BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg493547
Length=3315
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G13650.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 5012 0.0
> AT4G13650.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr4:7938967-7942898 REVERSE LENGTH=3839
Length=3839
Score = 5012 bits (2714), Expect = 0.0
Identities = 3100/3290 (94%), Gaps = 12/3290 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AACCTATGTTTCTTCGCTCAGTGTCGTCCTCATTTATCTTCATTCATGGAGTTCCTCGTA 60
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 47 AACCCATGTTTCTTCGCTCAGTGTCGTCCTCATTTATCTTCATTCATGGTGTTCCTCGTA 106
Query 61 AGCTCAAGACCAGAACTGTCCTTCGTACTCTTTGTCAGATCAGGAGAGCTAGTTTTACTG 120
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||| |||
Sbjct 107 AGCTCAAGACCAGAACTGTCTTTCCTACTCTTTGTGGGACCAGGAGAGCTAGTTTTGCTG 166
Query 121 CTATATCTGTTTCTATCTCTGAGGATGAGTCATTTCAAGAAAACG-GAATCGATTCCGTT 179
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||||
Sbjct 167 CTATATCTGTTTATATCTCTGAGGATGAATCATTTCAAGAAAA-GAGAATTGATTCCGTG 225
Query 180 GAGAATTGTGGAATTCGACCTAATCATCAAACTTTGAAATGGCTTCTTGAAGGATGTTTG 239
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 226 GAGAATCGTGGAATTCGACCTAATCATCAAACTTTGAAATGGCTTCTTGAAGGATGTTTG 285
Query 240 AAGACAAATGGGTCTTTAGATGAAGGAAGAAAGTTGCATTCTCAGATTTTGAAGTTGGGT 299
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 286 AAGACAAATGGGTCTTTAGATGAAGGAAGAAAGCTACATTCCCAGATTTTGAAGTTGGGT 345
Query 300 TTTGATAATAATGCTTGCCTCTCTGAAAAGCTTCTTGATTTTTATCTATTTAAAGGAGAT 359
|| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 346 TTGGATAGCAATGGTTGCCTCTCTGAAAAGCTTTTTGATTTTTATCTTTTTAAAGGAGAT 405
Query 360 TTAGATGGTGCTTTGAAGGTGTTTGATGAAATGCCTGAAAGAACGATTTTTACTTGGAAT 419
||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 406 TTATATGGTGCTTTCAAGGTGTTTGACGAAATGCCTGAGAGAACGATTTTTACTTGGAAT 465
Query 420 AAGATGATTAAGGAGTTAGCTTCTA-GAAGTTTGAGTGGGA-AAGTGTTTTGTCTTTTTG 477
|||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||| |||||||||
Sbjct 466 AAGATGATAAAGGAGTTAGCTTCTAGGAA-TTTGA-TTGGAGAAGTGTTTGGTCTTTTTG 523
Query 478 GGAGAATGGTTAATGAGAATGTTACTCTGAATGAAGGAACCTTT-AGTGGTGTTTTGGAA 536
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 524 TGAGAATGGTTAGTGAGAATGTTACTCCGAATGAAGGAA-CTTTCAGTGGTGTTTTGGAA 582
Query 537 GCATGTCGTGGCGGTAGTGTTGCTTTTGATGTAGTTGAGCAGATTCATGCGAGGATTATA 596
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 583 GCATGTCGTGGTGGTAGTGTTGCTTTTGATGTAGTTGAGCAGATTCATGCAAGGATTTTA 642
Query 597 TATCAGGGTTTG-GGGAAGAGTACGATTGTGTGTAATCCTTTGATTGATTTGTACTCGAG 655
|||||||| ||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 643 TATCAGGGCTTGAGGG-ATAGTACGGTTGTGTGTAATCCTTTGATTGACTTGTACTCTAG 701
Query 656 AAACGGGTTTGTGGATCTAGCTAGAAGGGTTTTTGATGGATTATATCTGAAGGATCATAG 715
|| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 702 GAATGGGTTTGTGGATTTAGCTAGAAGGGTTTTTGATGGGTTACGTCTGAAGGATCATAG 761
Query 716 TTCTTGGGTTGCTATGATATCAGGGCTGTCAAAAAATGAATGTGAAGTTGAAGCAATTAG 775
