BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg492913
Length=3463
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G19490.1 | Symbols: ATVPS54, VPS54 | VPS54 | chr4:10615796-1... 3164 0.0
> AT4G19490.1 | Symbols: ATVPS54, VPS54 | VPS54 | chr4:10615796-10623521
FORWARD LENGTH=3690
Length=3690
Score = 3164 bits (1713), Expect = 0.0
Identities = 1857/1927 (96%), Gaps = 7/1927 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1540 GGTGGTGGCTTATCTCTCGCGAGCAAGTTGAGGACTCTGTCATCTGAGGCATTTGTTAAT 1599
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1548 GGTGGTGGCTTATCTCTCGCGAGCAAATTGAGGACTCTGTCATCTGAGGCTTTTGTTAAT 1607
Query 1600 CTCTTAACTGCTATATTTAAGATTGTTCAGGCACATCTAGTCCGGGCTTCGGAAGTGAAA 1659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 CTCTTAACTGCTATATTTAAGATTGTTCAGGCACATCTAGTCCGGGCTTCGGAAGTGAAA 1667
Query 1660 AAAGCAATTGAATGGATTCTCTGCAATATCGATGGACATTATGCCGCTGATTCAGTTGCA 1719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 AAAGCAATTGAATGGATTCTCTGCAATATCGATGGACATTATGCCGCTGATTCAGTTGCA 1727
Query 1720 GCTGCAATTGCTGTTGGTGCTGTAGCAGCCGAAACAGCTCAGGAAACAGGTTTCCAAGGC 1779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1728 GCTGCAATTGCTGTTGGTGCTGTAGCAGCCGAAACAGCTCAAGAAATAGGTTTCCAAGGC 1787
Query 1780 GGGTCATTAGTGTCTTCTCCATTGGGTAAGGCTACCTCAAAGGCCCTTCCATTGCAGGGA 1839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1788 GGGTCATTAGTGTCTTCTCCATTGGGTAAGGCTACCTCAAAGGCCCCTCCATTGCAGGGA 1847
Query 1840 AAATCGAGTGACGCATCAAGCTTGATGAACATGTCAAGAAACTTCAGGGCCGATGTCTTG 1899
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 AAATCGAGTGATGCATCAAGCTTGATGAACATGTCAAGAAACTTCAGGGCCGATGTCTTG 1907
Query 1900 AGAGAAAACACTGAAGCTGTCTTTGCGGCTTGTGAGGTTACTCATGGTAGGTGGGCTAAG 1959
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1908 AGAGAAAATACAGAAGCTGTCTTTGCGGCTTGTGAGGTTACTCATGGTAGGTGGGCAAAG 1967
Query 1960 CTACTAGGAGTTCGCTCTCTTCTTCATCCAAAATTGAAATTGCAGGAGTTCATGAGCATT 2019
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1968 CTACTAGGAGTTCGCGCTCTTCTTCATCCAAAATTGAAATTGCAAGAGTTCATGAGCATT 2027
Query 2020 TATGATCTGACCCAAGAATTTATAACAGT-TACGGAGAAGATTGGTGGAAGGTTGGGATC 2078
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2028 TATGATCTGACCCAAGAATTTATAACA-TCTACGGAGAAGATTGGTGGAAGGTTGGGTTC 2086
Query 2079 TAGTATTCGTGGGACGCTGCAATCACAAGCCAAAGCCTTTGTTGATTCCCAGCATGAAGC 2138
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |
Sbjct 2087 TAGTATTCGTGGGACGCTGCAATCACAAGCCAAAGCCTTTGTGGACTCCCAGCACGAATC 2146
Query 2139 TCGGATGACAAAACTAAAAGCTGTGCTTGATCAAGAAACATGGGATGAGATAGATGTTCC 2198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 TCGGATGACAAAACTAAAAGCTGTGCTTGATCAAGAAACATGGGATGAGATAGATGTTCC 2206
Query 2199 TGAAGAATTCCAATCCATAATCATTTCTCTTTTTGCATCCCAACAGTTGATTTCTGGGAA 2258
||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||
Sbjct 2207 TGAAGAATTTCAATCCATAATCAGTTCTCTTTTTGCATCCCAGCGGTTGATCTCTGGGAA 2266
Query 2259 AGTTGATGATGCTGATCTTAAAACATACCACAGTAATCGGCTCCCTCTCAATGGGTCTCT 2318
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2267 AGTTGATGATGCTGATCTTAATTCATACCACAGTAATCGGCTCCCTCTCAATGGGTCTCT 2326
Query 2319 CACTTCTGGAACTGGGGATCAAAATACTGAATTACGAAATCAAAAATCTGAATCTAGTGA 2378
