BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg493995
Length=2174
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G39900.1 | Symbols: | Small GTP-binding protein | chr5:1597... 3374 0.0
> AT5G39900.1 | Symbols: | Small GTP-binding protein | chr5:15976547-15979001
REVERSE LENGTH=2240
Length=2240
Score = 3374 bits (1827), Expect = 0.0
Identities = 1995/2076 (96%), Gaps = 11/2076 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTATTAGCGCAGAGATGAATTTCCTCTTAACTTCTTCGTGTAGTTGAGCTCCAATCTCCT 60
|||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1 GTATTACCGCAGAGATGAA--T--T-TTAACTTCTTCGTGTTGTTGAGCTCCAATCT-C- 53
Query 61 ACTATTACGC--AAAACCCCCAAATGGGTTCTATGTACAGAGCATCTAAAACCCTAAAAT 118
|||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 54 ACTATTACGCAAAAAAAAACCAAATGGGTTCAATGTACAGAGCATCTAAAACCCTAAAAT 113
Query 119 CATCAAGACAAGCATTTTCAATCTTGTTCAATTCACTCAAATCCAATCGACAAACTCCGA 178
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 114 CATCGAGACAAGCATTATCAATCTTGTTCAATTCACTCAACTCCAATCGACAAAATCCGA 173
Query 179 CATGTATCGGATTGTACCAAGCTTACGGTTTCAGCTCTGATTCTAGACAAAGCTCCAAAG 238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 174 CATGTATCGGATTGTACCAAGCTTACGGTTTCAGCTCTGATTCTAGACAAAGCTCCAAAG 233
Query 239 AACCCACCATTGATTTGACCAAGTTTCCTTCAGAAAAGATTCGAAATTTCTCCATCATTG 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 234 AACCCACCATTGATTTGACCAAGTTTCCTTCAGAAAAGATTCGAAATTTCTCCATCATTG 293
Query 299 CTCATATTGATCATGGGAAATCTACTTTGGCTGATCGTCTCATGGAACTTACTGGCACAA 358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 294 CTCATATTGATCATGGGAAATCTACTTTGGCTGATCGTCTTATGGAACTTACTGGCACAA 353
Query 359 TCAAGAAAGGTCATGGTCAGCCTCAGTATCTCGACAAATTGCAGGTAGAGAGGGAGAGAG 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 TCAAGAAAGGTCATGGTCAGCCTCAGTATCTCGACAAATTGCAGGTAGAGAGGGAGAGAG 413
Query 419 GAATCACTGTGAAAGCTCAGACGGCGACAATGTTTTATGAAAACAAAGTAGAAGATCAAG 478
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 414 GAATCACTGTGAAAGCTCAGACGGCGACCATGTTCTATGAGAACAAAGTAGAAGATCAAG 473
Query 479 AAGCGAGTGGTTATCTTTTGAACTTGATTGATACACCGGGTCATGTTGACTTTAGTTATG 538
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 474 AAGCGAGTGGTTATCTTCTGAACTTGATTGATACACCGGGTCATGTTGACTTTAGTTATG 533
Query 539 AGGTTTCTAGATCTTTATCAGCTTGTCAAGGTGCTCTCTTAGTTGTTGATGCGGCTCAAG 598
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 AGGTTTCTAGATCTTTATCAGCTTGTCAAGGAGCTCTTTTAGTTGTTGATGCGGCTCAAG 593
Query 599 GTGTTCAAGCGCAAACAGTGGCTAATTTCTACTTAGCTTTTGAAGCTAACCTTACTATTG 658
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 GTGTTCAAGCACAAACAGTGGCTAATTTCTACTTAGCTTTTGAAGCTAACCTTACTATTG 653
Query 659 TACCTGTGATTAACAAGATTGATCAACCAACTGCTGATCCTGAGCGTGTTAAAGCTCAAT 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 654 TACCTGTGATTAACAAGATTGATCAACCAACTGCTGATCCTGAGCGTGTTAAAGCTCAGT 713
Query 719 TGAAATCGATGTTTGATCTTAATACAGATGATGTGCTTCTTGTGTCTGCTAAAACCGGTT 778
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 714 TGAAATCGATGTTTGATCTTGATACAGAAGATGTGCTTCTTGTGTCTGCTAAAACCGGTT 773
Query 779 TGGGTCTCGAGCATGTTCTTCCTGCGGTTATAGAACGGATACCTCCACCTCCTGGGATTA 838
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 774 TGGGTCTTGAGCATGTTCTTCCTGCGGTTATAGAACGGATACCTCCTCCTCCTGGGATTA 833
Query 839 GTGATTCGCCTCTACGGATGCTTTTGTTTGATTCtttttttAATGAGTACAAAGGTGTTA 898
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 834 GTGAATCGCCTCTACGGATGCTTTTGTTTGATTCTTTTTTTAATGAGTACAAAGGTGTCA 893
Query 899 TTTGCTATGTTTCTGTTGTTGATGGAATGTTGAGTAAAGGGGATAAGGTTTCGTTTGCTG 958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 894 TTTGCTATGTTTCTGTTGTTGATGGAATGTTGAGTAAAGGAGATAAGGTTTCGTTTGCTG 953
Query 959 CGTCGGGCCAGTCTTATGAAGTATTAGATGTTGGGATTATGCATCCTGAGCTTACTTCGA 1018
||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 954 CGTCGGGTCAGTCTTATGAAGTGTTAGATGTCGGGATTATGCATCCTGAGCTTACTTCTA 1013
