BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg492753
Length=2562
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G21300.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 4078 0.0
> AT4G21300.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr4:11336479-11339052 FORWARD LENGTH=2574
Length=2574
Score = 4078 bits (2208), Expect = 0.0
Identities = 2462/2582 (95%), Gaps = 28/2582 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGTATCTCCTCAGTCGCTAAGCGCTT-----C-G---T---TCCGTACAAAAAATCC 48
||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGTATCTCCTCAGTCGCTAAGCGCTTCGCGCCAGCAATCGCTCCGTACAAAAAATCC 60
Query 49 CTTCCACTGAGAAATTCGTATCGATTTCTCGAAGAAACTCTCCCTCGTCGACTTAGTTTA 108
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTTCCATTGAGAAATTCGTCTCGATTTCTCGAAGAAACTATCCCTCGTCGACTTAGTTTA 120
Query 109 CTTTTACAAGATTGCTCTAACCTAACTCTGCTTCGACAAGGTAAGCAAGTTCACGCCTTT 168
||| |||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTTCTACAAGCTTGCTCTAACCCAAATCTTCTTCGACAAGGTAAGCAAGTTCACGCCTTT 180
Query 169 CTAATCGTAAACAGAATCTCCGGTGATAGCTATACCGATGAGAGGATCTTGGGGATGTAT 228
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTAATCGTAAACAGCATTTCCGGTGATAGCTATACCGATGAGAGGATCTTGGGGATGTAT 240
Query 229 GCAATGTGTGGTAGCTTTTCGA-ATTGTGGTAAAATGTTTTACAGACTTGATTCACGACT 287
|||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||| | | |
Sbjct 241 GCAATGTGTGGTAGCTTTTC-AGATTGTGGTAAAATGTTTTACAGACTAGATTTAAGGCG 299
Query 288 TAGTAGCATCAGGCCATGGAATTCAATTATCAGCAGTTTTGTTCG-AATGGGTTTATTGA 346
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||
Sbjct 300 TAGTAGCATCAGGCCATGGAATTCGATTATCAGCAGTTTTGTTCGAAAT-GGTTTGTTGA 358
Query 347 ATCAAGCTTTGGCGTTTTACTTCAAGATGCTCTGTTTTGGAGTTAGTCCTGATGTATCTA 406
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 ATCAAGCTTTGGCATTTTACTTCAAGATGCTCTGTTTTGGAGTTAGTCCTGATGTATCTA 418
Query 407 CGTTTCCTTGTCTCGTCAAGGCTTGTGTTGCTTTGAAGAATTTCAAAGGGATTGAGTTTC 466
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 419 CGTTTCCTTGTCTCGTTAAAGCTTGTGTTGCTTTGAAGAATTTTAAAGGGATTGACTTTC 478
Query 467 TTTCTGATACGGTTTCTTCTCTTGGGATGGATTGTAATGAGTTTGTTGCGAGTTCTTTGA 526
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 479 TTTCTGATACGGTTTCTTCTCTTGGGATGGATTGTAATGAGTTTGTGGCGAGTTCTTTGA 538
Query 527 TCAAAGCTTATCTTGAGTATGGAAAGATTGATGTGGCGGGTAAGTTGTTTGATAGAGTTC 586
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||
Sbjct 539 TCAAAGCTTATCTTGAGTATGGAAAGATCGATGTGCCGAGTAAATTGTTTGATAGAGTTC 598
Query 587 TTCAGAAAGATTGTGTTATATGGAATGTGATGCTTAATGGGTATGCAAAGTGTGGAGCTT 646
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 TTCAGAAAGATTGTGTTATATGGAATGTAATGCTTAATGGGTATGCAAAGTGTGGAGCTT 658
Query 647 CGGATAGTGTTATAAAAGGGTTTAGTGTAATGAGGATGGATCAGATTAGTCCTAATGCTG 706
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TGGATAGTGTTATAAAAGGGTTTAGTGTAATGAGGATGGATCAGATTAGTCCTAATGCTG 718
Query 707 TTACGTTTGATTGTGTTTTATCTGTGTGTGCATCTAAGTTGTTGATTGATCTCGGAGTTC 766
| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TCACCTTTGATTGCGTTTTATCGGTGTGTGCATCTAAGTTGTTGATTGATCTCGGAGTTC 778
Query 767 AGCTTCATGGTCTAGTGGTTGTTTCT-GGGTTGGATTTTGAAGGCTCTATCAAGAACTCA 825
