BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg493995 Length=2174 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G39900.1 | Symbols: | Small GTP-binding protein | chr5:1597... 3374 0.0 > AT5G39900.1 | Symbols: | Small GTP-binding protein | chr5:15976547-15979001 REVERSE LENGTH=2240 Length=2240 Score = 3374 bits (1827), Expect = 0.0 Identities = 1995/2076 (96%), Gaps = 11/2076 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 GTATTAGCGCAGAGATGAATTTCCTCTTAACTTCTTCGTGTAGTTGAGCTCCAATCTCCT 60 |||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||||| | Sbjct 1 GTATTACCGCAGAGATGAA--T--T-TTAACTTCTTCGTGTTGTTGAGCTCCAATCT-C- 53 Query 61 ACTATTACGC--AAAACCCCCAAATGGGTTCTATGTACAGAGCATCTAAAACCCTAAAAT 118 |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 54 ACTATTACGCAAAAAAAAACCAAATGGGTTCAATGTACAGAGCATCTAAAACCCTAAAAT 113 Query 119 CATCAAGACAAGCATTTTCAATCTTGTTCAATTCACTCAAATCCAATCGACAAACTCCGA 178 |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| Sbjct 114 CATCGAGACAAGCATTATCAATCTTGTTCAATTCACTCAACTCCAATCGACAAAATCCGA 173 Query 179 CATGTATCGGATTGTACCAAGCTTACGGTTTCAGCTCTGATTCTAGACAAAGCTCCAAAG 238 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 174 CATGTATCGGATTGTACCAAGCTTACGGTTTCAGCTCTGATTCTAGACAAAGCTCCAAAG 233 Query 239 AACCCACCATTGATTTGACCAAGTTTCCTTCAGAAAAGATTCGAAATTTCTCCATCATTG 298 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 234 AACCCACCATTGATTTGACCAAGTTTCCTTCAGAAAAGATTCGAAATTTCTCCATCATTG 293 Query 299 CTCATATTGATCATGGGAAATCTACTTTGGCTGATCGTCTCATGGAACTTACTGGCACAA 358 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 294 CTCATATTGATCATGGGAAATCTACTTTGGCTGATCGTCTTATGGAACTTACTGGCACAA 353 Query 359 TCAAGAAAGGTCATGGTCAGCCTCAGTATCTCGACAAATTGCAGGTAGAGAGGGAGAGAG 418 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 354 TCAAGAAAGGTCATGGTCAGCCTCAGTATCTCGACAAATTGCAGGTAGAGAGGGAGAGAG 413 Query 419 GAATCACTGTGAAAGCTCAGACGGCGACAATGTTTTATGAAAACAAAGTAGAAGATCAAG 478 |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 414 GAATCACTGTGAAAGCTCAGACGGCGACCATGTTCTATGAGAACAAAGTAGAAGATCAAG 473 Query 479 AAGCGAGTGGTTATCTTTTGAACTTGATTGATACACCGGGTCATGTTGACTTTAGTTATG 538 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 474 AAGCGAGTGGTTATCTTCTGAACTTGATTGATACACCGGGTCATGTTGACTTTAGTTATG 533 Query 539 AGGTTTCTAGATCTTTATCAGCTTGTCAAGGTGCTCTCTTAGTTGTTGATGCGGCTCAAG 598 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 534 AGGTTTCTAGATCTTTATCAGCTTGTCAAGGAGCTCTTTTAGTTGTTGATGCGGCTCAAG 593 Query 599 GTGTTCAAGCGCAAACAGTGGCTAATTTCTACTTAGCTTTTGAAGCTAACCTTACTATTG 658 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 594 GTGTTCAAGCACAAACAGTGGCTAATTTCTACTTAGCTTTTGAAGCTAACCTTACTATTG 653 Query 659 TACCTGTGATTAACAAGATTGATCAACCAACTGCTGATCCTGAGCGTGTTAAAGCTCAAT 718 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 654 TACCTGTGATTAACAAGATTGATCAACCAACTGCTGATCCTGAGCGTGTTAAAGCTCAGT 713 Query 719 TGAAATCGATGTTTGATCTTAATACAGATGATGTGCTTCTTGTGTCTGCTAAAACCGGTT 778 |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 714 TGAAATCGATGTTTGATCTTGATACAGAAGATGTGCTTCTTGTGTCTGCTAAAACCGGTT 773 Query 779 TGGGTCTCGAGCATGTTCTTCCTGCGGTTATAGAACGGATACCTCCACCTCCTGGGATTA 838 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 774 TGGGTCTTGAGCATGTTCTTCCTGCGGTTATAGAACGGATACCTCCTCCTCCTGGGATTA 833 Query 839 GTGATTCGCCTCTACGGATGCTTTTGTTTGATTCtttttttAATGAGTACAAAGGTGTTA 898 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 834 GTGAATCGCCTCTACGGATGCTTTTGTTTGATTCTTTTTTTAATGAGTACAAAGGTGTCA 893 Query 899 TTTGCTATGTTTCTGTTGTTGATGGAATGTTGAGTAAAGGGGATAAGGTTTCGTTTGCTG 958 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 894 TTTGCTATGTTTCTGTTGTTGATGGAATGTTGAGTAAAGGAGATAAGGTTTCGTTTGCTG 953 Query 959 CGTCGGGCCAGTCTTATGAAGTATTAGATGTTGGGATTATGCATCCTGAGCTTACTTCGA 1018 ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 954 