|||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2327 CACTTCTGGATCTGGGGATCAAAATAGTGAATTACGAAATGAAAAATCTGAATCTAGTGA 2386
Query 2379 AGGTCCTGCAGTTAGTGATGCACAAGTGAAATCCACAGTCTCACCTGAGTCTCTTGAAAG 2438
|||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2387 AGGTTCTGTAGTTAGTGATGCACAAGTGAAACCCACAGTCTCACCTGAGTCTCTTGAAAG 2446
Query 2439 AAGCAAGGCTGGTGTATCTTCAGTTACGAATAATCAAAGTAATCAGAAGGCACACGGAAA 2498
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2447 AAGCAAGGCTGGTGTATCTTCAGCTACGAATAATCAAAGTAATCAGAAGGCGCACGGAAA 2506
Query 2499 ATCTAACCTTTTCTATCAAGGAGTTGGTTACCACATGGTAAACTGTGGGTTAATATTGCT 2558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2507 ATCTAACCTTTTCTATCAAGGAGTTGGTTACCACATGGTAAACTGTGGGTTAATATTGCT 2566
Query 2559 CAAGATGTTGTCAGAATACATTGATATGAACAATTCTTTGCCAGCTCTGTCCCCGGAAAT 2618
||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2567 CAAGATGCTGTCGGAATACATTGATATGAACAATTCTTTGCCAGCTTTGTCCTCGGAAAT 2626
Query 2619 TGTTCGTCGTGTTGTTGAAGTGTTGAGATTTTTCAACACTCGGACATGTCAACTTGTTCT 2678
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2627 TGTTCTTCGTGTTGTTGAAGTGTTGAGATTTTTCAACACTCGGACATGCCAACTTGTTCT 2686
Query 2679 GGGTGCTGGTGCTATGCAGGTATCTGGTTTGAAGTCCATAAAGGCGAAACACTTGGCGCT 2738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2687 GGGTGCTGGTGCTATGCAGGTATCTGGTTTGAAGTCCATAAAGGCGAAACACTTGGCGCT 2746
Query 2739 TGCAAGTCAAGTAATCGACTTCACTTACACTATTATTCCTGAAACCAGAAGAATTCTGTT 2798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2747 TGCAAGTCAAGTAATCGACTTCACTTACACTATTATTCCTGAAACCAGAAGGATTCTGTT 2806
Query 2799 TTCAAAAGTACCTGAGACGAGAAAGCCTCTGTTGTCAGTAGAGATGGATAAAGTTGCTCA 2858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2807 TTCAAAAGTACCTGAGACGAGAAAGCCTCTGTTGTCAGTAGAGATTGATAAAGTTGCTCA 2866
Query 2859 GGATTATAGAATTCATCGAGATGAAATATACACAAAACTGGTTCAGATTATGAGAGAAAG 2918
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2867 GGATTTTAGAATTCATCGAGATGAAATATACACAAAACTGGTTCAGATTATGAGAGAAAG 2926
Query 2919 ACTATTGGCCCATCTTCATGGTTTGCCCAAAGTTGTTGAGGGCTGGAACAGACCTCCAGA 2978
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2927 ACTATTGGCGCATCTTCATGGTTTGCCCAAAGTTGTTGAGGGCTGGAACAGACCTCCAGA 2986
Query 2979 CACCAATAAACAAACTAAAGAGTTTGCATGGCCACTCACAAGGGAAGTTGGATACCTTCA 3038
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2987 TACCAATAAACAAACTAAAGAGTTTGCATGGCCGCTCACAAGGGAAGTTGGCTACCTTCA 3046
Query 3039 CCGTGTGTTGTCTGAGACATTGCATGAAGCCGATGTTCAAGCAATCTTCAGGCAGGTGAT 3098
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3047 CCGTGTGTTGTCTGAGACATTGCACGAAGCCGATGTTCAAGCAATCTTCAGGCAGGTGAT 3106
Query 3099 TTCAATTATCCACACACAAACCTCTCAAACACTTACGAACTTGGAGATAAGCTCTCCAGA 3158
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3107 TTCAATTATCCACACACAAACCTCTCAAACGCTTACGAACTTGGAGATAAGCTCAACAGA 3166
Query 3159 GGCAAAGAAAAGGCTGAAGCTTCATGTTGAGCTAATCCTCAAATGTATCCGGTCGTTACC 3218
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3167 GGCAAAGAAAAGGCTGAAGCTTCATGTCGAGCTAATCCTCAAATGCATCCGGTCGTTACC 3226
Query 3219 ATCCGAAAATGCCAATCAATCAGGCATCCCAAACTGGGGACAACTAGATGAATACTTTGA 3278
