BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg493637
Length=3629
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G35840.1 | Symbols: PHYC | phytochrome C | chr5:14007826-140... 5376 0.0
> AT5G35840.1 | Symbols: PHYC | phytochrome C | chr5:14007826-14011764
FORWARD LENGTH=3704
Length=3704
Score = 5376 bits (2911), Expect = 0.0
Identities = 3367/3583 (94%), Gaps = 48/3583 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTTCTTCCCCCTTCCTCTCTCAGCTTCTCTTCTCACACCACTACTAAGGAACATTCCAA 60
|||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||| ||||||
Sbjct 5 TCTTCTTCCCCCTTCCTCTCTCAGCTTCTC-TC-C-CACCACTAAGGAGGAACGTTCCAA 61
Query 61 AGATCCTCTCTCTCAGAGAATTCGCAGCAAAATCTCCAAGAAAACGAAACCCTAAT-GAG 119
|||||| || ||||||||||||| ||| ||||||| ||| || ||||||||||| |||
Sbjct 62 AGATCC-CTTTCTCAGAGAATTCCCAGAAAAATCTTCAA-CAATTGAAACCCTAATGGAG 119
Query 120 TACTCAATCGGATCCTTGAATCCTTTGGTTTG----T---CTCCATTTCTG-AA----A- 166
| ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |
Sbjct 120 -AATCATTCGGATCCTTGAATCCTTTGGTTTGTCTCTCACCTCCATTTCTGAAATTTCAT 178
Query 167 -----t-t--tt-tt-t----ATTCGTTTTGAAGAGAAGAAA-ATATGTCATCGAACACT 211
| | || || | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 179 TGCTTTGTGATTCTTCTGCAGATTCGTTTTGAAGAGAAGAAAGAAATGTCATCGAACACT 238
Query 212 TCACGAAGCTGTTCTACTAGATCTAGAAAAAACTCTCGAGTTTCTTCACAAGTTCTCGTC 271
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 TCACGAAGCTGTTCTACTAGATCTAGACAAAACTCTCGAGTTTCTTCACAAGTTCTCGTC 298
Query 272 GACGCAAAGCTACACACAAACTTCGAAGAATCTGAGCGTTTATTTGACTATTCAGCTTCA 331
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 GACGCAAAGCTACACGGAAACTTCGAAGAATCTGAGCGTTTATTTGACTATTCAGCTTCA 358
Query 332 ATAAACTTGAACATGCCAAGTTCTTCTTCCTGTGAAATTCCTTCTTCAGCTGTCTCAACT 391
|||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 ATAAACTTGAACATGCCAAG---TTCTTCCTGTGAGATTCCTTCTTCAGCTGTCTCAACG 415
Query 392 TACTTACAGAAGATTCAGAGAGGGATGTTGATTCAA-CCTTTCGGTTGTTTAATCGTTGT 450
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 416 TACTTACAGAAGATTCAGAGAGGGATGTTGATTCAACCCTTT-GGTTGTTTAATCGTTGT 474
Query 451 TGATGaaaaaaaaCTTAAAGTCATTGCCTTTAGTGAAAACACTCAAGAGATGTTGGGTTT 510
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 TGATGAGAAAAACCTTAAAGTCATTGCCTTTAGTGAAAACACTCAAGAGATGTTGGGTTT 534
Query 511 GACTCCACACACAGTACCAAGTATGGAGCAGCGTGAAGCTTTGAGTATAGGAACTGATGT 570
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 535 GATTCCACATACAGTACCAAGTATGGAGCAGCGTGAAGCTTTGACTATAGGAACTGATGT 594
Query 571 GAAGTCATTGTTTCAGTCTCCAGGTTGTTCTGCTTTGCAGAAAGCTGTTGACTTTGGTGA 630