CGTCGGGTCAGTCTTATGAAGTGTTAGATGTCGGGATTATGCATCCTGAGCTTACTTCTA 1013 Query 1019 CAGGAATGCTTCTCACAGGACAAGTTGGTTATATAGTTACCGGCATGCGAACCACGAAAG 1078 ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| Sbjct 1014 CAGGAATGCTTCTTACTGGACAAGTTGGTTATATAGTAACCGGTATGCGAACCACGAAAG 1073 Query 1079 AGGCACGTATTGGAGACACAATCTACAGAACTAAAACTACTGTTGAGACTCTTCCAGGTT 1138 | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| Sbjct 1074 AAGCACGTATTGGAGACACTATCTATAGAACGAAAACCACTGTTGAGCCTCTTCCAGGTT 1133 Query 1139 TCAAGCCGGTGAGACATATGGTGTTCTCAGGCGTTTATCCTGCTGATGGATCTGATTTTG 1198 ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1134 TCAAGCCGGTGAGGCATATGGTGTTTTCAGGCGTTTATCCTGCTGATGGATCTGATTTCG 1193 Query 1199 AAGCACTTAGTCATGCCATAGAGAAACTGACATGCAACGATGCAAGTGTATCAGTGGCTA 1258 |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1194 AAGCACTTGGTCATGCCATGGAGAAACTGACATGCAACGATGCAAGTGTATCAGTGGCAA 1253 Query 1259 AGGAAACAAGTACAGCTCTTGGAATGGGATTCAGATGTGGTTTCCTCGGTTTGCTTCACA 1318 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1254 AGGAAACAAGTACAGCTCTTGGAATGGGATTCAGATGTGGTTTCCTCGGTTTGCTTCACA 1313 Query 1319 TGGATGTATTTCATCAACGGCTTGAACAAGAATACGGTACACAAGTAATCTCCACAATCC 1378 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1314 TGGATGTATTTCATCAGCGGCTTGAACAAGAATACGGTACACAAGTAATCTCCACAATCC 1373 Query 1379 CTACTGTTCCTTACACATTTGAATACTCAGATGGAAGCAAGCTACAAGTGCAGAATCCAG 1438 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1374 CTACTGTTCCTTACACATTCGAATACTCAGATGGAAGCAAGCTACAAGTGCAAAATCCAG 1433 Query 1439 CTGCCTTACCATCAAACCCCAAATACCGAGTCACAGCTTCTTGGGAGCCAACAGTAATCG 1498 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1434 CTGCCTTACCATCAAACCCCAAATACCGAGTCACAGCTTCTTGGGAGCCAACGGTAATCG 1493 Query 1499 CCACAATCATCCTTCCAAGTGAGTATGTAGGAGCTGTTATCAACCTCTGCTCTGATCGAA 1558 |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1494 CCACGATCATCCTTCCAAGTGAGTACGTTGGAGCTGTTATCAACCTCTGCTCTGATCGAA 1553 Query 1559 GAGGTCAGCAACTAGAATACACATTTATAGATGCACAACGGGTTTTGTTGAAA-TACCAG 1617 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||| Sbjct 1554 GAGGTCAGCAACTAGAATACACATTTATAGATGCACAACGAGTTTTCTT-AAAGTACCAG 1612 Query 1618 TTACCATTGAGGGAAATTGTTGTAGATTTCTACGATGAATTAAAAAGCATAACATCAGGG 1677 ||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| Sbjct 1613 TTACCATTGAGGGAAATAGTAGTGGATTTCTACGATGAGTTGAAAAGCATAACATCAGGT 1672 Query 1678 TATGCTTCTTTCGACTACGAGGATGCAGAGTACCAGGCATCAGATCTGGTGAAGCTCGAT 1737 ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1673 TATGCTTCTTTTGACTACGAGGATGCGGAGTACCAAGCATCTGATCTGGTGAAGCTCGAT 1732 Query 1738 ATCCTCTTGAACGGGCAAGCAGTTGATGCGTTAGCCACTATAGTTCACAAGCAGAAAGCA 1797 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1733 ATACTCTTGAACGGGCAAGCAGTTGATGCGTTAGCCACTATAGTTCACAAGCAGAAAGCA 1792 Query 1798 TACCGTGTGGGTAAAGAACTGGTTGAGAAGCTTAAGAACTACATAGAGAGGCAAATGTTT 1857 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1793 TACCGTGTGGGTAAAGAACTGGTTGAGAAGCTTAAGAACTATATAGAGAGGCAAATGTTT 1852 Query 1858 GAAGTAATGATACAAGCTGCTATTGGTTCAAAGATCATTGCAAGAGACACAATCTCGGCG 1917 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1853 GAAGTAATGATACAAGCTGCTATTGGTTCAAAGATCATTGCAAGAGACACAATCTCGGCG 1912 Query 1918 ATGAGAAAGAATGTTCTTGCAAAATGTTATGGAGGAGACATAACTCGGAAGAAGAAGCTT 1977 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1913 ATGAGAAAGAATGTTCTTGCAAAATGTTATGGAGGAGATATAACTCGGAAGAAGAAGCTT 1972 Query 1978 CTAGAGAAACAGAAAGAAGGGAAGAAACGGATGAAACGAGTTGGTTCTGTTGATATTCCA 2037 ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1973 CTAGAGAAACAGAAAGAAGGGAAGAAAAGAATGAAACGAGTTGGTTCTGTTGATATTCCA 2032 Query 2038 CATGAAGCTTTTCAACAAATACTCAAAGTCTCTTAG 2073 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2033 CATGAAGCTTTTCAACAAATACTCAAAGTCTCTTAG 2068 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 107830770660 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5