BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg493738
Length=3335
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G37630.1 | Symbols: EMB2656 | ARM repeat superfamily protein... 5144 0.0
> AT5G37630.1 | Symbols: EMB2656 | ARM repeat superfamily protein
| chr5:14947330-14952765 FORWARD LENGTH=3452
Length=3452
Score = 5144 bits (2785), Expect = 0.0
Identities = 3170/3351 (95%), Gaps = 46/3351 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 TTCACCAAAAATTTCAAATTTCTCAGCGAAAAATGGGCGAAGAATCCGAAACCGCCATGG 75
||||| |||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 47 TTCACAAAAAATCTCAAATTTCTCTGTG-AAAATGGGCGAAGAATCAGAAATCGCCATGG 105
Query 76 CTTCTCCAGATCG--A-AACCTAACCCAGAAAATCGCCAAGATCCTAAACGAGACTCGCA 132
|||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 106 CTTCAGCAGATCGAAATAACCTAACCCAGAAAATCGCCAAGATCCTAAACGAGACTCGCA 165
Query 133 CATCATACGCTACTCATAACCGGAAGCTAAAGGAGCTCGCCACAATCCGTTCAAAGCTAT 192
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 166 CATCATACGCTACTCATAACCGTAAGCTAAAGGAGCTCGCCACAATCCGTTCAAAACTAT 225
Query 193 CTTCATC----T--GAATCCGAGT-C-T-TCTTCTTCTATTCGTCAATTTTCTTCGGTGT 243
||||||| | |||||||||| | | ||||||||||||| |||||| ||||| ||||
Sbjct 226 CTTCATCTGAATCCGAATCCGAGTCCGTGTCTTCTTCTATTCTTCAATTCTCTTCCGTGT 285
Query 244 TTTTCAAAACCCTAACCCCTCTTTTCATCGCGGCTCAACGAAGAACCGCTGCAGCAGAGC 303
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 286 TTCTCAAAACCCTAACCCCTCTTTTCATCGCGGCTCAACGAAGAACCGCTGCAGCAGAGC 345
Query 304 GTGTTGTTCGATTCGCGGCGGAATTTGCTTGTCTTCGTAGTAATTCTGATGATGATTCCG 363
||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||| ||||
Sbjct 346 GTGTTGTTCGATTCGTGGCGGAATTCGCTTGTCTTCGTAGTAATTCAGACGGTGACTCCG 405
Query 364 ATTGCGACGAGTTTCTGGAGGAATTTCTAAAGTTTTTGGTGGTTGGATCTGTGGCTGCGA 423
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| ||||| |
Sbjct 406 ATTGCGACGAGTTTCTAGAGGAATTTCTTAAGTTTTTGGTTGCTGGGTCTGTTGCTGCCA 465
Query 424 ATAGAAACGCGAGATTCAGAGCGTGTCAGATAATTTCTGAGATCATATTGAGGCTGCCAG 483
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 466 ATAGAAACGCGAGATTCAGGGCGTGTCAGATAATTTCAGAGATCATATTGAGGCTGCCAG 525
Query 484 ATGAAGTGGAAGTAGCGGATGAACTATGGGATGATGTAATTGATTGTATGATGTTGCGTG 543
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 526 ATGAAGTGGAAGTAGCGGATGAACTATGGGATGATGTAATTGATTGTATGATGTTGCGAG 585
Query 544 TTCGGGACAAAGTTCCTGTTATCCGTACATTTGCTGTAAGGTCTCTTTCACGCTTTGTGA 603
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 586 TTCGGGACAAAGTTCCTGTTATACGTACATTTGCTGTGAGGTCTCTTTCACGTTTTGTGA 645
Query 604 ATGATCCTGAGAATAGTGACATTCTTGATTTGCTACTTGAGGTGCTTCCCCTGGAACAGA 663
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 646 ATGATCCTGAGAATAGTGACATTCTTGATTTGCTACTTGAGGTGCTTCCTTTGGAACAGA 705
Query 664 ATCCGGAGGTACGCAAAACAATTGTTTTATCTCTGCCTCCTTCAAATGCAACCACCCAAG 723
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 ATCCGGAGGTACGCAAAACAATTGTTTTATCTCTGCCTCCTTCAAATGCAACCACCCAAG 765
Query 724 CAATTATTGATTGCACGCTTGACGTTAATGAATCAGTACGCAAAGCAGCTTACTCTGTTC 783
