BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg493254
Length=5373
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G16310.1 | Symbols: LDL3 | LSD1-like 3 | chr4:9218636-922526... 8770 0.0
> AT4G16310.1 | Symbols: LDL3 | LSD1-like 3 | chr4:9218636-9225264
FORWARD LENGTH=5387
Length=5387
Score = 8770 bits (4749), Expect = 0.0
Identities = 5175/5380 (96%), Gaps = 32/5380 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATGGTACGGGGAGGAAATCTGGTTCCAAGAGAGGATCTAAGGTTTTTCAGTTTGAC 60
|||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATGGTAAGGAGAAGAAATCTGGTTCCAAGAGAGGATCTAAGGTTTTTCAGTTTGAC 60
Query 61 GATGATGCTGATGATGATGAACCTATCGGATCTCTCTTAGAGATTATGAAGCATAAAAGT 120
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GATGATGCTGATGATGATGAACCTATTGGATCTCTCTTAGAGATTATGAAGCATAAAAGT 120
Query 121 TCCAAGAAGGATAAGGTTGAGACGGAAAGTACTGGTAAACAGAGGCAGAAACAGGTTGTG 180
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCCAAGAAGGATAAGGTTGAGACAGAAAGTACTGGTAAACAGAGGCAGAAACAGGTTGTG 180
Query 181 GAAAAGAAGCTGAGTGCTTTGGACAAGGATTCTGAAGATATGGATGACACCTTAGCCAGT 240
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 181 GAAAAGAAGCTGAGTGCTTTGGGCAAGGATTCTGAAGATATGGATGACACATTAGCCAGT 240
Query 241 TTTAGGAAGAGATTGAAGGGCAACAAGAAAGGTGTTGGATCAGGAACCCCAAGAATTAGG 300
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||
Sbjct 241 TTTAGGAAGAGGTTGAAGGGTAACAAGAAAGGTGTTGAATCAGGAACCTCAAGAGTTAGG 300
Query 301 AACCACGAGGGTGTTCCTCCTATTGATACTGTAGCAAATTCTAATTTGAAACCAATTGAG 360
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AACCACGAGGGTG---------TTGATACTGTAACAAATTCTAATTTGAAACCAATTGAG 351
Query 361 GAAGGCAACACAAACAAGGTGCAGAGTGTATTACTTAGGGAAAATGGTGCTTCTAATTCT 420
|||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 352 GAAGCCAACAAAAACGAGGTGCAGAGTGTATTACTTAGGGAAAACGGTGCTTCTAATTCT 411
Query 421 ATTCAAAAGTGTGCTTCAGAAACTGGAACCCTCCTGCATAAGTTTTATGGTAAAGATGAG 480
|||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 412 ATTCAAAAATGTGCTTCAGAAACTGGAACCCTCTTGCATAAGTTTTCTGGTAAAGATAAG 471
Query 481 GCAGCCTCTCCCGGTCATAAAAAAGTAGAAACAGTCTCCAGGGAGAAGGAAGCAGATGTC 540
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 472 GCAGCCTCTCCCAGTCATGAAAAAGTAGAAACAGTATCCAGTGAGAAGGAAGCAGATGTC 531
Query 541 TTTCATCAAATTACAGAGGAGGAATCCAAGCGACCAATGTCGGAGAAGGCCCTGGAGCTA 600
||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 532 TTTCATCAAATTACAAAGGAGGAATCCGAGATACCAATGTCAGAGAAGGCTGTGGAGCTA 591
Query 601 TCCAGGGTGTCTGTTCCCATGCCAGATGTCCATGGCGAAGTTTATTGTCCTATTGCTCCT 660
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 592 TCCAGGGTGTCTGTCCCCATGCCAGATGTCCATGGCGAAGTTAATTGTACTATTGCTCCT 651
Query 661 GATCAGCACATACACCTGGGAGAGCCAGCTTCAGAGTCCGGTTATTACCGAGAGAAGAAT 720
