BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg492703
Length=3609
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G21710.1 | Symbols: NRPB2, EMB1989, RPB2 | DNA-directed RNA ... 6189 0.0
> AT4G21710.1 | Symbols: NRPB2, EMB1989, RPB2 | DNA-directed RNA
polymerase family protein | chr4:11535525-11542268 REVERSE
LENGTH=3794
Length=3794
Score = 6189 bits (3351), Expect = 0.0
Identities = 3523/3609 (98%), Gaps = 0/3609 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTGCTCTGCTCCGATCTTAAGTGAGTGAGAAAAAATGGAGTACAACGAATACGAACCTG 60
|||||| ||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 34 TTTGCTGTGCTCTAATCTTCAGAGAGTGAGAATAAATGGAGTACAACGAATACGAACCTG 93
Query 61 AACCTCAATATGTAGAAGACGATGATGATGAGGAGATTACCCAGGAGGACGCGTGGGCTG 120
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 94 AACCTCAATATGTAGAAGACGATGACGATGAGGAGATTACCCAGGAGGACGCGTGGGCTG 153
Query 121 TTATATCTGCTTATTTCGAAGAGAAAGGTCTCGTTCGTCAGCAGCTCGATTCGTTTGATG 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 154 TTATATCTGCTTATTTCGAAGAGAAAGGTCTCGTTCGTCAACAGCTGGATTCGTTTGATG 213
Query 181 AGTTTATTCAGAATACTATGCAAGAAATTGTTGATGAGTCTGCTGATATCGAGATCCGAC 240
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 214 AGTTTATTCAAAATACTATGCAAGAAATCGTTGATGAGTCTGCTGATATCGAGATCCGAC 273
Query 241 CTGAATCTCAGCACAATCCTGGCCACCAGTCCGATTTTGCGGAGACAATCTACAAGATTA 300
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 274 CTGAATCTCAGCATAATCCTGGCCATCAGTCCGATTTTGCGGAGACAATCTACAAGATTA 333
Query 301 GCTTTGGACAGATTTATCTGAGTAAACCTATGATGACAGAGTCTGATGGAGAGACTGCCA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 334 GCTTTGGACAGATTTATCTGAGTAAACCTATGATGACAGAGTCTGATGGAGAGACTGCCA 393
Query 361 CCCTGTTCCCTAAGGCTGCGAGGTTGAGAAACCTCACATATTCTGCTCCTTTGTATGTCG 420
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 394 CCCTGTTCCCTAAGGCTGCAAGGTTGAGAAATCTCACATACTCTGCGCCTTTGTATGTCG 453
Query 421 ATGTTACTAAGAGAGTTATAAAGAAAGGGCATGATGGTGAAGAAGTTACAGAGACCCAGG 480
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 454 ATGTTACTAAGAGAGTTATTAAGAAAGGGCATGATGGTGAAGAAGTTACGGAGACACAGG 513
Query 481 ATTTTACTAAAGTTTTCATTGGAAAGGTTCCCATCATGCTCCGGTCTAGTTACTGTACCT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 514 ATTTTACTAAAGTTTTCATTGGAAAGGTTCCCATCATGCTCCGGTCTAGTTACTGTACCT 573
Query 541 TGTTTCAGAACTCGGAGAAAGACCTGACAGAGCTTGGAGAATGTCCTTATGATCAGGGTG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 574 TGTTTCAGAACTCGGAGAAAGACCTGACAGAGCTTGGAGAATGTCCTTATGATCAGGGTG 633
Query 601 GATACTTCATTATTAATGGCAGTGAAAAGGTTCTTATTGCTCAGGAGAAGATGAGTACGA 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 634 GATACTTCATTATTAATGGCAGTGAAAAGGTTCTGATTGCTCAGGAGAAGATGAGTACGA 693
Query 661 ATCATGTTTATGTGTTCAAGAAGAGACAGCCAAATAAGTATGCTTATGTTGGTGAAGTCC 720
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 694 ATCATGTTTATGTGTTCAAGAAAAGGCAGCCAAATAAGTATGCTTATGTTGGTGAAGTCC 753
Query 721 GTTCTATGGCTGAAAACCAAAATAGGCCTCCAAGCACAATGTTTGTGCGTATGCTTGCTC 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 754 GTTCTATGGCTGAAAACCAAAATAGGCCTCCAAGCACAATGTTTGTGCGTATGCTTGCTC 813
Query 781 GTGCTAGTGCAAAAGGGGGTTCATCTGGACAGTATATTCGATGTACTCTTCCATACATCA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 814 GTGCTAGTGCAAAAGGGGGTTCATCTGGACAGTATATTCGATGTACTCTTCCATACATCA 873