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 779 AGCTTCATGGTCTAGTGGTTGTTTCTGGGGTT-GATTTTGAAGGCTCTATCAAAAACTCA 837
Query 826 CTTTTATCTATGTATTCAAAATGTGGTCGTTTTGATGATGCGAT-TAAGTTGTTTCGGAT 884
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 838 CTTTTATCTATGTATTCAAAATGTGGTCGTTTTGATGATGCG-TCTAAGTTGTTTCGGAT 896
Query 885 GATGTCTCGTGCTGATACTGTGACCTGGAATTGCATGATATCTGGATATGTTCAGAGTGG 944
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 GATGTCTCGTGCTGATACTGTGACGTGGAATTGCATGATATCTGGATATGTTCAGAGTGG 956
Query 945 ATTAATGGAAGAAAGCTTAATCTTTTTCTATGAGATGATATCTTCAGGTGTCTTACCTGA 1004
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 957 ATTAATGGAAGAAAGCTTAACCTTTTTCTATGAGATGATTTCTTCAGGTGTCTTGCCTGA 1016
Query 1005 TGCTATCACATTTTCTAGTTTGCTTCCATCAGTTTCTAAGTTTGAGAACCTTGAGTATTG 1064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1017 TGCTATCACATTTTCTAGTTTGCTTCCATCAGTTTCTAAGTTTGAAAACCTTGAGTATTG 1076
Query 1065 TAGGCAAATTCATTGCTATATTATGAGACATAGCATATCGCTGGATATCTTCTTAACGAG 1124
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 1077 TAAGCAAATTCATTGCTATATTATGAGACATAGCATATCGTTGGATATCTTCTTAACTAG 1136
Query 1125 TGCTCTTATTGATGCCTATTTTAAGTGCAGGGGTGTTTCTATGGCACAAAAGATTTTCAG 1184
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1137 TGCTCTTATTGATGCCTATTTTAAGTGTAGGGGTGTTTCTATGGCACAAAATATTTTCAG 1196
Query 1185 TCAGTGTAACTCAGTTGATGTTGTAGTGTTCACGGCGATGATCTCTGGGTATTTGCATAA 1244
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1197 TCAGTGTAACTCAGTTGATGTTGTAGTGTTCACGGCGATGATCTCTGGTTATTTGCATAA 1256
Query 1245 CGGCTTAAATATCGATGCTCTAGAGATGTTTAGGTGGCTTGTTAAGGTAAAAATAAGTCC 1304
|||||| | || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1257 TGGCTTATACATTGATTCTCTGGAGATGTTTAGGTGGCTTGTTAAGGTAAAAATCAGTCC 1316
Query 1305 AAATGAGATAACTCTGGTGTCTATTTTACCGGTAATTGG-AGGTTTGTTGGCATTGAAAC 1363
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1317 AAATGAGATAACTCTGGTGTCTATTTTACCTGTAATTGGTA-TTTTGTTGGCATTGAAAC 1375
Query 1364 TCGGGAGGGAACTTCATGGTTTCATCATCAAGAAAGGTTTCGATAACAGCTGCAATATTG 1423
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1376 TCGGGAGGGAACTTCATGGTTTCATCATCAAGAAAGGTTTCGATAATAGGTGCAATATTG 1435
Query 1424 GATGTGCTGTTATCGACATGTATGCTAAGTGTGGGAGAATGAATCTTGCTTATGAAATTT 1483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1436 GATGTGCTGTTATCGACATGTATGCTAAGTGTGGGAGAATGAATCTTGCTTATGAGATTT 1495
Query 1484 TTGGGAGACTCTCTAAGAGGGATATTGTTTCGTGGAATTCAATGATCACACGTTGTGCCC 1543
||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 TTGAGAGACTCTCCAAGAGGGATATTGTTTCGTGGAATTCAATGATCACACGTTGTGCCC 1555
Query 1544 AGAGCGATAATCCAAGTGCGGCTATTGATATTTTCCGTCAAATGGGAGTTTCAGGAATCT 1603
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 AGAGCGATAATCCTAGTGCGGCTATTGATATTTTCCGTCAAATGGGAGTTTCAGGAATCT 1615
Query 1604 GTTTTGATTGTGTGAGTATTTCAGCTGCTCTCTCTGCTTGTGCAAACTTACCTTCAGAAA 1663
||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 GTTATGATTGTGTTAGTATTTCAGCTGCTCTCTCTGCTTGTGCAAACTTACCTTCAGAAA 1675
Query 1664 GTTTTGGGAAAGCTATTCACGGTTTCATGATAAAGCATTCACTTGCTTTGGATGTATATA 1723
