BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg493621
Length=1555
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G35630.1 | Symbols: GS2, GLN2, ATGSL1 | glutamine synthetase... 2385 0.0
> AT5G35630.1 | Symbols: GS2, GLN2, ATGSL1 | glutamine synthetase
2 | chr5:13830429-13833451 FORWARD LENGTH=1829
Length=1829
Score = 2385 bits (1291), Expect = 0.0
Identities = 1430/1494 (96%), Gaps = 22/1494 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 66 GGATCATCAATCCAATGGCACAGATCTTAGCAGCTTCTCCAACATGTCAGATGAGAGTGC 125
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 GGATCATCAATCCAATGGCTCAGATCTTAGCAGCTTCTCCAACATGTCAGATGAGAGTGC 370
Query 126 CTAAACACTCATCAGTCATT---TCATCATCCAAGTTATGGAGCTCTGTTGTGTTGAAAC 182
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 CTAAACACTCATCAGTCATTGCATCATCATCCAAGTTATGGAGCTCTGTTGTGTTGAAAC 430
Query 183 AGAAGAAGCAGAGCAACAACAAAGTCAGAGGCTTTAGAGTTCTTGCTCTCCAATCTGATA 242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 431 AGAAGAAGCAGAGCAACAACAAAGTCAGAGGCTTTAGAGTTCTTGCTCTCCAATCTGATA 490
Query 243 ACAGTACTGTCAATAGAGTTGAGACTCTTCTCAATTTAGACACCAAACCTTACACTGACA 302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 491 ACAGTACTGTCAATAGAGTTGAGACTCTTCTCAATTTAGACACCAAACCTTACTCTGACA 550
Query 303 GGATCATTGCTGAGTACATTTGGATTGGAGGATCTGGAATTGATCTTAGAAGCAAGTCAA 362
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 551 GGATCATTGCTGAATACATTTGGATCGGAGGATCTGGAATTGACCTTAGAAGCAAGTCAA 610
Query 363 GGACTATCGAAAAGCCGGTGGAGGATCCTTCTGAGCTTCCTAAGTGGAACTATGATGGTT 422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 611 GGACTATCGAAAAGCCGGTGGAGGATCCTTCTGAGCTACCTAAGTGGAACTATGATGGTT 670
Query 423 CGAGTACTGGTCAGGCACCTGGTGAAGATAGTGAAGTGATTCTATACCCGCAAGCTATCT 482
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 671 CGAGTACCGGTCAAGCACCTGGTGAAGATAGTGAAGTGATTCTATACCCGCAAGCTATCT 730
Query 483 TCAGAGATCCTTTCCGTGGGGGCAATAACATCTTGGTTATCTGTGATACTTGGACACCAG 542
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 731 TCAGAGATCCTTTCCGTGGAGGCAATAACATCTTGGTTATCTGTGATACTTGGACACCAG 790
Query 543 CTGGTGAGCCAATTCCAACAAACAAACGTGCTAAAGCTGCTGAGATCTTCAGTAACAAGA 602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 791 CTGGTGAGCCAATTCCAACAAACAAACGTGCTAAAGCTGCTGAGATCTTCAGTAACAAGA 850
Query 603 AGGTCACCAACGAGGTTCCATGGTTCGGCATTGAACAAGAGTACACTTTACTTCAGCAAA 662
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 851 AGGTCTCTGGCGAGGTTCCATGGTTCGGCATTGAACAAGAGTACACTTTACTTCAGCAAA 910
Query 663 ACGTCAAATGGCCGTTGGGTTGGCCTGTTGGAGCGTTCCCTGGTCCTCAGGGTCCTTACT 722
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 911 ACGTCAAATGGCCTTTAGGTTGGCCTGTTGGAGCGTTCCCTGGTCCTCAGGGTCCTTACT 970
Query 723 ACTGTGGAGTTGGAGCTGACAAGATTTGGGGGCGTGACATTTCAGATGCTCATTACAAAG 782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 971 ACTGTGGAGTTGGAGCTGACAAGATTTGGGGGCGTGACATTTCAGATGCTCATTACAAAG 1030
