BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg494196
Length=1509
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G47720.2 | Symbols: | Thiolase family protein | chr5:193315... 2525 0.0
> AT5G47720.2 | Symbols: | Thiolase family protein | chr5:19331547-19334277
FORWARD LENGTH=1511
Length=1511
Score = 2525 bits (1367), Expect = 0.0
Identities = 1463/1510 (97%), Gaps = 4/1510 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTCTATATCCACCtttttcttttttGGCTCAATTATGATCTTTCTCTTTCTCGTTTCCT 60
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTCTATATCCACCTTTTTC-TTTTTGGCTCAATTATGATCTCTCTCTTTCTCGTTTCCT 59
Query 61 CGTAATCTTAACACAAGCCTGATCGTCCTCATCAGCCACCAAACCAAAGACATAATTTCT 120
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 CGTAATCTTAACACAAGCTTGATCGTCCTCATCTGCCACCAAACCAAAGACATAATTTCT 119
Query 121 TCGGTGACTTCCATGGCTCCGCATGTCTCTGATGATTCCCTACAGCCTCGAGATGTTTGT 180
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TCGGTGACTTCCATGGCTCCGCCTGTCTCTGATGATTCCCTACAGCCTCGAGATGTTTGT 179
Query 181 GTTGTGGGAGTGGCGCGAACGCCTATGGGGGGCTTCCTTGGCTCCCTCTCGTCTTTGACT 240
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GTTGTGGGAGTGGCGCGAACGCCTATAGGGGACTTCCTTGGCTCCCTCTCGTCTTTGACT 239
Query 241 GCCACAAGACTTGGGTCCATAGCCATTCAAGCCGCACTTAAGAGAGCACATGTTGAGCCG 300
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 240 GCTACAAGACTTGGGTCCATAGCCATCCAAGCCGCACTTAAGAGAGCACATGTTGATCCG 299
Query 301 GCCCTTGTGGAAGAGGTCTTCTTTGGCAATGTCTTAACTGCCAATCTTGGGCAAGCACCA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GCCCTTGTGGAAGAGGTCTTCTTTGGCAATGTCTTAACTGCCAATCTTGGGCAAGCACCA 359
Query 361 GCAAGACAGGCTGCACTTGGTGCTGGGATTCCCTATTCTGTGATCTGCACCACTATCAAC 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GCAAGACAGGCTGCACTTGGTGCTGGGATTCCCTATTCTGTGATCTGCACCACTATCAAC 419
Query 421 AAAGTCTGTGCTGCAGGAATGAAATCTGTAATGCTAGCGTCTCAAAGTATCCAGCTCGGC 480
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AAAGTTTGTGCTGCAGGAATGAAATCTGTAATGCTAGCGTCTCAAAGTATCCAGCTCGGC 479
Query 481 TTGAATGATGTTGTTGTTGCTGGTGGGATGGAGAGCATGTCAAACGTACCTAAGTACCTC 540
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TTGAATGATATTGTTGTTGCTGGTGGGATGGAGAGCATGTCAAACGTACCTAAGTACCTC 539
Query 541 CCGGACGCAAGAAGGGGTTCTCGATTAGGCCATGATACTGTTGTTGATGGTATGATGAAA 600
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CCGGACGCAAGAAGGGGTTCTCGATTAGGTCATGATACTGTTGTTGATGGTATGATGAAA 599
Query 601 GATGGACTTTGGGATGTATACAATGACTTTGGAATGGGAGTTTGTGGAGAAATATGCGCT 660
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GATGGACTTTGGGATGTCTATAATGACTTTGGAATGGGAGTTTGTGGAGAAATATGCGCT 659
Query 661 GACCAGCACCATATTACAAGAGAAGAACAGGATGCTTATGCTATCCAGAGCTTTGAGCGT 720
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GACCAGTACCGTATTACAAGAGAAGAACAGGATGCTTATGCTATCCAGAGCTTTGAGCGT 719