||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 GATAAGCACATACACTTGGGAGAGCCAACTTCAGAGTCCGGTTATTACCGAGAGAAGAAT 711
Query 721 TTAGTTATGTGTGATTGTGGTATCCAAGTTAATTTTGAGGATCGTTCCTTTGAGTCTAAT 780
|||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 712 TTAGTTATGTGTGATTGTGGTACCCAATTTAATTTTGAGGATCGTTCCTTTGAGTCTAAT 771
Query 781 ACCCATGTTACTCTCTGTCATAAGTGCAAGTATTCTTCACACCATAATGCTTCTAATGGT 840
|| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 772 ACTCAGGTTACTCTCTGTCAAAAGTGCAAGTATTCTTCACACCATAATGCTTCTAATGGA 831
Query 841 GGTGGTATTCAAGTTAATACTCTAGAAGATGGAACTGCTCAAGCTTCCCCGGTTTCTATA 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 832 GGTGGTATTCAAGTTAATACTCTAGAAGATGGAACTGCTCAAGCTTCGCCGGTTTCTATA 891
Query 901 ATTCCCTGCGAAGATGAAAATTTCCGAGGGGATGCAATTTCATTACCTAATTCTAGGAAG 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 892 ATTCCCTGCGAAGATGAAAATTTCCGAGGGGATGCAATTTCACTACCTAATTCTGGGAAG 951
Query 961 CTATCCACCTTGCAACGCCCAGAGCGTATTGCTAAAAAGCGCAAGCTTGGAAACATGGTG 1020
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 952 CCATCGACCTTGCAACGCCCAGAGCGTATTGCTAAAAAGCGTAAGCTTGGAAACATGGTG 1011
Query 1021 TATGAAGGAGACATGAAATGGGAGAATGAGCAAGGCTTTCTTGATTGTCAAAGTGACAAG 1080
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 TATGAAGGAGACGTGAAATGGGAGAATGAGCAAGGCTTTCTTGATTGTCAAAGTGACAAG 1071
Query 1081 TCCTTTAAGGGAAGCGACAAGTGTGATTTTGTTCCATCTATTTCCAAGGACATTGAAATT 1140
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1072 TCCTTTAAGGGAAGCGACAAGTGTGGTTTTGTTCCATCTATTTCCAAGGAAATTGAAATT 1131
Query 1141 GGTAGAGCAGCTGCGGTGACAGCTGGACTTAAAGCCCAGTCGGTAAGTCCAATTGAGAAG 1200
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1132 GGTAGAGCAGCTGCGGTAACAGCTGGACTTAAAGCCCAGTCAGTAAGTCCAATTGAGAAG 1191
Query 1201 ATTATACTTAAAGAGGTGTTGAAGCGCAAAGGTAGCCATCAGGAGTACCTAGTTTGCAGG 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 ATTATACTTAAAGAGGTGTTGAAGCGCAAAGGTAGCAATCAGGAGTACCTAGTTTGCAGG 1251
Query 1261 AATTCTATCTTAGGCCTGTGGAGTAAAAATGTCAGCCGAATCTTACCTGTCACTGAGTGT 1320
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1252 AACTCTATCTTAGGCCTGTGGAGTAAAAATGTCAGCCGAATCTTACCTGTCACTGAATGT 1311
Query 1321 GGTGTTACCGGTGGCCCTTCTGAGAATGAATTGCCTTCAGCTTCCCTTATCAGAGAAGTC 1380
||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 GGTGTTACCGGAGGCCCTTCTGAGAGTGAATTGCCTTCAGCTTCCCTTATCAGAGAAGTC 1371
Query 1381 TATAAGTTTCTTGATCAGAGAGGTTATATAAATGCTGGAATTTCATCTGTGAAGGGGAAG 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1372 TATAAGTTTCTTGATCAGAGAGGTTATATAAATGCTGGAATTTCATCTGTGAATGGAAAG 1431
Query 1441 GCGGGATCTTTGACTAATCAAGACTATGATCTCCTCCAGGGGAGAAAGCTTGAAGAAAGT 1500
