BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg492821
Length=3193
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G20400.1 | Symbols: JMJ14, PKDM7B | JUMONJI 14 | chr4:110086... 5173 0.0
> AT4G20400.1 | Symbols: JMJ14, PKDM7B | JUMONJI 14 | chr4:11008666-11013842
FORWARD LENGTH=3319
Length=3319
Score = 5173 bits (2801), Expect = 0.0
Identities = 3085/3219 (96%), Gaps = 31/3219 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 aaaaaaaaaaCCTCTTTCGCAGATATTTAACCAAAATGTTTTAGA-TT-TA-TATACGTT 57
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||
Sbjct 22 AAAAAAAAAACCTCTTTCACAGATATTTAACCAAAAGGTTTTAGATTTATACTATACGTT 81
Query 58 ACaaa-aaaaTTTGGTGAGTCAAATTCAATCTTGAGAAAAAC-TTTGTTCCGAATCTTGG 115
||||| |||| || | |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 82 ACAAATAAAA-TTCGAGAGTCAAATTCAATCTTGGGAAAAGCTTTTGTTCCGAATCTTGG 140
Query 116 CCCCTTCACGAAGGTCGCGGGTTTAAAGTATCGATCTTTGTGAACCTAATCTCATTGTAA 175
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 141 CCCCTTCACGAAGGTCACGGGTTAAAAGTATCGATCTTTGTGAACTTAATCTCACTGTAA 200
Query 176 ATGGACCAGCTTGCATCTCTAGCAGAGTCTGTGGCTATGGAGGAAGATTCTGAGAAACAA 235
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 201 ATGGATCAGCTTGCATCTCTAGCAGAGTCTGTGGCTATGGAGGAAGATTCTGAGAAACAA 260
Query 236 TCGATTAAAAGAGAGAGTAGTCTTGAACCTGACTCTAGTCCTTCTAGTCCTAAAATAACT 295
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 TCGATTAAAGGAGAGAGTAGTCTTGAACCTGACTCTACTCCTTCTAGTCCTAAAATAACT 320
Query 296 GCTAGGTGGAATCCATCAGAAGCTTGCAGGCCGTCGGTTGATGACGCTCCCATATTTTAT 355
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 321 GCTAGGTGGAATCCATCAGAAGCTTGCAGGCCTTTGGTTGATGACGCTCCCATCTTTTAT 380
Query 356 CCTACTAATGAGGATTTTGATGATCCACTTGGTTACATAGACAAGTTGCG-TAGTAAAGC 414
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||
Sbjct 381 CCCACTAATGAGGATTTTGATGATCCACTTGGTTACATAGAGAAGTTGCGCT-CTAAAGC 439
Query 415 AGAATCATATGGCATATGTCGAATTGTGCCGCCTGTTGCATGGAGGCCCCCCTGTCCTCT 474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 440 AGAATCATATGGCATATGTCGAATTGTGCCGCCTGTTGCATGGAGGCCCCCTTGCCCTCT 499
Query 475 GAAGGAGaaaaaaaTATGGGAGAATTCTAAATTTCCCACCCGGATTCAGCTGATTGACTT 534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 500 GAAGGAGAAAAAAATATGGGAGAATTCTAAATTTCCCACCCGGATTCAGTTCATTGACTT 559
Query 535 GCTTCAAAACAGAGAACCGATTAAAAAATCTACCAAAACCAAGAAGAGAAAACGGAGAAG 594
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 560 GCTTCAAAACCGAGAACCGATTAAAAAATCTACTAAAACCAAGAAGAGAAAACGGAGAAG 619
Query 595 AATCTCTAAAATTGGATACACAAGAAGAAGAAGAGATTCAGGCTGTGATACTGC-T--TC 651
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||
Sbjct 620 AATCTCTAAAATTGGATACACAAGAAGAAAAAGAGATTCAGGCTGTGATACGGCTTCCTC 679
Query 652 ---CTCTAGTGATAGTGAAGGAAAATTTGGTTTTCAGAGTGGGCCAGATTTTACCCTGGA 708
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 680 TGGCTCTAGTGATAGTGAAGGAAAATTTGGTTTTCAGACTGGGCCAGATTTTACCCTGGA 739
