BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg492917
Length=3238
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G19440.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 4813 0.0
> AT4G19440.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr4:10600790-10604520 REVERSE LENGTH=3329
Length=3329
Score = 4813 bits (2606), Expect = 0.0
Identities = 3032/3234 (94%), Gaps = 43/3234 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GGCGGCTCTTCTCTATTTCCCTAAGATCTCTTCACAAATGACTTCCTCACATTTCTTCTC 60
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1 GGCGGCTCTTCTCTATTTCCCTAAAATCTCTTCGCAAATGACTTCCTCACATTTCATCTC 60
Query 61 TTTCTCACCAATGGATTTGAGGAGACTCTCTCGCACAAGCTACTTATTCACTCGCCGCTT 120
||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTTCTCACCAATGGATTTGAGGAGACTTTCTCGCGCAAGCTACTTATTCACTCGCCGCTT 120
Query 121 GAAATCCATAGCGAAAGCTCGAAAAAGCTTCCATACAA-CTCGATACCTGCAACAGTGCG 179
||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||||| |
Sbjct 121 GAAATTCATAGCGAAATCTCGAAAATGCTTTCATACAAGC-CGATACCTGCAACAGTGTG 179
Query 180 TTCATCGGCTGGATAAATCGGAAGAGATTTCCTCTGATCGGCATTTACACGAACGGTTAT 239
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 180 TTCATCGGCCGGATAAATCGGAAGAGACTTCCTCTGATCGGCATTTACACGAACGATTAT 239
Query 240 CATCAGTTTTGTCGAAGAGATCTCTAGATTACGAGCAATGTAAACAACTGATAACTGTTT 299
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CTTCAGTTTTGTCGAAGAGATCTCTAGATTACGAGCAGTGTAAACAACTGATAACTGTTC 299
Query 300 TATCGCCTCAT-GAATTCGATAGGTTGTTTCCTGAGTTTCGATTCAAAGTGAATCCCAAG 358
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 300 TATCGCCTC-TCGAATTCGATAGGTTGTTTCCTGAGTTTCGATCCAAAGTTAATCCCAAG 358
Query 359 ACGGCTTTGGATTTCTTCCGATTAGCTTCTGATTCATTTAGTTTCTCCTTTAGTCTCCGT 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 ACGGCTTTGGATTTCTTCCGATTAGCTTCTGATTCGTTTAGTTTCTCCTTTAGTCTCCGT 418
Query 419 TCTTATTGTTTATTGATAGGTTTATTGCTTGATGCGAATCTGTCGTCCCCTGCTAGGGTA 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 419 TCTTATTGTTTATTGATAGGTTTATTGCTTGATGCGAATCTGTTATCGGCTGCTAGGGTA 478
Query 479 GTTTTGATTCGTTTGATCAATGGGAATGTACCGGTTTTGCCTTGTGGTAATGGTGGTTTG 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||
Sbjct 479 GTTTTGATTCGTTTGATCAATGGGAATGTACCGGTTTTGCC------T--T-GTGGTTTG 529
Query 539 AGAGATAGTAGAGTTGCGATTGCGGATGCAATGGCGAGTTTGAGTTTGTGTTTTGATGAA 598
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 530 AGAGATAGTCGAGTTGCGATTGCGGATGCAATGGCGAGTTTGAGTTTGTGTTTTGATGAA 589
Query 599 GAAATCAGAAGGAAAATGTCAGATTTGTTGATTGAAGTTTATTGCACTCAGTTCAAGCGT 658
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 590 GAAATCAGAAGGAAAATGTCGGATTTGTTGATTGAAGTTTATTGCACACAGTTCAAGCGT 649
Query 659 GATGGTTGTTATTTAGCTCTTGATGTATTTCCTGTTCTTGCAAACAAGGGTATGTTTCCT 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 650 GATGGTTGTTATTTAGCTCTTGATGTATTTCCTGTTCTTGCAAACAAGGGTATGTTTCCT 709
Query 719 TCTAAGACGACTTGCAATATTTTGCTGACTTCTTTAGTGAGAGCTAATGAGTTTCAGAAG 778