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1432 GCGGCATCTTCGACTAATCAAGACTATGATCTCCTCCAGGGGAGACAGCTTGAAGAAAGT 1491
Query 1501 TCTATGGCTTCTGTTGCAGATTCTGAAGAGGGAGTTGCTTTTATCCTTGGTCAGGTCAAA 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 TCTATGGCTTCTGTTGCAGATTCTGAAGAGGGAGTTGCTTTTATCCTTGGTCAGGTCAAA 1551
Query 1561 GCCGTTGAATCAACTAGTGAGGGTAAGAAATGTGCTTTCCAAAATGATGAAAGGGACTTG 1620
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1552 GCCGTTGAATCAACTAGTGAGGGTAAGAAATGTGCTCTCCAAAACGATGAAAGGGACTTG 1611
Query 1621 GTAGGATGTGCGACCTCGGAAATGTTGGAATCTACCAGCAAAACATGTGAAGCAAGCATT 1680
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1612 GTAGGATGTGCGACCTCGGAAATGTTGGAATCTATCAGCAAAAAATGCGAAGCAAGCATT 1671
Query 1681 ATTGATGATTGCAAACATTCTGTGAGCATAAATGCTTTACAGGATGGTACTGCATCTAAT 1740
||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1672 ATTGATGATAACAAACGTTCTGTGAGCATGAATGCTTTACAGGATAGTACTGCATCTAAT 1731
Query 1741 GTTGAAAAGCATCCTGAAACTTTTTCAGTAGCTAAGCCTGCTTTGTCTAGCACACTCTCC 1800
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 GTTGAAAAGCATCCTGAAACATTTTCAGTAGCGAAGCCTGCTTTGTCTAGCACACTCTCC 1791
Query 1801 TCTGCAAATAGTAATCAAATGAAAGGAAGGGACTGTGTTCCATGTGAGGTTAAAGATGAG 1860
|||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1792 TCTGCACATAGTAATCAAATGAGAGGAAGGGACTGTGTTCCATGTGAGGTTATAGATGAG 1851
Query 1861 AAGAAAGTTATAGTTATTGGAGCTGGTCCTGCGGGATTAACTGCAGCACGTCATTTACAG 1920
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1852 AAGAAAGTTATAGTAATTGGAGCTGGTCCTGCTGGATTAACAGCAGCACGTCATTTACAG 1911
Query 1921 CGCCAGGGTTTTTCGGTAACCGTTCTTGAGGCAAGGAGTAGAGTAGGTGGTCGTGTATTT 1980
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 CGCCAGGGTTTTTCTGTAACCGTTCTTGAGGCAAGGAGTAGAGTAGGTGGTCGTGTATTT 1971
Query 1981 ACAGACCGTTCGTCTCTTTCAGTTCCTGTGGATCTTGGGGCTAGCATAATTACTGGCATT 2040
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1972 ACAGACCGGTCGTCTCTTTCAGTTCCTGTGGATCTTGGGGCTAGCATAATTACAGGCATT 2031
Query 2041 GAGGCTGATGTGCCATCTGAAAGAATGCCAGATCCTTCGGTATTGGTCTGTAACCAATTA 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 GAGGCTGATGTGCCATCTGAAAGAATGCCAGATCCATCGGTATTGGTCTGTAACCAATTA 2091
Query 2101 GGTCTGGAGTTGAGCGTGTTGCATGGATTCTGTCCTCTTTATGATACTGTAACAGGGAAA 2160
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 GGTCTGGAGTTGAGCGTGTTACATGGATTCTGTCCTCTTTATGATACTGTAACAGGGAAA 2151
Query 2161 AAGGTTCCTGCAGAATTAGATGATGCTCTACAAGCAGAGTTCAACAGTCTAATTGACGAT 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 AAGGTTCCTGCAGAATTAGATGATGCTCTACAAGCAGAGTTCAACAGTCTAATTGACGAT 2211
Query 2221 GTGGATTTGCTTGTTGAGGAAATAGGCAAGGAAAGAGCAAATAAAATGTCTCTTGAGGAT 2280
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 GTAGATTTGCTTGTTGAGGAAATAGGCAAGGAAAGAGCAAATAAAATGTCTCTTGAGGAT 2271