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3227 ATCCGACAATGCCAATCAATCAGACATCCCAAACTGGGGACAACTAGATGAATTCTTTGC 3286
Query 3279 ACAACACTTTAAAGAAGAAGAAGCAGGCGAAGCTGAGTGATGAAGTCTTCATTGTACAGC 3338
| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3287 AGAGCACTTTAGAGAAGAAGAAGCAGGCGAAGCTGAGTGATGAAGTCGTCATTGTACAGC 3346
Query 3339 AATTTGTTTCTTCTCACATCCTTTTATAAAGTCAAAA-TTCAGAGTTTGGGTATGAGGAT 3397
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 3347 AATTTGTTTCTTCTCACATCCTTT-ATAAAGTCAAAAATTCAGAGTTTGGGTTTGAGGAT 3405
Query 3398 GGACTACTCCGCCCTGTAGATT-AACTTACAGGCATATTACAGTTCTTGGCTCGAATGAA 3456
|||||| || ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 3406 GGACTATTC-GCC-TGTAGATTTAACTTACAGGCATACTACAGTTCTTGGCTCGGATGAA 3463
Query 3457 CATTATA 3463
||||||
Sbjct 3464 TATTATA 3470
Score = 2287 bits (1238), Expect = 0.0
Identities = 1320/1360 (97%), Gaps = 4/1360 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 150 TTTTGGTTCATGATTTTGATTTCGTGAAGGTCTTATGGATTCACACCCTTCCATAATGGG 209
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 188 TTTTGGTTCATGATTTTGATTTCGTGAAGGACTTATGGATTCACACCCTTCCCTAATGGG 247
Query 210 AAGGTCCATTACCAATTCCAACCGATCGGGCTTAGATCTTGGTCGTCCTTCTTCGTCTTC 269
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 248 AAGGTCCATTACCAATTCGAACCGATCGAGCTTAGATCTTGGTCGTCCTTCTTCGTCTTC 307
Query 270 GTCTTCTTCTCCTTCACCGTTAACCAAATCGATCTCCGATGCAAGTAGTCAGAGTCTCTC 329
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 308 TTCATCTTCTCCTTCACCGTTAACCAAATCGATCTCCGATGCAAGTAGTCAAAGTCTCTC 367
Query 330 TTCGATCCTTAACAATCCACATGGAGGTAAGTCTGGTGTTTATGGTTCCGATGCTTCTTG 389
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 368 TTCGATCCTTAACAATCCACACGGAGGTAAGTCTGGTGTTTATGGTTCCGATGCATCTTG 427
Query 390 GGTTGGTTGGTGGTCTTCATCGACATTTGTAGCTCC-GTCTGAGTTCGCGCCTGTTGCTT 448
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||
Sbjct 428 GGTTGGTTGGTGGTCTTCATCGACATTTGTAGCTCCAG-CTGAGTTTGCGCCTGTTGCTT 486
Query 449 CAACGAAGCTCCCTGGTTCGGAGCTTACCAGATCCGACTTCCATGGCTACGTTTCTTCGA 508
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 487 CAACGAAGCTCCCTGGTTCGGAGCTAACCAGATCCGACTTCCATGGCTACGTTTCTTCGA 546
Query 509 TCTCTGAGTCTCATGGTAGGTTTGAGGATATTAGGAAGCATACGAGGGAAGAGAGCTCTG 568
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 547 TCTCTGAGTCTCATGGTAGATTTGAGGATATTAGGAAGCATACTAGGGAAGAGAGCTGTG 606
Query 569 GGTTTGATCAGGAGAGCCATGTATCGGGTTTAGCTGCGTGTTTGCGTGAGGTTCCTTCGC 628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607 GGTTTGATCAGGAGAGCCATGTATCGGGTTTAGCTGCGTGTTTGCGTGAGGTTCCTTCGC 666
Query 629 TTTACTTTAAGGAGGATTTTGCTCTTGAGGACGGAGCTACATTTCGTTCTGCTTGCCCTT 688
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 TTTACTTTAAGGAGGATTTTGCTCTTGAGGACGGAGCTACATTTCGTTCTGCTTGCCCTT 726
Query 689 TCTCGAGC-TTGAATGAGAATCTAGCGCTTCAAGAGAAGTTGTCACAGTATCTTGATGTG 747
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 727 TCTCGAGCCTT-AATGAGAATCTAGCGCTTCAAGAGAAGTTGTCACAGTATCTTGATGTG 785
Query 748 GTGGAGCTGCATCTTGTGAAGGAGATATCTGTTAGGTCTGATTCGTTCTTCGAGGCTCAG 807
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 786 GTGGAGCTGCATCTTGTGAAGGAGATCTCTGTGAGGTCTGATTCGTTTTTTGAGGCTCAA 845
