BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg493936
Length=1617
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G40490.1 | Symbols: | RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) fami... 2294 0.0
> AT5G40490.1 | Symbols: | RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family
protein | chr5:16225376-16227709 FORWARD LENGTH=1665
Length=1665
Score = 2294 bits (1242), Expect = 0.0
Identities = 1515/1640 (92%), Gaps = 45/1640 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTCTCTTCTCCAAGGGTTTTAGGGCTTTTAGGCGGCTGCCGcttc-tcttcttcttcttc 59
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||
Sbjct 10 TTCTCTTCTCCAAGGGTTTTAGGGCTTTTAGGCGGCTGCCGCTTCTTTTTCATCTTCTTC 69
Query 60 ttcgttct-cggaggttttagggtttc--ttcttcttctttATGGACCCTTATGGAACGG 116
|||||||| || ||| ||||||||||| || ||| | | ||||| |||||||||||||
Sbjct 70 TTCGTTCTCCGAAGG-TTTAGGGTTTCGATT-TTC-CCATCATGGATCCTTATGGAACGG 126
Query 117 AAACAGTTATCGAAGATGAAATCCACGATGCTAAACCATCCGAAGATATTGAAGACGATG 176
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 127 AAACAGTTATCGAAGACGAAATCCACGATCCTAAACCATCCGAAGATATTGAAGACGATG 186
Query 177 ACGACAAATCTCAGCCTCACTCTGGTGGTGGCGTCGATAGTGCTGGAAAGATATTTGTTG 236
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 187 ACGACAAATCTCAGCCTCACTCTGGTGGCGGCGTCGATAGTGCTGGAAAGATATTTGTTG 246
Query 237 GAGGTTTAGCCAGGGAGACAACTTCAGCTGAATTCCTCAAGCATTTTGGGAAATATGGAG 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 247 GAGGTTTAGCCAGGGAGACAACTTCAGCTGAATTCCTCAAGCATTTTGGGAAATATGGAG 306
Query 297 AGATCACTGATTCTGTGATTATGAAGGATAGGAAAACTGGACAGCCCCGAGGATTTGGGT 356
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 307 AGATCACTGATTCTGTGATTATGAAGGATAGGAAAACTGGACAGCCTCGGGGATTTGGGT 366
Query 357 TTGTGACATATGCTGATTCCTCTGTGGTTGACAAAGTTATCCAAGACAATCATATTATAA 416
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 367 TTGTCACATATGCTGATTCCTCTGTGGTCGACAAAGTTATCCAAGACAATCACATTATAA 426
Query 417 TTGGGAAGCAGGTTGAAATTAAGCGGACGATACCAAGAGGATCCATGAGCTCTAACGATT 476
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 427 TTGGCAAGCAGGTTGAAATTAAGCGGACGATACCAAGAGGATCCATGAGCTCTAACGATT 486
Query 477 TCAAAACTAAGAAGATATTTGTTGGTGGAATTCCTGCTTCTGTAGATGATGATGAGTTCA 536
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 487 TCAAAACCAAGAAGATATTTGTTGGTGGAATTCCTTCATCTGTGGATGATGATGAATTCA 546
Query 537 AGGAATTCTTTATGCAATTTGGAGAGCTGAAGGAGCATCAGATTATGCGTGATCACTCAA 596
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 547 AGGAGTTCTTTATGCAATTTGGAGAGCTGAAGGAACATCAGATTATGCGTGATCACTCAA 606
Query 597 CTGGAAGATCACGTGGCTTTGGGTTTGTTACATATGAAAGTGAAGATATGGTTGATCATC 656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607 CTGGAAGATCACGTGGCTTTGGGTTTGTTACATATGAAAGTGAAGATATGGTTGATCATC 666
Query 657 TCTTGGCGAAAGGGAACAGAATTGAGCTCTCAGGGACTCAGGTAGAGATAAAGAAGGCGG 716
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 667 TCTTGGCGAAAGGGAACAGAATTGAGCTTTCAGGGACTCAGGTAGAGATAAAGAAGGCAG 726
Query 717 AGCCaaaaaaaCCAAACTCAGTTACAACCCCGTCAAAGCGGTTCGGTGATTCTCGCTCTA 776
|||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 727 AGCCTAAAAAACCAAACTCGGTTACAACCCCATCGAAGCGGTTCGGTGACTCTCGCTCTA 786