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 GAAATCATTGTTTCTGTCTCCAGGTTGTTCTGCTTTGGAGAAAGCTGTTGACTTTGGTGA 654
Query 631 GATTAGTATTTTGAATCCGATTACGCTTCATTGTAGGTCTTCAAGTAAGCCTTTTTATGC 690
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 GATTAGTATTTTGAATCCTATCACGCTTCATTGTAGGTCTTCAAGTAAGCCTTTTTATGC 714
Query 691 GATTTTGCATCGGATTGAGGAAGGTCTTGTTATAGATTTGGAGCCTGTTAGTCCGGATGA 750
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 715 GATTCTGCATCGGATTGAGGAAGGTCTTGTTATAGATTTGGAGCCTGTGAGTCCTGATGA 774
Query 751 GGTGCCTGTGACTGCTGCTGGGGCTTTGAGATCGTATAAGCTTGCGGCGAAATCGATTTC 810
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 GGTGCCTGTGACTGCTGCCGGGGCTTTAAGATCGTATAAGCTTGCGGCGAAATCGATTTC 834
Query 811 GAGATTGCAGGCATTGCCTGGTGGGAATATGTTGTTGCTGTGTGATGCTTTGGTTAAGGA 870
||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 GAGGTTGCAGGCATTGCCTAGTGGGAATATGTTGTTGTTGTGTGATGCTTTGGTTAAGGA 894
Query 871 AGTTAGTGAATTAACTGGTTATGATAGGGTGATGGTGTATAAGTTCCATGAAGATGGGCA 930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 895 AGTTAGTGAATTAACTGGTTATGATAGGGTGATGGTGTATAAGTTCCATGAGGATGGGCA 954
Query 931 TGGGGAAGTGATTGCTGAATGCTGCAGGGATGATTTGGAACCTTATCTTGGGTTGCATTA 990
||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 TGGGGAAGTGATTGCTGAATGCTGCCGGGAAGATATGGAACCTTATCTTGGGTTGCATTA 1014
Query 991 CTCCGCTACTGATATACCGCAAGCTTCGAGATTTCTCTTTATGAGAAACAAGGTTAGGAT 1050
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 CTCCGCTACTGATATACCGCAAGCTTCGAGATTTCTGTTTATGAGAAACAAGGTTAGGAT 1074
Query 1051 GATTTGTGATTGTTCAGCGGTTCCAGTTAAAGTAGTTCAAGATAAGAGTCTCTCACAGCC 1110
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 GATTTGTGATTGTTCAGCGGTTCCGGTTAAAGTCGTTCAAGATAAGAGTCTCTCACAGCC 1134
Query 1111 GATAAGTCTTTCTGGATCTACTTTGAGAGCTCCTCATGGTTGTCATGCACAGTATATGAG 1170
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1135 AATAAGTCTTTCTGGATCTACTTTGAGAGCTCCTCATGGTTGTCACGCACAGTATATGAG 1194
Query 1171 TAATATGGGATCAGTGGCGTCTCTTGTTATGTCTGTAACAATTAATGGTAGCGATAGTGA 1230
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||
Sbjct 1195 TAATATGGGATCAGTGGCGTCTCTTGTCATGTCTGTAACTATCAATGGTAGTGATAGTGA 1254
Query 1231 TGAGATGAACAGAGATTTACAGACTGGCAGACACTTATGGGGCTTGGTGGTTTGTCATCA 1290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 TGAGATGAACAGAGATTTACAGACTGGCAGACACTTATGGGGCTTGGTGGTTTGTCATCA 1314
Query 1291 CGCAAGTCCTAGGTTCGTGCCGTTTCCATTACGATATGCTTGTGAGTTCTTGACTCAAGT 1350
|||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1315 CGCAAGTCCTAGATTTGTTCCGTTTCCATTACGATATGCTTGTGAATTCTTGACTCAAGT 1374
Query 1351 ATTTGGCGTGCAGGTCAACAAAGAAGCGGAATCAGCTGTTCTGTTGAAAGAAAAGCGTAT 1410