Query 2281 GGTTTAGAATATGGCCTTCAACGGTTGAGAATGCCACATGACAAGGTGAACATTGACAAA 2340
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 GGTCTAGAATATGGCCTTCAACGGCTGAGAATGCCACATGACAAGGTGAACATTGACAAA 2331
Query 2341 ATTGGGCTTGC-CAATTCAAGCTCAAAAACAGGCATCAGTGGTCCCTTTACGCAAGATGA 2399
|||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||
Sbjct 2332 TTTGGGCTT-CTCAATTCAAGCTCAAAAACGGGCATCAGAGGTCCCTTTATGCAGGATGA 2390
Query 2400 AAGCTGGAAAGATGATTTTTTGAATCCTTTGGAGCGAAGAGTTATGAATTGGCATTTTGC 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2391 AAGCTGGAAAGATGATTTTTTGAATCCTTTGGAGCGAAGAGTTATGAATTGGCATTTTGC 2450
Query 2460 TCACACAGAATATGGTTGCGCTGCTGTCCTCAAGGAAGTTTCGCTTCCTCACTGGAATCA 2519
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2451 TCACACAGAATATGGTTGTGCTGCTGTCCTCAAGGAAGTTTCGCTTCCTCACTGGAATCA 2510
Query 2520 AGATGAGTTTTATGGCGGGTTTGGAGGGCCACATGCTATGATTAAAGGTGGTTATAGCCG 2579
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2511 AGATGAGTTTTATGGCGGGTTTGGAGGGCCTCATGCTATGATTAAGGGTGGTTATAGCCG 2570
Query 2580 AGTTGTTGAGTCGCTTGCAGAAGGACTTGACATTCACTTAAACAAAATAGTTTCTGAGGT 2639
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2571 AGTTGTTGAGTCGCTTGCAGAAGGACTGGACATTCACTTAAACAAAATAGTTTCAGATGT 2630
Query 2640 ATCTTATACCTCTGATGTATCTGCCATGCATAACAGCAAGCATAAAGTCAGAGTTAGTAC 2699
||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2631 ATCTTATGTCTCTGATGTATCTGCCATGGATAACAGCAAGCATAAAGTCAGAGTTAGTAC 2690
Query 2700 ATCAAATGGCTGTGAGTATCTTGGAGATGCTGTTCTGGTAACTGTTCCTCTTGGATGCTT 2759
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2691 ATCAAATGGCTGTGAGTATCTTGGAGATGCTGTTCTGGTAACTGTTCCACTTGGATGCTT 2750
Query 2760 GAAAGCAGAAACTATTAAGTTTTCACCACCCTTGCCGGACTGGAAATATGCGTCAATCAA 2819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2751 GAAAGCAGAAACTATTAAGTTTTCACCACCCTTGCCGGACTGGAAATATGCGTCAATCAA 2810
Query 2820 ACAACTTGGTTTTGGAGTTCTAAATAAAGTTGTGTTGGAGTTCCCAGA-GGTATTTTGGG 2878
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 2811 ACAACTTGGTTTTGGAGTTCTAAATAAAGTTGTTTTGGAGTTCCCA-ACGGTATTTTGGG 2869
Query 2879 ATGATAGTGTTGATTATTTTGGGGCAACTGCTGAGGAAACAGATCTAAGAGGTGAGTGCT 2938
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2870 ATGATAGTGTTGATTACTTTGGGGCAACTGCTGAGGAAACAGATCTAAGAGGTGAGTGCT 2929
Query 2939 TTATGTTTTGGAATGTCaaaaaaaCTGTTGGTGCTCCTGTCCTGATAGCTTTGGTGGTTG 2998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2930 TTATGTTTTGGAATGTCAAAAAAACTGTTGGTGCTCCTGTCCTGATAGCTTTGGTGGTTG 2989
Query 2999 GGAAGGCTGCTTTTGAATATACAAACAAGAGTACGTCTGAGCACGTGAACCATGCAATGA 3058
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2990 GGAAGGCTGCTTTTGAATATACAAACAAGAGTAAGTCTGAGCACGTGAACCATGCAATGA 3049
Query 3059 TGGTTCTTCGGAAGCTTTTTGGTGGGGATCTGGTTCCTGATCCTGTTGCCTCGGTAGTTA 3118