Query 783 CTTGTTTATATGCTGGGATTAACATTAGTGGTACTAATGGTGAAGTTATGCCTGGACAGT 842
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031 CTTGTTTATATGCTGGAATTAACATTAGTGGTACTAATGGTGAAGTTATGCCTGGACAGT 1090
Query 843 GGGAGTTCCAAGTTGGCCCGAGCGTAGGAATCGACGCAGGTGATCATGTTTGGTGTGCTA 902
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1091 GGGAGTTCCAAGTTGGCCCGAGCGTAGGAATTGATGCAGGTGATCATGTTTGGTGTGCTA 1150
Query 903 GATACCTTCTTGAGAGAATCACAGAACAAGCGGGTGTTGTCCTAACACTTGATCCCAAAC 962
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1151 GATACCTTCTTGAGAGAATCACAGAACAAGCTGGTGTTGTCCTAACACTTGATCCCAAAC 1210
Query 963 CGATTGAGGGTGACTGGAACGGTGCTGGTTGCCACACCAATTACAGTACCAAGAGCATGA 1022
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1211 CGATAGAGGGTGACTGGAACGGTGCTGGTTGCCACACCAATTACAGTACCAAGAGCATGA 1270
Query 1023 GAGAGGAAGGAGGATTTGAGGTGATCAAAAAGGCCATCTTGAACCTCTCGCTTCGCCACA 1082
||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1271 GAGAGGAAGGAGGATTTGAAGTGATCAAGAAGGCTATCTTGAACCTCTCGCTTCGCCACA 1330
Query 1083 AGGAGCACATCAGTGCCTACGGTGAAGGCAATGAGAGAAGGTTGACCGGAAAGCACGAGA 1142
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1331 AGGAGCACATCAGTGCCTACGGTGAAGGAAACGAGAGAAGGTTGACCGGAAAGCACGAGA 1390
Query 1143 CAGCTAGTATCGACCAATTCTCATGGGGCGTGGCTAACCGTGGATGCTCTATTCGTGTGG 1202
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391 CAGCTAGTATTGACCAGTTCTCATGGGGCGTGGCTAACCGTGGATGCTCTATTCGTGTGG 1450
Query 1203 GACGTGATACCGAGGCGAAAGGAAAAGGTTACTTGGAAGATCGGCGTCCAGCATCTAACA 1262
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1451 GACGTGACACCGAGGCGAAAGGAAAAGGTTACTTAGAAGATCGCCGTCCAGCATCTAACA 1510
Query 1263 TGGACCCATACATTGTGACCTCACTTTTGGCAGAGACCACACTCCTGTGGGAGCCAACTC 1322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1511 TGGACCCATACATTGTGACCTCACTTTTGGCAGAGACCACACTCCTGTGGGAGCCAACTC 1570
Query 1323 TTGAGGCTGAAGCACTCGCAGCCCAAAAGCTTTCCTTGAATGTTTAAAATTAGTCGAAAC 1382
||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1571 TTGAGGCTGAAGCCCTTGCAGCTCAAAAGCTTTCTTTGAATGTTTAAAATTAGTCGAAAC 1630
Query 1383 TTTCATGAATCCGATGAACACACATGTCTATGTGGTCTCTCCGGGATCATAAGGTTGTTT 1442
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | | | ||||||
Sbjct 1631 TTTCATGAATCTGATGAACACACGTGTCTATGTGGTCTCTC----A--A---G-TTGTTT 1680
Query 1443 AAAACATTTGTTCGGATTAAGACATTATTTGTTGTCTTTTCATTTGCATTGTTGAAACTA 1502
||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1681 AAA-CATT----CGGATTAAGACATTGTTTGTTGTCTTTTCATTTGCATTTTTAAAACTC 1735
Query 1503 AGAACTCTATATGGGA-AATGGTCATCCTTTTATATTGGTTCTTTTGACTGTTA 1555
|||| | | ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 AGAA-T-TGTATGG-ACAATGTTCATCCTTTTATATTGGTTCTTTTGACTGTTA 1786
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76756633305
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5