|||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 762 TTCTTGGGTTGCAATGATATCCGGGCTTTCGAAAAATGAATGTGAAGCAGAAGCCATTAG 821
Query 776 ATTGTTCTGCGATATGTATGTTTTAGGTATCATGCCAACACCTTATGCGTTTTCAAGTGT 835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 822 ATTGTTCTGCGATATGTATGTTTTAGGTATCATGCCAACGCCTTATGCGTTTTCAAGTGT 881
Query 836 TTTAAGTGCGTGTAAGAAGATAGAATCTCTTGAGATTGGCGAACAGCTTCATGGGCTAGT 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||
Sbjct 882 TTTAAGTGCGTGTAAGAAGATAGAATCTCTTGAGATTGGTGAGCAGCTTCATGGGCTCGT 941
Query 896 ACTGAAGTTAGGTTTTTCCTCTGACACTTACGTTTGTAATGCGCTTGTATCGTTGTACTT 955
| |||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||
Sbjct 942 ATTGAAGTTAGGGTTTTCCTCCGACACTTATGTTTGCAATGCACTTGTGTCTTTGTACTT 1001
Query 956 TCATTTGGGGAGTTTGATATCAGCAGAACACATCTTCAGCAACATGTCACAGAGAGATGC 1015
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1002 TCATTTGGGAAATTTGATATCAGCAGAACACATCTTCAGTAACATGTCACAGAGAGATGC 1061
Query 1016 GGTTACTTATAACACTCTTATCAACGGGCTTTCTCAGTGTGGTTACGGTGAGAAAGCTAT 1075
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1062 AGTTACTTATAACACTCTTATCAACGGGCTTTCTCAGTGTGGTTATGGTGAGAAAGCTAT 1121
Query 1076 GGAATTGTTCAAAAGAATGCAGCTTGATGGACTTGAACCAGACAGCAATACTCTTGCAAG 1135
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1122 GGAATTGTTCAAAAGAATGCACCTTGATGGACTTGAACCAGACAGTAATACTCTTGCGAG 1181
Query 1136 CCTTGTGGTTGCATGTTCATCTGATGGAACTCTTTTTAGTGGACAACAACTACATGCGTA 1195
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||
Sbjct 1182 CCTTGTGGTTGCATGTTCAGCTGATGGAACTCTGTTTAGGGGACAACAGCTACATGCATA 1241
Query 1196 CACAACTAAACTTGGTTTTGCTTCAAACGACAAGATTGAAGGTGCACTTCTTAATCTGTA 1255
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1242 CACAACTAAACTTGGTTTTGCTTCAAACAACAAGATTGAAGGTGCGCTCCTTAATCTGTA 1301
Query 1256 TGCAAAATGCTCTGATATTGAAACCGCCCTCAATTATTTTCTTGAGACTGAGGTTGAAAA 1315
|||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1302 TGCAAAATGCGCTGATATTGAAACCGCCCTTGATTATTTTCTTGAGACTGAGGTTGAAAA 1361
Query 1316 TGTAGTTCTTTGGAATGTTATGCTAGTTGCTTATGGGCTATTAGACGATTTAAGAAATTC 1375
||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1362 TGTAGTTCTCTGGAATGTGATGCTAGTAGCTTATGGGTTATTAGACGATTTAAGAAATTC 1421
Query 1376 GTTTAGGATTTTCAGACAGATGCAGATAGAGGAAATTGTTCCAAATCAATATACCTACCC 1435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1422 TTTTAGGATTTTCAGACAGATGCAGATAGAGGAAATTGTTCCAAATCAATATACCTACCC 1481
Query 1436 GAGTATTTTGAAAACTTGCATACGACTTGGGGATCTTGAGCTCGGAGAGCAAATCCATAG 1495
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1482 GAGTATTTTGAAAACTTGCATACGACTTGGGGATCTGGAGCTTGGAGAACAAATCCATAG 1541
Query 1496 TCAAATAATAAAAACTAGCTTTCAGCTTAATGCCTATGTTTGTAGTGTGCTTATCGATAT 1555
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1542 TCAAATAATAAAAACTAACTTTCAGCTCAATGCCTATGTTTGTAGTGTGCTCATCGATAT 1601
Query 1556 GTATGCAAAATTAGGAAAGTTAGATACTGCTTGGGATATCCTGATAAGGTTTGCTGGGAA 1615
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||