Query 841 GAACAGAAATTCCTATTATCATAGTATTTCGTGCACTGGGATTTGTTGCCGATAAGGACA 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 874 GAACAGAAATTCCTATTATCATAGTATTTCGTGCACTGGGATTTGTTGCCGATAAGGACA 933
Query 901 TATTGGAACACATCTGCTATGATTTTGCCGATACCCAGATGATGGAGTTGCTCAGGCCTT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 934 TATTGGAACACATCTGCTATGATTTTGCCGATACCCAGATGATGGAGTTGCTCAGGCCTT 993
Query 961 CCTTGGAAGAAGCTTTCGTTATTCAAAATCAGCTGGTTGCACTTGACTATATTGGAAAAC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 994 CCTTGGAAGAAGCTTTCGTTATTCAAAATCAGCTGGTTGCACTTGACTATATTGGAAAAC 1053
Query 1021 GTGGTGCAACTGTTGGTGTAACCAAGGAGAAAAGGATAAAGTATGCGAAAGATATCCTTC 1080
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1054 GTGGTGCAACTGTTGGTGTAACCAAGGAAAAAAGGATAAAGTATGCTAGAGATATCCTTC 1113
Query 1081 AGAAAGAAATGCTTCCTCATGTAGGAATTGGGGAATATTGCGAGACGAAGAAAGCTTATT 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1114 AGAAAGAAATGCTTCCTCATGTAGGAATTGGGGAGCATTGCGAGACAAAGAAAGCTTACT 1173
Query 1141 ATTTTGGGTATATCATACACCGGCTGCTGCTTTGTGCACTGGGCCGAAGGCCAGAAGATG 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1174 ATTTTGGGTATATCATACACCGGCTGCTGCTTTGTGCACTTGGCCGAAGGCCAGAAGATG 1233
Query 1201 ATAGGGATCATTATGGTAACAAAAGGCTGGATCTTGCTGGTCCATTACTTGGAGGGCTGT 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1234 ATAGGGATCATTATGGTAACAAAAGGCTGGATCTTGCTGGTCCTTTACTTGGAGGGCTAT 1293
Query 1261 TTAGAATGCTTTTCCGAAAGTTAACAAGGGATGTGAGATCTTATGTTCAAAAGTGCGTTG 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1294 TTAGAATGCTTTTCCGAAAGTTAACAAGGGATGTGAGATCTTATGTTCAAAAGTGCGTTG 1353
Query 1321 ACAATGGCAAAGAAGTCAATCTTCAATTTGCCATCAAGGCTAAAACAATTACCTCTGGCC 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1354 ACAATGGCAAAGAAGTCAATCTTCAATTTGCCATTAAGGCTAAAACAATTACCTCTGGCC 1413
Query 1381 TGAAATATTCTCTTGCTACTGGGAACTGGGGCCAGGCAAACGCTGCTGGCACAAGAGCTG 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1414 TGAAATATTCTCTTGCTACTGGGAACTGGGGCCAGGCAAACGCTGCTGGCACAAGAGCTG 1473
Query 1441 GAGTTTCTCAGGTTCTTAATCGGTTGACGTATGCTTCGACTTTGTCACATCTGAGGCGTC 1500
|||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1474 GAGTCTCTCAGGTTCTTAACCGGTTGACATATGCTTCGACTTTGTCACATCTGAGGCGTC 1533
Query 1501 TCAATTCTCCAATAGGACGTGAAGGAAAATTGGCAAAGCCAAGACAACTGCACAACTCAC 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1534 TCAATTCTCCAATAGGACGTGAAGGAAAATTGGCAAAACCAAGACAACTGCACAACTCAC 1593
Query 1561 AGTGGGGAATGATGTGCCCTGCTGAAACACCTGAAGGACAGGCTTGTGGTCTAGTGAAAA 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1594 AGTGGGGAATGATGTGCCCTGCTGAAACACCTGAAGGACAGGCTTGTGGTCTAGTGAAAA 1653
Query 1621 ACTTGGCTCTCATGGTCTACATAACAGTTGGGTCCGCTGCTTATCCTATATTGGAATTTT 1680
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1654 ACTTGGCTCTCATGGTCTACATAACAGTTGGGTCAGCTGCTTATCCTATATTGGAATTTT 1713
Query 1681 TGGAAGAATGGGGTACTGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCATCTGTTATACCCCAAGCCA 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1714 TGGAAGAATGGGGTACTGAGAATTTTGAGGAAATATCTCCATCTGTTATACCCCAAGCCA 1773
Query 1741 CAAAAATCTTTGTCAATGGAATGTGGGTTGGAGTTCATAGAGATCCTGACATGTTGGTGA 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1774 CAAAAATCTTTGTCAATGGAATGTGGGTTGGAGTTCATAGAGATCCTGACATGTTGGTGA 1833
