BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg492821 Length=3193 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT4G20400.1 | Symbols: JMJ14, PKDM7B | JUMONJI 14 | chr4:110086... 5173 0.0 > AT4G20400.1 | Symbols: JMJ14, PKDM7B | JUMONJI 14 | chr4:11008666-11013842 FORWARD LENGTH=3319 Length=3319 Score = 5173 bits (2801), Expect = 0.0 Identities = 3085/3219 (96%), Gaps = 31/3219 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 aaaaaaaaaaCCTCTTTCGCAGATATTTAACCAAAATGTTTTAGA-TT-TA-TATACGTT 57 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||| Sbjct 22 AAAAAAAAAACCTCTTTCACAGATATTTAACCAAAAGGTTTTAGATTTATACTATACGTT 81 Query 58 ACaaa-aaaaTTTGGTGAGTCAAATTCAATCTTGAGAAAAAC-TTTGTTCCGAATCTTGG 115 ||||| |||| || | |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 82 ACAAATAAAA-TTCGAGAGTCAAATTCAATCTTGGGAAAAGCTTTTGTTCCGAATCTTGG 140 Query 116 CCCCTTCACGAAGGTCGCGGGTTTAAAGTATCGATCTTTGTGAACCTAATCTCATTGTAA 175 |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| Sbjct 141 CCCCTTCACGAAGGTCACGGGTTAAAAGTATCGATCTTTGTGAACTTAATCTCACTGTAA 200 Query 176 ATGGACCAGCTTGCATCTCTAGCAGAGTCTGTGGCTATGGAGGAAGATTCTGAGAAACAA 235 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 201 ATGGATCAGCTTGCATCTCTAGCAGAGTCTGTGGCTATGGAGGAAGATTCTGAGAAACAA 260 Query 236 TCGATTAAAAGAGAGAGTAGTCTTGAACCTGACTCTAGTCCTTCTAGTCCTAAAATAACT 295 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 261 TCGATTAAAGGAGAGAGTAGTCTTGAACCTGACTCTACTCCTTCTAGTCCTAAAATAACT 320 Query 296 GCTAGGTGGAATCCATCAGAAGCTTGCAGGCCGTCGGTTGATGACGCTCCCATATTTTAT 355 |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| Sbjct 321 GCTAGGTGGAATCCATCAGAAGCTTGCAGGCCTTTGGTTGATGACGCTCCCATCTTTTAT 380 Query 356 CCTACTAATGAGGATTTTGATGATCCACTTGGTTACATAGACAAGTTGCG-TAGTAAAGC 414 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| Sbjct 381 CCCACTAATGAGGATTTTGATGATCCACTTGGTTACATAGAGAAGTTGCGCT-CTAAAGC 439 Query 415 AGAATCATATGGCATATGTCGAATTGTGCCGCCTGTTGCATGGAGGCCCCCCTGTCCTCT 474 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 440 AGAATCATATGGCATATGTCGAATTGTGCCGCCTGTTGCATGGAGGCCCCCTTGCCCTCT 499 Query 475 GAAGGAGaaaaaaaTATGGGAGAATTCTAAATTTCCCACCCGGATTCAGCTGATTGACTT 534 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| Sbjct 500 GAAGGAGAAAAAAATATGGGAGAATTCTAAATTTCCCACCCGGATTCAGTTCATTGACTT 559 Query 535 GCTTCAAAACAGAGAACCGATTAAAAAATCTACCAAAACCAAGAAGAGAAAACGGAGAAG 594 |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 560 GCTTCAAAACCGAGAACCGATTAAAAAATCTACTAAAACCAAGAAGAGAAAACGGAGAAG 619 Query 595 AATCTCTAAAATTGGATACACAAGAAGAAGAAGAGATTCAGGCTGTGATACTGC-T--TC 651 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | || Sbjct 620 AATCTCTAAAATTGGATACACAAGAAGAAAAAGAGATTCAGGCTGTGATACGGCTTCCTC 679 Query 652 ---CTCTAGTGATAGTGAAGGAAAATTTGGTTTTCAGAGTGGGCCAGATTTTACCCTGGA 708 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 680 TGGCTCTAGTGATAGTGAAGGAAAATTTGGTTTTCAGACTGGGCCAGATTTTACCCTGGA 