BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg492862
Length=1977
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G20090.1 | Symbols: EMB1025 | Pentatricopeptide repeat (PPR)... 3040 0.0
> AT4G20090.1 | Symbols: EMB1025 | Pentatricopeptide repeat (PPR)
superfamily protein | chr4:10868400-10870382 REVERSE LENGTH=1983
Length=1983
Score = 3040 bits (1646), Expect = 0.0
Identities = 1872/1982 (94%), Gaps = 12/1982 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCCCAAATGCCCAATCCCAATCCGTATCAGCTTCTTCAGCTA-TTTCCTCAACGAAAG 59
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||
Sbjct 1 ATGCCCAAATGCCCAATCCCAATCCGTATCAGCTTCTTCAGCTACTTT-CTCAAAGAAAG 59
Query 60 TCGACTCCTTTCGAGTAACCCAGTTAAGTTCTCTATCCATCTTCGTTTCTCTGCTTCTTC 119
|||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||
Sbjct 60 TCGAATCCTTTCGAGTAACCCAGTTAACTTCTCTATCCATCTTCG-CT-TCT-CTTCTTC 116
Query 120 TGTTTCAGTTTCTCCAAACCCATCAATGGAA---GTGGAGACTCCATTGGAAGCTCCAAT 176
|||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 117 TGTTTCGGTTTCTCCTAACCCGTCAATGGAAGTGGTGGAGAATCCATTGGAAGCTCCAAT 176
Query 177 CTCGGAGCAGATGTTTAAATCAGCTCCAAAAATGGGTTCTTTCAAGTTAGGTGATTCTAC 236
||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 177 CTCGGAGAAGATGTTTAAATCAGCTCCCAAAATGGGTTCTTTCAAGTTGGGTGATTCTAC 236
Query 237 TTTATCTTCAATGATTGAGAATTACGCCAATTTGGGTGATTTTGCTTCGGTGGAGAAGCT 296
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 237 TTTATCTTCAATGATTGAGAGTTACGCCAATTCGGGTGATTTTGATTCGGTAGAGAAGCT 296
Query 297 TTTGAGTCGAATTAGATTAGAGAACAGAGTGATTATAGAGCGTAGTTTCATTGTTGTGTT 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 297 TTTGAGTCGAATTAGATTAGAGAACAGAGTGATTATAGAGCGTAGTTTCATTGTTGTCTT 356
Query 357 TAGAGCTTATGGGAAAGCTCATTTACCTGAGAAAGCTGTAGACTTGTTTCATAGGATGGT 416
|||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 357 TAGAGCTTATGGGAAAGCACATTTGCCTGATAAAGCTGTAGACTTGTTTCATAGAATGGT 416
Query 417 CGATGAGTTTCGATGTAAACGTAGTGTTAAGTCGTTTAACTCTGTGTTGAATGTGATTAT 476
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 TGATGAGTTTCGATGTAAACGTAGTGTTAAGTCGTTTAACTCTGTGTTGAATGTGATTAT 476
Query 477 AAACGAGGGTCTTTATCACCGAGGGTTGGAGTTTTATGATTATGTTGTGAATTCCAACAT 536
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 AAACGAGGGTCTTTATCATCGAGGATTGGAGTTTTATGATTATGTTGTGAATTCCAACAT 536
Query 537 GAACATGAACATTTCTCCTAATGGGTTGAGTTTTAATTTAGTTATTAAGGCTCTTTGTAA 596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 537 GAACATGAACATTTCTCCTAATGGGTTGAGTTTTAATTTGGTCATTAAGGCTCTTTGTAA 596
Query 597 GTTGGGATTTGTGGATCGAGCTATTGAGGTCTTCAGGGGAATGCCTGAGAAAAAGTGTTT 656
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 597 GTTAAGATTTGTGGATAGAGCTATTGAGGTCTTCAGAGGAATGCCTGAGAGAAAGTGTTT 656
Query 657 GCCTGATGGGTATACGTATTGTACATTGATGGATGGGTTGTGTAAGGAGGAAAGGATTGA 716
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 GCCTGATGGTTATACGTATTGTACATTGATGGATGGGTTGTGTAAGGAGGAAAGGATTGA 716
Query 717 TGAAGCGGTTTTACTGTTGGATGAGATGCAGAGTGAAGGGTGTTCACCGAGCCCGGTAAT 776
||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 717 TGAGGCGGTTTTACTGTTGGATGAGATGCAGAGCGAGGGGTGTTCACCGAGTCCGGTTAT 776
Query 777 ATATAATGTCTTGATTGATGGATTGTGCAAGAAAGGGGATTTGACACGGGTGACAAAGCT 836
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 ATATAATGTGTTGATTGATGGATTGTGCAAGAAAGGGGATTTGACACGGGTGACAAAGCT 836
Query 837 TGTGGATAATATGTTTCTTAAGGGATGTTTTCCTAATGAGGTTACTTATAATACGCTTAT 896
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 TGTGGATAATATGTTTCTTAAGGGATGTGTTCCTAATGAGGTTACTTATAATACGCTTAT 896
Query 897 TCATGGTCTATGTCTTAAGGGTAAATTGGATAAAGCTGTTAGTCTCTTAGAACGGATGGT 956
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 897 TCATGGTCTATGTCTTAAGGGTAAGTTAGATAAAGCTGTTAGTCTCTTGGAGCGGATGGT 956