Query 709 AGAATTTCAGAAGTATGATGAATACTTTAAGGAATGCTATTTTCAGGCAGAGGATCATCC 768
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 740 AGAATTTCAGAAGTATGATGAATACTTTAAGGAATGCTATTTTCAGTCAGAGGATCATCC 799
Query 769 TGGTTCCAGAGCGTCTGAAAATAAGAAATTTAAACCTAAGGTTAAGGACATCGAAGGTGA 828
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 800 TGGTTCCAAAGCGTCTGAAAATAAGAAATTTAAACCTAAGGTTAAGGACCTTGAAGGTGA 859
Query 829 ATATTGGCGGATAGTGGAGCAAGCAACTGATGAAGTAGAGGTGTACTATGGAGCTGACTT 888
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 860 ATATTGGCGGATAGTGGAGCAGGCAACTGATGAAGTAGAGGTGTACTATGGAGCTGACTT 919
Query 889 AGAAACAAAGAAATTTGGAAGTGGTTTCCCAAAGTATACACCAGGGTATCCTAAAAGTGA 948
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||
Sbjct 920 GGAAACAAAGAAATTTGGAAGTGGTTTCCCAAAGTATAAACCGGGGTATCCTATAAGTGA 979
Query 949 AGCAGATCAATACTCTGAATGTGGTTGGAACCTAAATAATTTGTCCCGTCTGCCCGGATC 1008
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 AGCAGATCAATACTCTCAATGTGGTTGGAACCTAAATAATTTGTCCCGTCTGCCCGGATC 1039
Query 1009 AGTTCTAGCTTTTGAGAGCTGCGATATCTCAGGAGTCATTGTGCCATGGCTTTATGTTGG 1068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 AGTTCTAGCTTTTGAGAGCTGCGATATCTCAGGAGTCATTGTGCCATGGCTTTATGTTGG 1099
Query 1069 AATGTGCTTTTCAACTTTTTGTTGGCATGTTGAAGATCATCACCTTTATTCCTTGAACTA 1128
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1100 AATGTGCTTTTCAACTTTTTGTTGGCATGTTGAAGATCATCACCTTTATTCCATGAACTA 1159
Query 1129 CTTACACACGGGTGATCCAAAAGTTTGGTATGGGATCCCTGGAAACCATGCCGCGTCTTT 1188
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1160 CTTACACACAGGTGATCCAAAAGTTTGGTATGGGATCCCTGGAAACCATGCTGAGTCTTT 1219
Query 1189 TGAAGATGTAATGAAAAAGCGTCTTCCAGATTTGTTTGAAGAACAGCCTGACTTGCTACA 1248
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 TGAAAATGTAATGAAAAAGCGTCTTCCAGATTTGTTTGAAGAACAGCCTGACTTGCTACA 1279
Query 1249 TCAACTGGTCACTCAGTTATCTCCAAGAATCTTAAAAGAGGAGGGAGTACCTGTCTATCG 1308
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 TCAACTGGTCACTCAGTTATCTCCAAGAATCTTAAAAGAGGAGGGAGTACCTGTCTATCG 1339
Query 1309 AGCTGTCCAGCGTAGTGGAGAATTCATTCTAACCTTCCCTAAGGCCTATCATTCTGGGTT 1368
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 AGCTGTCCAGCGCAGTGGAGAATTCATTCTAACCTTCCCTAAGGCCTATCATTCTGGGTT 1399
Query 1369 TAATTGTGGTTTCAACTGTGCGGAAGCAGTAAATGTTGCACCAGTTGATTGGCTGGTTCA 1428
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 TAATTGTGGTTTCAACTGTGCGGAAGCAGTAAATGTTGCACCAGTTGATTGGCTGGTTCA 1459
Query 1429 TGGACAGAATGCAGTGGAAGGCTATAGCAAGCAGCGGCGAAAGAGTTCATTGTCACATGA 1488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 TGGACAGAATGCAGTGGAAGGCTATAGCAAGCAGCGGCGAAAGAGTTCATTGTCACATGA 1519
Query 1489 CAAGCTGCTTCTTGGAGCAGCTATGGAAGCTACTTATTGCCTCTGGGAGCTTTCACTTTC 1548
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 CAAGCTGCTTCTTGGAGCTGCTATGGAAGCTACTTATTGCCTCTGGGAGCTTTCACTTTC 1579
Query 1549 AAAGAAGAAGAATCCTGTGATTGCGAGATGGAAAAGGGTTTGTAGTGAGGATGGATTGCT 1608
