htpG family protein | chr4:12551717-12555909
REVERSE LENGTH=2715
Length=2715
Score = 4481 bits (2426), Expect = 0.0
Identities = 2621/2715 (97%), Gaps = 13/2715 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CATCATCACTGAGTAACCCGAAAGCAAAAGACTGAGAGAGTACCAA-G---CGATCTAAC 56
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||
Sbjct 1 CATCATCACTGAGTAACCCGAAAGC-AAAGACTGAGAGA--ACCAAGGCTCCGATCTAAC 57
Query 57 AATGAGGAAGAGGACGCTCGTGTCCGTTTTGTTCCTTTTCTCGCTTCTGTTTCTTCTTCC 116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 58 AATGAGGAAGAGGACGCTCGTGTCCGTTTTGTTCCTTTTCTCGCTTCTGTTTCTTCTTCC 117
Query 117 AGATCAAGGAAGAAAGTTACACGCGAATGCAGAAGATAGTTCCGATGACCTTACAGATCC 176
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 118 AGATCAAGGAAGAAAGTTACACGCGAATGCAGAAGAGAGTTCCGATGATGTTACAGATCC 177
Query 177 ACCAAAGGTTGAGGAAAAAATTGGTGGTCACGGCGGTTTATCGACGGATTCCGATGTAGT 236
|||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 ACCAAAAGTTGAGGAGAAAATTGGTGGTCACGGTGGTTTATCGACGGATTCCGATGTAGT 237
Query 237 TCATAGAGAGTCTGAGTCGATGTCAAAGAAGACGCTTCGCAGTAACGCGGAGAAGTTTGA 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 TCATAGAGAGTCTGAGTCGATGTCAAAGAAGACGCTTCGCAGTAACGCGGAGAAGTTTGA 297
Query 297 GTTTCAGGCTGAGGTTTCTCGGCTTATGGACATTATTATCAACTCTCTATACAGTAACAA 356
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 GTTCCAAGCTGAGGTTTCTCGGCTTATGGACATTATTATCAACTCTCTATACAGTAACAA 357
Query 357 GGATATTTTCTTAAGAGAGTTGATCTCCAATGCTTCTGATGCCTTGGACAAAATTAGGTT 416
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 GGACATTTTCTTAAGAGAGTTGATCTCCAATGCTTCTGATGCCTTGGACAAAATTAGGTT 417
Query 417 CCTTGCACTCACTGACAAAGACGTTTTGGGTGAAGGTGACACTGCTAAGCTTGAGATCCA 476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 CCTTGCACTCACTGACAAAGACGTTTTGGGTGAAGGTGACACTGCTAAGCTTGAGATCCA 477
Query 477 GATTAAGCTTGACAAAGCCAAGAAGATTCTTTCTATTCGGGATAGGGGAATTGGTATGAC 536
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 478 GATTAAGCTAGACAAAGCCAAGAAGATTCTTTCTATTCGAGACCGGGGAATTGGTATGAC 537
Query 537 TAAGGAAGACTTAATCAAGAACCTTGGTACCATAGCAAAATCTGGAACGTCAGCTTTTGT 596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TAAGGAAGACTTAATCAAGAACCTTGGTACCATAGCAAAATCTGGAACGTCAGCTTTTGT 597
Query 597 TGAGAAGATGCAATCAAGCGGGGATTTGAACCTTATTGGACAATTTGGAGTTGGATTCTA 656
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 TGAGAAAATGCAATCAAGTGGGGATTTGAACCTTATTGGACAATTTGGAGTTGGATTCTA 657
Query 657 TTCTGCCTATCTTGTTGCTGACTACATTGAAGTCATTAGCAAGCACAATGATGACAGCCA 716
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CTCTGCCTATCTTGTTGCTGACTACATTGAAGTCATTAGCAAGCACAATGATGACAGCCA 717
Query 717 GTATGTATGGGAATCAAAGGCTGATGGTAAATTTGCTGTTTCCGAGGATACATGGAATGA 776
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GTATGTATGGGAATCAAAGGCTAACGGTAAATTTGCTGTTTCCGAGGATACATGGAATGA 777
Query 777 GCCTCTTGGACGTGGAACCGAAATTAGATTACATCTTAGGGATGAAGCTGGCGAGTACCT 836
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 GCCTCTTGGACGTGGAACCGAGATTAGATTACATCTTAGGGATGAAGCTGGCGAGTACCT 837
Query 837 AGAAGAAAGTAAGCTTAAGGATTTGGTGAAGAGATATTCTGAATTCATTAACTTCCCTAT 896
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 AGAAGAAAGTAAACTTAAGGAATTGGTGAAGAGATATTCTGAATTCATTAACTTCCCTAT 897