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1375 ATTTGGCGTGCAGATCAACAAAGAAGCGGAATCAGCTGTTCTGTTGAAAGAGAAGCGTAT 1434
Query 1411 TTTGCAAACTCAAAGTGTGCTATGTGACATGCTTTTTCGCAATGCACCAATAGGTATAGT 1470
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 TTTGCAAACTCAGAGTGTGCTATGTGACATGCTTTTCCGCAATGCACCAATAGGTATAGT 1494
Query 1471 CACTCAGTCACCAAATATAATGGATCTTGTTAAATGTGATGGAGCAGCCCTT-TATTACA 1529
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||
Sbjct 1495 CACTCAATCACCAAATATAATGGATCTTGTTAAATGTGATGGAGCAG-CATTATATTACA 1553
Query 1530 GAGAGAAGCTCTGGTCTCTAGGGGTTACTCCTACTGAGACACAAATTAGAGATCTAATCG 1589
|||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1554 GAGACAACCTCTGGTCTCTAGGAGTTACTCCCACAGAGACACAAATTAGAGATCTAATTG 1613
Query 1590 ATTGGGTTCTCAAAAGTCATGGAGGAAACACTGGCTTTACCACTGAAAGTCTAATGGAGT 1649
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 ACTGGGTTCTCAAAAGTCATGGAGGAAACACTGGCTTTACCACTGAAAGTCTAATGGAGT 1673
Query 1650 CTGGCTATCCGGATGCTTCTGTTCTTGGGGAGTCAATCTGTGGAATGGCTGCTGTACATA 1709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1674 CTGGCTATCCGGATGCTTCTGTTCTTGGGGAGTCAATATGTGGAATGGCTGCCGTATATA 1733
Query 1710 TAACCGATAAAGATTTCCTTTTCTGGTTTCGGTCTGGCACTGCAAAACAGATCCAGTGGG 1769
| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1734 TTTCCGAAAAAGATTTCCTTTTCTGGTTCCGGTCTAGCACTGCAAAACAGATCAAGTGGG 1793
Query 1770 GTGGTGCAAGACATGATCCTAACGACAGGGATGGTAAGAGGATGCATCCTAGATCCTCAT 1829
||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1794 GTGGTGCAAGACACGATCCTAATGACAGAGATGGTAAGAGAATGCATCCTAGATCCTCAT 1853
Query 1830 TCAAGGCATTTATGGAAATTGTTAGGTGGAAAAGTATGCCCTGGGATGACATGGAAATGG 1889
||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1854 TCAAGGCTTTTATGGAAATAGTCAGGTGGAAAAGTGTGCCCTGGGATGACATGGAAATGG 1913
Query 1890 ATGCAATTAATTCTCTGCAGCTAATAATAAAAGGCTCATTGCAAGATGAGCATTCAAAAA 1949
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1914 ATGCAATTAATTCTCTGCAGCTAATAATAAAAGGCTCATTGCAAGAGGAGCATTCAAAGA 1973
Query 1950 CTGTTGTGAATGTCCCGTTTGTGGATAATAGGGTTCAGAAGGTAGATGAATTGTGTGTTA 2009
|||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1974 CTGTTGTGGATGTCCCACTTGTGGATAATAGGGTTCAGAAGGTAGATGAATTGTGTGTTA 2033
Query 2010 TCGTGAATGAAATGGTGCGCTTGATTGATACAGCAGCTGTTCCGATCTTTGCTGTTGATG 2069
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2034 TCGTGAATGAAATGGTGCGGTTGATTGATACAGCAGCTGTTCCCATCTTTGCGGTTGATG 2093
Query 2070 CTTCTGGTGTTATAAACGGTTGGAATACTAAAGCGGCTGAGGTATCTGGATTGGCAGTTG 2129
| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 2094 CCTCTGGTGTTATAAATGGTTGGAATTCTAAAGCGGCTGAGGTAACAGGATTGGCAGTTG 2153