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1580 AAAGAAGAAGACTCCTGTGATTGCGAGATGGAAAAGGGTTTGTAGTGAGGATGGATTGCT 1639
Query 1609 TACGAAGGCAGTCAAGAAGCGGGTGCAGATGGAAGAAGAAAGACTAAACCACCTTCAAGA 1668
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1640 TACGAAGGCAGTCAAGAAGCGTGTGCAGATGGAAGAAGAAAGACTAAATCACCTTCAAGA 1699
Query 1669 TGGTTTTAGCTTGCGAAAGATGGAGGGTGATTTTGACATTAAGAGAGAACGGGAGTGCTT 1728
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1700 TGGTTTTAGCTTGCGAAAGATGGAGGGTGATTTCGACAATAAGAGAGAACGGGAGTGCTT 1759
Query 1729 CTTGTGCTTCTATGATTTGCATATGTCTGCTTCAAGCTGCAAGTGTTCCCCCAACCGGTT 1788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1760 CTTGTGCTTCTATGATTTGCATATGTCTGCTTCAAGCTGCAAGTGTTCCCCCAACCGGTT 1819
Query 1789 TGCATGTCTTACCCACGCTAAGGATCTGTGTTCATGTGAAAGTAAGGAGAGATTTATCCT 1848
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1820 TGCATGTCTTATCCACGCTAAGGATCTGTGTTCATGTGAAAGTAAGGATAGATATATCCT 1879
Query 1849 AATTCGCCACACCTTGGATGAGTTATGGGCACTGGTCAGAGCTCTAGAAGGGGATCTTGA 1908
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1880 AATTCGCCACACCTTGGATGAGTTATGGGCACTGGTCAGAGCTCTAGAAGGGGATCTTGA 1939
Query 1909 TGCCATAGACCTATGGGCAAGTAAATGTCGTGACCAGTATCCTTCACAGCATCCGAGAGC 1968
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1940 TGCCATAGACCTATGGGCAAGTAAATGTCGTGACCAGTATCCTTCACAGCATCCAAGAGC 1999
Query 1969 AAGAGAATATTCTTACCTCAAGACTACCTCATGTTTAAAGAGCCGTGGTTCATCAAAAGT 2028
|||||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2000 AAGAGAATATGCTTACCTCAAGTCTGCCCCATGTATAAAGAGCCGTGGTTCATCAAAAGT 2059
Query 2029 ACAGCAGCGAGAACAAAACAATCTTCAGTTAGTGTCTGAACGCTTACAAAGTGATCTAAC 2088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2060 ACAGCAGCGAGAACAAAACAATCTTCAGTTAGTGTCTGAACGCTTACAAAGTGATCTAAC 2119
Query 2089 CACAAACAAGGAAGTTCAGTTGAAACAAGATGGTGAT-CAAGATGTAAATCACCATGGTC 2147
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||
Sbjct 2120 CTCAAACAAGGAAGTTCAGTTGAAACAAGATGGTGATTCA-GATGTAAATCGCCATGGTC 2178
Query 2148 ATGAAAGCGAAAGTAATCATGTACATGGCATCACTGATAAGTCTGCTGTCACGGATGTAA 2207
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2179 ATGAAAGCGAAAGAAATCATGTACATGGGATCACTGATAAGTCAGCTGTCACGGATGTAA 2238
Query 2208 AACTTGGTGAGGGAGTTAAGTTTGATGAGAAGAAGATTTCGGTTGAATCTCAAAACCCAC 2267
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2239 AACTTGGTGTGGGAGGTAAGTTTGATGAGAAGAAGATTTCGGTTGAATCTCAAAACCCAC 2298
Query 2268 ATTCAGTTTCAGATGTAGGGTGTAGCGAGCTGGCGAAGAAAGT--A-GC--G----GG-G 2317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || |
Sbjct 2299 ATTCAGTTTCAGATGTAGGGTGTAGCGAGCTGGCGAAGAAAGTGGATGGTTGTTTAGGAG 2358
Query 2318 --AAGGACCAAGACGCTTCAACCAATAGGTTAAGTCTCTCTGTTGAGCTTTTGAACTCTG 2375
||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2359 GGAAGGACCAAAATGCTGCAACCAATAGGTTAAGTCTCTCTGTTGAGCTTTTGAGTTCTG 2418