Query 897 CTCTCTCTGGGCTAGCAAAGAGGTTGAAACCGAGGTCCCAGTTGAGGAAGATGAATCAAC 956
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 898 CTCCCTCTGGGCTAGCAAAGAGGTTGAAACCGAGGTCCCAGTTGAGGAAGATGAATCAGC 957
Query 957 TGATGAGGAAACTGAAACCCCCTCTACCgaggaagaaaaggaagaagatgctgaggagga 1016
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 TGATGAGGAAACTGAAACCACCTCTACCGAGGAAGAAAAGGAAGAAGATGCTGAGGAGGA 1017
Query 1017 agatggtgagaaaaagcagaaaaccaagaaggTGAAAGAAACAGTTTATGAATGGGAGCT 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 AGATGGTGAGAAAAAGCAGAAAACCAAGAAGGTGAAAGAAACAGTTTATGAATGGGAGCT 1077
Query 1077 TCTGAATGATGTTAAGGCTATATGGCTGAGAAGTCCAAAGGAGGTGACGGAGGAAGAATA 1136
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1078 TCTGAATGATGTTAAGGCTATATGGCTGAGAAGTCCAAAGGAGGTGACAGAGGAAGAGTA 1137
Query 1137 CACTAAATTCTACCACTCTCTCTCAAAGGATTTTACCGAAGAGAAGCCAATGGCTTGGAG 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 CACTAAATTCTACCACTCTCTCTCAAAGGATTTTACCGACGAGAAGCCAATGGCTTGGAG 1197
Query 1197 TCACTTTAATGCTGAAGGTGATGTTGAATTCAAGGCTGTGTTGTATGTTCCTCCGAAAGC 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 TCACTTTAATGCTGAAGGTGATGTTGAATTCAAGGCTGTGTTGTATGTTCCTCCGAAAGC 1257
Query 1257 TCCCCATGATCTATACGAGAGCTACTACAACAGCAACAAGGCGAACTTGAAGCTATATGT 1316
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 TCCCCATGATCTATACGAGAGCTATTACAACAGCAACAAGGCGAACTTGAAGCTATATGT 1317
Query 1317 CAGGAGGGTATTCATCTCAGATGAATTTGATGAGCTTCTGCCTAAGTATTTGAGTTTCTT 1376
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CAGGAGGGTGTTCATCTCAGATGAATTTGATGAGCTTCTGCCTAAGTATTTGAGTTTCTT 1377
Query 1377 GAAGGGTCTTGTTGACTCTGACACATTGCCTCTAAATGTATCACGAGAAATGCTTCAACA 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1378 GAAGGGTCTTGTTGACTCTGACACATTGCCTCTAAATGTATCAAGAGAAATGCTTCAACA 1437
Query 1437 ACATAGCAGCTTAAAGACAATTAAGAAGAAGCTTATCCGAAAGGCACTTGATATGATCCG 1496
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1438 ACACAGCAGCTTAAAGACAATTAAGAAGAAGCTTATCCGAAAGGCGCTTGATATGATCCG 1497
Query 1497 CAAGCTTGCTGAAGAAGATCCTGATGAGATCCATGATGATGACAAAAAAGATGTGGAGAA 1556
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1498 CAAGCTTGCTGAAGAAGATCCTGATGAAATCCATGATGATGAGAAAAAAGATGTGGAGAA 1557
Query 1557 GTCTGGTGAGAACGATGAGAAGAAGGGTCAATACACAAAATTCTGGAATGAGTTTGGCAA 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1558 GTCTGGTGAGAACGATGAGAAGAAGGGTCAATACACAAAATTCTGGAACGAGTTTGGCAA 1617
Query 1617 GTCGGTCAAACTAGGCATCATTGAGGATGCTGCTAACAGGAACCGCTTGGCAAAACTTCT 1676
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 GTCTGTCAAACTAGGTATCATTGAGGATGCTGCTAACAGGAACCGCTTGGCAAAACTTCT 1677
Query 1677 TCGTTTTGAGACAACAAAGTCCGATGGAAAATTGACTTCCCTGGATCAGTACATTAAGAG 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 TCGTTTTGAGACAACAAAGTCCGATGGAAAATTGACTTCCCTGGATCAGTACATTAAGAG 1737
Query 1737 AATGAAAAAGGGGCAAAAGGACGTATTTTACATCACAGGAAGCAGCAAGGAACAACTGGA 1796
|||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1738 AATGAAAAAGAGCCAAAAGGACATATTTTACATCACAGGAAGCAGCAAGGAACAGCTAGA 1797
Query 1797 GAAATCTCCATTCCTGGAGAGGCTCATCAAGAAGGGCTATGAGGTTATCTTCTTCACAGA 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1798 GAAATCTCCATTCCTGGAGAGGCTCATCAAGAAGGGCTATGAGGTCATCTTCTTCACAGA 1857