Query 1801 AAACGTTGAGACGTTTGAGACGAAGGGTTGATGTCAACACTGAAGTTGGCGTAGTTAGAG 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1834 AAACGTTGAGACGTTTGAGACGAAGGGTTGATGTCAACACTGAAGTTGGTGTAGTTAGAG 1893
Query 1861 ATATACGTCTTAAAGAGCTCCGAATATACACTGATTATGGCCGTTGTAGCCGTCCGTTGT 1920
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1894 ATATCCGTCTTAAAGAGCTCCGGATATACACTGATTATGGACGTTGTAGCCGTCCGTTGT 1953
Query 1921 TTATTGTAGATAATCAGAGGCTCTTAATAAAGAAGAGAGATATTTATGCTCTGCAACAAA 1980
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1954 TTATTGTAGATAATCAGAAGCTCTTAATAAAGAAGAGAGATATCTATGCTCTGCAACAAA 2013
Query 1981 GGGAAAGTGCGGAAGAAGATGGTTGGCATCATCTGGTTGCTAAGGGCTTTATAGAATACA 2040
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2014 GGGAAAGTGCAGAAGAAGATGGTTGGCATCATCTGGTTGCTAAGGGCTTTATAGAATACA 2073
Query 2041 TAGACACAGAGGAAGAGGAAACGACCATGATTTCCATGACTATCAGTGATCTGGTTCAAG 2100
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2074 TAGACACAGAAGAAGAGGAAACGACCATGATTTCCATGACTATCAGTGATCTGGTTCAAG 2133
Query 2101 CTAGACTCCGCCCAGAGGAGGCTTATACTGAAAACTACACACATTGTGAGATTCACCCAT 2160
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2134 CTAGACTCCGCCCAGAAGAGGCTTATACTGAAAACTACACACATTGTGAGATTCACCCAT 2193
Query 2161 CTCTGATATTGGGGGTCTGTGCTTCAATCATACCATTTCCTGACCATAATCAGTCACCTC 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2194 CTCTGATATTGGGGGTCTGTGCTTCAATCATACCATTTCCTGACCATAATCAGTCACCTC 2253
Query 2221 GTAATACATATCAATCTGCCATGGGGAAGCAAGCAATGGGAATTTATGTCACCAACTACC 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2254 GTAATACATATCAATCTGCCATGGGGAAGCAAGCAATGGGAATTTATGTCACCAACTACC 2313
Query 2281 AATTTCGCATGGATACCTTAGCCTATGTTCTCTATTACCCGCAAAAGCCTCTGGTTACTA 2340
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||| |||||||||
Sbjct 2314 AATTTCGCATGGATACGTTAGCTTATGTTCTCTATTATCCACAAAAGCCTTTGGTTACTA 2373
Query 2341 CAAGAGCTATGGAGCATCTTCACTTTAGGCAACTTCCAGCAGGAATTAATGCTATTGTTG 2400
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2374 CAAGAGCTATGGAGCATCTTCACTTTAGACAACTTCCAGCAGGAATTAATGCTATTGTTG 2433
Query 2401 CCATTTCTTGCTATTCTGGATATAATCAAGAAGATTCTGTCATCATGAATCAGTCTTCAA 2460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2434 CCATTTCTTGCTATTCTGGATATAATCAAGAAGATTCTGTCATCATGAATCAGTCTTCAA 2493
Query 2461 TAGATCGTGGTTTCTTTCGATCCTTGTTCTTTCGGTCTTACAGAGATGAGGAGaaaaaaa 2520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2494 TAGATCGTGGTTTCTTTCGATCCTTGTTCTTTCGGTCTTACAGAGATGAGGAGAAAAAAA 2553
Query 2521 TGGGGACTCTTGTCAAAGAAGACTTTGGGCGCCCAGACAGAGGAAGCACAATGGGTATGC 2580
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2554 TGGGGACGCTTGTCAAAGAAGACTTTGGGCGCCCAGACAGAGGAAGTACAATGGGTATGC 2613
Query 2581 GACATGGTTCTTATGATAAATTGGATGATGATGGTCTTGCACCTCCTGGTACTAGAGTTT 2640
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2614 GACATGGTTCTTATGATAAACTGGATGATGATGGTCTTGCGCCTCCTGGTACTAGAGTTT 2673
Query 2641 CAGGTGAAGATGTTATCATTGGAAAAACCACTCCAATATCTCAAGATGAGGCTCAAGGAC 2700
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2674 CAGGTGAAGATGTTATCATTGGGAAAACCACTCCAATATCTCAAGATGAGGCTCAAGGAC 2733
Query 2701 AATCATCACGATACACTAGACGCGACCATAGTATAAGCTTGCGACATAGTGAAACTGGAA 2760