Query 2376 GATCTCTCGTTGTTAAAAAGCTGTGGTGCAGTAAACAAGCCATATACCCAAAAGGGTTCA 2435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2419 GATCTCTCGTTGTTAAAAAGCTGTGGTGCAGTAAACAGGCCATATACCCAAAAGGGTTCA 2478
Query 2436 AGAGCCGTGTTAAGTTCTTAAGCGTGCTTGACCCAACAAAACTAACCAACTACATCTCAG 2495
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2479 AGAGCCGTGTTAAGTTCTTAAGTGTGCTTGACCCAACAAACCTAACCAACTACATCTCAG 2538
Query 2496 AGGTTCTGGATGCAGGGCTTCTTGGTCCACTATTCAGGGTCTCAGTAGAAGATTACCCCA 2555
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2539 AGGTTCTGGATGCAGGGCTTCTTGGTCCATTGTTCAGGGTCTCAGTAGAAGATTACCCCA 2598
Query 2556 CTGAGAATTTCTCAAATGTATCTGCTGAGAAGTGCTGGCAAATGGTGACACAAAGGCTCA 2615
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2599 CTGAGAATTTCTCGAATGTATCTGCTGAAAAGTGCTGGCAAATGGTGACACAAAGGCTCA 2658
Query 2616 AACTTGAAATCATCAAGAAATGTGATCAACCAGTTAGCTCTTTGACCTCTTTACAACCTT 2675
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2659 AACTCGAAATCATCAAGAAATGTGATCAACCAGTTAGCTCTTTGACCTCTTTACAACCTT 2718
Query 2676 TGGAAAGTATAAATGGGCTTGAAATGTTTGGATTTCTCTCCCCGCACGTAATTAAGGTGG 2735
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2719 TGGAGAGTATAAATGGGCTTGAAATGTTTGGATTTCTCTCCCCGCACGTAATTAAGGTGG 2778
Query 2736 TCGAGGCTCTTGATCCAAAGCATCAATTGGAGGAGTACTGGAACCAAAAAGCAGTTAAAC 2795
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2779 TTGAGGCTCTTGATCCAAAGCATCAATTGGAGGAGTATTGGAACCAAAAAGCAGTGAAAC 2838
Query 2796 TGTTTGGTGCTGAACCACCAAAGGAAGGAGAAAAGGATGACACAGAGAAAGGAGGGGCTT 2855
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2839 TGTTTGGTGCTGAACCAATAAAGGAAGGAGAAAAGGATGATACAGAGAAAGGAGGGGCTT 2898
Query 2856 CAGATCCCTCTTTGGACCGGGACACAAGGCTTCTGCGCGGACTGTTGAAGAAGGCGACAC 2915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2899 CAGATCCCTCTTTGGACCGGGACACAAGGCTTCTGCGTGGACTGTTGAAGAAGGCGACAC 2958
Query 2916 CTGAAGAATTAGTAATGATGCATGGACTTCTGTGCGGTGAGACACGCAACACCGAGCTCA 2975
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2959 CTGAAGAATTAGTAATGATGCATGGACTTCTGTGTGGTGAGACTCGCAACACCGAGCTCA 3018
Query 2976 AGGAAGAACTCTCTACTTTGGTAGATAAGATGGAGAAAAGCCCTTAATGATGAGCAACCA 3035
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| || |||||| ||
Sbjct 3019 AGGAAGAGCTCTCTACTTTGGTTGATAAGATGGAGATAAGTCCTTAAGGAGGAGCAAGCA 3078
Query 3036 AATACACACACTAACACCCTTTGAAGTTGATTGTGTTTGTTGTTCCTTTGGTT-TAATCT 3094
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 3079 GATAAACACACTAACACCCTTTGAAGTTGATTGTGTTTGTTGTTCCTTTGGTTATAAACT 3138
Query 3095 GTATCAGTCAGAGAAATCTAGAGAGGCAATACAAAAAGTAGACAAAAGGGTTACTTCGTT 3154
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3139 GTATCAGT-AGAGAAATCTAGAGAGGCAATACAAAA-GTAGACAAAAGGGTTACTTCGTT 3196
Query 3155 GACATGTCTTTCCTTTTTACTaaaaaaaGGTTTAAGATT 3193
|||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||
Sbjct 3197 GACATGTCTTTCCTTTTTACCAAAAAAGGGTTTAGGATT 3235
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 158828541538
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5