BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg493480
Length=1545
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G14300.1 | Symbols: | RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) fami... 2259 0.0
> AT4G14300.1 | Symbols: | RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family
protein | chr4:8231017-8233491 FORWARD LENGTH=1955
Length=1955
Score = 2259 bits (1223), Expect = 0.0
Identities = 1374/1446 (95%), Gaps = 13/1446 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 112 TTCATGGATTCGGATCAAGGAAAGCTTTTTGTCGGTGGTGTTTCATGGGAAACTGATGAA 171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 160 TTCATGGATTCGGATCAAGGAAAGCTTTTTGTCGGTGGTATTTCATGGGAAACTGATGAA 219
Query 172 GATAAGCTAAGAGAACATTTCAGTAACTATGGAGAGGTTTCGCAAGCTATTGTGATGAGA 231
|||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 220 GATAAGCTGAGAGAACATTTCACCAACTATGGAGAGGTTTCTCAGGCTATTGTGATGAGA 279
Query 232 GACAAGCTCACAGGTAGACCTAGGGGTTTTGGGTTCGTTATCTTCTCGGATCCTTCTGTT 291
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 280 GACAAGCTCACAGGTCGACCTAGGGGTTTTGGGTTCGTTATCTTCTCGGATCCTTCTGTT 339
Query 292 CTCGATAGGGTTCTTCAAGACAAACACAACATTGATACTAGAGAGGTTGATGTGAAGAGG 351
|||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 340 CTCGATAGGGTTCTTCAAGAGAAACACAGCATTGATACCAGAGAGGTTGATGTGAAGAGA 399
Query 352 GCCATGTCAAGAGAGGAGCAGCAAGTCTCTGGTAGAACTGGTAACCTTAATACATCTAGA 411
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 400 GCCATGTCAAGAGAGGAGCAGCAAGTCTCTGGAAGAACTGGGAATCTTAATACATCTAGA 459
Query 412 AGTTCTGGAGGTGATGCTTACAATAAAACCAAGAAGATCTTTGTTGGAGGCTTGCCACCT 471
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 460 AGTTCTGGAGGTGATGCTTACAATAAAACCAAGAAGATCTTTGTTGGAGGCTTGCCACCT 519
Query 472 ACTTTGACAGATGAAGAGTTTCGTCAGTATTTTGAAGTTTATGGTCCTGTGACTGATGTT 531
|||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 520 ACTTTGACTGATGAAGAGTTTCGCCAGTACTTTGAAGTTTATGGCCCTGTGACTGATGTT 579
Query 532 GCAATCATGTATGACCAGGCTACTAACCGTCCTCGTGGGTTTGGATTTGTTTCCTTTGAC 591
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 580 GCAATCATGTATGACCAGGCTACCAACCGTCCTCGTGGGTTTGGATTTGTTTCCTTCGAC 639
Query 592 TCTGAAGATGCGGTAGACCGTGTGTTGCACAAGACTTTCCATGATTTGAGTGGTAAGCAA 651
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 640 TCTGAAGATGCGGTAGACAGTGTTTTGCACAAGACTTTCCATGATTTGAGCGGTAAACAA 699
Query 652 GTTGAAGTTAAGCGTGCTCTTCCTAGAGATGCCAATCCTGGA---GGTGGACGATCAA-- 706
|||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 700 GTTGAAGTAAAGCGTGCTCTTCCTAAAGATGCCAATCCTGGAGGTGGTGGACGATCAATG 759
Query 707 --T-G-GGTGG---TGGTGGTTACCAGGGTTATGGTGGTAATGAAAGCAATTATGATGGA 759
| | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 760 GGTGGTGGTGGCTCTGGTGGTTACCAGGGTTATGGTGGCAATGAAAGCAGTTATGATGGA 819
Query 760 CGTGTGGATTCCAGTAGGTTTATGCAGCATCAAAATGTTGGAAATGGTTTACCATCTTAT 819
||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 820 CGTATGGATTCCAATAGGTTTTTGCAGCATCAAAGTGTTGGAAATGGTTTACCATCTTAT 879
Query 820 GGTTCTTCTGGTTATGGCGGTGGGTATGGAAATGGTAGTAATGGTGCCGGGTATGGTGGC 879