||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 710 TCTAAGACGACTTGCAACATTTTGTTGACTTCTCTAGTGAGAGCTAATGAGTTTCAGAAG 769
Query 779 TGTTGTGAAGCTTTTCATGTTGTTTGCAAAGGGGTTTCTCCGGATGTTTACTTGTTCACT 838
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 770 TGTTGTGAAGCTTTTGATGTTGTTTGCAAAGGGGTTTCTCCGGATGTTTACTTGTTCACT 829
Query 839 ACAGCGATTAATGCCTTTTGCAAGGGAGGGAAAGTTGAGGAGGCCATTAAGTTGTTCTCA 898
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 830 ACAGCGATTAATGCGTTTTGCAAGGGAGGTAAAGTTGAGGAGGCCGTTAAGTTGTTCTCA 889
Query 899 AAAATGGAAGAAGCGGGTGTTGTACCAAACGTTGTTACCTACAATACTGTTATTGATGGG 958
|||||||||||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||||||
Sbjct 890 AAAATGGAAGAAGCGGGTGTTGCACCAAACGTTGTCACTTTTAATACTGTTATTGATGGA 949
Query 959 CTTGGGATGAGTGGAAGGTATGATGAGGCATTTAAGTTTAAAGAAAAGATGGTAGAAAGA 1018
||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 950 CTTGGGATGTGTGGAAGGTATGATGAGGCGTTTATGTTTAAAGAAAAGATGGTAGAAAGA 1009
Query 1019 GGCGTGGAACCAACTCTTATCACTTATAGTATTCTTGTCAAGGGTTTGACCAAGGCTAAG 1078
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1010 GGCATGGAACCAACTCTTATCACTTATAGTATTCTTGTCAAGGGTTTGACCAGGGCTAAG 1069
Query 1079 AGGATTGGTGATGCTTATTGTGTCTTGAAGGAAATGACAGAGAAAGGGTTTCCTCCTAAT 1138
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1070 AGGATTGGTGATGCTTATTTTGTCTTGAAGGAAATGACAAAGAAAGGGTTTCCTCCTAAT 1129
Query 1139 GTTATTGTATATAATAATCTGATTGATAGTTTAATTGAGGCTGGAAGTTTGAACAAAGCT 1198
|||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130 GTTATTGTATATAATAATTTGATTGATAGTTTCATCGAGGCTGGAAGTTTGAACAAAGCT 1189
Query 1199 ATTGAGATAAAGGATCTCATGGTTTCGAAAGGGTTGTCTCTCACATCGTCGACGTATAAT 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1190 ATTGAGATAAAGGATCTCATGGTTTCGAAAGGGTTGTCTCTCACATCGTCGACGTATAAT 1249
Query 1259 ACTCTCATAAAGGGATACTGCAAGAGCGGTCAAGCAGATATTGCTGAGCGTCTCCTGAAG 1318
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1250 ACTCTCATAAAGGGATACTGCAAGAACGGTCAAGCAGATAATGCGGAGCGTCTCCTGAAG 1309
Query 1319 GAAATGCTGTCGATTGGTTTTAATATAAATCAGGGCTCCTTTACATCTGTGATTTGCTTG 1378
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1310 GAAATGCTGTCGATTGGTTTTAATGTAAATCAGGGCTCCTTTACATCTGTGATTTGCTTG 1369
Query 1379 TTGTGCAGTCATCATATGTTTGACTCAGCACTTCGTTTTGTTGGAGAGATGCTACTACGT 1438
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1370 TTGTGCAGTCATCTTATGTTTGACTCAGCACTTCGTTTTGTTGGAGAGATGCTATTACGC 1429
Query 1439 AACATGAGTCCTGGTGGTGGATTACTTACTACATTGATTTCTGGTCTCTGTAAGCATGGG 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1430 AACATGAGTCCTGGTGGTGGATTACTTACTACATTGATTTCTGGTCTCTGTAAGCATGGG 1489
Query 1499 AAACACTCAAAGGCAGTAGAACTTTGGTTTAAATTTCTAAATAAAGGTTTCCTAGTAGAC 1558
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1490 AAACACTCAAAGGCACTAGAACTTTGGTTTCAATTTCTAAATAAAGGTTTTGTAGTGGAC 1549
Query 1559 ACGAAGACTTCAAATGCTTTGCTTCATGGACTCTGTGAAGCAGGGAAGCTGGAAGAAGCT 1618