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3050 TGGTTCTTCGGAAGCTTTTTGGTGGGGATCTGGTTCCTGATCCTGTCGCCTCGGTAGTTA 3109
Query 3119 CTGACTGGGGCACTGATCCTTACAGTTATGGTGCCTACTCATATGTTGCTATTGGTGCTT 3178
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3110 CTGACTGGGGCACTGATCCTTACAGTTATGGTGCCTACTCGTATGTTGCTATTGGTGCTT 3169
Query 3179 CTGGTGAAGATTATGACGTATTGGGAAGGCCTGTTCAGAATTGTTTGTTTTTTGCTGGTG 3238
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3170 CTGGTGAAGATTATGATGTATTGGGAAGGCCTGTTCAGAATTGTTTGTTTTTTGCTGGTG 3229
Query 3239 AGGCAACATGCAAAGAGCATCCTGACACTGTTGGTGGTGCAATGATGACTGGAGTCCGAG 3298
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3230 AGGCAACATGCAAAGAGCATCCTGACACTGTTGGTGGTGCAATGATGACTGGAGTCCGGG 3289
Query 3299 AAGCTGTGCGTATAATTGATATACTTAGAAGTGGAAATGATTACACAGCCGAAATAGAAA 3358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3290 AAGCTGTGCGTATAATTGATATACTTAGAAGTGGAAATGATTACACAGCCGAAATAGAAA 3349
Query 3359 CACTAGAAAAAGCGCAGAGGAAATCTGTACCTGTGAGGGATGAAGTCAGAGACCTAATAA 3418
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3350 CACTAGAAAAAGCGCAGAGGAAATCTGTACCTGTAAGGGATGAAGTCAGAGACCTAATAA 3409
Query 3419 AGAGGCTGGAAGTTGTTGAGCTGTCTAATGTGCTAGCCAGGCAATCATTGCTACGGAACA 3478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3410 AGAGGCTGGAAGTTGTTGAGCTGTCTAATGTGCTAGCCAGGCAATCATTGCTACGAAACA 3469
Query 3479 TGTTCTTTTCTGCTAAAACAACTGTCGGGCGTTTGCATTTAGCCAAGGAGTTGCTTAACC 3538
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3470 TGTTCTTCTCTGCCAAAACAACTGTCGGGCGTTTGCATTTAGCCAAGGAGTTGCTTAACC 3529
Query 3539 TACCTGGTGAAACCTTGAAATCCTTTGCAGGCACAAAAGAAGGGCTTGCAGTGCTGAACT 3598
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3530 TACCTGGTGAAACCTTGAAATCCTTTGCAGGTACAAAAGAAGGGCTTGCAGTGCTGAACT 3589
Query 3599 CTTGGATCCTGGATTCGATGGGGAAGAATGGAACCCAGCTTTTACGTCACTGTGTACATA 3658
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3590 CTTGGATCCTGGATTCGATGGGTAAGAATGGAACCCAGCTTTTACGTCACTGTGTACATA 3649
Query 3659 TTCTTGTTCGAGTTACGAGTGATCTCTTTGCCGTGAGGCTCTCAGGCATTGGGAAGACTG 3718
|||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 3650 TTCTTGTTCGAGTTACGAGTGACCTCTTTGCCTTGAGGCTATCAGGTATTGGGAAGACTG 3709
Query 3719 TGAAAGAAAAGGTTTGTGCACACACAAGCCGTGATATCCGTGCCATTGCAAGTCAGCTTG 3778
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3710 TGAAAGAAAAGGTTTGTGCACACACGAGCCGTGATATTCGTGCCATTGCAAGTCAGCTTG 3769
Query 3779 TTAATGTGTGGCTGGAACTATACCGGAAAGAAAAAG-TAAATAGTGGAAAGAAATCATTG 3837
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||
Sbjct 3770 TTAATGTGTGGCTGGATCTATACCGGAAAGAAAAAGCT-AATAGTGGAAAGAAATCGTTG 3828
Query 3838 AGACAAGCGAATACAACAAACACCTCTAGAATAAGAAGAAAACTGAATAGTCCGGACACA 3897
