BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg493597
Length=1170
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG01250.1 | Symbols: NDHB.2 | NADH-Ubiquinone/plastoquinone (... 2145 0.0
ATCG00890.1 | Symbols: NDHB.1 | NADH-Ubiquinone/plastoquinone (... 2145 0.0
AT1G21945.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:7717... 84.2 3e-15
> ATCG01250.1 | Symbols: NDHB.2 | NADH-Ubiquinone/plastoquinone
(complex I) protein | chrC:141854-143708 FORWARD LENGTH=1170
Length=1170
Score = 2145 bits (1161), Expect = 0.0
Identities = 1167/1170 (99%), Gaps = 0/1170 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTATAACAGAGTTTCTGTTATTCATATTAACAGCTACTCTAGGAGGAATGTTTTTA 60
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Sbjct 1 ATGGCTATAACAGAGTTTCTGTTATTCATATTAACAGCTACTCTAGGAGGAATGTTTTTA 60
Query 61 TGTGGTGCTAACGATTTAATAACTATCTTTGTAGCTCCAGAATGTTTCAGTTTATGCTCC 120
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Sbjct 61 TGTGGTGCTAACGATTTAATAACTATCTTTGTAGCTCCAGAATGTTTCAGTTTATGCTCC 120
Query 121 TACCTATTATCTGGATATACCAAGAAAGATGTACGATCTAATGAGGCTACTATGAAATAT 180
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Sbjct 121 TACCTATTATCTGGATATACCAAGAAAGATATACGATCTAATGAGGCTACTATGAAATAT 180
Query 181 TTACTCATGGGTGGGGCAAGCTCTTCTATTCTGGTTCATGGTTTCTCTTGGCTATATGGT 240
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Sbjct 181 TTACTCATGGGTGGGGCAAGCTCTTCTATTCTGGTTCATGGTTTCTCTTGGCTATATGGT 240
Query 241 TCATCCGGGGGAGAGATTGAGCTTCAAGAAATAGTGAATGGTCTTATCAATACACAAATG 300
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Sbjct 241 TCATCCGGGGGAGAGATTGAGCTTCAAGAAATAGTGAATGGTCTTATCAATACACAAATG 300
Query 301 TATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAAG 360
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Sbjct 301 TATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAAG 360
Query 361 CTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGATCTCCCACTCCA 420
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Sbjct 361 CTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGATCTCCCACTCCA 420
Query 421 GTCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATT 480
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Sbjct 421 GTCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATT 480
Query 481 TTCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCT 540
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Sbjct 481 TTCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCT 540
Query 541 ATTCTTAGCATGATATTGGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATG 600
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Sbjct 541 ATTCTTAGCATGATATTCGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATG 600
Query 601 CTTGCATATTCGTCCATAGGTCAAATCGGATATGTAATTATTGGAATAATTGTTGGAGAC 660
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Sbjct 601 CTTGCATATTCGTCCATAGGTCAAATCGGATATGTAATTATTGGAATAATTGTTGGAGAC 660
Query 661 TCAAATGGTGGATATGCGAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTA 720
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Sbjct 661 TCAAATGGTGGATATGCGAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTA 720
Query 721 GGAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGAT 780
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Sbjct 721 GGAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGAT 780
Query 781 TATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTA 840
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Sbjct 781 TATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTA 840
Query 841 TCCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGtttttttGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGT 900
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Sbjct 841 TCCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGTTTTTTTGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGT 900
Query 901 GGATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTGGTTTCAATAGGACTCCTTACGAGCGTTCTTTCT 960
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Sbjct 901 GGATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTGGTTTCAATAGGACTCCTTACGAGCGTTCTTTCT 960
Query 961 ATCTACTATTATCTAAAAATAATCAAGTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACC 1020
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Sbjct 961 ATCTACTATTATCTAAAAATAATCAAGTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACC 1020
Query 1021 CCTCACGTGCGAAATTATAGAATATCCCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGT 1080
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Sbjct 1021 CCTCACATGCGAAATTATAGAATATCCCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGT 1080
Query 1081 ATGATTGTATGTGTGATAGCATCTACTATACCAGGAATATCAATGAACCCGATTATTGCG 1140
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Sbjct 1081 ATGATTGTATGTGTGATAGCATCTACTATACCAGGAATATCAATGAACCCGATTATTGCG 1140
Query 1141 ATTGCTCAGGATACCCTTTTTAGCTTCTAG 1170
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Sbjct 1141 ATTGCTCAGGATACCCTTTTTAGCTTCTAG 1170
> ATCG00890.1 | Symbols: NDHB.1 | NADH-Ubiquinone/plastoquinone
(complex I) protein | chrC:94941-96795 REVERSE LENGTH=1170