739 Query 709 AGAATTTCAGAAGTATGATGAATACTTTAAGGAATGCTATTTTCAGGCAGAGGATCATCC 768 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 740 AGAATTTCAGAAGTATGATGAATACTTTAAGGAATGCTATTTTCAGTCAGAGGATCATCC 799 Query 769 TGGTTCCAGAGCGTCTGAAAATAAGAAATTTAAACCTAAGGTTAAGGACATCGAAGGTGA 828 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| Sbjct 800 TGGTTCCAAAGCGTCTGAAAATAAGAAATTTAAACCTAAGGTTAAGGACCTTGAAGGTGA 859 Query 829 ATATTGGCGGATAGTGGAGCAAGCAACTGATGAAGTAGAGGTGTACTATGGAGCTGACTT 888 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 860 ATATTGGCGGATAGTGGAGCAGGCAACTGATGAAGTAGAGGTGTACTATGGAGCTGACTT 919 Query 889 AGAAACAAAGAAATTTGGAAGTGGTTTCCCAAAGTATACACCAGGGTATCCTAAAAGTGA 948 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| Sbjct 920 GGAAACAAAGAAATTTGGAAGTGGTTTCCCAAAGTATAAACCGGGGTATCCTATAAGTGA 979 Query 949 AGCAGATCAATACTCTGAATGTGGTTGGAACCTAAATAATTTGTCCCGTCTGCCCGGATC 1008 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 980 AGCAGATCAATACTCTCAATGTGGTTGGAACCTAAATAATTTGTCCCGTCTGCCCGGATC 1039 Query 1009 AGTTCTAGCTTTTGAGAGCTGCGATATCTCAGGAGTCATTGTGCCATGGCTTTATGTTGG 1068 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1040 AGTTCTAGCTTTTGAGAGCTGCGATATCTCAGGAGTCATTGTGCCATGGCTTTATGTTGG 1099 Query 1069 AATGTGCTTTTCAACTTTTTGTTGGCATGTTGAAGATCATCACCTTTATTCCTTGAACTA 1128 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1100 AATGTGCTTTTCAACTTTTTGTTGGCATGTTGAAGATCATCACCTTTATTCCATGAACTA 1159 Query 1129 CTTACACACGGGTGATCCAAAAGTTTGGTATGGGATCCCTGGAAACCATGCCGCGTCTTT 1188 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| Sbjct 1160 CTTACACACAGGTGATCCAAAAGTTTGGTATGGGATCCCTGGAAACCATGCTGAGTCTTT 1219 Query 1189 TGAAGATGTAATGAAAAAGCGTCTTCCAGATTTGTTTGAAGAACAGCCTGACTTGCTACA 1248 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1220 TGAAAATGTAATGAAAAAGCGTCTTCCAGATTTGTTTGAAGAACAGCCTGACTTGCTACA 1279 Query 1249 TCAACTGGTCACTCAGTTATCTCCAAGAATCTTAAAAGAGGAGGGAGTACCTGTCTATCG 1308 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1280 TCAACTGGTCACTCAGTTATCTCCAAGAATCTTAAAAGAGGAGGGAGTACCTGTCTATCG 1339 Query 1309 AGCTGTCCAGCGTAGTGGAGAATTCATTCTAACCTTCCCTAAGGCCTATCATTCTGGGTT 1368 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1340 AGCTGTCCAGCGCAGTGGAGAATTCATTCTAACCTTCCCTAAGGCCTATCATTCTGGGTT 1399 Query 1369 TAATTGTGGTTTCAACTGTGCGGAAGCAGTAAATGTTGCACCAGTTGATTGGCTGGTTCA 1428 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1400 TAATTGTGGTTTCAACTGTGCGGAAGCAGTAAATGTTGCACCAGTTGATTGGCTGGTTCA 1459 Query 1429 TGGACAGAATGCAGTGGAAGGCTATAGCAAGCAGCGGCGAAAGAGTTCATTGTCACATGA 1488 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1460 TGGACAGAATGCAGTGGAAGGCTATAGCAAGCAGCGGCGAAAGAGTTCATTGTCACATGA 1519 Query 1489 CAAGCTGCTTCTTGGAGCAGCTATGGAAGCTACTTATTGCCTCTGGGAGCTTTCACTTTC 1548 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1520 CAAGCTGCTTCTTGGAGCTGCTATGGAAGCTACTTATTGCCTCTGGGAGCTTTCACTTTC 1579 Query 1549 AAAGAAGAAGAATCCTGTGATTGCGAGATGGAAAAGGGTTTGTAGTGAGGATGGATTGCT 