|||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1550 ACGAGGACTTCAAATGCTTTACTTCATGGACTCTGTGAAGCAGGGAAGCTGGATGAAGCT 1609
Query 1619 TTTAGGATTCAAAAGGAGATATTAGGGCGTGGCTTTGTTATGGATAGAGTTTCCTATAAC 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610 TTTAGGATTCAAAAGGAGATATTAGGGCGTGGCTGTGTTATGGATAGAGTTTCCTATAAC 1669
Query 1679 ACGTTGATTTCTGGATGTTGCGGAAATAAGAAATTAGATGAAGCTTTTATGTTCATGGAT 1738
|||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1670 ACGTTGATTTCTGGATGTTGCGGAAAGAAGAAACTAGATGAAGCTTTTATGTTCTTGGAT 1729
Query 1739 GAAATGGTTAAGAGAGGACTTAAGCCTGACAATTATACATATAGCATATTAATTCGCGGG 1798
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1730 GAAATGGTTAAGAGAGGACTTAAGCCTGACAATTATACTTATAGCATATTGATTTGCGGG 1789
Query 1799 CTGTTGAATATGAATAAAGTTGAGGAGGCCATACAGTTCTGGGGTGATTGTAAACGGAAT 1858
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 1790 CTGTTTAATATGAATAAAGTTGAGGAGGCCATACAGTTTTGGGATGATTGTAAACGGAAT 1849
Query 1859 GGCATGATTCCAGATGTTTATACATATTCGGTGATGATAGATGGATGTTGTAAAGCTGAA 1918
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 GGCATGCTTCCAGATGTTTATACATATTCGGTGATGATAGATGGATGTTGTAAAGCTGAA 1909
Query 1919 AGAACAGAAGAGGGTCAGAAACTGTTTGATGAGATGAAGAGCAATAACGTGCAGCCAAAT 1978
|||||||||||||||||| || | ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1910 AGAACAGAAGAGGGTCAGGAATTTTTTGATGAGATGATGAGCAAAAACGTGCAGCCAAAT 1969
Query 1979 ACTGTTGTTTACAATCATCTAATTGGAGCGTACTGTAGAAGCGGAAGGCTATCGATGGCC 2038
|||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1970 ACTGTTGTTTACAATCATCTTATCAGAGCATACTGTAGAAGCGGAAGGCTATCGATGGCC 2029
Query 2039 TTGGAACTCCGTGAAGATATGAAACACAATGGAATTTCACCTAATTCTGCTACATATACT 2098
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2030 TTGGAACTCCGTGAAGATATGAAACACAAAGGAATTTCACCTAATTCTGCTACATACACT 2089
Query 2099 TCACTAATAAAGGGGATGTCGATCATTAGCCGTGTTGAGGAGGCAAAACTCCTCCTCGAG 2158
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2090 TCACTAATAAAGGGGATGTCAATCATTAGCCGTGTTGAGGAGGCAAAACTCCTCTTCGAG 2149
Query 2159 GAGATGAGGATGGATGGTTTGGAACCGAATGTCTTTCATTATACAGCACTTATTGATGGA 2218
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150 GAGATGAGGATGGAGGGTTTGGAACCGAATGTCTTTCATTATACAGCACTTATTGATGGA 2209
Query 2219 TACGGTAAATTGGGTCAGATGGTCAAAGTTGAATGTCTTCTGCGTGAGATGCATTCAAAG 2278
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 TATGGTAAATTGGGTCAGATGGTCAAAGTTGAATGTCTTCTGCGTGAGATGCATTCAAAG 2269
Query 2279 AACGTACACCCAAACAAGATTACCTACACTGTGATGATTGGTGGGTATGCTAGAGATGGG 2338
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2270 AACGTACACCCAAATAAGATTACCTACACTGTGATGATTGGTGGGTATGCTAGAGATGGG 2329
Query 2339 AATGTAACAGAAGCTTCTAGGCTTCTAAATGAGATGAGGGAAAAAGGAATTGTACCAGAT 2398
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2330 AATGTAACGGAAGCTTCTAGGCTTCTAAATGAGATGAGGGAAAAAGGAATTGTTCCGGAT 2389
Query 2399 AGTATCACATACAAAGAATTTATATATGGATATCTTAAGCAGGGAGGTGTTTTGCAAGCT 2458
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2390 AGTATCACATACAAAGAATTTATATACGGATATCTTAAGCAGGGAGGTGTGTTGGAAGCT 2449