Query 777 ACTTtggtggaggttatggagatggttatggagatggttatggag-atggttatggtggt 835
||||||||||||||||||||||||||||||| | || | || | | || |||||||||
Sbjct 787 ACTTTGGTGGAGGTTATGGAGATGGTTATGGTGGCGGACACGGTGGA-GGATATGGTGGT 845
Query 836 ccaggtggtCCTTACAAATCAGGTGGTGGCGGTTATGGAGGTGGCCGGTCTGGTGGTTAT 895
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 846 CCAGGTGGTCCTTACAAGTCAGGTGG---CGGTTATGGAGGTGGCCGGTCTGGTGGTTAT 902
Query 896 GGAGGGTACGGAGGAGAATTCGGCGGGTAtggtggtggtggatatggtggtggcgtggGA 955
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 903 GGAGGGTACGGAGGAGAATTCGGTGGGTATGGCGGTGGTGGATATGGTGGTGGTGTGGGA 962
Query 956 CCTTATAGAGGAGAACCAGCACTTGGATATTCTGGTCGTTATGGAGGAGGAGGAGGGGGT 1015
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 963 CCTTATAGAGGAGAACCAGCTCTTGGATATTCTGGTCGTTATGGAGGAGGAGGCGG---T 1019
Query 1016 GGTTACAACAGAGGTGGTTATGGCATGGGAGGAGGCGGAGGGTACGGTGGTGGACCTGGT 1075
|||||||| |||||||| || | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1020 GGTTACAATAGAGGTGGATACAGTATGGGAGGGGGCGGTGGGTACGGTGGTGGACCAGGT 1079
Query 1076 GATATGTATGGTGGGCCATATGGTGAACCTGGAGGTGGTTACGGTGGACCAAGTGGCAGT 1135
||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1080 GATATGTATGGTGGGTCATACGGTGAACCAGGAGGTGGTTATGGTGGACCTAGTGGCAGT 1139
Query 1136 TATGGAGGTGGGTATGGTAGTAGCGGCAT---TGG-T--GG-G-T--A-TGG-TGGTGCT 1183
|||||||| ||||||||||||||||| || ||| | || | | | ||| |||||||
Sbjct 1140 TATGGAGGCGGGTATGGTAGTAGCGGAATAGGTGGGTATGGTGGTGGAATGGGTGGTGCT 1199
Query 1184 GGTGGCGGAGGCTATAGAGGAGGTGGTGGCTATGATATGGGTGGAGTTGGAGGTGGAGGC 1243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1200 GGTGGCGGAGGCTATAGAGGAGGTGGTGGCTATGATATGGGTGGAGTTGGAGGGGGAGGC 1259
Query 1244 GCAGGAGGATACGGTGCTGGTGGtggaggaaacggtggaggctcattttatggaggagga 1303
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GCAGGAGGATATGGTGCTGGTGGTGGCGGAAACGGTGGAGGATCATTTTATGGAGGAGGA 1319
Query 1304 ggaggaagtagaggaggatatggaggTGG---CAGCGGACGGTACCATCCTTATGGAAGG 1360
||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GGAGG---TAGAGGTGGATATGGAGGCGGGGGCAGCGGACGGTACCATCCTTATGGAAGG 1376
Query 1361 TAGAGAGTTCCATAAAAGCTTGAATCTTCTTCTTCTTACTTGTTGTGTCATGCTTAGCAT 1420
|||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 TAGAGAGTTCGATGAAAGCTTGAATCTTCTTCTT---ACTTGTTGTGTCATGCTTAGCAT 1433
Query 1421 CATGTATGGTTATCAAGATTGATAACTAGTCATTGTATTCTGAGAGAGGAGGCTTTTAGG 1480
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1434 CATGTATGGTTATCAAGATTGATAGCTAGTCATTGTATTTTGAGAGATGAGGCTTTTAGG 1493
Query 1481 GCTTTGATTCCCCTGAGTAGTTTTAATCAATACATTTTT-AGGT-ATAATTCTCTCGGCG 1538
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | |||||| ||||||||
Sbjct 1494 GCTTTGATTCCCCTGAGTAGTTTAAATCAATACATTTTTTAGATTATAATTATCTCGGCG 1553
Query 1539 TTACAATGCCAGATTATTATTTTGTTTAGAACTCTTGTGGCAACTTTAGAGTTAGCTTGT 1598
| |||||||||||||||| |||| | ||| |||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1554 TAACAATGCCAGATTATT-TTTTACT-----CTCATGTGACATCTTTAGAGTTAGCTTGT 1607
Query 1599 ATCAACGCTTTTGAG-TTTT 1617
| ||||||||||||| ||||
Sbjct 1608 AGCAACGCTTTTGAGGTTTT 1627
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79869067095
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5