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 CAATTATTGATTGCACGCTCGATGTTAATGAATCAGTACGCAAAGCAGCTTACTCTGTTC 825
Query 784 TTGCAAATAAAGTTCCTCTTCAGAGTCTGAGCATCAAGCTTAGGACCACAATTCTTCAGA 843
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 826 TGGCTAATAAAGTTCCTCTTCAGAGTCTGAGCATCAAGCTAAGGACCACAATTCTTCAGA 885
Query 844 GAGGGCTCGCTGATCGTGCTGTAAATGTTTCAGCGGAATGCTTGAAGCTAATGAAAGAGC 903
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 GAGGGCTCGCTGATCGTGCTGTAAATGTTTCAACGGAATGCTTGAAGCTAATGAAAGAGC 945
Query 904 AATGGCTATCTAACTCTTGTGGAGGAGATCCTATCGA-ATTTCTTAAATACCTTGACGTT 962
|||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 AATGGCTAGCTAACTATTGTGAAGGAGATCCTATC-ACATTTCTTAAATACCTTGACGTT 1004
Query 963 GAAACCTATGAATCTGTAGCAGAATCGGCGTTGGAAGTTCTGTTGAGTGAAGGATTGATA 1022
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1005 GAAACCTACGAATCTGTGGCAGAATCGGCGTTGGAAGTTCTGTTGAGTGAAGGGTTGATA 1064
Query 1023 ATGCCCACCGATGATAAAAGCATCCAGCAGTACATATTGTCAGCAGATGGTGAAGCTAGA 1082
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1065 ATGCCCTCCGATGATAAAAGCATCCAGCAGTACATATTGTCAGCAGATGGTGAAACTAGA 1124
Query 1083 GATGAGAGCACATGTTCTGCACCCAGCATTCAACTTATGGAGCCAGAGATTGCTCTTTAC 1142
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 GATGAAAGCACATGTTCTGCACCCAGCATTCAACTTATGGAGCCAGAGATTGCTCTTTAC 1184
Query 1143 TGGAGGATTATATGCAGGAAATTACACAAAAGTGCTCAAGCAAAGGGTTCTGATGCTGCT 1202
|||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1185 TGGAGGATTATATGCAGGAAGGTGCACCAAAGTGCTCAAGCAAAAGGTTCTGATGCTGCT 1244
Query 1203 ACTGCGATGGGAGCTGAGGCAGCAGTTTATGCCGCTGAAGCTTCAGATGCTAATGATTTG 1262
|| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245 ACAGCGATGGGTGCTGAAGCAGCAGTTTATGCTGCTGAAGCTTCAGATGCTAATGATTTG 1304
Query 1263 CTAGAAAGAATTCTTCCTGCAACAGTCTCTGATTATGTTGATCTAGTTAAAGCTCATATA 1322
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 CTGGAAAGAATTCTTCCTGCAACAGTTTCTGATTATGTTGATCTAGTTAAAGCTCATATA 1364
Query 1323 GAAGCTGGACCAAATCATCACTTTGCTTCGAGGCAACTATTATTGTTGGGCACGATGCTT 1382
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1365 GAAGCAGGACCAAATCATCACTTTGCTTCGAGGCAGCTATTATTGTTGGGTACGATGCTT 1424
Query 1383 GATTTCTCTGATGCTATGCTCCACAAGACTGCCAGCTCATTTGTCCAGGAGCTGCTCCGC 1442
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1425 GATTTCTCTGATGCTATGCTCCACAAGACTGTGAGCTCATTTGTCCAGGAGCTGCTCCGC 1484
Query 1443 AGACCTTTTGAGCAAGAATTAGATGAAGATGGGAACAGTATTGTGATTGGAGATGGTATA 1502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 AGACCTTTTGAGCAAGAATTAGATGAAGATGGGAACAGTATTGTGATTGGAGATGGTATA 1544
Query 1503 AACCTTGGTGGTGATAAAGATTGGGCTGAGGCAGTGTCCAAATTGGCTAAGAAAGTCCAT 1562
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1545 AACCTTGGTGGTGATAAAGATTGGGCTGAGGCAGTGTCGAAATTGGCTAAAAAAGTCCAT 1604
Query 1563 GCTGCCCCGGGAGAATATGAAGAAGTTATACTTGTTGTTATTGAAGAAGTAGCGAGACCC 1622
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 GCTGCCCCTGGAGAATATGAAGAAGTTATACTTGTTGTTGTTGAAGAAGTAGCGAGACCC 1664
Query 1623 TGCAGGGAAAGGACTGCAGATTTCCTGCAGTGGATGCACATGCTTTCTCTGACAAGTCTT 1682