Query 2459 TTGAAAGGCTCTGATGAAGAAAATTATGCCGCAATAATTGAAGGATGGAACAAACTCATT 2518
|| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2450 TTTAAAGGTTCTGATGAAGAAAATTATGCAGCAATCATTGAAGGATGGAACAAACTCATT 2509
Query 2519 CAGTAACTGATGAATAAGTAGAAGAAAAGT-GGCAAATTGATATCCAGTGGTGTTCTCAG 2577
|||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||| ||| ||| | ||||||
Sbjct 2510 CAGTAACTGATGAATAAGAAGAAGAACAGTTGG-AAATTGAAATCTAGTAGCCATCTCAG 2568
Query 2578 TTTTGATGGTCTTGTTCACGCCCGGGATATGCGTCTTCTTCTTAGAGTAGGAACACGTTA 2637
||||||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 2569 TTTTGAT--TC------ACGCCGGGGATCTACGTCTTCTTCTTAGAGGAG---CACGTTA 2617
Query 2638 GGATGG-GT-----G--AA-TG---CATATGGTCCATTGCATCTTACAAGGAGGTTAGTG 2685
|||||| || | || || |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2618 GGATGGAGTTACTTGGTAAATGATGCATATGGTTCATTGCATCTTACAAGTAGGGTAGTG 2677
Query 2686 TGTTCTACTTGATTCTCCAGCCACATTCACTTAACAGCTTCGGCCTTCTTCAATTTTGGG 2745
|||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||
Sbjct 2678 TGTTCTACTTGATTCTCCAGCC-CATTCAGTTAACAGCTTTGGCCTGCTTCAATCTTAAT 2736
Query 2746 GAGAAA-GTTGTTGCTTTTAGCATCATAGGCTATATGGGTTTATGATTTACAAATCCACA 2804
|||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2737 GAGAAAAGTTGTTTCTTTTAGCATCAAAGGCTATATGGGTTTATGATTTACAAATCCACA 2796
Query 2805 TTACTGGTGCTCGTCAGGTTTATGATTGAGTGCCACAAGA-TCAAAGCCATATGATAGAT 2863
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||
Sbjct 2797 TTACTGGTACTCGTCAGGTTTAGGATTGAGTGCCACA-GAATCAAAGGCATATGATAGAT 2855
Query 2864 TCTGGATCAGAGCAGGCACTTCAGACAGCAGTCCTGAAAAGATTATACAGATTTAGACAC 2923
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2856 TCTGGATCAGAGCAGGTACTTCAGACAGCAGTCCTGAAAAGATTATACAGATTTAGACAC 2915
Query 2924 ACATCATGGACAGTCAATTAAAAGTTTACACATGGATATTCATGGGAGCTATGAGAGTGG 2983
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2916 ACATCATGGATAGTCAATTAAAAGTTTACACATGGATATTCATGGGAGCTATGAGAATGG 2975
Query 2984 ATCAATAGGTGGCTCTTCTATTTACAGGTCATATAAATAGATCTTAAGCGAGTTTTCATC 3043
||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||||
Sbjct 2976 ATCAATAGGAGGCTCCTCGGTTTACAGGTCACATAAATAGAGCTTAAGCGAATTCTCATC 3035
Query 3044 GGAGTAGTTTAGAACTAATTCATGCATGACACGTCGCTGGGGAAAATTTCCTCAGACGTG 3103
||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 3036 GGAGTAGTTTAGAACTAATTCATGCCTGACACATCGCTGGGGAGAATTTCCTCAGCCGTG 3095
Query 3104 CAGAATTTTT-GCCCCCGGAGATTAGTGGATTGATATGAAAGGTAACATTTTATTACGGT 3162
|||||||||| |||| |||||||| |||| |||| |||||||||||| |||| |||||
Sbjct 3096 CAGAATTTTTTGCCCAAGGAGATTAATGGACTGATTTGAAAGGTAACAGTTTACAACGGT 3155
Query 3163 TTCAACTAATTCGACAGCATTCACCGCCGAGTAAAGACTTTCGGTGGGATGAAT 3216
||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 3156 ATCAACTAATTCGACAACATTCACCTTAGAGTATAGACTTTCAGTGGGGTGAAT 3209
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161086053973
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5