Query 2130 AACAAGCAATAGGCAAACCTGTATCAGATCTCGTTGAGGACGATTCTGCAGAAACCGTAA 2189
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 2154 AACAAGCAATAGGCAAACCTGTATCAGATCTCGTTGAGGACGATTCTGTAGAAACCGTGA 2213
Query 2190 AGAACATGTTAGCATTGGCTCTCGAAGGTAGTGAAGAACGTGGTGCTGCGATCAGGATCA 2249
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2214 AGAACATGTTAGCCTTGGCTCTCGAAGGTAGTGAAGAACGTGGTGCTGAGATCAGGATCA 2273
Query 2250 GAGCATTTGGTCCTAAAAGGAAAAGCAGTCCGATTGAGTTAGTTGTCAACACTTGCTGTA 2309
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2274 GAGCATTTGGTCCTAAAAGGAAAAGCAGTCCGGTTGAGTTAGTTGTCAACACTTGTTGTA 2333
Query 2310 GCAGAGATAGGACGAATAATGTTCTTGGTGTATGCTTTATTGGACAAGATATTACAGGCC 2369
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 2334 GCAGAGATATGACGAATAATGTTCTTGGTGTATGCTTCATTGGACAAGATGTTACAGGCC 2393
Query 2370 AGAAAACGCTTATTGAAAACTATAGCCGCGTGCAAGGAGATTATGCCCGAATCATGTGGA 2429
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2394 AGAAAACGCTTACTGAAAACTATAGCCGCGTGAAAGGAGATTATGCCCGAATCATGTGGA 2453
Query 2430 GCCCGTCCACACTCATTCCACCAATTTTTATGACCAATGAAAATGGGTTATGCTCAGAGT 2489
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2454 GCCCTTCCACACTCATTCCACCAATTTTTATAACCAATGAAAATGGGGTATGCTCAGAGT 2513
Query 2490 GGAACAATGCAATGCAGAAGCTCTCTGGGATAAAGAGAGAAGAAGTTGTCAATAAAATGC 2549
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2514 GGAACAACGCAATGCAGAAGCTCTCTGGGATAAAGAGAGAAGAAGTTGTCAATAAAATTC 2573
Query 2550 TTCTCGGTGAGGTTTTTACCTCAGATGATTATGGTTGCCGCCTGAAAGACCATGACACTT 2609
||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 2574 TTCTCGGGGAGGTTTTTACCACAGATGATTATGGTTGCTGCCTTAAAGACCATGACACTT 2633
Query 2610 TAACTAAGCTGCGAATAGGTTTCAATGCTGTGATTTCTGGGCAGAAGAACATAGAGAAGC 2669
|||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 2634 TAACGAAGCTGAGAATAGGTTTCAATGCTGTGATTTCTGGCCAAAAGAACATAGAGAAGC 2693
Query 2670 TTTTATTTGGCTTTTACCATCGTGATGGTAGCTTCATCGAGGCTTTACTTTCTTCAAACA 2729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||
Sbjct 2694 TTTTATTTGGCTTTTACCATCGTGATGGTAGCTTCATCGAGGCATTGCTTTCTGCAAACA 2753
Query 2730 AAAGGACTGATATTGAGGGAAAGGTTACCGGGGTTTTATGCTTTTTGCAAGTACCTAGTC 2789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2754 AAAGGACTGATATTGAGGGAAAGGTTACCGGGGTTTTATGCTTTTTGCAAGTACCTAGTC 2813
Query 2790 CAGAACTCCAATATGCTCTACAGGTTCAGCAAGTATCCGAGCAGGTGATCGCCTGTGCCT 2849
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | || |||||||||
Sbjct 2814 CAGAACTCCAATATGCTCTACAGGTTCAGCAAATATCAGAGCATGCAATTGCCTGTGCCC 2873
