BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg493117
Length=5640
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G17610.1 | Symbols: | tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) fa... 8922 0.0
> AT4G17610.1 | Symbols: | tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)
family protein | chr4:9805513-9814910 REVERSE LENGTH=5692
Length=5692
Score = 8922 bits (4831), Expect = 0.0
Identities = 5408/5677 (95%), Gaps = 77/5677 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATTCGTCTGTGATTACTTCATTGTCACTGAGCTTCAAGCAAGTTCCACCAGCAGCT 60
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGTTCGTCAGTGATTACTTCATTGTCACTGAGCTTCAAGCAAGTTCCACCAGCAGCT 60
Query 61 GTTCCCGCTTTTCTTGATTGTGTTTTAAGCTCCACAGGCGTATCTTCTTCAACCCTTTTC 120
|||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 61 ATTCCTGCTTTCCTTGACTGTGTTTTAAGCTCCACAGGCGTATCTCCTTCAACTCTTTTC 120
Query 121 GAATCTCTTATCGAGCAATTTCCTTTTCGTTTAGAGGACACGGTAAATGGGGACAAGAGA 180
|||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAATCTCTCATTGAGCAATTCCCTTTTCGTTTAGAGGATACGGTAAATGGGGACAAGAGA 180
Query 181 TTTGATTCTGATGATTGCAACCACATTGCTTCATTGGTGGCTGGGCTTTGTCATCTACTA 240
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTTGATTCTGATGATTGCAACCACATAGCTTCATTGGTGGCTGGGCTTTGTCATCTACTA 240
Query 241 AGGAATTTTGGCTTTGGTACTGCAGATAATCATAATGCGTTGCAGTTATTTGTGTGGAGA 300
| |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 241 AAGAATTTTGGCTTTGTTGCTGCGGATAATCATAATGCGTTGCAGCTATTTGTGTGGAGA 300
Query 301 GTGTTTATTCCACTCATGAAGATGGTTCGTGCATATGATTTGGATATGCTTAATAAGATT 360
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTGTTTATTCCATTGATGAAGATGGTTCGTGCATATGATTTGGATATGCTTAATAAGATT 360
Query 361 GTAGAATCGTTCTTTGATGTAGTGATTGAGACT-A-G---T-G-TA--TTGGGAGTGAGC 411
|||||||||||||||||||||||||| |||||| | | | | || ||||||||||||
Sbjct 361 GTAGAATCGTTCTTTGATGTAGTGATCGAGACTAATGTATTGGATATGTTGGGAGTGAGC 420
Query 412 TTGGTGCCATTTTTACTGAGATCAGTTGGTGTTTCAATGGGAATGCTTCAACACGAAGAA 471
||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 421 TTGGTGCCATTTTTACTAAGATCAGTTGGTTTTTCGATGGGAATGCGTCAACACGAAGAA 480
Query 472 TCAGATTTCATCAAATGGGGCGATCTGTTG-CTTCGTGATTCTTTGAATACGACAAATAT 530
||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| | | ||||
Sbjct 481 TCAGATTTCATCAAATGGGGCGACCT-CTGCCTCCGTGATTCTTTGAATACAATAGATAT 539
Query 531 GGATGAGAACTACATTGCAAATTTGTCTGAATCATTTCCAATTCCACTGTCGTGCCATCT 590
|||||| |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 540 GGATGAAAACTACATTGCACAGTTGTCTGGATCATTTCCAATTCCATTGTCGTGCCATCT 599
Query 591 TCTGAATTTGATTCTGAATGCTGCTTTTCAAAGTCGCCAAGCAGCTCCAG-AGATGGAAA 649
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||||||
Sbjct 600 TCTGAATTTGATTCTGAATGCTGCTTTTCAAAGTCACCAAGCAGCTCC-GAAGGTGGAAA 658
Query 650 GTTTTGCAGCTGGTATGCTTTGGGATTTGTGTAATATGACTGAGCGGCTTTTGTCTCAAA 709