||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 880 GGTTCTTCTGGTTATGGCGCTGGCTATGGAAATGGTAGTAATGGTGCCGGGTATGGTGCC 939
Query 880 TATGGAGGTTACACTGGTTCTGCTGGAGGTTATGGCGCTGGTGCTACTGCTGCATATGGA 939
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 940 TATGGAGGTTACACTGGTTCTGCTGGAGGTTATGGCGCTGGTGCTACTGCTGGATATGGA 999
Query 940 GCAACGAACATTCCAGGTGCCGGCTATGGAAGTAGTTCTGGAGTTGCCCCGAGAAACTCA 999
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1000 GCAACGAACATTCCAGGTGCTGGCTATGGAAGTAGTACTGGAGTTGCTCCGAGAAACTCA 1059
Query 1000 TGGGACACTTCAGCTCCTAGTGGTTATGGGAACCCAGGCTATGGGAGTGGTGCTGCTCAT 1059
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1060 TGGGACACTCCAGCTTCTAGTGGTTATGGGAACCCAGGCTATGGGAGTGGTGCTGCTCAT 1119
Query 1060 AGTGGATATGGGGTTCCTGGTGCAGCTCCTCCTGCGCAGTCACCATCTGGCTATAGTAAC 1119
||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1120 AGTGGATATGGAGTTCCTGGTGCAGCTCCTCCTACGCAGTCACCATCTGGCTATAGTAAC 1179
Query 1120 CAAGGCTACGGATATGGAGGGTACAGTGGAAGTGATTCTAGTTATGGAAATCAAGCTGCA 1179
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1180 CAAGGCTACGGTTATGGAGGGTACAGTGGAAGTGATTCTGGTTATGGAAATCAAGCTGCA 1239
Query 1180 TATGGTGTGGTTGGAGGGCGTCCTAGTGGTGGTGGTTCAAACAACCCTGGTAGTGGTGGC 1239
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240 TATGGTGTGGTTGGAGGGCGTCCTAGTGGTGGCGGTTCAAACAACCCTGGTAGTGGTGGC 1299
Query 1240 TACATGGGAGGGGGTTATGGTGATGGATCTTGGCGATCTGACCCTTCACAAGGTTATGCT 1299
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 1300 TACATGGGAGGTGGTTATGGTGATGGATCTTGGCGATCTGACCCGTCACAAGGTTATGGT 1359
Query 1300 GGTGGGTACAATGATGGTCAGGGTCGACAAGGCCAGTAGTGACTATTTAAGGGGATTGTC 1359
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |
Sbjct 1360 GGTGGGTACAATGATGGTCAGGGTCGACAAGGCCAGTAGTGACTGTGTAAGGGGATTATG 1419
Query 1360 ACCACCCTGGTTTTTGGATCCTTTTCAAGAAGAATTTAGCTCAAATCAAAGGTTCCTCGA 1419
||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1420 ACCGCCCTGGTTTCTGGATCCTTGTCAAGAAGAATTTAGCTCAAATCAAAGGTTCCACAA 1479
Query 1420 CTTCATAACGGGTTGGACTGCTTGAATCTCTTTATAAGCATGTGCTATCTATTACAATAA 1479
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1480 CTTCCTAACGGGTTGGACTGCTTGAATCTCTTTATAAGCATGTGCTATCTATTACAATAA 1539
Query 1480 GTCACTTCTATTTAAGTTATTTTTCGGTTGAGTGTACTTTTGAGTTTTGGCAGAGTTATT 1539
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1540 GTCACTTCTATT-AAGTTATTTTTCGGTTGAGTGTACTTTTGAGTTTTGGCAGAGTTATT 1598
Query 1540 ATAACT 1545
||||||
Sbjct 1599 ATAACT 1604
Score = 126 bits (68), Expect = 6e-28
Identities = 106/122 (87%), Gaps = 11/122 (9%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTTCTTCCTCTCAAATCGGCTACAGCCATTGGAAAAGCTAAAGCCTTTTCGTAAATTTT 60
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 14 TCTTCCTCCTCTCAAATCGGCTACAGCCATTGGAAAAGCTAAAGCCTTTTCGTAA-TTTC 72
Query 61 TC-AAGTTTCTGCAGTGGGTTTT---G-T-----AGATTGAGGTGGGTTTGTGATTCTGG 110
| ||||||||||||| |||||| | | |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 73 TGGAAGTTTCTGCAGTCGGTTTTCACGGTTTCGTAGATTGAGGTGGATTTGTGATTCTGG 132
Query 111 GT 112
||
Sbjct 133 GT 134
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76254627855
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5