BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg493674
Length=3491
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G14790.1 | Symbols: RDR1, ATRDRP1 | RNA-dependent RNA polyme... 4405 0.0
> AT1G14790.1 | Symbols: RDR1, ATRDRP1 | RNA-dependent RNA polymerase
1 | chr1:5093961-5098032 REVERSE LENGTH=3807
Length=3807
Score = 4405 bits (2385), Expect = 0.0
Identities = 2661/2793 (95%), Gaps = 23/2793 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 530 aaCCTATCAATCTTTTGTTTGGAATGATGGATTTTTACAGTGATGGGTCTGATGAGCAAT 589
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 AACCTATCAATCTTTTGTTTGGAATAATGGATTTTTACAGTGATGGGTCTGATGAGCAAT 740
Query 590 GGATTAGAACTACAGATTTCACTTCATCTTCTTGTATCGGTCAATCAACAGCCTTCTGTT 649
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||
Sbjct 741 GGATTAGAACTACAGATTTCACTTCATCTTCTTGTATTGGTCAATCAACAGCGTTTTGTT 800
Query 650 TAGAGCTTCCTGTTCATCTTAATGTTCCTGATTTCAGAGAGAATTTTGCCAACTATGCAG 709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 801 TAGAGCTTCCTGTTCATCTTAATGTTCCTGATTTCAGAGAGAATTTTGCCAACTATGCAG 860
Query 710 AGCACAGAGCCAGCCCTTTTCTCATTGAATCCGGTTCTAGCTATTCATCTAATGCGAACA 769
|||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 861 AGCACAGAGCCAGCTCTTTTCTCATTGAATCTGGTTCTAGCTATTCATCTAATGCTAACA 920
Query 770 -AGCTCGTTCCGGTTGTTGATCCTCCTCCAGGGTTTGA-TTTGCCTTTTGAGATCTTGTT 827
| || ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 921 CA-CTTGTTCCTGTTGTTGATCCTCCTCCAGGGTTT-AGTTTGCCTTTTGAGATCTTGTT 978
Query 828 TAAACTTAATACATTGGTGCAGAACGCATGTCTC-CCAGGGCCAGCTCTTGATCTTGA-T 885
||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |
Sbjct 979 TAAACTTAACACATTGGTGCAGAACGCGTGTCTCTCC-GGGCCAGCTCTTGATCTTGACT 1037
Query 886 GTTTATCAGTTGCTTAATCCCa-aaaaaaT-TGACAGAGCTCTCATAGATCACTGTCTTG 943
|||||| |||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1038 -TTTATCGGTTGCTTAAT--CAGAAAAAATATGATAGAGCTCTCATAGATCACTGTCTTG 1094
Query 944 AGAAACTCTTTTACCTTGGGGAATCTTGCTATGAGCCTGCTCGTTGGCTTCGCAAACAGT 1003
| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| | |||
Sbjct 1095 AAAAACTCTTTCACCTTGGAGAATGTTGCTATGAGCCTGCTCATTGGCTTCGCGATGAGT 1154
Query 1004 ACAAGGAGTTGAGCTCGAAAGGAAAGCTTCCACTGTCTCCTACGATATCTCTTGATGATG 1063
||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1155 ACAAGAAGTGGATATCGAAAGGAAAGCTTCCACTGTCTCCTACAATATCTCTTGATGATG 1214
Query 1064 GACTTGTTTATATGTATCGCGTTCAAGTTACACCAGCAAGAGTCTATTTCTCTGGACCAG 1123
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1215 GACTTGTTTATATGTATCGCGTTCAAGTTACACCAGCAAGAGTCTATTTCTCTGGACCGG 1274
Query 1124 AGGTGAATGTTTCGAATCGTGTGCTTCGACATTACTCCAAGTATATCAACAACTTCCTCA 1183
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 AGGTGAATGTTTCTAATCGTGTGCTTCGACATTACTCCAAGTATATCAACAACTTCCTCA 1334
Query 1184 GGGTATCATTTGTTGATGAAGATCTTGAAAAAGTTCGTTCCATGGATCTGTCTCCACGCT 1243
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1335 GGGTCTCATTTGTTGATGAAGATCTTGAAAAGGTTCGTTCCATGGATCTATCTCCACGCT 1394
Query 1244 CTTCTACTCAAAGAAGAACCAAGTTATACGACAGGATATACTCTGTTCTTCGCGATGGGA 1303