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3829 AGACAAGCGAATACTACAAACACCTCTAGAATAAGAAGAAAACTGAATAGTCCGGACACA 3888
Query 3898 GACAGTAAGGGAAAGCTGAGCAATGGCAACGATGTGAAAACAGATGAAGAGCTTGAGGAC 3957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3889 GACAGTAAGGGAAAGCTGAGCAATGGCAACGATGTGAAAACAGATGAAGAGTTTGAGGAC 3948
Query 3958 AACCAGCTACCTATGTCAGAGGAAGAGAAGGCTGTGTTTGCTGAAGCTGAGGCGGCTCGT 4017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3949 AACCAGCTACCTATGTCAGAGGAAGAGAAGGCTGTGTTTGCTGAAGCTGAGGCGGCTCGT 4008
Query 4018 GCAGCAGCAGAAGCAGCTGCAAAGGCATTTTCTGAGGCCTATCATAATACTTCATTGCAG 4077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4009 GCAGCAGCAGAAGCAGCTGCAAAGGCATTTTCTGAGGCCTATCATAATACTTCATTGCAG 4068
Query 4078 CTTCCTAAGATTCCCTCGTTTCATAAGTTTGCCAGGCGAGAGCAGTATGCAAAGATGGAC 4137
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4069 CTTCCTAAGATCCCCTCATTTCATAAGTTTGCCAGGCGAGAGCAGTATGCAAAGATGGAC 4128
Query 4138 GAATCTGATTTCAGGAAAAAGTTTCCTGGCAATGTCTTAGGAAGACAAGATTGTATGTCA 4197
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4129 GAATCTGATTTCAGGAAAAAGTTTCCTGGAAATGTCTTAGGAAGACAAGATTGTATGTCA 4188
Query 4198 GAGATAGACTCGAGGAACTGCAAAGTTCGGGACTGGTATGATTTTCCTGCCTCCTGCCTT 4257
||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4189 GAGATTGACTCGAGGAACTGCAAAGTTAGGGACTGGTATGATTTTCCTGCCTCGTGCCTT 4248
Query 4258 GACCTTGACAATTCAAGGATTCCAGTTGATAACTATTCACAGCGTAGCCATTCAAATGAG 4317
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 4249 GACCTTGACAGTGCAAGGATTCCAGTTGATAACTATTCACAGCCTAGCCATTCGAATGAG 4308
Query 4318 CTTGTATCTCATTCGAAGTTCAGAGAATGTTCTGGAGAAAGTGTGGCTGCGGATACCAGT 4377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4309 CTTGTATCTCATTCGAAGTTCAGAGAATGTTCTGGAGAAAGTGTGGCTGCGGATACCAGT 4368
Query 4378 TTCTTAACTGGGGCATGGGTTGATACTGGTGGTAGTAGCGATGGTTTCAAGGATTCTCAG 4437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4369 TTCTTAACTGGGGCATGGGTTGATACTGGTGGTAGTAGCGATGGTTTCAAGGATTCTCAG 4428
Query 4438 GCTATAGATAGATGGCAATCTCAAGCTGCTGCTGCTGATCCTGAATTTTTCAATCGTACT 4497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4429 GCTATAGATAGATGGCAATCTCAAGCTGCTGCTGCTGATCCTGAATTTTTCAATCGTACT 4488
Query 4498 TTGCATATTAAGGATGAAGAAGATTCGATTGCTTGTTCGACAGGCCCTCCTAGTTGGAAG 4557
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4489 TTGCATATAAAGGATGAAGAAGATTCGATTGCTTGTTCGACTGGCCCTCCTAGTTGGAAG 4548
Query 4558 CATGACCAACGAGCGAATGAATGTTCTGTGTCACAGGTTACAGTGAATAAAGAGCCACAT 4617
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4549 CATGACCAACGAGCGAATGAATGTTCCGTGTCACAGGTTACAGTGAATAAAGAGCCACAT 4608
Query 4618 AAAAATCATAACCGAAGTGCAGATCGTTTGAAACAGGGGGTTGTAGATTTTGTTGCATCG 4677