1608 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1580 AAAGAAGAAGACTCCTGTGATTGCGAGATGGAAAAGGGTTTGTAGTGAGGATGGATTGCT 1639 Query 1609 TACGAAGGCAGTCAAGAAGCGGGTGCAGATGGAAGAAGAAAGACTAAACCACCTTCAAGA 1668 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1640 TACGAAGGCAGTCAAGAAGCGTGTGCAGATGGAAGAAGAAAGACTAAATCACCTTCAAGA 1699 Query 1669 TGGTTTTAGCTTGCGAAAGATGGAGGGTGATTTTGACATTAAGAGAGAACGGGAGTGCTT 1728 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1700 TGGTTTTAGCTTGCGAAAGATGGAGGGTGATTTCGACAATAAGAGAGAACGGGAGTGCTT 1759 Query 1729 CTTGTGCTTCTATGATTTGCATATGTCTGCTTCAAGCTGCAAGTGTTCCCCCAACCGGTT 1788 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1760 CTTGTGCTTCTATGATTTGCATATGTCTGCTTCAAGCTGCAAGTGTTCCCCCAACCGGTT 1819 Query 1789 TGCATGTCTTACCCACGCTAAGGATCTGTGTTCATGTGAAAGTAAGGAGAGATTTATCCT 1848 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| Sbjct 1820 TGCATGTCTTATCCACGCTAAGGATCTGTGTTCATGTGAAAGTAAGGATAGATATATCCT 1879 Query 1849 AATTCGCCACACCTTGGATGAGTTATGGGCACTGGTCAGAGCTCTAGAAGGGGATCTTGA 1908 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1880 AATTCGCCACACCTTGGATGAGTTATGGGCACTGGTCAGAGCTCTAGAAGGGGATCTTGA 1939 Query 1909 TGCCATAGACCTATGGGCAAGTAAATGTCGTGACCAGTATCCTTCACAGCATCCGAGAGC 1968 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1940 TGCCATAGACCTATGGGCAAGTAAATGTCGTGACCAGTATCCTTCACAGCATCCAAGAGC 1999 Query 1969 AAGAGAATATTCTTACCTCAAGACTACCTCATGTTTAAAGAGCCGTGGTTCATCAAAAGT 2028 |||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2000 AAGAGAATATGCTTACCTCAAGTCTGCCCCATGTATAAAGAGCCGTGGTTCATCAAAAGT 2059 Query 2029 ACAGCAGCGAGAACAAAACAATCTTCAGTTAGTGTCTGAACGCTTACAAAGTGATCTAAC 2088 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2060 ACAGCAGCGAGAACAAAACAATCTTCAGTTAGTGTCTGAACGCTTACAAAGTGATCTAAC 2119 Query 2089 CACAAACAAGGAAGTTCAGTTGAAACAAGATGGTGAT-CAAGATGTAAATCACCATGGTC 2147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| Sbjct 2120 CTCAAACAAGGAAGTTCAGTTGAAACAAGATGGTGATTCA-GATGTAAATCGCCATGGTC 2178 Query 2148 ATGAAAGCGAAAGTAATCATGTACATGGCATCACTGATAAGTCTGCTGTCACGGATGTAA 2207 ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2179 ATGAAAGCGAAAGAAATCATGTACATGGGATCACTGATAAGTCAGCTGTCACGGATGTAA 2238 Query 2208 AACTTGGTGAGGGAGTTAAGTTTGATGAGAAGAAGATTTCGGTTGAATCTCAAAACCCAC 2267 ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2239 AACTTGGTGTGGGAGGTAAGTTTGATGAGAAGAAGATTTCGGTTGAATCTCAAAACCCAC 2298 Query 2268 ATTCAGTTTCAGATGTAGGGTGTAGCGAGCTGGCGAAGAAAGT--A-GC--G----GG-G 2317 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || | Sbjct 2299 ATTCAGTTTCAGATGTAGGGTGTAGCGAGCTGGCGAAGAAAGTGGATGGTTGTTTAGGAG 2358 Query 2318 --AAGGACCAAGACGCTTCAACCAATAGGTTAAGTCTCTCTGTTGAGCTTTTGAACTCTG 2375 ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2359 GGAAGGACCAAAATGCTGCAACCAATAGGTTAAGTCTCTCTGTTGAGCTTTTGAGTTCTG 2418 Query 2376 GATCTCTCGTTGTTAAAAAGCTGTGGTGCAGTAAACAAGCCATATACCCAAAAGGGTTCA 