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 659 GTTTTGCAGCTGGTATGCTTTGGGATTTGTGTAATACGACTGAGCGGCTTTTGTCACAAA 718
Query 710 GTTTAAAACATCGTTCTTGTGCTGTTAGTTTCCTCCTCCCTGCTATTTTCAAGGCATTCT 769
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 GTGTAGAACATCGTTCTTGTGCTGTTAGTTTCCTCCTCCCTGCTATTTTCAAGGCATTCT 778
Query 770 CTTCTCAGTCCTCCTTGAAGATCTTACACCAAGAAAATATGTACATACTTTCAAGGAATG 829
|||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 779 CTTCTCAGTCATCCTTGAAGATCTCACACCAAGGAAATCTGTTCATACTTTCAAGGAATG 838
Query 830 GCTTCaaaaaaaGAATTTGGGAATGCTGCAAGAAGCTGTTCTCGGTTGGATCAATAGAGA 889
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 GCTTCATAAAAAGAATTTGGGAATGCTGCAAGAAGCTGTTCTCGGTTGGATCAATAGAGA 898
Query 890 GAAGGGATGCTTACAGTGTCCTCTCTTTGTGTCTTTCTTCTGGCTCTTGGACAGACGAAA 949
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 899 GAAGGGATGCTTACAGTGTTCTGTCTTTGTGTCTTTCTTCTGGCTCTTGGACTGACGGAA 958
Query 950 CTGAAAGTTTTGTTTCAGAAAAAGAAGCTG-TCGAATTTGACTTGAGATCCGAACAAGAG 1008
||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 959 CTGAAAGTTTTGTTTCAGAAAAAGACGCTGTTC-AATTTGACTTGAGGTCTGAACAAGAG 1017
Query 1009 TTTTGGGATGAAATCAAGATAGGCTTGGTTGTTGATGAGAGCTTAGTAAGGAAGCAGTCA 1068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TTTTGGGATGAAATCAAGATAGGCTTGGTTGTTGATGAGAGCTTAGTAAGGAAGCAGTCA 1077
Query 1069 TTGCATATACTAAAATCAGTTTTATCCATAAGTGAAGTGAGTAAGACCAGTTCTGAGAAG 1128
||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1078 TTGCATATACTTAAATCAGTTTTATCCATTATTGAAGTGAGTGAGACCATTTCTGAGAAG 1137
Query 1129 AAGCCTGAAGGGAATTCAGGTAATCGGTCTATGACAAGAAAGGATACATGGGCAGAAAAG 1188
||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1138 AAGCCCGAAGGGAATTCAGTTAATCGGTCTATGACAAGAAAGGAGACGTGGGCAGAAAAG 1197
Query 1189 GAAGCCAAGTCGCTTGGTGTCGGAGAATTGTATGGCTCTGTCGACTCTGGGTTGACTAGT 1248
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 GAAGCCAAGTCGCTTGGCGTCGGAGAATTGTATGGCTCTGTCGACTCTGGGTTGACTAGT 1257
Query 1249 CAGCAAGGG-TGGCAAGCTTTTCTGCTCTTGTATGAGATGCTTGAAGAGTACGGCACCCA 1307
|||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1258 CAGC-AGGGATGGCAAGCTTTTCTGCTCTTGTATGAGATGCTTGAGGAGTACGGCACTCA 1316
Query 1308 TCTTGTAGAAGCAGCATGGAGTAACCAGATTGATTTATTAATCAAGTCATCTCTCAGATA 1367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 TCTTGTAGAAGCAGCATGGAGTAACCAGATTGATTTATTAATCAAGTCATCTCTCAGATA 1376
Query 1368 TGATGGAACCTTGAAATCCGACTGTAATAACTCTCATCATGGTCACATGGAAACTCCAGA 1427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 TGATGGAACCTTGAAATCCGACTGTAATAACTCTCATCATGGTCACATGGAAACTCCAGA 1436
Query 1428 TGAAGAAGCTAAAATATTTAATTGGTTAGAGGTTCTTTGGAATCGAGGCTTTCGTCATGA 1487
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TGAAGAAGCTAAAATTTTTAATTGGTTAGAGGTTCTTTGGAATCGAGGCTTTCGTCATGA 1496
Query 1488 TAACCCTCTAGTCAGGTGCACGGTCATGGAGTCTTTTTTCGGTATCGAGTGGAGGAGATA 1547
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1497 TAACCCTCTAGTCAGGTGCACGGTCATGGAGTCATTTTTCGGTATCGAGTGGAGAAGATA 1556