Length=1170
Score = 2145 bits (1161), Expect = 0.0
Identities = 1167/1170 (99%), Gaps = 0/1170 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTATAACAGAGTTTCTGTTATTCATATTAACAGCTACTCTAGGAGGAATGTTTTTA 60
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Sbjct 1 ATGGCTATAACAGAGTTTCTGTTATTCATATTAACAGCTACTCTAGGAGGAATGTTTTTA 60
Query 61 TGTGGTGCTAACGATTTAATAACTATCTTTGTAGCTCCAGAATGTTTCAGTTTATGCTCC 120
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Sbjct 61 TGTGGTGCTAACGATTTAATAACTATCTTTGTAGCTCCAGAATGTTTCAGTTTATGCTCC 120
Query 121 TACCTATTATCTGGATATACCAAGAAAGATGTACGATCTAATGAGGCTACTATGAAATAT 180
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Sbjct 121 TACCTATTATCTGGATATACCAAGAAAGATATACGATCTAATGAGGCTACTATGAAATAT 180
Query 181 TTACTCATGGGTGGGGCAAGCTCTTCTATTCTGGTTCATGGTTTCTCTTGGCTATATGGT 240
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Sbjct 181 TTACTCATGGGTGGGGCAAGCTCTTCTATTCTGGTTCATGGTTTCTCTTGGCTATATGGT 240
Query 241 TCATCCGGGGGAGAGATTGAGCTTCAAGAAATAGTGAATGGTCTTATCAATACACAAATG 300
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Sbjct 241 TCATCCGGGGGAGAGATTGAGCTTCAAGAAATAGTGAATGGTCTTATCAATACACAAATG 300
Query 301 TATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAAG 360
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Sbjct 301 TATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAAG 360
Query 361 CTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGATCTCCCACTCCA 420
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Sbjct 361 CTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGATCTCCCACTCCA 420
Query 421 GTCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATT 480
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Sbjct 421 GTCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATT 480
Query 481 TTCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCT 540
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Sbjct 481 TTCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCT 540
Query 541 ATTCTTAGCATGATATTGGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATG 600
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Sbjct 541 ATTCTTAGCATGATATTCGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATG 600
Query 601 CTTGCATATTCGTCCATAGGTCAAATCGGATATGTAATTATTGGAATAATTGTTGGAGAC 660
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Sbjct 601 CTTGCATATTCGTCCATAGGTCAAATCGGATATGTAATTATTGGAATAATTGTTGGAGAC 660
Query 661 TCAAATGGTGGATATGCGAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTA 720
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Sbjct 661 TCAAATGGTGGATATGCGAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTA 720
Query 721 GGAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGAT 780
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Sbjct 721 GGAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGAT 780
Query 781 TATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTA 840
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Sbjct 781 TATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTA 840
Query 841 TCCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGtttttttGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGT 900
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Sbjct 841 TCCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGTTTTTTTGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGT 900
Query 901 GGATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTGGTTTCAATAGGACTCCTTACGAGCGTTCTTTCT 960
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Sbjct 901 GGATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTGGTTTCAATAGGACTCCTTACGAGCGTTCTTTCT 960
Query 961 ATCTACTATTATCTAAAAATAATCAAGTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACC 1020
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Sbjct 961 ATCTACTATTATCTAAAAATAATCAAGTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACC 1020
Query 1021 CCTCACGTGCGAAATTATAGAATATCCCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGT 1080
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Sbjct 1021 CCTCACATGCGAAATTATAGAATATCCCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGT 1080
Query 1081 ATGATTGTATGTGTGATAGCATCTACTATACCAGGAATATCAATGAACCCGATTATTGCG 1140
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Sbjct 1081 ATGATTGTATGTGTGATAGCATCTACTATACCAGGAATATCAATGAACCCGATTATTGCG 1140
Query 1141 ATTGCTCAGGATACCCTTTTTAGCTTCTAG 1170
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Sbjct 1141 ATTGCTCAGGATACCCTTTTTAGCTTCTAG 1170
> AT1G21945.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:7717826-7722120
FORWARD LENGTH=4295
Length=4295
Score = 84.2 bits (45), Expect = 3e-15
Identities = 45/45 (100%), Gaps = 0/45 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 295 CAAATGTATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATC 339
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Sbjct 1655 CAAATGTATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATC 1699
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 57429423480
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5