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 TGCAGGGAAAGGACTGCGGATTTCCTGCAGTGGATGCACATGCTTTCTCTGACAAGTCTT 1724
Query 1683 CTCTTGGAAAATGGAAAATCTTTAGATTCACTGCAAGGGAAAGCTATTGAACCAGAAGAG 1742
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1725 CTCTTGGAAAATGGAAAATCTTTACATTCACTGCAAGGGAAGGCTATTGAACCAGAAGAG 1784
Query 1743 ATATTACATGCTCTATTGCTTCCAGGGGCAAAACACACTCACTTGGATGTGCAGAGGATT 1802
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1785 ATATTGCATGCTCTATTGCTTCCAGGGGCAAAACACACTCACTTGGATGTGCAGAGGATT 1844
Query 1803 GCTATAAAGGGCCTTGGTCTTTTTGGTTTATTAGAGAAGAAGCCTAGCGAAGAGCTAGTA 1862
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845 GCTATAAAGGGCCTTGGTCTTTTTGGTTTGTTAGAGAAGAAGCCTAGCGAAGAGCTAGTA 1904
Query 1863 AGGCAGCTACGTACAGCTTTTTGCATAAGCCCTCCTCCAATTAGTATTATGGCTTGCAAG 1922
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 AGGCAGCTACGTGCAGCTTTTTGCAGAAGCCCTCCTCCAATTAGTATTATGGCTTGCAAG 1964
Query 1923 GCACTAGTGGATCTTGGGATGTGGCATAGCCCAACAGAAGTTGACAAGGCAATGGGACAA 1982
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1965 GCACTAGTGGATCTTGGGATGTGGCATAGCCCAACTGAAGTTGACAAGGCAATGGGACAA 2024
Query 1983 GATCTCTTGTCACAATTTGAGGATGAAAGCATTGATTTTGCACCCATTGACTTATCCAAT 2042
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2025 GATCTCTTGTCACAATTTGAGGATGACAGCATTGATTTTGCACCCATCGACTTATCCAAT 2084
Query 2043 GCGGAAGAAGATATGAACTTTAAAATGCTCGATCTCTTGTATGCTGGACTTGAAAGTGAT 2102
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2085 GCCGAAGAAGATATGAACTTTAAAATGCTCGATCTCTTGTATGCTGGACTTGAAAGTGAT 2144
Query 2103 GACTGGAGAGCTTTCACAGAGAGCAGTGAGAATGAGTCAGTTAAAGCAACTGTTGGGGAG 2162
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145 GACTGGAGAGCATCCACAGAGAGCAGTGAGAATGAGTCAGTTAAAGCAACTGTTGGGGAG 2204
Query 2163 GGGTTTGCAAAACTTCTTCTTCTTGGAGAGAAGTACCCAAACTTGCCTGCATCTTTCTAT 2222
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2205 GGGTTTGCAAAACTTCTTCTTCTAGGAGAGAAGTACCCAAACTTGCCTGCATCTTTCTAT 2264
Query 2223 CCGTTTGTTTTGGGGAAGCTAATTGCATTATATTTCAGTGAGGAGTCAAAAGAACAACTG 2282
|||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265 CCGTTTGTATTGGGAAAGCTAATTGCTTTATATTTCAGTGAGGAGTCAAAAGAACAACTG 2324
Query 2283 AGGTTTAAACAGTGTTTATCTGTCTTCTTTGAGCACTATGCGTCCCTCTCAGAAAAGCAT 2342
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2325 AGGTTTAAACAGTGTTTATCCGTCTTCTTTGAGCACTATGCCTCCCTCTCAGAAAAACAT 2384
Query 2343 AAGGGATACGTGTCAAAGGCTTTTGTTCCTCTTATACGCTCAATGTGGCCTGGGATTGAT 2402
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2385 AAGGGATACGTGTCAAAGGCTTTTGTTCCTCTTGTACGCTCAATGTGGCCTGGGATTGAT 2444
Query 2403 GGAAACACTAAAAGTTCGTCATATGTTGTATCAAATCAACGCAAGCGCGCGGTCCAAGCA 2462
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2445 GGAAACACTAAAAGTTCGTCATATGTTGTATCAAATCAACGCAAGCGCGCAGTCCAAGTA 2504
Query 2463 TCCAGATTTATTCTACAGATGATGCAAACCCCGCTATACAAAAAAGAGACAAGAGGTGAG 2522
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2505 TCCAGATTCATCCTACAGATGATGCAAACCCCGCTATACAAAAAAGAGACAAGAGGTGAG 2564