Query 1548 CAAAACATGTACACAATCAATGTCCCAAACTTTCGTTCTTGGGCCTTTCATAGAGGGTTT 1607
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1557 CAAAACATGTACACAATCAATGTCCCAAACTTTCGTTCTTGGTCCTTTCATAGAGGGTTT 1616
Query 1608 GAATGATCCTACACACCACAAGGATTTTGGGCTGAAAGGAATATATACCTCAAGAACAAT 1667
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1617 GAATGATCCTACACACCACAAGGATTTTGGGCTGAAAGGAATCTATACATCAAGAACAAT 1676
Query 1668 TGAAGGTGCAGCTCAATATGTGTGTGCGTACACAAGTTGCCTCAACCCAAGGAATCGGGT 1727
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 TGAAGGTGCAGCTCAATATGTGAGTGCGTACACAAGTTGCCTCAACCCAAGGAATCGGGT 1736
Query 1728 TGGATTTTTGATCAACCTGGCATCTCTTGCGAAGAAACAGTCTTTTTGTAGAGCTGGATT 1787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 TGGATTTTTGATCAACCTGGCATCTCTTGCGAAGAAACAGTCTTTTTGTAGAGCTGGATT 1796
Query 1788 TATGGCTCTCGTACAATGCATTGTTTCTACGGCATATGTGGTTGGAGGATACGGGGACAA 1847
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TATGGCTCTCGTACAATGTATTGTTTCTACGGCATATGTAGTTGGAGGATACGGGGACAA 1856
Query 1848 GGAAATGGGGCACCTTGAAGATAAATTTTCTGGGACTGCCCATGAACCTTCTTGTGAACA 1907
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| |||
Sbjct 1857 GGAAATGGGGCACCTCGAAGATAAATTCTCTGGGACTGCCCAGGAATCTTCTTGTGGACA 1916
Query 1908 TTTAAGTCAAGATGATATGACACATATACTGGATGTCTTGAAGTTTGTTGCAGAGAGCAG 1967
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 TTTAAGTCAAGATGATATGACACATATACTGGATGTCTTGAAGTTTGTTGCAGAGAGCAG 1976
Query 1968 CAGACAGCATTTTAATCATAAATACCAGTTAATTATACGTATGTGGAATTACAATTTTGT 2027
|||||||||||||||||||||||||| || | || || | | | ||
Sbjct 1977 CAGACAGCATTTTAATCATAAATACC-GT-A-TT---CG-A-G--------C--TT---- 2014
Query 2028 GGCTTCCCTCATGATATTAAACACACTAAAAGTCCTTCTTTCGATTGttttttttttttt 2087
| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 2015 --C--CC-TCACGATATTAAACACACTAAAATTCCTTCTTTTGATTGTTCTTTT------ 2063
Query 2088 CCATTTTCTAGTTTATCAAAAAGTGTTAGAAACTGCTGCTTCTGTGGTGAACCCTTGTAA 2147
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2064 CCATTTTCTAGTTTATCAAAAAGTGTTAGAAACTGCTGCTTCTGTGGTGAACCCTTGTAA 2123
Query 2148 TGTACCTCTTGGAACACTATTGCAGTTTGTTTCAGCAATTCCTCGGGAGTTTACTGACCA 2207
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2124 TGTTCCTCTTGGAACACTATTGCAGTTTGTTTCAGCAATTCCTCGGGAGTTTACTGACCA 2183
Query 2208 TGATGGTTCATTGCGCAAAATGATGTTAGAATGGCTCCAGGGGTGCAACAGAAAGATTTC 2267
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2184 TGATGGTTTATTGCGCAAAATGATGTTAGAATGGCTCCAGGGGTGCAACAGAAAGACTTC 2243
Query 2268 CAACAGTTTATGTACTGATGGCACTCGTCTTCTGGCGAGCCTTTATGAGTATCTGAAAGG 2327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2244 CAACAGTTTATGTACTGATGGCACTCGTCTTCTGGCGAGCCTTTATGAGTATCTGAAAGG 2303
Query 2328 ATTTATCAGTGATAATGTTGAGAGTTTTGATGATGAAGACTTGGAGGCATGGGATTCTCA 2387
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2304 ATTTACCAGTGATAATGTTGAGAGTTTTGATGATGAAGACTTGGAGGCATGGGATTCCCA 2363