|||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4609 AAAAATCATATCCGGAGTGCAGATCGTTTGAAACAGGGAGTTGTAGATTTTGTTGCATCG 4668
Query 4678 TTGCTTATGGCCCCGTATAGAGCaaaaaaaaTTGACAGAGATGTATACAAGTCAATTATG 4737
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4669 TTGCTTATGGCCCCGTATAGAGCAAAGAAAATTGATAGAGATGTATACAAGTCAATTATG 4728
Query 4738 AAGAAGACAGCAACAAAGGTTATGCAACATACAACAGATGTGGAGAAAGCTATGGCTGTT 4797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4729 AAGAAGACAGCAACAAAGGTTATGCAACATACAACAGATGTGGAGAAAGCTATGGCTGTT 4788
Query 4798 ACACAGTTCCTCGACTCAAAGCGGAAAAACAAGATTCGTGACTTTGTGGACAAACAAGTT 4857
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4789 ACACAGTTCCTCGACTCAAAGCGGAAAAATAAGATTCGTGACTTTGTGGACAAACAAGTT 4848
Query 4858 GACAAGTACATGGCGATAGCTCAAGTTCCAAAACCTTGATGGTCATTGGGATCTATAGTA 4917
||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||
Sbjct 4849 GACAAGTACATGGTGATACCTCAAGTTCCAAAACCTTGATGGTCACTGG-ATCTTTAGTA 4907
Query 4918 ACGGCCAATGGTTGTTGAGTTGGTATCTGCTGGGATGGCAATGCTCC-TTTGTAGAAACC 4976
| |||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| || || |||||||| |||
Sbjct 4908 ATGGCCAATGGTAGTTAAGTTGGTATCCGCTGGGATGGCAAAGC-CCATTTGTAGAGACC 4966
Query 4977 ACATATCAGGAAGCTTATGAAGCAGACGGTCTGATGTAGAAGAGACTTTTCCCATGATTT 5036
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 4967 ACATATCAGGAAGCTTATGAAGCAGATGGTCTGATGTAAAAGAGACTTT-CCCATGATTT 5025
Query 5037 TACATACCAAA-GCATTGGCAGAGACAAGTTTTTGGCATTACCAGATATGATGGAGAATT 5095
|||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5026 GACATACCAAAAG-ATTGGCAGAGACGAGTTTTTGGCATTACCAGATATGATGAAG---- 5080
Query 5096 TGGTCTTGCTATATTGCTAGGTATGGGTGAAGCATCTTCTCTCCTCTTCCTGGGGGGCAA 5155
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 5081 -GGTCTTGCTATATTGCTAGGTATGGGTGAAGCATCTGCTCTCCTCTTCCTGGGGGA-AA 5138
Query 5156 TGTTCT-GAGGACTTTCTGATCAAGATTTTATGTCAAGTGGATGTGTCTTTCATCAGTTA 5214
|||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 5139 TGTT-TAGAGGACTTTCTGATCAAGCTTTTATGTCAAGTGGATATGTCTTTCATGAGTTA 5197
Query 5215 TCCCCTCGGATGATGCATGTTCTCAACTTACGCTGATT-TGTTTTAGTAATTGTATAGAG 5273
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 5198 TCCCCTCGGATGATGCATGTTCTCAACTTACACTGATTGTTTTTTAGTAATTGTATAGAG 5257
Query 5274 CTTAAGATTTAGTGTTAACCCCCATTAGACAA-AATTCTACTTTCAGGTATCTTAATTCA 5332
|| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 5258 CTCAAGATTTAGTGTTAACCCCCATTAGA-AACAATTCTATTTTCAGGTATCTGAATTCA 5316
Query 5333 TTTCTTGAGATTCATGTCATTTCTGGAACCCAAGAGAAAA 5372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5317 TTTCTTGAGATTCATGTCATTTCTGGAACCCAAGAGAAAA 5356
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 268192477278
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5