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1676 GTTTTGGCAAAGCTATTCACGGTTTCATGATAAAGCATTCACTTGCTTCGGATGTATATA 1735
Query 1724 GTGAAAGCACATTGATAGACATGTATGCTAAGTGTGGAAACCTGAAAGCTGCCATGAATG 1783
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 GTGAAAGCACATTGATAGACATGTATGCTAAGTGTGGAAACCTGAAAGCTGCCATGAATG 1795
Query 1784 TGTTTGATACGATGAAAGAAAAGAACATTGTTTCGTGGAATAGTATCATTGCTGCATATG 1843
||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1796 TGTTTAAGACGATGAAAGAAAAGAACATTGTTTCATGGAATAGCATCATTGCTGCATGTG 1855
Query 1844 GAAACCATGGGAAGCTAAAAGATTCCCTCTGTTTATTTCATGAAATGGTTGAAAAAAGCG 1903
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 GAAACCACGGGAAGCTAAAAGATTCCCTCTGTTTATTTCATGAAATGGTTGAAAAAAGCG 1915
Query 1904 GAAATC-GTCCTGATCAAATCACATTTCTTGAGATAATATCTT-TGTGTTGTCATGTTGG 1961
||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1916 GAA-TCCGGCCTGATCAAATCACATTTCTTGAGATAATATCTTCT-TGTTGTCATGTTGG 1973
Query 1962 AGATGTTGATGAAGGAGTCCGCTTCTTCAGATCCATGACTCAGGATTATGGAATCCAACC 2021
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1974 AGATGTTGATGAAGGAGTCCGCTTCTTCAGATCCATGACTGAGGATTATGGAATCCAACC 2033
Query 2022 GCAGCAGGAGCATTACGCGTGCGTTGTGGATCTGTTTGGACGAGCTGGTCGGTTAA-GTG 2080
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 2034 GCAGCAGGAGCATTACGCTTGCGTTGTGGATCTGTTTGGACGAGCTGGTCGGTTAACG-G 2092
Query 2081 AAGCTTATGAAACTGTTAAGAGCATGCCGTTTCCTCCAGATGCAGGAGTTTGGGGAACGT 2140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2093 AAGCTTATGAAACTGTTAAGAGCATGCCGTTTCCTCCAGATGCAGGAGTTTGGGGAACAT 2152
Query 2141 TACTTGGAGCCTCTCGGCTTCACAAGAATGTCGAACTTGCTAAAGTTGCTTCAAGCAGGT 2200
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 2153 TACTTGGAGCCTGTCGGCTTCACAAGAATGTCGAACTTGCTGAAGTTGCTTCAAGCAAGT 2212
Query 2201 TAATGGATTTGGATCCCTGGAATTCTGGTTACTATGTGTTGATTTCGAATGCGCATGCTA 2260
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 TAATGGATTTGGATCCCTCGAATTCTGGTTACTATGTGTTGATTTCGAATGCGCATGCTA 2272
Query 2261 ATGCGGGGGAATGGGAAAGTGTGACAAAAGTACGGAGTTTAATGAAAGAGAGAGAAGTTC 2320
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 ATGCCAGGGAATGGGAAAGTGTGACGAAAGTACGGAGTTTAATGAAAGAGAGAGAAGTTC 2332
Query 2321 AGAAAATTCCTGGTTATAGTTGGATCGAAATCAACAAAATAACGCATTTGTTTGTTTCTG 2380
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 2333 AGAAAATTCCTGGTTATAGTTGGATAGAAATCAACAAAAGAACTCATTTGTTTGTTTCTG 2392
Query 2381 GCGATGTAAATCATCCCGAGTCTTCTCATATCTATTCTTTGCTAAATTCGCTTCTCGAAG 2440
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2393 GCGATGTAAATCATCCCGAGTCTTCACATATCTATTCTTTGCTAAATTCGCTTCTCGGAG 2452
Query 2441 AGCTGAGGCTAGAAGGATATATTCCACAGCCTTATCTTCCATTGCACCCAGAGTCATCAA 2500
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2453 AGCTGAGGCTAGAAGGATATATTCCACAGCCTTACCTTCCATTGCACCCAGAGTCATCGA 2512
Query 2501 GAAAAGTAAATCCAGTTTCAAGATTCATTGAGAAAGGAATGAGAGATCCAGACAAAGTGT 2560
|||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2513 GAAAAGTATATCCGGTTTCAAGATTCATTGAGAAAGAAATGAGAGATCCAGACAAAGTAT 2572
Query 2561 AG 2562
||
Sbjct 2573 AG 2574
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127173200505
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5