Query 2388 AACAAAACGATGGGCAAGAGTATTTTTCCTCATAATTAATAAAGAAGAATATCTCACCGA 2447
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2364 AACAAAACGATGGGCAAGAGTATTTTTCCTCATGATTAATAAAGAAGAGCATCTCACCGA 2423
Query 2448 TATCATAATGTTTGTGCAAAATAGCGGCCTGAGTTTTTTCCAAGAGAAGAACCATTTAGA 2507
||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2424 TATCATAATGTTTGTGCAAAATAACGGCCTTAGTTTTTTCCAAGAGAAGAACCATTTAAA 2483
Query 2508 ACGAACACCTGCCAAGTTTTTAATCTTTATTCTGAGTATGCTTTTAGAGCTCCAGAACAT 2567
|||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2484 ACGAGCACCTGCGAAGTTTTTAATCTTTATTCTGAGTATGCTTTTAGAGCTCCAGAACAT 2543
Query 2568 GCAAGATGGAATTTCTGAGCTTAGTTCTTCGGTGAAAAGAAAGTC-GTGCATTGGCTCTA 2626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||
Sbjct 2544 GCAAGATGGAATTTCTGAGCTTAGTTCTTCGGTGAAAAGCAAGTCAG-GCATTGGCTCTG 2602
Query 2627 ATGAGGAAACTGGCAAGCAGATTGTTGGCAATGCTTCCAATATTAAGAAAAAGTTTGCTG 2686
||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2603 ATGAGCAAACTGGCAAGCAGATTGTTGTCGATGCTTCCAGTATTAAGAAAAAGTTTGCTG 2662
Query 2687 TTGTTCTCTTATCAATACTGAAGGAGCTGATTCAATTTGCTGATTCATCTTGTTCAATAT 2746
| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2663 TAGTTCTCTTATCAATACTGAAGGAGCTGATTCCATTTGCTGATTCATCTTGTTCAATAT 2722
Query 2747 TCTGGTCTCACACTACTGTGGAGAATGGTGCTCTGCCTGGTTCTGTCATAGGAAAACTAG 2806
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2723 TCTGGTCTCATACTACTGTGGAGAATGGTGCTCTGCCTGGTTCTGTCATAGGAAAACTAG 2782
Query 2807 GGGGTCCAAGTCAACGCCGGCTATCTATTCCTACTACAACAGCTGTACTGGAAGCTGTAT 2866
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2783 GGGGTCCAAGTCAACGCCGGCTATCTGTTCCTACTACAACAGCTGTACTGGAAGCTGTAT 2842
Query 2867 TGTCGGTGAAAACCATTGGGTTGATCTCGTCATACTGTGCTCAATTCACTAGTGGTGTTG 2926
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2843 TGTCGGTGAAAACTATTGGGTTGATCTCGTCATACTGTGCTCAATTCACTAGTGGTGTTG 2902
Query 2927 GTGAACTCAAATTAGCATTGGGTTTCTTTTGGAAGTTCACCCAGCATACCATATCACCTC 2986
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 2903 GTGAACTCAAATTGGCATTGGCTTTCTTTTGGAAGTTCACCCAGCATACTATATCATCTC 2962
Query 2987 AAATTTGTAATTCTGAGGCTGCAGCTGAGATCTATCTTGCAGCATTTGAGGCGCTAGCTG 3046
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2963 AAATTTGTAATTCTGAGGCCGCAGCTGAGATCTATCTTGCAGCATTTGAGGCGCTAGCTT 3022
Query 3047 CAGTACTGAATGCATTTGTGTCCTTGTGCTCAGCTGGAGCTTTCAACCTTTTAGAAAACG 3106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3023 CAGTACTGAATGCATTTGTGTCCTTGTGCTCAGCTGGAGCTTTCAACCTTTTAGAAAACG 3082
Query 3107 ATAATACATTGTTAACCATGGTAGATGGTGAATTTTGGTTACAAGTTTCGGTTCCGGCTT 3166
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3083 ATAGTACATTGTTATCCATGGTAGATGGTGAATTTTGGTTACAAGTTTCGGTTCCGGCTT 3142
Query 3167 TCCTTCATAACATTAACCATCTTCTCACAGCAGGAGTTCTGGTAAGAAGTAGAAGGGCAG 3226
|| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3143 TCGTCCGTAACATTAACCATCTTCTCACAGCAGGAGTTCTGGTAAGAAGTAGAAGGGCAG 3202