Query 808 GGACAGTTGCAGGATTTGAATGTGAAGATTGTTGAGGGTTGTAGTAGGATTCGTGAGTTG 867
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 846 GGACAGTTACAGGATTTGAATGTGAAGATTGTTGAGGGTTGTAGTAGGATTCGTGAGTTG 905
Query 868 AAAGAGACTATTCGGCTCCTGGACAGGAATTTGGTAGATTCAGCTCGACAGATTCAAGAG 927
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 906 AAAGAGACTATTCGGCTCCTGGATAGGAATTTGGTAGATTCAGCTCGACAGATTCAAGAG 965
Query 928 CTGAGCTCAACTAGGATTAATATGTTGGAGCTGCAACGTAAATTGAGACTTATTTTGTAT 987
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 966 CTGAGCTCAACTAGGATTAATATGCTGGAGCTGCAACGTAAATTAAGACTTATTTTGTAT 1025
Query 988 GTTAACCAAGCTCTCTCTGCACTCAAATTGCTCGTTGCGTCCGCAGATTGTGCTGGAGCT 1047
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1026 GTTAACCAAGCTCTCTCTGCACTCAAATTGCTTGTTGCGTCCGCAGATTGTGCTGGAGCT 1085
Query 1048 TTGGATATAACTGACGATCTCCAAAACTTGTTGGCTGGGGATGAGCTAACTGGTCTATAC 1107
||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1086 TTGGATATAACTGACGATCTCCAGAACTTGCTGGCTGGGGATGAGCTTACTGGTCTATAC 1145
Query 1108 TGCTTCCGCCATCTTCGGGATCATGTTACTAGTTCCATAGATTCCATAAACAGTATTCTC 1167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1146 TGCTTCCGCCATCTTCGGGATCATGTTACTAGTTCCATAGATTCCATAAACAGTATTCTC 1205
Query 1168 ACATCAGAATTCATGCGTATCTCCATACATGATACTGGGGAGATAGATGTACTGATTTTA 1227
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1206 ACTTCAGAATTCATGCGTATCTCCATACATGATACTGGGGAGATAGATGTACTGATTTTA 1265
Query 1228 TCTGCTGCAAAAATACGGGGATCCATTTCATCTAACGGGAAGACCGGTGAAGAAGTTAAG 1287
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1266 TCTGCAGCAAATATACGGGGATCCATTTCATCTAACGGGAATACCGGCGAAGAAGTTAAG 1325
Query 1288 CTAGAAGAAGAGGATACCTCTACCTTATGTGATCGGCTTCTTCCTCTAGTTATTGGATTG 1347
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1326 TTAGAAGAAGAGGATACCTCTACCTTATGTGATCGGCTTCTTCCTTTAGTTATTGGATTG 1385
Query 1348 CTAAGAACGGCAAAGTTCCCTTCAATTTTGAGGATGTATCGTGATACACTCACATCCGAA 1407
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 CTAAGAACGGCAAAGTTCCCGTCAATTTTGAGGATGTATCGTGATACACTCACATCCGAA 1445
Query 1408 ATGAAAAATGCAATCAAGAAAGCAGTTGCTGAGCTGCTTCCCATTCTTGTTGCAAGATCG 1467
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1446 ATGAAAAATGCAATCAAGAAAGCAGTTGCTGATCTGCTTCCCATTCTTGTTGCAAGATCG 1505
Query 1468 CTCGAATCTGATTTTTCACATGGGGAGCGCTCTGTAGATG 1507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1506 CTCGAATCTGATTTTTCACATGGGGAGCGCTCTGTAGATG 1545
Score = 200 bits (108), Expect = 7e-50
Identities = 138/152 (91%), Gaps = 4/152 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACCCAGAGAGGGCTTTCCTCAGTGAGTCCTCCGTT-CTTCGATTCTCTTCCAGATCCAAA 59
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 4 ACCCAGAGAGGACTTTCCTCAGTGAGTCCTCCGTTCCTTAGCTTCTCTTCCAGATCCAAA 63
Query 60 GTCTCACCAAACTTTCTCACAACACACACA-ATTT-GATTCGATCCACACTCTTCAAATC 117
||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 64 CTCTCACCAAACTTTCTCACAACACACACACAATTCGATTCGATCCACACTCTTAAAATC 123
Query 118 CCCAAAGATCCCTCCGATTTCAAAATTCGATT 149
|| ||||||| ||| ||||| ||||||||||
Sbjct 124 CC-AAAGATCTCTCTGATTTTGAAATTCGATT 154
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 172373616148
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5