2435 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2419 GATCTCTCGTTGTTAAAAAGCTGTGGTGCAGTAAACAGGCCATATACCCAAAAGGGTTCA 2478 Query 2436 AGAGCCGTGTTAAGTTCTTAAGCGTGCTTGACCCAACAAAACTAACCAACTACATCTCAG 2495 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2479 AGAGCCGTGTTAAGTTCTTAAGTGTGCTTGACCCAACAAACCTAACCAACTACATCTCAG 2538 Query 2496 AGGTTCTGGATGCAGGGCTTCTTGGTCCACTATTCAGGGTCTCAGTAGAAGATTACCCCA 2555 ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2539 AGGTTCTGGATGCAGGGCTTCTTGGTCCATTGTTCAGGGTCTCAGTAGAAGATTACCCCA 2598 Query 2556 CTGAGAATTTCTCAAATGTATCTGCTGAGAAGTGCTGGCAAATGGTGACACAAAGGCTCA 2615 ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2599 CTGAGAATTTCTCGAATGTATCTGCTGAAAAGTGCTGGCAAATGGTGACACAAAGGCTCA 2658 Query 2616 AACTTGAAATCATCAAGAAATGTGATCAACCAGTTAGCTCTTTGACCTCTTTACAACCTT 2675 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2659 AACTCGAAATCATCAAGAAATGTGATCAACCAGTTAGCTCTTTGACCTCTTTACAACCTT 2718 Query 2676 TGGAAAGTATAAATGGGCTTGAAATGTTTGGATTTCTCTCCCCGCACGTAATTAAGGTGG 2735 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2719 TGGAGAGTATAAATGGGCTTGAAATGTTTGGATTTCTCTCCCCGCACGTAATTAAGGTGG 2778 Query 2736 TCGAGGCTCTTGATCCAAAGCATCAATTGGAGGAGTACTGGAACCAAAAAGCAGTTAAAC 2795 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| Sbjct 2779 TTGAGGCTCTTGATCCAAAGCATCAATTGGAGGAGTATTGGAACCAAAAAGCAGTGAAAC 2838 Query 2796 TGTTTGGTGCTGAACCACCAAAGGAAGGAGAAAAGGATGACACAGAGAAAGGAGGGGCTT 2855 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2839 TGTTTGGTGCTGAACCAATAAAGGAAGGAGAAAAGGATGATACAGAGAAAGGAGGGGCTT 2898 Query 2856 CAGATCCCTCTTTGGACCGGGACACAAGGCTTCTGCGCGGACTGTTGAAGAAGGCGACAC 2915 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2899 CAGATCCCTCTTTGGACCGGGACACAAGGCTTCTGCGTGGACTGTTGAAGAAGGCGACAC 2958 Query 2916 CTGAAGAATTAGTAATGATGCATGGACTTCTGTGCGGTGAGACACGCAACACCGAGCTCA 2975 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2959 CTGAAGAATTAGTAATGATGCATGGACTTCTGTGTGGTGAGACTCGCAACACCGAGCTCA 3018 Query 2976 AGGAAGAACTCTCTACTTTGGTAGATAAGATGGAGAAAAGCCCTTAATGATGAGCAACCA 3035 ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| || |||||| || Sbjct 3019 AGGAAGAGCTCTCTACTTTGGTTGATAAGATGGAGATAAGTCCTTAAGGAGGAGCAAGCA 3078 Query 3036 AATACACACACTAACACCCTTTGAAGTTGATTGTGTTTGTTGTTCCTTTGGTT-TAATCT 3094 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || Sbjct 3079 GATAAACACACTAACACCCTTTGAAGTTGATTGTGTTTGTTGTTCCTTTGGTTATAAACT 3138 Query 3095 GTATCAGTCAGAGAAATCTAGAGAGGCAATACAAAAAGTAGACAAAAGGGTTACTTCGTT 3154 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 3139 GTATCAGT-AGAGAAATCTAGAGAGGCAATACAAAA-GTAGACAAAAGGGTTACTTCGTT 3196 Query 3155 GACATGTCTTTCCTTTTTACTaaaaaaaGGTTTAAGATT 3193 |||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| Sbjct 3197 GACATGTCTTTCCTTTTTACCAAAAAAGGGTTTAGGATT 3235 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 158828541538 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5