||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2734 AATCATCCCGATACACTAGACGTGATCATAGTATAAGCTTGCGACATAGTGAAACTGGAA 2793
Query 2761 TGGTGGATCAGGTGTTATTGACTACAAATGCAGATGGTTTGAGGTTTGTGAAAGTGAGGG 2820
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2794 TGGTGGATCAGGTGTTATTGACTACAAATGCAGATGGTTTGAGGTTTGTGAAAGTGAGGG 2853
Query 2821 TCAGATCTGTTCGGATTCCTCAAATTGGAGACAAATTTAGTAGTAGACATGGTCAGAAGG 2880
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2854 TCAGATCCGTGCGGATTCCTCAAATTGGAGACAAATTTAGTAGTAGACACGGTCAGAAGG 2913
Query 2881 GAACTGTTGGGATGACCTACACGCAGGAGGACATGCCATGGACGATTGAAGGCGTCACTC 2940
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2914 GAACTGTTGGCATGACCTACACGCAGGAGGATATGCCATGGACGATTGAAGGGGTCACTC 2973
Query 2941 CGGACATTATTGTGAATCCACATGCTATTCCGTCTCGAATGACAATTGGACAGCTAATTG 3000
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2974 CGGACATTATTGTGAATCCACATGCTATTCCGTCTCGAATGACAATTGGACAGCTAATTG 3033
Query 3001 AGTGCATCATGGGAAAAGTGGCAGCTCACATGGGAAAAGAAGGAGATGCGACTCCTTTTA 3060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 3034 AGTGCATCATGGGAAAAGTGGCAGCTCACATGGGAAAAGAAGGAGATGCTACTCCCTTTA 3093
Query 3061 CAGATGTCACGGTGGATAATATAAGCAAAGCTCTTCATAAGTGTGGGTACCAAATGCGTG 3120
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3094 CAGATGTCACGGTGGATAATATAAGCAAAGCCCTTCATAAGTGTGGGTACCAAATGCGTG 3153
Query 3121 GATTTGAGAGAATGTACAATGGTCACACGGGCAGACCACTCACAGCTATGATATTCCTTG 3180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3154 GATTTGAGAGAATGTACAATGGTCACACGGGCAGACCACTCACAGCTATGATATTCCTTG 3213
Query 3181 GGCCAACGTATTACCAAAGATTGAAGCATATGGTTGATGACAAGATTCACTCCCGTGGAC 3240
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3214 GACCAACATATTACCAAAGATTGAAGCATATGGTTGATGACAAGATTCACTCGCGTGGAC 3273
Query 3241 GAGGTCCTGTGCAAATCTTAACAAGACAACCAGCTGAAGGGCGATCCCGTGATGGTGGTC 3300
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3274 GAGGTCCGGTGCAAATCTTAACAAGACAACCAGCTGAAGGGCGATCACGTGATGGTGGTC 3333
Query 3301 TCCGTTTTGGAGAAATGGAACGCGATTGCATGATTGCTCATGGTGCTGCACACTTTTTGA 3360
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3334 TCCGTTTTGGAGAAATGGAGCGCGATTGCATGATTGCACATGGTGCTGCTCACTTTTTGA 3393
Query 3361 AAGAGAGGCTGTTTGATCAGAGTGATGCGTATAGGGTACATGTGTGTGAAGTCTGTGGGC 3420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3394 AAGAGAGGCTGTTTGATCAGAGTGATGCGTATAGGGTACATGTGTGTGAAGTCTGCGGGC 3453
Query 3421 TCATCGCCATTGCAAATCTGAAGAAGAATTCTTTTGAATGCAGAGGTTGCAAGAACAAAA 3480
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3454 TCATTGCCATTGCAAATCTGAAGAAGAATTCTTTTGAATGCAGAGGTTGCAAGAACAAAA 3513
Query 3481 CAGATATTGTTCAGGTATACATTCCATATGCATGCAAATTGCTCTTTCAAGAGCTTATGT 3540
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3514 CAGATATTGTTCAGGTATACATTCCATATGCTTGCAAATTACTCTTTCAAGAGCTTATGT 3573
Query 3541 CAATGGCTATTGCGCCAAGGATGCTTACCAAACACCTGAAATCGGCTAAAGGCAGACAGT 3600
||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3574 CAATGGCTATTGCACCAAGGATGCTCACTAAACACCTGAAATCGGCTAAAGGCAGACAGT 3633
Query 3601 GAGGAGCTT 3609
|||||||||
Sbjct 3634 GAGGAGCTT 3642
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 179697989826
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5