Query 1019 CAGGAATGCTTCTCACAGGACAAGTTGGTTATATAGTTACCGGCATGCGAACCACGAAAG 1078
||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1014 CAGGAATGCTTCTTACTGGACAAGTTGGTTATATAGTAACCGGTATGCGAACCACGAAAG 1073
Query 1079 AGGCACGTATTGGAGACACAATCTACAGAACTAAAACTACTGTTGAGACTCTTCCAGGTT 1138
| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1074 AAGCACGTATTGGAGACACTATCTATAGAACGAAAACCACTGTTGAGCCTCTTCCAGGTT 1133
Query 1139 TCAAGCCGGTGAGACATATGGTGTTCTCAGGCGTTTATCCTGCTGATGGATCTGATTTTG 1198
||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1134 TCAAGCCGGTGAGGCATATGGTGTTTTCAGGCGTTTATCCTGCTGATGGATCTGATTTCG 1193
Query 1199 AAGCACTTAGTCATGCCATAGAGAAACTGACATGCAACGATGCAAGTGTATCAGTGGCTA 1258
|||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1194 AAGCACTTGGTCATGCCATGGAGAAACTGACATGCAACGATGCAAGTGTATCAGTGGCAA 1253
Query 1259 AGGAAACAAGTACAGCTCTTGGAATGGGATTCAGATGTGGTTTCCTCGGTTTGCTTCACA 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 AGGAAACAAGTACAGCTCTTGGAATGGGATTCAGATGTGGTTTCCTCGGTTTGCTTCACA 1313
Query 1319 TGGATGTATTTCATCAACGGCTTGAACAAGAATACGGTACACAAGTAATCTCCACAATCC 1378
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 TGGATGTATTTCATCAGCGGCTTGAACAAGAATACGGTACACAAGTAATCTCCACAATCC 1373
Query 1379 CTACTGTTCCTTACACATTTGAATACTCAGATGGAAGCAAGCTACAAGTGCAGAATCCAG 1438
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1374 CTACTGTTCCTTACACATTCGAATACTCAGATGGAAGCAAGCTACAAGTGCAAAATCCAG 1433
Query 1439 CTGCCTTACCATCAAACCCCAAATACCGAGTCACAGCTTCTTGGGAGCCAACAGTAATCG 1498
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1434 CTGCCTTACCATCAAACCCCAAATACCGAGTCACAGCTTCTTGGGAGCCAACGGTAATCG 1493
Query 1499 CCACAATCATCCTTCCAAGTGAGTATGTAGGAGCTGTTATCAACCTCTGCTCTGATCGAA 1558
|||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 CCACGATCATCCTTCCAAGTGAGTACGTTGGAGCTGTTATCAACCTCTGCTCTGATCGAA 1553
Query 1559 GAGGTCAGCAACTAGAATACACATTTATAGATGCACAACGGGTTTTGTTGAAA-TACCAG 1617
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||
Sbjct 1554 GAGGTCAGCAACTAGAATACACATTTATAGATGCACAACGAGTTTTCTT-AAAGTACCAG 1612
Query 1618 TTACCATTGAGGGAAATTGTTGTAGATTTCTACGATGAATTAAAAAGCATAACATCAGGG 1677
||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1613 TTACCATTGAGGGAAATAGTAGTGGATTTCTACGATGAGTTGAAAAGCATAACATCAGGT 1672
Query 1678 TATGCTTCTTTCGACTACGAGGATGCAGAGTACCAGGCATCAGATCTGGTGAAGCTCGAT 1737
||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1673 TATGCTTCTTTTGACTACGAGGATGCGGAGTACCAAGCATCTGATCTGGTGAAGCTCGAT 1732
Query 1738 ATCCTCTTGAACGGGCAAGCAGTTGATGCGTTAGCCACTATAGTTCACAAGCAGAAAGCA 1797
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 ATACTCTTGAACGGGCAAGCAGTTGATGCGTTAGCCACTATAGTTCACAAGCAGAAAGCA 1792
Query 1798 TACCGTGTGGGTAAAGAACTGGTTGAGAAGCTTAAGAACTACATAGAGAGGCAAATGTTT 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1793 TACCGTGTGGGTAAAGAACTGGTTGAGAAGCTTAAGAACTATATAGAGAGGCAAATGTTT 1852
Query 1858 GAAGTAATGATACAAGCTGCTATTGGTTCAAAGATCATTGCAAGAGACACAATCTCGGCG 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 GAAGTAATGATACAAGCTGCTATTGGTTCAAAGATCATTGCAAGAGACACAATCTCGGCG 1912
Query 1918 ATGAGAAAGAATGTTCTTGCAAAATGTTATGGAGGAGACATAACTCGGAAGAAGAAGCTT 1977
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 ATGAGAAAGAATGTTCTTGCAAAATGTTATGGAGGAGATATAACTCGGAAGAAGAAGCTT 1972
Query 1978 CTAGAGAAACAGAAAGAAGGGAAGAAACGGATGAAACGAGTTGGTTCTGTTGATATTCCA 2037
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973 CTAGAGAAACAGAAAGAAGGGAAGAAAAGAATGAAACGAGTTGGTTCTGTTGATATTCCA 2032
Query 2038 CATGAAGCTTTTCAACAAATACTCAAAGTCTCTTAG 2073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 CATGAAGCTTTTCAACAAATACTCAAAGTCTCTTAG 2068
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107830770660
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5