Query 957 GTCGAGCAAATGTATCCCGAATGATGTCACATATGGAACGCTGATTAATGGGTTGGTTAA 1016
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 GTCTAGCAAATGTATCCCAAATGATGTCACATATGGAACGCTGATTAATGGGTTGGTTAA 1016
Query 1017 GCAAAGACGAGCAATGGACGGGGCTAGATTGCTGATCTCTATGGAAGAAAGAGGGTATCG 1076
|||||||||||||| ||| | || ||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GCAAAGACGAGCAACGGATGCGGTTAGGTTGTTGAGCTCTATGGAAGAAAGAGGGTATCA 1076
Query 1077 TTTGAATCAGCATATTTATTCGGTCCTTATAAGTGGGTTGTTTAAAGAGGGAAAAGCTGA 1136
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 1077 TTTGAATCAGCATATTTATTCGGTCCTTATAAGTGGGTTGTTCAAAGAGGGAAAGGCCGA 1136
Query 1137 AGAAGCTATGACCTTGTGGAAGAAAATGGCGGAGAAAGGTTGCCAGCCCAATATTGTTGT 1196
|| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1137 GGAGGCTATGTCCTTGTGGAGGAAAATGGCAGAGAAAGGATGCAAGCCCAATATTGTTGT 1196
Query 1197 GTACAGTGCTGTTGTAGATGGTTTATGCCGAGAAGGGAAACCAAATGAAGCTAAAGAAAT 1256
|||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1197 GTACAGTGTTCTTGTAGATGGTTTATGCCGCGAAGGGAAACCAAATGAAGCTAAAGAGAT 1256
Query 1257 ACTTAATGGAATGATTAG-TAGTGGCTGCTTGCCTAATGTGTATACGTATAGCTCCTTGA 1315
|||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1257 CCTTAATAGAATGATT-GCTAGTGGCTGCTTGCCCAATGCGTATACGTATAGCTCATTGA 1315
Query 1316 TGAAAGGATTCTTCAAAACTGGTCTTAGTGAAGAAGCGATTCAAGTGTGGAGAGAGATGG 1375
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1316 TGAAAGGATTCTTCAAAACTGGTCTTTGTGAAGAAGCGGTTCAAGTGTGGAAAGAGATGG 1375
Query 1376 ATGAAACCGGATGCTCTCGAAATGAGTTTTGTTATAGTGTTCTAATCGATGGTCTTTGTG 1435
|| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 ATAAAACCGGATGTTCTCGAAATAAGTTTTGTTATAGTGTTCTAATCGATGGTCTTTGTG 1435
Query 1436 GGGTTGGGAGAGTTAAGGAGGCTATGATGGTGTGGTCAAAGATGCTCACTATCGGGATCA 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 GGGTTGGGAGAGTTAAGGAGGCTATGATGGTGTGGTCAAAGATGCTCACTATCGGGATCA 1495
Query 1496 AACCTGATACAGTTGCTTATAGCTCAATGATAAAAGGTCTTTGTGGTATTGGCTCAATGG 1555
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1496 AACCTGATACAGTAGCTTATAGCTCAATTATAAAAGGTCTTTGTGGTATTGGCTCGATGG 1555
Query 1556 ATGCAGCATTAAAACTTTACCATGAGATGTTATGCCAAGAAGAACCCAAGTCACAACCTG 1615
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 ATGCGGCCTTAAAACTTTACCATGAGATGTTATGCCAAGAAGAACCCAAGTCACAACCTG 1615
Query 1616 ATGTTGTTACTTATAATATACTTCTCGATGGCTTATGTATGCAGAAAGATGTCTCTAGAG 1675
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 1616 ATGTTGTTACTTATAATATACTTCTTGATGGCTTATGTATGCAAAAAGATATCTCTAGAG 1675
Query 1676 CAGTTGATCTCTTGAACTGTATGTTAGATAGAGGTTGTGATCCCGATGTTATTACGTGTA 1735
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 CAGTAGATCTCTTGAACTCTATGTTAGATAGAGGTTGTGATCCCGATGTTATTACGTGTA 1735
Query 1736 ACACCTTTTTGAATACTTTGAGCGAGAAATCAGATTCTTGTGA-AGAAGGGAGGAGTTTT 1794
|||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1736 ACACCTTTTTGAATACTTTGAGCGAGAAGTCAAATTCTTGTGACA-AAGGGAGGAGTTTT 1794
Query 1795 CTAGAAGAGCTTGTTGCGAGGCTCTTAAAGCGTCAGAGAGTAACAGGCGCTTGTAAGATT 1854
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||
Sbjct 1795 CTAGAAGAGCTTGTTGTAAGGCTCTTAAAGCGTCAGAGAGTATCAGGCGCGTGTACGATT 1854
Query 1855 GTGGAAGTAATGCTGGGTAAGTATCTAGCACCGAAGACCTCCACTTGGGCAATGATTGTT 1914
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1855 GTGGAAGTAATGCTGGGTAAGTATCTGGCACCGAAGACCTCCACTTGGGCGATGATTGTT 1914
Query 1915 CCAGAGATCTGTAAACCAAAGAAGATCAATGCCGCCATTAATAAATGCTGGAGGAACCTG 1974
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 CGAGAGATCTGTAAACCAAAGAAGATCAATGCCGCCATTGATAAATGCTGGAGGAACCTG 1974
Query 1975 TG 1976
||
Sbjct 1975 TG 1976
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97941263295
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5