Query 721 GGTATTGCTGCGCAAAACACTCAGTTGTTCGCTTGGGAAATTGTTCCGGTCGAAGTTTCC 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GGTATTGCTGCGCAAAACACTCAGTTGTTCGCTTGGGAAATTGTTCCGGTCGAAGTTTCC 779
Query 781 ACTGGAAGAGGAAGGCCTTCGGTAGTTATTGACAAGGATGAAGGACTGGGGAAGTTTGAT 840
||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 780 ACTGGAAGAGGGAGGCCTTCAGTTGTTATTGACAAGGATGAAGGATTGGGGAAGTTTGAT 839
Query 841 GCAGCCAAGTTAAAAAAGCTTAGACCAAGTTTCAAGGAGGATGGGGGATCAGTCACTGCT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GCAGCCAAGTTAAAAAAGCTTAGACCAAGTTTCAAGGAGGATGGGGGATCAGTCACTGCT 899
Query 901 GGAAATGCATCAAGCATAAGTGATGGTGCGGCAGCATTAGTGCTGGTGAGTGGAGAGAAG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 900 GGAAATGCATCAAGCATAAGTGATGGTGCGGCAGCGTTAGTGCTAGTGAGTGGAGAGAAG 959
Query 961 GCTCTTGAGCTTGGACTGCACGTCATCGCTAAGATTAGAGGATACGCTGATGCTGCTCAG 1020
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GCTCTTGAGCTTGGACTGCATGTTATCGCTAAGATTAGAGGATACGCTGATGCTGCTCAG 1019
Query 1021 GCACCAGAGTTGTTCACAACCACGCCAGCTCTTGCTATTCCTAAAGCTATAAAGCGGGCT 1080
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GCACCAGAGTTATTCACAACCACGCCAGCTCTTGCTATTCCTAAAGCTATAAAGCGGGCT 1079
Query 1081 GGTTTGGATGCATCACAAGTGGATTACTATGAAATAAACGAAGCCTTTTCTGTTGTAGCT 1140
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1080 GGTTTGGATGCATCTCAAGTGGATTATTATGAAATAAACGAAGCATTTTCTGTGGTAGCT 1139
Query 1141 CTGGCCAATCAGAAACTGCTGGGATTAGATCCTGAACGGCTGAATGCGCATGGAGGGGCA 1200
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1140 CTAGCCAATCAGAAACTACTGGGATTAGATCCTGAACGGCTCAATGCGCATGGAGGGGCT 1199
Query 1201 GTTTCACTGGGACATCCATTGGGATGCAGCGGCGCTCGTATCTTGGTCACATTATTGGGG 1260
||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GTTTCACTGGGACATCCATTGGGCTGTAGCGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTATTGGGG 1259
Query 1261 GTGTTGAGAGCAAAAAAGGGAAAGTATGGAGTGGCATCAATATGCAACGGAGGAGGAGGA 1320
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GTGTTGAGAGCAAAGAAGGGAAAGTATGGAGTGGCATCAATATGCAACGGAGGAGGAGGA 1319
Query 1321 GCATCAGCACTTGTCCTTGAGTTCATGTCGGAGAAGACAATCGGATATTCGGCACTCTGA 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GCATCAGCACTTGTCCTTGAGTTCATGTCGGAGAAGACAATCGGATATTCGGCACTCTGA 1379
Query 1381 AGCCAAGAGATGTTGTTTTATAACGCAAAGCGTATGTATATGGTTAA-GTATGTGTCACA 1439
||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||||
Sbjct 1380 AGCTAAGAGCTGTTGTTTTATAACGCAAAGCTTATGTATATGGTTCATGTGTGTGTCACA 1439
Query 1440 AGACTGTTTAACTTTGTACTTGAGAGAGATGCAATAAAAGTGTGTTAGAAAATGAGAGGT 1499
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1440 AGACTGT--AACTTTGTACTTGAGAGAGATGCAATAAAAGTGTGTTAGAAAATGAGCGGT 1497
Query 1500 AGATTTCCCA 1509
||||||||||
Sbjct 1498 AGATTTCCCA 1507
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74447408235
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5