Sbjct 1602 GTATGCAAAATTAGGAAAGTTGGATACTGCCTGGGATATACTTATAAGGTTTGCTGGAAA 1661
Query 1616 AGATGTTGTGTCTTGGACAACAATGATTGCAGGTTACACGCAATACAATTTCGACGACAA 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1662 AGATGTTGTGTCTTGGACAACAATGATTGCAGGTTACACGCAATACAATTTCGACGACAA 1721
Query 1676 AGCTTTAACAACTTTCAGGCAGATGTTGGATCGAGGGATCCGGTCTGATGAAGTTGGATT 1735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1722 AGCTTTAACAACTTTCAGGCAGATGTTGGATCGAGGGATTCGGTCTGATGAAGTTGGATT 1781
Query 1736 AACAAATGCAGTTAGTGCATGTGCTGGTCTTCAAGCCTTAAAGGAAGGACAGCAAATTCA 1795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782 GACAAATGCAGTTAGTGCATGTGCTGGTCTTCAAGCCTTAAAGGAAGGACAGCAAATTCA 1841
Query 1796 TGCTCAAGCTTGTGTATCTGGTTTCTCATCTGACCTGCCATTTCAAAATGCACTGGTTAC 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1842 TGCTCAAGCTTGTGTATCTGGTTTCTCATCTGACCTGCCATTTCAAAATGCACTGGTTAC 1901
Query 1856 ACTTTATTCTAAATGCGGAAATATAGAGGAAGCATATTTAGCGTTTGAACAAACTGAAGC 1915
||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1902 ACTTTATTCTAGATGCGGAAAAATAGAGGAATCGTATTTAGCGTTTGAACAAACTGAAGC 1961
Query 1916 TGGAGATAATATAGCATGGAATGCTCTGGTATCCGGATTTCAGCAGAGCGGAAACAATGA 1975
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1962 TGGAGATAATATAGCATGGAATGCTCTGGTATCCGGATTTCAGCAGAGTGGAAACAATGA 2021
Query 1976 AGAAGCACTTCGTGTCTTTGCTCGAATGAACAGAGAAGGAATTGACAGTAATAATTTCAC 2035
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2022 AGAAGCACTTCGTGTCTTCGTTCGAATGAACAGAGAAGGAATTGACAATAATAATTTCAC 2081
Query 2036 GTTTGGGTCTGCTGTGAAAGCTGCTTCTGAGACAGCAAACATGAAACAAGGGAAGCAGGT 2095
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2082 GTTTGGGTCTGCTGTGAAAGCTGCTTCTGAGACAGCTAACATGAAACAAGGGAAGCAGGT 2141
Query 2096 TCATGCTGTGATCACCAAAACCGGATATGATTCAGAAACCGAAGTTTGTAATGCTATAAT 2155
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 2142 TCATGCTGTGATCACCAAAACCGGATACGATTCAGAAACCGAAGTTTGCAATGCTTTAAT 2201
Query 2156 CTCTATGTATGCCAAGTGTGGGAGCATTTCTGATGCAAAGAAGCAGTTCCTCGAACTCTC 2215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 2202 CTCTATGTATGCCAAGTGTGGGAGCATTTCTGATGCAGAGAAGCAGTTCCTTGAAGTCTC 2261
Query 2216 CATGAAAAATGAAGTTTCTTGGAATGCGATGATCAATGCTTATTCTAAACATGGGTTTGG 2275
|| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2262 CACGAAAAATGAAGTTTCGTGGAATGCGATAATTAATGCTTATTCTAAACATGGGTTTGG 2321
Query 2276 TTCTGAAGCACTAGATTCTTTTGACCAGATGATACATTCTAATGTAAGGCCTAATCATGT 2335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2322 TTCTGAAGCACTAGATTCTTTTGACCAGATGATACATTCTAATGTAAGGCCTAATCATGT 2381
Query 2336 GACGCTTGTGGGAGTTCTATCAGCATGTAGCCACATAGGACTAGTGGACAAGGGGATTGA 2395
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2382 GACGCTTGTGGGAGTTCTATCAGCATGTAGCCACATAGGACTAGTGGACAAGGGGATTGC 2441
Query 2396 ATACTTTGAATCCATGAATTCAGAATATGGAATAGCTCCTAAGCCAGAACACTATGTGTG 2455
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2442 ATACTTTGAATCCATGAATTCAGAATATGGATTATCTCCTAAACCGGAACACTATGTGTG 2501