Query 3227 TTCTGCTAAGCTGGAAGTGGCTTTGTGTGGAGTCTCTATTATCAGTCATGCATATTCTTG 3286
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3203 TTCTGCTAAGCTGGAAGTGGCTTTGTGTGGAGTCTCTGTTATCAGTCATGCATATTCTTG 3262
Query 3287 ATGCCAGACGTACTCCAGGGGATAGAAAGTCGTTCTTCTCAGATGATACAGTTAAAAGCA 3346
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3263 ATGCCAGACGTATTCCAGAGGATAGAAAGTCGTTCTTTTCAGATGATACAGTTAAAAGCA 3322
Query 3347 TTTTTCAAGATATTGTAGAGAGCCTTGAAAATGCTGGGGAGGGTTCTGCTTTGCCTATGC 3406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3323 TTTTTCAAGATATTGTAGAGAGCCTTGAAAATGCTGGGGAGGGTTCTGCTTTGCCTATGC 3382
Query 3407 TGAAATCTGTCAGACTCGCTTTGGGGATACTTGCGTCTGGGAATTCATCTTTGGATGGTT 3466
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3383 TGAAATCTGTCAGACTCGCTTTGGGGATACTTGCGTCTGGGAAATCATCTTTGGATGGTT 3442
Query 3467 TCTCGAGTGTGGATACTCAGACGATGTGGCAGTTGGTCAAATCATGTTGGATATTGCATA 3526
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3443 TCTCGGGTGTGGATACTCAGACGATGTGGCAGTTGGTCAAATCATGTTGGATATTGCATA 3502
Query 3527 TCAGCTGCAAGAAAAGAAGGGTTGCACCCATTGCTGCGCTTTTGTCTTCTGTGTTGCATT 3586
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3503 TCAGCTGTAAGAAAAGAAGGGTTGCACCCATTGCTGCGCTTTTGTCTTCTGTGTTGCATT 3562
Query 3587 CTTCTTTGTTTAGTAATAAAGACATGCACATAGCTGAAGATG-GACAAGGTCCACTGAAG 3645
|||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | || ||||| ||||||
Sbjct 3563 CTTCTTTGTTTAGTAATAAAGATATGCACATAACTGAAGATGAG-CATGGTCCGCTGAAG 3621
Query 3646 TGGTTTGTTGAAAAAGTACTTGAGGAAGGTCAAAAAAGTCCACGCACAATTCGCCTTGCG 3705
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3622 TGGTTCGTTGAAAAAGTACTTGAGGAAGGTCAGAAAAGTCCACGCACAATTCGCCTTGCA 3681
Query 3706 GCCTTGCACCTATCAGGACTCTGGCTCATGTACCCAAGGACGATAAAGTACTATATTAGA 3765
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 3682 GCGTTGCACCTATCAGGACTCTGGCTCATGTACCCAAGGACGATAAAGTACTACATTAAA 3741
Query 3766 GAATTGAGGCTTCTGACGCTCTATGGTTCTGTTGCATTTGATGAAGATTTTGAGGCTGAA 3825
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3742 GAATTGAGGCTTCTGACTCTCTATGGTTCTGTTGCATTTGATGAAGATTTTGAAGCTGAA 3801
Query 3826 TTGTCTGACAATACTGATGC-ACGAACTGAAGTATCATTATTGGCCAAAAGCCCAGACCC 3884
||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3802 TTGTCTGACAATAATGATGCCA-GAACTGAAGTATCATTATTGGCCAAAAGCCCAGACCC 3860
Query 3885 TGAACTGACAGAACTTTTTATCAACACGGAGTTGTATGCACGTGTCTCTGTCGCTGGTCT 3944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3861 TGAACTGACAGAACTTTTTATCAACACGGAGTTGTATGCACGTGTCTCTGTCGCTGGTCT 3920
Query 3945 GTTTCAGAAGCTGGCTAATTTGGCCTATATGGTTGAACCAGCAAGTCAAAATCAAGGTTG 4004
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3921 GTTTCAGAAGCTGGCTAATTTGGCCTATATGGTTGAACCAGCAAGTCAAAATCAAGATTG 3980
Query 4005 TCAGGATGCTCTTGTGGCTGGAAAATTGTTTCTGTTGGAGCTTCTTGATGCAGCGGTGCA 4064