Query 2850 TCAACAAATTGGCATATTTCCGCCAAGAAGCAAAGAACCCAC-AACAGGCAATTTCTTTC 2908
||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||| | || ||||||| || |||
Sbjct 2874 TCAACAAATTGGCATATCTCCGCCATGAAGTGAAGGACCC-CGAAAAGGCAATATCCTTC 2932
Query 2909 CTTCAAGATTTGCTACATTCATCTGGATTAAGTGAAGATCAAAAGCAGCTCTTGAGGACA 2968
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||
Sbjct 2933 CTTCAAGATTTGCTCCATTCATCTGGATTAAGTGAAGACCAAAAGCGGCTCCTGAGGACA 2992
Query 2969 AGCGTTTTATGCAGGGAGCAGTTAGCCAAAGTCATAAGCGACTCAGACATAGACGGAATC 3028
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2993 AGCGTTTTATGCAGGGAGCAGTTAGCCAAAGTCATAAGCGACTCAGACATAGAGGGAATC 3052
Query 3029 GAAGAAGGCTATGTGGAACTGGATTGCAGCGAATTTAACCTTG-AGGAATCCCTGGAAGC 3087
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||
Sbjct 3053 GAAGAAGGCTATGTGGAACTGGATTGCAGCGAATTCGGCCT-GCAGGAATCCCTGGAAGC 3111
Query 3088 AGTTGTAAAACAAGTGATGGAGCTGAGCATAGAACGTAAAGTGCAGATCATCTGCGATTA 3147
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||
Sbjct 3112 AGTTGTAAAACAAGTGATGGAGCTGAGCATAGAACGTAAAGTACAAATCAGCTGCGATTA 3171
Query 3148 TCCTCAAGAAGTTTCGTCAATGAGACTGTATGGAGACAACCTAAGGCTTCAGCAAATCCT 3207
||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3172 TCCTCAAGAAGTTTCATCAATGAGATTGTATGGAGACAACTTAAGGCTTCAGCAAATCCT 3231
Query 3208 CTCAGAGACACTCTTAAGCAGCATACGCTTCACGCCTGCATTGAAAGGATTGTGTGTCTC 3267
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3232 TTCAGAGACACTATTAAGCAGCATACGCTTCACGCCTGCATTGAGAGGATTGTGTGTCTC 3291
Query 3268 ATTCAAGGTAATTGCACGGATAGAAGCTATAGGGAAAATAATGAAAAGAGTCGAGCTAGA 3327
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || ||
Sbjct 3292 ATTCAAGGTAATTGCACGGATAGAAGCTATAGGAAAAAGAATGAAAAGAGTCGAACTTGA 3351
Query 3328 GTTCAGGATAATACACCCGGCACCGGGACTGCCTGAGGATCTGGTAAGAGAGATGTTCCA 3387
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3352 GTTCAGGATAATACACCCGGCACCAGGACTGCCTGAGGATCTGGTAAGAGAGATGTTTCA 3411
Query 3388 GCCTTTGAGGAAAGG-AACATCAAGGGAAGGTTTGGGATTACACATCACCCAGAAGCTGG 3446
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3412 GCCTTTGAG-AAAGGGAACATCAAGGGAAGGTTTGGGATTACACATTACCCAGAAGCTGG 3470
Query 3447 TGAAACTCATGGAGAGAGGAACATTGAGATACCTCAGAGAGTCTGAAATGTCAGCCTTTG 3506
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3471 TGAAACTCATGGAGAGAGGAACATTGAGATACCTCAGAGAGTCTGAAATGTCAGCCTTTG 3530
Query 3507 TGATCGTCTCAGAATTTCCCTTGATTTGAATCAGAAGACGTGT 3549
||||| || ||||||||||||||||||||| | |||||| |||
Sbjct 3531 TGATCCTCACAGAATTTCCCTTGATTTGAAGCTGAAGACCTGT 3573
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 180701328686
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5