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1395 CTTCTACTCAAAGAAGAACCAAGTTATACGACAGGATATATTCTGTTCTTCGCGATGGGA 1454
Query 1304 TTGTCATCGGCGATAAGAAGTTTGAGTTTCTCGCTTTTTCTTCCAGCCAGTTGCGGGAGA 1363
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1455 TTGTCATAGGCGATAAGAAGTTTGAGTTTCTCGCCTTTTCTTCCAGCCAGTTGCGGGAGA 1514
Query 1364 ACTCTGCTTGGATGTTTGCACCGATAGA-CGGGCTAACATCAGCACATATCAGAGCTTGG 1422
|||||||||||||||||||||| ||||| | || | ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1515 ACTCTGCTTGGATGTTTGCACCAATAGATC-GGATTACAGCAGCACATATCAGAGCTTGG 1573
Query 1423 ATGGGTGATTTTGACCATATAAGAAATGTAGCAAAATATGCTGCAAGGCTTGGTCAATCT 1482
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1574 ATGGGTGATTTTGACCATATAAGAAATGTAGCTAAATATGCTGCAAGGCTTGGTCAATCT 1633
Query 1483 TTTAGCTCGTCAAGAGAGACACTCAATGTTAGGAGTGATGAGATCGAAGTGATTCCTGAT 1542
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1634 TTTAGCTCTTCAAGAGAGACACTTAATGTTAGGAGTGATGAGATTGAAGTGATTCCTGAT 1693
Query 1543 GTTGAGATTATATCTTTAGGGACACGCTATGTGTTTTCTGATGGAATAGGAAAGATCTCA 1602
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1694 GTTGAGATTATATCTTTAGGGACACGCTATGTGTTTTCCGATGGAATAGGAAAGATATCA 1753
Query 1603 GCTGAATTTGCTAGACGGGTGGCTAAGAAATGTGGCCTCACAGAGTTTTCTCCATCTGCT 1662
||||||||||||||| ||| || | ||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1754 GCTGAATTTGCTAGAAAGGTAGCGAGGAAATGTGGTCTTACAGAGTTTTCTCCATCTGCT 1813
Query 1663 TTTCAAATCCGTTATGGCGGTTATAAAGGAGTGGTGGCTGTTGATCCAAACTCATCAAAG 1722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1814 TTTCAAATCCGTTATGGCGGTTATAAAGGAGTGGTGGCTGTTGATCCAAACTCATCAAAG 1873
Query 1723 AAACTGTCTCTGAGGAAGAGTATGAGCAAATTCGAGTCGGAGAACACGAAGCTTGATGTT 1782
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1874 AAACTGTCTCTGAGGAAGAGTATGAGCAAATTCGAATCGGAGAACACCAAGCTTGATGTT 1933
Query 1783 TTGGCATGGAGCAAGTACCAACCTTGTTATATGAACAGACAACTGATTACACTTTTGTCT 1842
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1934 CTGGCGTGGAGCAAGTACCAACCTTGTTATATGAACAGACAACTGATTACACTTTTGTCT 1993
Query 1843 ACTCTCGG-GATTAAAGACAGTGTATTTGAGAAGAAACAAAGGGAAGTTGTGGATCGGCT 1901
||||| || | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1994 ACTCTTGGAG-TTACGGACAGTGTGTTTGAGAAGAAACAAAGGGAAGTTGTGGATCGTCT 2052
Query 1902 CGACGCAATCTTAACTGATCCTTTGGAGGCTCACGAGGCTCTTGGTTTAATGGCTCCAGG 1961
|||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2053 CGACGCAATCTTGACTCATCCTTTGGAAGCTCACGAGGCTCTTGGTTTAATGGCTCCAGG 2112
Query 1962 GGAGAACACAAATATTCTCAAGGCATTGATCTTGTGTGGCTATAAACCTGACGCCGAACC 2021
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2113 GGAAAACACAAATATTCTCAAGGCATTGATCTTGTGTGGCTATAAACCTGACGCTGAACC 2172
Query 2022 TTTCCTTTCAATGATGCTTCAGAATTTCAGGGCATCTAAGTTGTTAGAACTACGGACAAA 2081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2173 TTTCCTTTCAATGATGCTTCAGAATTTCAGGGCATCTAAGTTGTTGGAACTACGGACAAA 2232
Query 2082 AACAAGGATTTTCATTTCTGGTGGAAGATCTATGATGGGATGCCTAGATGAGACCAGAAC 2141
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2233 AACAAGGATTTTCATTTCTGGTGGAAGATCTATGATGGGATGCCTAGACGAGACCAGAAC 2292