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3981 TCAGGATGCTCTTGTGGCTGGAAAATTGTTTCTATTGGAGCTTCTTGATGCAGCGGTGCA 4040
Query 4065 TGATAAAGACTTGGCAAAGGAGCTTTACAAGAAGTATAGTGCTATCCATAGACGGAAAAT 4124
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4041 TGATAAAGACTTGGCAAAGGAGCTTTACAAGAAGTACAGTGCTATCCATAGACGGAAAAT 4100
Query 4125 ACGTGCTTGGCAGATGATATGCATTATGTCGCGGTTTGTCAGCAATGACATTGTTGGCCA 4184
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4101 ACGTGCTTGGCAGATGATATGCATTATGTCGCGATTTGTCTGCAATGACATTGTTGGCCA 4160
Query 4185 AGTTATGGACAGTGTGCACATATGCTTACATGTAAGTTTACAAGAACAGACTGAAAGAAA 4244
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4161 AGTAATGGACAGTGTGCACATATGCTTACATGTAAGTTTACAAGAACAGACTGAAAGAAA 4220
Query 4245 TAACCTGCCTGCTGTTCGACAATACCTGGAAACATTTGCCATCAACATTTACCTGAAATT 4304
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4221 CAACCTGCCTGCTGTTCGACAATACCTGGAAACATTTGCCATCAACATTTACCTGAAATT 4280
Query 4305 TCCAGCATTGGTGAAAGAGCAGTTAGTTCCTATACTAAAAAATTATGACAGTAAAGCTCA 4364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4281 TCCAGCATTGGTGAAAGAGCAGTTAGTTCCTATACTAAAAAATTATGACAGTAAAGCTCA 4340
Query 4365 GATG--TT--CTC-----T----TCA--G------CCAATGTCATCCTCCATGCCGAAAA 4403
| | || | | | | | | ||||||| |||||||| || |||||
Sbjct 4341 GGTAAATTTACGCAAAACTAAGATGATTGTATTTGCCAATGTTATCCTCCACGCAGAAAA 4400
Query 4404 GATAGCTCAACAGACACATCTGAGAGAACTTCTTCCACCAATAATACCGTTACTAACTTC 4463
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4401 GATAGCTCAACAGACACATCTAAGAGAACTTCTTCCACCAATACTACCGTTACTAACTTC 4460
Query 4464 TCATCATCATAGCTTACGTGGTTTCGCTCAGTTATTAGTGCATCGAGTACTCTTTAGACT 4523
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4461 TCATCATCATAGCTTACGTGGTTTCGCGCAGTTATTAGTGCATCGAGTACTCTTTAGACT 4520
Query 4524 GTTTCCCCCTGTGGAGTCCACATCCTCTCATACAATATCCCTGGAGAAACTTTCTTTTGA 4583
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4521 GTTTCCCCCTGTAGAGTCTACATCCTCTCATACAATATCCCTGGAGAAACTTTCTTTTGA 4580
Query 4584 GAATTTGAAGTCTTACCTGGACAAGAATCCTGATTGTTCAAGATTGCGAGCATCCATGGA 4643
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4581 GAATTTGAAGTCTTACCTGGACAAGAATCCTGATTGTTCAAGATTGCGAGCATCAATGGA 4640
Query 4644 AGGATTTCTTGATGCCTATGATCCCAGCACATCTGCTACTCCAGCTGGTGTTTTCGTAAA 4703
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||
Sbjct 4641 AGGATTTCTTGATGCATATGATCCCAGCACATCTGCTACTCCAGCCGGTGTTTTTGTCAA 4700
Query 4704 TCGTGTTGAGGAAAGTGAGTTTGAATGTGTTCCAACATGCCTCATGGATAACGTGCTCTC 4763
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4701 TCGTGTTGAGGAAAGTGAGTTTGAATGTGTTCCAACATGCCTCATGGATAACGTGCTCTC 4760
Query 4764 TTTTCTGAATGATGTAAGGGAAGATCTCCGTGCTTCCATGGCAAACGATGTAGTTACCAT 4823
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4761 TTTTCTGAATGATGTAAGGGAAGATCTCCGTGCCTCCATGGCAAAGGATGTAGTTACCAT 4820
Query 4824 AAAAAATGAAGGCTTCAAGATTGATGAAGGGCCCAACCATCGGTTGATCATATCAACGAC 4883
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| || |||||