Query 2523 CCTGAAAGCCAGTTCAATAAATCACCAGAAGATTCTATCCAGCCTCCACTAAACTGTACA 2582
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2565 CCTGAAAGCCAGGTCAATAAATCACCAGAAGATTCTATCCAACATCCACTAAACTGTACA 2624
Query 2583 GAAGAAGGGTTGGCCATACGCATGGCCATCGAGATGCTAAGCTTCAAGGAAAAGAAGACT 2642
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2625 GAAGAAGGTTTGGCCATACGCATAGCCATCGAGATGCTAAGCTTCAAAGAAAAGAAGACT 2684
Query 2643 GCTGC-TGAGAAGGCATATGTTGCAGCGCTGTGCAAAATACTTGTGCTGCTTCATCTGAA 2701
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2685 GCT-CATGAGAAGGCATATGTTGCAGCGCTGTGCAAAATACTTGTGCTGCTCCATCTGAA 2743
Query 2702 ACCATCAGATCGAAATGTGACAAAGTTGTTGAAAAAGCTTTTAAGCCTACTCGCAGATTC 2761
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2744 ACCATCAGAACAAAATGTGACAAAGTTGTTGAAAAAGCTTTTAAGCCTACTCGCAGATTC 2803
Query 2762 TGTATGTTCAGAGAAGGAGCTTCTTAAAGAAGTGAAACCGGTGCTTCAACATCTAAAATC 2821
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2804 TGTACGTTCAGAGAAGGATCTTCTTAAAGAAGTGAAACCGGTGCTTCAACATCTAAAATC 2863
Query 2822 TTTGGATGCTTGTCCAAACGAGGAGCTTACACAAGATCAAGCAAATTCCATCTTTGAAAC 2881
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2864 TTTGGATGCTTGTCCAAGCGAGGAGCTTACACAAGATCAAGCAAATTCCATCTTTGAAAT 2923
Query 2882 ACTAGGAGTAAGCTACAATTTAGAGATCATTGCAACTACAACAGTGCCACAGACACCTGC 2941
||| ||||| |||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2924 ACTCGGAGTTAGCTACAACTTAGAGATCACTGAAACTACAACAGTGCCACAGACACCTGC 2983
Query 2942 TCCTTGCTCAACAAGACCAGCTCGGTCAAGAAGAAGAGCAAGGACTGAAGATACATCCTC 3001
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 2984 TCCTTGCTCAACAAAACCAGCTCGGTCAAGAAGACGAGCAAGGATTGAAGAAACATCCTC 3043
Query 3002 TGATGAAGAAGAAGAGATAGCATCTCCTCCACCTTCTGCTCCTAATACTTTGATGACCCG 3061
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3044 TGATGAAGAAGAAG---TAGCATCTCCTCCACCTTCTGCTCCTAATACTTTGATGACCCG 3100
Query 3062 ATCACACCGAGCAAGTAAAGCTGTTGCTTTAGCCAAAATAATGGCAAGCAAAGTGAAAAT 3121
||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3101 ATCACACCGTGCAAGTAAAGCTGCTGCCTTGGCCAAAATAATGGCAAGCAAAGTGAAAAT 3160
Query 3122 GAGTAATGTAGACGAGGATGATGAGGAAGAAG--G-TGCCTCTGATGTTACAGCAGATGA 3178
||| |||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||
Sbjct 3161 GAGCAATGTAGACGAGGATGATGAGGAAGAAGAAGGTTCTTCTGATGTTACAGCAGATGA 3220
Query 3179 TTCAGATGAATCTGATGAATAATCATAGAGAGTTGAGTTAGGGATTGGTTCTGTTGTTTG 3238
||||||||||| | | || | | ||||||||| |||||| |||| |||||||||||
Sbjct 3221 TTCAGATGAAT---A--ACTA-T-A--GAGAGTTGAATTAGGGGTTGGCTCTGTTGTTTG 3271
Query 3239 TACGTTTGTTACCAAGTTGATGTGTGTTTTATGTCAGTTGTGAAAAGATCATAG--A--- 3293
|||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| |||| |
Sbjct 3272 TACGTTTGCTACTAAGTCGATGTGTGTTTTATGTCAGTTATAAAAAGATTATAGCCAATT 3331
Query 3294 C--A-------ATGTGTGAGTCTCGGTTATGTTTGCTGTCGAAAATCTTTG 3335
| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3332 CGTAGCTTGTTATGTGTGAGTGTCGGTTATGTTTGCTGTCGAAAATCTTTG 3382
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 165952247444
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5