Query 2142 ATTGGAGTACGGTCAGGTAGTAGTGCAGTATTCAGATCCCATGAGGCCGGGAAGGCGATT 2201
| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2293 ACTGGAGTATGGTCAGGTAGTAGTGCAGTATTCAGATCCCATGAGGCCGGGAAGGCGATT 2352
Query 2202 CATCATCACCGGACCTGTTGTTGTTGCGAAAAACCCTTGCTTGCATCCTGGTGACGTGCG 2261
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2353 CATCATCACCGGACCTGTTGTTGTTGCCAAAAACCCATGCCTGCATCCTGGTGACGTGCG 2412
Query 2262 TGTTCTTGAAGCTGTCAATGTCCCAGCTTTGAATCACATGGTGGACTGCGTTGTATTCCC 2321
||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2413 TGTTCTTCAAGCTGTCAATGTCCCAGCTTTAAATCATATGGTGGACTGCGTTGTGTTCCC 2472
Query 2322 GCAAAAGGGATTGAGGCCACACCCAAACGAATGTTCTGGGAGTGATTTAGATGGAGATAT 2381
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2473 GCAAAAGGGCTTGAGGCCACACCCAAATGAATGTTCTGGGAGTGATTTAGATGGAGATAT 2532
Query 2382 ATACTTTGTATGTTGGGATCAAGAATTGATTCCACCAAGAACGTCTGAACCAATGGACTA 2441
||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2533 TTACTTTGTATGTTGGGATCAAGAATTGGTTCCGCCAAGAACGTCTGAACCAATGGACTA 2592
Query 2442 CACTCCTGAACCAGCTCAAATCTTGGATCATGATGTCACTATTGAGGAAGTTGAAGAGTA 2501
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2593 CACTCCTGAACCAACTCAAATCTTGGATCATGATGTCACAATTGAGGAAGTTGAAGAGTA 2652
Query 2502 CTTCGCAAACTACATTGTGAATGATAGTTTAGGTATCATCGCAAATGCTCATACCGCCTT 2561
||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2653 CTTTGCGAACTACATTGTGAATGATAGTTTAGGGATCATCGCGAATGCTCATACCGCCTT 2712
Query 2562 TGCGGATAAGGAACCACTCAAGGCGTTTAGTGACCCATGCATTGAGCTTGCAAGGAAGTT 2621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2713 TGCGGATAAGGAACCACTCAAGGCGTTTAGTGACCCATGCATTGAGCTTGCAAAGAAGTT 2772
Query 2622 TTCAGTTGCGGTAGATTTCCCAAAAACTGGTGTTGCCGCTGAGATACCGCAACATCTTCA 2681
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |
Sbjct 2773 TTCAACTGCGGTAGATTTCCCAAAAACTGGTGTTGCAGCTGTGATACCGCAACATCTTTA 2832
Query 2682 CGTGAAAGAGTATCCTGATTTCATGGAGAAACCGGATAAGCCAACATATGAGTCGAAGAA 2741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2833 CGTGAAAGAGTATCCTGATTTCATGGAGAAACCGGATAAGCCAACATATGAGTCGAAGAA 2892
Query 2742 CGTGATCGGTAAGCTTTTTAGAGAGGTAAAAGAGCGAGCTCCACCGTTGATCTCGATCAA 2801
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2893 CGTGATTGGTAAGCTTTTTAGAGAGGTAAAAGAGCGAGCTCCACCGTTGATCTCGATCAA 2952
Query 2802 ATCATTCACTCTTGATGTGGCCTTAAAGTCTTATGATAAAGACATGGAAGTTGACGGATT 2861
||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2953 ATCATTCACGCTTGATGTGGCCTCAAAGTCTTATGATAAAGACATGGAAGTTGACGGATT 3012
Query 2862 TGAGGAGTATGTTGATGAAGCTTTCCACTACAAGGCGAATTATGATTTCAAGTTAGGTAA 2921
||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3013 TGAGGAGTATGTTGATGAAGCTTTCTACCAGAAGGCGAATTATGATTTCAAGTTAGGTAA 3072
Query 2922 TTTAATGGATTACTATGGGATTAAGACTGAGGCTGAGATACTTAGTGGTGGTATCATGAG 2981
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 3073 TTTGATGGATTACTATGGGATTAAGACTGAGGCTGAGATTCTTAGTGGTGGTATAATGAG 3132
Query 2982 GATGTCAAAGTCATTCACCAAGAGACGAGATGCAGAGTCGATTGGAAGAGCGGTTCGGGC 3041
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3133 GATGTCAAAGTCATTCACCAAGAGACGAGATGCAGAATCGATTGGAAGAGCGGTTCGGGC 3192