Query 1857 CCCTGTTGATGAATACTTGATGCAATACCTGATGGATTACGAAGACAAAAAGTTCCAGAA 1916
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 CCCAGTTGATGAATACTTGATGCAATACCTGATGGATTACGAAGACAAAAAGTTCCAGAA 1917
Query 1917 TGTGTCAAAGGAAGGACTGAAGGTTGGGAAAGATTCAAAAGACAAGGAGCTGAAGGAGGC 1976
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1918 TGTGTCCAAGGAAGGACTGAAGGTTGGGAAAGATTCAAAAGACAAGGAGCTGAAGGAAGC 1977
Query 1977 ATTCAAGGAGCTAACCAAGTGGTGGAAAGGGAATCTCGCTAGCGAGAACGTGGACGATGT 2036
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1978 ATTCAAGGAGCTAACAAAGTGGTGGAAAGGAAATCTCGCTAGCGAAAACGTAGACGATGT 2037
Query 2037 CAAAATCAGCAACCGTTTGGCTGACACTCCCTGTGTAGTCGTAACGTCCAAGTTTGGATG 2096
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2038 CAAAATCAGCAACCGTTTGGCTGACACTCCATGTGTAGTCGTAACATCCAAGTTTGGATG 2097
Query 2097 GAGTGCAAACATGGAGAGGATCATGCAGTCTCAAACTCTCTCTGATGCTAATAAGCAAGC 2156
|||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2098 GAGTGCTAATATGGAGAGGATCATGCAGTCCCAAACTCTCTCGGATGCTAATAAGCAAGC 2157
Query 2157 TTACATGCGCGGAAAGAGAGTCCTCGAGATCAATCCACGACATCCTATCATCAAAGAACT 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2158 TTACATGCGCGGAAAGAGAGTCCTCGAGATCAACCCACGACACCCTATCATCAAAGAACT 2217
Query 2217 CAAGGATAGAATTGCAAGTGACCCAGAGGATGAGAGTGTGAAAGAAACAGCACAGCTCAT 2276
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2218 CAAGGATAGAATTGCAAGTGACCCAGAGGATGAGAGTGTGAAGGAAACAGCACAGCTCAT 2277
Query 2277 GTACCAGACGGCTTTGATCGAGAGTGGATTCTTACTCAACGACCCAAAAGACTTTGCAGC 2336
||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 2278 GTACCAGACAGCTTTGATCGAGAGTGGATTCATACTCACCGACCCAAAAGACTTTGCTGC 2337
Query 2337 CCGTATCTACAACTCCGTCAAGAGCAGCCTGAAAATCAGCCCTGATGCAGTAGTTGACGA 2396
|||||| || ||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2338 CCGTATTTATAACTCAGTCAAGAGCGGTCTGAACATCAGCCCTGATGCAGTAGCCGACGA 2397
Query 2397 GGAAGTCGAGGCAGCAGAGGAACCAGAGACCAGTGAGGCAACTGAGACGAAATCAGATGA 2456
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 GGAAATCGAGGCAGCAGAGGAACCAGAGACCAGTGAGGCAACTGAGACGAAATCAGATGA 2457
Query 2457 CTTGGCTGGTGGTCTAAACATTGAAGCCGAACCCGTTGAGCAACAAGAAGAGAACACCAA 2516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 CTTGGCTGGTGGTCTAAACATTGAAGCCGAACCCGTTGAGCAACAAGAAGAGAACACCAA 2517
Query 2517 GGACGAACTGTAGATTTTACTTCTGATGGTTCTCCTTTGTGTTTACTATGGCTTTTTTAG 2576
||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||
Sbjct 2518 GGACGAACTGTAGATTTCACTTCTGATGTTTCTCCTTTGTGTTTACC-T--CTTT---AG 2571
Query 2577 TTTAAAGCAGAACATCGTTTTACTCGAATCTCAAGATTAGTTAAATTAAGCAGTTTTTGA 2636
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2572 TTTAAAGCAGAACATCGTTTTACTCGAATATCAAGATTAGTTTAATTAAGCAGTTTTTGA 2631
Query 2637 TGGATTATGTAAACGCACTACTTGGATTCTAGAGATCAACGAACCCAAACTTCTTCTTTT 2696
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2632 TGGATTATGTAAACGCACTACTTGCATTCTAGAGATCAAGGAACCTAAACTTCTTCTTTT 2691
Query 2697 CAATATATGAGTTTT 2711
|||| ||||||||||
Sbjct 2692 CAATGTATGAGTTTT 2706
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 134698241955
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5