BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg493139
Length=2427
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G17380.1 | Symbols: MSH4, ATMSH4 | MUTS-like protein 4 | chr... 4067 0.0
> AT4G17380.1 | Symbols: MSH4, ATMSH4 | MUTS-like protein 4 | chr4:9708684-9714135
FORWARD LENGTH=2504
Length=2504
Score = 4067 bits (2202), Expect = 0.0
Identities = 2352/2427 (97%), Gaps = 0/2427 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGTACCTTTCGCTCAATTTTCAAATTCTGATCTGTGGAGCGAAAATGGAAGACGACGGGG 60
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 15 TGTACCTTTCACTCAATTTTCAAATTCTGATCTGTGGAGCGAAAATGGAAGACGACGGAG 74
Query 61 GAGAGAGATCGAGTTTCGTCGCCGGCCTAATTGAGAACAGAGCCAAAGAGGTCGGAATGG 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 75 GAGAGAGATCGAGTTTCGTCGCCGGCCTAATTGAGAACAGAGCCAAAGAGGTTGGAATGG 134
Query 121 CTGCTTTTGACCTAAGATCGGCTTCACTGCATCTATCTCAGTATATAGAGACAAGTAGCT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 135 CTGCTTTTGACCTAAGATCGGCTTCACTGCATCTATCTCAGTATATAGAGACAAGCAGCT 194
Query 181 CATACCAAAACACGAAGACGCTGTTGCGTTTCTATGATCCGTCTGTGATAATTGTTCCTC 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 195 CATACCAAAACACGAAGACGCTGTTGCGTTTCTATGATCCTTCTGTGATAATTGTTCCTC 254
Query 241 CCAACAAATTGGCAGCCGATGGCATGGTTGGGGTATCAGAACTGGTGGATAGATGTTATA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 255 CCAACAAATTGGCAGCCGATGGCATGGTTGGGGTATCGGAACTGGTGGATAGATGTTATA 314
Query 301 GCACCGTTAGGAAGGTTGTGTTTGCCCGTGGTTGTTTCGATGACACTAAGGGTGCTGTGC 360
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 315 GCACCGTTAGGAAGGTTGTGTTTGCCCGTGGCTGTTTTGATGACACCAAGGGTGCTGTGC 374
Query 361 TAATACAAAACTTGGCTGCAGAAGAACCTTTGGCGCTTGGTTTAGACACTTACTATAAGC 420
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 375 TAATACAAAACTTGGCAGCAGAAGAACCTTTGGCGCTTGGTTTAGACACTTACTATAAGC 434
Query 421 AACATTATCTCTCATTGGCTGCTGCTGCGGCTACAATCAAATGGATAGAGGCGGAAAAGG 480
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 435 AGCATTATCTCTCATTGGCTGCTGCTGCTGCTACAATCAAATGGATAGAGGCGGAAAAGG 494
Query 481 GTGTGATAGTCACCAACCACTCACTGACTATAACTTTTAATGGATCGTTTGATCACATGA 540
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 495 GTGTGATAGTCACCAACCACTCACTGACTGTAACTTTTAATGGATCGTTTGATCACATGA 554
Query 541 ATATCGATGCAACTAGTGTTGAGAATCTGGAAATCATTGATCCATTCCACAACGCACTTT 600
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 555 ATATCGATGCAACTAGTGTTGAGAATCTGGAACTCATTGATCCATTCCACAACGCACTTT 614
Query 601 TGGGCACTAGCAACAAAAAGAGGAGTTTGTTCCAGATGTTCAAGACAACAAAAACAGTTG 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 615 TGGGCACTAGCAACAAAAAGAGGAGTTTGTTCCAGATGTTCAAGACAACAAAAACAGCTG 674
Query 661 GCGGGACTAGGCTTCTTCGTGCAAATTTGTTGCAGCCTCTGAAAGATATTGAAACCATTA 720
||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 675 GCGGGACTAGGCTTCTTCGCGCAAACTTGTTACAGCCTCTGAAAGATATTGAAACTATTA 734