Query 3042 GTTGAGGAAAGAAACTTTGTCGTTGTTCAATGCCACTGAAGAAGAA-AA--TGAGTCAGC 3098
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||
Sbjct 3193 GTTGAGGAAAGAAACTTTGTCGTTGTTCAATGCTTCTGAAGAAGAAGAAAATGAGTCAGC 3252
Query 3099 AAAGGCTTCGGCTTGGTATCATGTAACGTACCACTCAAGTTACTGGGGACTTTATAATGA 3158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3253 AAAGGCTTCGGCTTGGTATCATGTAACGTACCACTCAAGTTACTGGGGACTTTATAATGA 3312
Query 3159 GGGTTTGAATCGTGACCATTTCTTAAGCTTTGCGTGGTGCGTTTATGATAAGCTTGTGAG 3218
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3313 GGGTTTGAATCGTGACCATTTCTTAAGTTTTGCGTGGTGCGTTTATGATAAGCTTGTGAG 3372
Query 3219 GATCAAGAAGACCAATGCT-GGGAGGCGTCAGAGGCAGGAGACGCTCGAGCGGTTAGGCC 3277
|||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3373 GATCAAGAAGACCAAT-CTTGGGAGGCGTCAGCGGCAGGAGACGCTCGAGCGGTTAGACC 3431
Query 3278 ATGTTCTGCGTTT-GAGTTGAttttttattttt 3309
||||||||||||| | ||||||||||| |||||
Sbjct 3432 ATGTTCTGCGTTTCG-GTTGATTTTTTTTTTTT 3463
Score = 800 bits (433), Expect = 0.0
Identities = 495/524 (94%), Gaps = 7/524 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAGATGGGGAAGACAATTCAAGTGTTTGGATTCCCGAATGGTGTGAGCGCAGAGGAAGTT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 125 AAGATGGGGAAGACAATTCAAGTGTTTGGATTCCCTAATGGTGTGAGCGCAGAAGAAGTT 184
Query 61 AAGAAATTTCTTGAAAGACTCACTGGTTCAGGCACTGTTTACGCAATCAAAGTTAGACAA 120
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 185 AAGAAGTTTCTTGAAAGACTCACTGGTTCAGGCACTGTTTACGCAATCAAAGTTAGACAA 244
Query 121 CCAAAGAAAGGTGGTCCAAGAGTCTTTGCCATTGTTCAATTCACATATGAGAGACATGCG 180
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 245 CCAAAGAAAGGTGGTCCAAGAGTCTATGCCATTGTTCAATTCACATCTGAGAGACATACG 304
Query 181 AGGCAGATCATCACGG-GTGCCGCAGAACGTAGTCTTTATTATGGGAGATCTTATCTCAA 239
|||| ||||||||| | | || ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 305 AGGCTGATCATCACTGCG-GCAGCAGAACGT---CTTTACTATGGAAGATCTTATCTCAA 360
Query 240 TGCTTTTGAAGTGGAACAAGACATTGTTCCAAAGCCAAGAGCTTCATTGCACAACATCTC 299
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 361 GGCTTTTGAAGTTGAACAAGACATTGTTCCAAAGCCAAGAGCTTCATTACACACCATCTC 420
Query 300 TGGTTTAAAGATGTAT-TTTGGATGTCAAGTCTCAACTAAGAAGTTTTTAACTCTCTGGA 358
|||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 421 TGGTTTAAAGATGT-TCTTTGGATGTCAAGTCTCGACTAAGAAGTTTTTAACTCTATGGA 479
Query 359 GTGCTCAAGATGTTTGTGTCTCGTTTGGAATTGGGATGAGAAAACTGCATTTTTCGTTTT 418
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 480 GTGCTCAAGATGTTTGTGTCTCGTTTGGAATTGGGATGAGGAAACTGCATTTTTCGTTTT 539
Query 419 CTTGGTATCAAAAGGACTATCGTCTTGAGCTTTCGTATGAGAATATATGGCAGATCGATT 478
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 540 CTTGGTATCAAAAGGATTATCGTCTTGAGCTTTCGTATGAGAATATATGGCAGATTGATT 599
Query 479 TGCATTCTCCGCAAGGACGGTCGTCGAAGTTTCTTGTGATTCAG 522
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TGCATTCTCCGCAAGGACGATCATCGAAGTTTCTTGTGATTCAG 643
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 173778290552
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5