Sbjct 4821 AAAAAATGAAGGCTTCAAGATTGATGAAGAGCCCAAGCGTCGGTTGATCATGTCCACGAC 4880
Query 4884 AGATGAAGAAAGGATTTCTGAGCCATCTTCGTTGGATTTCCAGAGGAAGATCACTCTTTC 4943
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4881 AGATGAAGAAAGGCTTTCTGAGCCATCTTCGTTGGATTTCCAGAGGAAGATCACTCTTTC 4940
Query 4944 CAAACATGAGAAGCAAGATGCTAGTTCAACTTCTGTGCTCCGAAACGGGGAAACTTACAA 5003
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4941 CAAACATGAGAAGCAAGATGCTAGTTCAACTTCTGTGCTCCGAAACGGGGAAACTTACAA 5000
Query 5004 GCGGCTCTTTGAAATGGAAAAAGAAGATGAGCTCGTGACTCAGCTCTTACGATCTAGAAG 5063
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5001 GCGGCTCTTTGAAATGGAAAAAGAAGATGAGCTCGTGACTCAGCTCTTACGATCTAGAAG 5060
Query 5064 CATGGAGGTCGAAAGGTTGAAATCTGGTCGACAGAGTTTGATCCTTGTGGCTTCATTGGT 5123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5061 CATGGAGGTCGAAAGGTTGAAATCTGGTCGACAGAGTTTGATCCTTGTGGCTTCATTGGT 5120
Query 5124 TGATCGTATTCCTAATCTTGCTGGATTAGCCCGGACATGTGAGGTGTTTAAAGCATCAAG 5183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5121 TGATCGTATTCCTAATCTTGCTGGATTAGCCCGGACATGTGAGGTGTTTAAAGCATCAAG 5180
Query 5184 TCTTGCTGTTGCAGATGCAAACATAATACACGACAAACAGTTCCAACTAATTAGTGTGAC 5243
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5181 TCTTGCTGTTGCAGATGCAAGCATAATACACGACAAACAGTTCCAACTAATTAGTGTGAC 5240
Query 5244 TGCTGAGAAATGGGTTCCAATCATGGAAGTCCCAGTGAACAGTTTGAAACTGTTCTTGGA 5303
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 5241 TGCTGAGAAATGGGTTCCAATCATGGAAGTCCCCGTAAACAGTTTGAAACTGTTCTTGGA 5300
Query 5304 GAAGAAGAAACGGGAAGGCTTCTCAATCTTGGGACTGGAACAGACGGCGAATAGCGTTTC 5363
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5301 GAAGAAGAAACGGGAAGGGTTCTCAATCTTGGGACTGGAACAGACAGCGAATAGCGTTTC 5360
Query 5364 ACTTGACAAATACCAATTCCCAAAGAAGACGGTTTTGGTGCTGGGTCGTGAAAAGGAAGG 5423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5361 ACTTGACAAATACCAATTCCCAAAGAAGACGGTTTTGGTGCTGGGTCGTGAAAAGGAAGG 5420
Query 5424 CATCCCAGTGGATATAATCCATATACTGGACGCTTGTATCGAGATCCCACAACTTGGAGT 5483
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5421 CATCCCAGTGGATATAATCCATATATTGGATGCTTGTATCGAGATCCCACAACTTGGAGT 5480
Query 5484 TGTTAGGTCCCTCAATGTTCATGTCAGCGGCGCCATTGCCCTCTGGGAATACACTCGGCA 5543
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5481 TGTTAGGTCCCTCAATGTTCATGTCAGTGGTGCCATTGCCCTTTGGGAATACACTCGGCA 5540
Query 5544 GCAACGCATTCAATAGTCCCAAAATTTATCTGCTTGTGAGTACTTGAAGGAGCTTTTGAA 5603
|||||||||| ||| | ||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 5541 GCAACGCATTTGATAATTCCAAAATTTATATGTTTGTGAGTACTTGAAGAAGCTTTAGAA 5600
Query 5604 TCAAGTATGCCTGAGTAAACATCTTCAAATCTCCTTA 5640
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 5601 TCAAGTATGCCTGAGAAAACATCTTCAAATCTCGTTA 5637
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 281587051059
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5