Query 721 ACACTCGCCTGGACTGCCTGGATGAGTTGATGAGCAATGAACAACTATTCTTTGGGCTTT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 ACACTCGCCTGGACTGCCTGGATGAGTTGATGAGCAATGAACAACTATTCTTTGGGCTTT 794
Query 781 CACAGGTTTTACGTAAATTTCCACAAGAGACTGATCGAGTTCTTTGTCATTTCTGCTTCA 840
|||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 795 CACAAGTTTTACGAAAATTTCCAAAAGAGACTGATCGAGTTCTTTGTCATTTCTGCTTCA 854
Query 841 AGCCAAAGAAAGTCACAGAAGCGGTCATAGGTTTTGAAAATACCAGAAGGAGCCAAAACA 900
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 855 AGCCAAAGAAAGTCACTGAAGCGGTCATAGGTTTTGAAAATACCAGAAAGAGCCAAAACA 914
Query 901 TGATTTCAAGCATTATCTTACTTAAGACTGCATTGGATGCTTTGCCTCTACTTGCAAAGG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 915 TGATTTCAAGCATTATCTTACTTAAGACTGCATTGGATGCTTTACCTATACTTGCAAAGG 974
Query 961 TTCTGAAGGACGCAAAGTGTTTTCTCCTTGCCAATGTTTACAAGTCTGTGTGTGAAAATG 1020
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 975 TTCTGAAGGACGCAAAGTGTTTTCTTCTTGCCAATGTTTACAAGTCAGTGTGTGAAAATG 1034
Query 1021 ATAGATATGCTTCTATCAGaaaaaaaaTCGGGGAAGTTATTGATGATGATGTCCTCCATG 1080
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 ATAGATATGCTTCCATCAGAAAAAAAATCGGGGAAGTTATTGATGATGATGTCCTCCATG 1094
Query 1081 CACGGGTTCCGTTTGTTGCCCGCACACAGCAGTGTTTTGCTTTAAAAGCTGGAATTGATG 1140
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1095 CACGGGTTCCGTTTGTTGCCCGTACACAGCAGTGTTTTGCTTTAAAAGCCGGAATTGATG 1154
Query 1141 GATTTTTGGATATTGCAAGAAGAACCTTCTGTGATACTAGTGAAGCAATACATAATCTGG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 GATTTTTGGATATTGCAAGAAGAACCTTCTGTGATACTAGTGAAGCAATACATAATCTGG 1214
Query 1201 CGAGTAAGTATCGTGAGGAATTCAACTTGCCAAATCTGAAACTCCCTTTCAACAACAGGC 1260
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1215 CCAGTAAGTATCGTGAGGAATTCAACTTGCCAAATTTGAAACTCCCTTTCAACAACAGGC 1274
Query 1261 AGGGCTTCTTTTTCAGAATTCCTCAGAAGGAAGTTCAGGGAAAACTTCCAAACAAATTCA 1320
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1275 AGGGATTCTTTTTCAGAATTCCTCAGAAGGAAGTTCAGGGAAAACTTCCGAACAAATTCA 1334
Query 1321 CTCAGGTTGTAAAACATGGGAAAAACATTCATTGTTCTAGTCTGGAACTAGCTTCTTTGA 1380
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1335 CTCAGGTTGTAAAACATGGGAAAAACATACATTGTTCGAGTCTGGAACTGGCTTCTTTGA 1394
Query 1381 ATGTCAGGAATAAGTCTGCTGCTGGAGAGTGTTTCATTCGAACGGAAACATGCTTGGAAG 1440
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 ATGTCAGGAATAAGTCTGCCGCTGGAGAGTGTTTCATTCGAACGGAAACATGCTTGGAAG 1454
Query 1441 CACTAATGGATGCTATAAGGGAAGATATTTCTGCCCTCACACTCCTAGCAGAAGTCTTAT 1500
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1455 CACTAATGGATGCTATAAGGGAAGATATCTCTGCCCTCACACTCCTAGCAGAAGTCTTAT 1514
Query 1501 GTCTCCTAGATATGATTGTTAATTCATTTGCTCATACAATATCCACAAAGCCAGTGGATC 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1515 GTCTCCTAGATATGATTGTTAATTCATTTGCTCATACAATATCCACAAAGCCAGTGGATC 1574
Query 1561 GATACTCTAGACCAGAACTAACAGATAGTGGCCCACTGGCAATTGACGCTGGAAGGCATC 1620
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1575 GATACTCTAGACCTGAACTAACAGATAGTGGCCCACTGGCAATTGATGCTGGAAGGCATC 1634