Query 2456 TGTAGTGGATATGCTAACCCGAGCTGGTCTTTTGAGTCGTGCGAAAGATTTTATTCAGGA 2515
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2502 TGTAGTGGATATGCTAACTCGAGCTGGTCTTTTGAGCCGTGCGAAAGAGTTCATTCAGGA 2561
Query 2516 GATGCCTAT-AGAGCCAGATGCCTTGGTCTGGAGAACACTTTTGAGTGCTTGTGTGGTAC 2574
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2562 AATGCCTATTA-AGCCAGATGCCTTGGTCTGGAGAACACTTTTGAGTGCTTGTGTAGTGC 2620
Query 2575 ACAAGAACATGGAAATAGGAGAATTTGCTGCGCATCATCTCCTAGAGTTAGAACCGGAAG 2634
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2621 ACAAGAACATGGAAATAGGAGAATTTGCAGCGCATCATCTCCTAGAGTTAGAACCTGAAG 2680
Query 2635 ACTCAGCAACATATGTACTTCTGTCAAATCTGTATGCGGTGTGCAGGAAATGGGATGCTA 2694
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2681 ACTCAGCAACATATGTTCTTCTGTCAAATCTGTATGCGGTGTCCAAGAAATGGGATGCTA 2740
Query 2695 GGGATCTTACAAGACAAAAGATGAAAGAAAAGGGTGTGAAAAAAGAACCGGGACAAAGTT 2754
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2741 GGGATCTTACAAGACAAAAGATGAAAGAAAAGGGTGTGAAGAAAGAACCGGGACAAAGTT 2800
Query 2755 GGATTGAAGTTAAAAACTCGATTCACTCTTTCTATGTTGGTGACCAGAATCACCCATTGG 2814
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2801 GGATTGAAGTTAAAAACTCAATTCACTCTTTCTATGTTGGTGACCAGAATCACCCGTTAG 2860
Query 2815 CAGATGAAATACACGAATATTTCAAAGATCTAACCAAACGAGCATCTGAGATCGGGTATG 2874
||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2861 CAGATGAGATACATGAATACTTCCAAGATCTTACCAAACGAGCATCTGAAATCGGGTATG 2920
Query 2875 TGCAAGACTGTTTCAGCCTCCTGAATGAACTGCAGCAAGAGCAAAAAGATCCGACGATAT 2934
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | || |
Sbjct 2921 TGCAAGACTGTTTCAGCCTATTGAATGAACTGCAGCACGAGCAAAAAGATCCAATAATTT 2980
Query 2935 TCATTCACAGCGAGAAACTAGCGATTTCTTTTGGACTCCTTAGCTTGCCTGCAACAATGC 2994
|||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2981 TCATCCACAGCGAGAAATTAGCAATTTCATTTGGACTCCTTAGCTTGCCTGCAACAGTGC 3040
Query 2995 CTATAAATGTAATGAAGAACCTACGTGTTTGCAACGATTGCCATGATTGGATAAAGTTTG 3054
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3041 CTATAAATGTAATGAAGAACCTACGTGTTTGCAACGATTGCCATGCTTGGATAAAGTTTG 3100
Query 3055 TATCCAAGGTATCAAATAGAGAAATCATAGTGAGGGATGCTTATAGGTTTCATCATTTTG 3114
|||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3101 TATCTAAGGTATCAAATCGAGAAATCATAGTGAGGGATGCATATAGGTTTCATCATTTTG 3160
Query 3115 AAGGAGGTGCTTGTTCATGTAAAGATTACTGGTAAGAGACAAAGCTTGGTAGCTCACTCG 3174
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 3161 AAGGAGGTGCTTGCTCTTGTAAAGATTACTGGTAAGAGCCAAAGCCTGGTAGCTCACTCG 3220
Query 3175 CCTCTTGTGGGAAGGTTAAGTCTATGTTCCTAAGTTCGAGCTCTGGTTCTAGCTTGAAGA 3234
|||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 3221 CCTCTTTTGGGAAGGTTAAGTCTGTGTTCCAAAGTTCGAGCTCTGGTTCTCGCTCAAAGA 3280
Query 3235 AGGATATCATGGACCAAAGCTTACGGGTAAGCTGAATTTTCAGCGATGAT 3284
|||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 3281 AGGAGATCATGGACCAAACCTTACGGGTAAGCTGAATTCTCAGCAATGAT 3330
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 164948908584
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5