Query 1621 CCCTCCTAGAAAGCATACACAACGACTTTGTTTCTAATAGTATCTTCATGTCAGAAGCAA 1680
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1635 CCATCCTAGAAAGCATACACAACGACTTTGTTTCTAATAGTATATTCATGTCAGAAGCAA 1694
Query 1681 CCAACATGTTGGTAGTTATGGGTCCAAACATGAGCGGAAAGAGCACATATCTCCAACAGG 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1695 CCAACATGTTGGTAGTTATGGGTCCAAACATGAGCGGAAAGAGCACATATCTCCAACAGG 1754
Query 1741 TGTGTCTAGTAGTCATTCTTGCTCAGATTGGCTGCTATGTTCCAGCTCGCTTTGCAACTA 1800
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1755 TGTGTCTAGTAGTCATTCTTGCTCAGATTGGTTGCTATGTCCCAGCTCGCTTTGCAACTA 1814
Query 1801 TAAGGGTGGTTGACCGCATATTTACAAGAATGGGGACCATGGATAACCTTGAGTCAAATT 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1815 TAAGGGTGGTTGACCGCATATTTACAAGAATGGGGACAATGGATAACCTTGAGTCGAATT 1874
Query 1861 CAAGCACGTTTATGACGGAGATGAGAGAGACCGCTTTCATAATGCAGAATGTCACCAACA 1920
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1875 CCAGCACGTTTATGACGGAGATGAGAGAGACCGCTTTCATAATGCAGAATGTCACCAATA 1934
Query 1921 GGAGTTTGATAGTCATGGATGAACTCGGGAGGGCGACTTCTTCCTCAGACGGGTTAGCAA 1980
||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1935 GGAGTCTGATAGTCATGGATGAACTCGGGAGGGCTACTTCTTCCTCAGACGGGTTAGCAA 1994
Query 1981 TGGCATGGAGCTGCTGCGAGTATCTTTTATCACTCAAAGCGTACACAGTATTTGCAACCC 2040
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995 TGGCATGGAGCTGCTGCGAGTATCTCTTATCACTCAAAGCGTACACAGTATTTGCAACCC 2054
Query 2041 ATATGGACAGTCTCGCTGAGTTAGCAACCATCTACCCAAATGTCAAGGTTCTTCACTTTT 2100
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2055 ATATGGACAGTCTCGCAGAGTTAGCAACCATCTACCCAAATGTCAAGGTTCTTCATTTTT 2114
Query 2101 ATGTAGACATCAGAGACAACCGCTTAGACTTCAAGTTTCAACTGCGAGATGGAACATTAC 2160
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2115 ATGTAGACATCAGAGATAACCGCTTAGACTTCAAGTTTCAACTGCGAGATGGAACCCTAC 2174
Query 2161 ATGTTCCACACTATGGCCTTCTATTAGCCGAAGTGGCGGGTCTGCCTACTACAGTGATTG 2220
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 2175 ATGTTCCACATTATGGCCTTCTATTAGCTGAAGTGGCGGGTCTGCCTAGTACAGTGATCG 2234
Query 2221 ATACAGCTAGGACCATAACCACATGGATCACAGACAAGGAAAATAAAAGAATAGAGCTAA 2280
|||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2235 ATACAGCTAGGATCATAACCAAAAGGATCACAGACAAAGAAAATAAAAGAATAGAGCTAA 2294
Query 2281 ATTGTGGTAAGCACCACGAAATACATAGGATCTACCGAGTCGCTCAAAGGTTGATATGCT 2340
||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2295 ATTGTGGGAAGCACCACGAAATACATCGGATCTACCGAGTTGCTCAAAGGTTGATATGCT 2354
Query 2341 TGAAATACTCTAGACAGACAGAAGACTCAATCCGTCAAGCTCTCCAAAATCTGAAGGACA 2400
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |
Sbjct 2355 TGAAATACTCTAGACAGACAGAAGACTCAATTCGTCAAGCACTCCAAAATCTGAATGAAA 2414
Query 2401 GCTTCATTGAAGAAAGGCTCTAAATAG 2427
|||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 2415 GCTTCACTGAAGAAAGACTCTAAATAG 2441
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120531508545
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5