BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg494276
Length=2829
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G47040.1 | Symbols: LON2 | lon protease 2 | chr5:19093152-19... 4660 0.0
> AT5G47040.1 | Symbols: LON2 | lon protease 2 | chr5:19093152-19098715
REVERSE LENGTH=2908
Length=2908
Score = 4660 bits (2523), Expect = 0.0
Identities = 2655/2720 (98%), Gaps = 4/2720 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAAGAAGACGACGTTAATGGCGGAAACCGTGGAACTCCCGAGTAGGTTAGCGATTCTTCC 60
|||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 22 GAAGAAGAAGACGTTAATGGCGGAAACAGTGGAGCTCCCGAGTAGGTTAGCGATTCTTCC 81
Query 61 ATTCAGGAACAAGGTTCTCTTACCTGGCGCCATTATTCGAATCCGTTGTACTTCTCATAG 120
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 82 TTTCAGGAATAAGGTTCTCTTACCTGGCGCCATTATTCGAATCCGTTGTACTTCTCATAG 141
Query 121 CAGCGTCACGCTAGTGGAGCAAGAGCTATGGCAGAAAGAAGAGAAGGGTTTAATTGGCAT 180
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 142 CAGCGTCACACTAGTGGAGCAAGAGCTATGGCAGAAAGAAGAGAAAGGTTTAATTGGCAT 201
Query 181 TTTGCCTGTTCGTGATGATGCTGAGGGATCTTCTATAGGGACGATGATTAAT-CACGGTG 239
||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| || ||||
Sbjct 202 TTTACCTGTTCGTGATGATGCCGAGGGTTCTTCAATTGGGACGATGATTAATCCA-GGTG 260
Query 240 CTGGAAGTGATTCTGGAGAAAGAAGCTTGAAATTTCTAGTTGGTACAACAGATGCACAGA 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 261 CTGGAAGTGATTCTGGAGAAAGAAGCTTGAAATTTCTAGTTGGTACAACAGATGCTCAGA 320
Query 300 AGTCTGATGCTAAAGATCAGCAGGATCTTCAATGGCACACCAGGGGAGTAGCAGCTCGTG 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 321 AGTCTGATGCTAAAGATCAGCAGGATCTTCAATGGCACACCAGGGGAGTAGCAGCTCGTG 380
Query 360 CTCTGCATCTTTCAAGAGGGGTGGAGAAACCAAGTGGAAGGGTTACGTATGTGGTTGTCC 419
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 381 CTCTGCATCTTTCAAGAGGGGTGGAAAAACCAAGTGGAAGAGTTACGTATGTGGTTGTCC 440
Query 420 TTGAAGGTCTGAGCAGGTTTAATGTTCAGGAGCTTGGAAAGAGAGGACCATATTCAGTTG 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 441 TTGAAGGTCTGAGCAGGTTTAATGTTCAGGAGCTTGGAAAGAGAGGACCATATTCGGTTG 500
Query 480 CTCGGATTACATCGCTCGAGATGACAAAGGCAGAGTTGGAGCAAGTGCAACAAGACCCAG 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 501 CTCGGATTACATCGCTCGAGATGACAAAGGCAGAGTTGGAGCAAGTAAAACAAGATCCAG 560
Query 540 ATTTTGTAGCACTGTCACGCCAGTTTAAAACCACAGCTATGGAGCTTGTCTCTGTGCTTG 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 ATTTTGTAGCACTGTCACGCCAGTTTAAAACCACAGCTATGGAGCTTGTCTCTGTGCTTG 620
Query 600 AGCAGAAACAAAAAACTGGTGGAAGGACAAAAGTTCTTTTGGAGACAGTTCCTATCCATA 659
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 AGCAGAAACAAAAAACTGGTGGAAGGACAAAAGTGCTTTTGGAGACAGTTCCTATCCATA 680
Query 660 AACTAGCAGACATATTTGTTGCTAGCTTTGAGATGAGTTTTGAAGAGCAACTATCTATGC 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 AACTAGCAGACATATTTGTTGCTAGCTTTGAGATGAGTTTTGAAGAGCAACTATCTATGC 740
Query 720 TGGATTCAGTTGACCTTAAAGTAAGACTTTCAAAGGCTACTGAACTAGTTGATCGGCATT 779
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TGGATTCAGTTGACCTTAAAGTAAGACTTTCAAAGGCTACTGAACTAGTTGATCGGCATC 800
Query 780 TGCAGTCAATTCGCGTGGCAGAGAAGATTACTCAGAAGGTGGAGGGCCAGTTGTCAAAGT 839
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 801 TGCAGTCAATTCGCGTGGCAGAGAAGATTACGCAGAAGGTGGAGGGCCAGTTGTCAAAGT 860
Query 840 CACAGAAGGAGTATCTCTTGCGCCAGCAGATGAGAGCTATTAAAGAGGAGCTTGGTGACA 899
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 CTCAGAAGGAGTATCTCTTGCGCCAGCAGATGAGAGCTATTAAAGAGGAGCTTGGTGACA 920
Query 900 ACGATGATGATGAAGATGATGTAGCTGCACTTGAAAGAAAGATGCAAGCTGCGGGAATGC 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 921 ACGATGATGATGAAGATGATGTAGCTGCACTTGAAAGAAAGATGCAAGCTGCGGGAATGC 980
Query 960 CGTCAAACATATGGAAGCATGCTCAAAGGGAATTGAGGCGACTAAAAAAGATGCAACCTC 1019
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 981 CGTCAAACATATGGAAGCATGCTCAAAGGGAATTGAGGCGTCTAAAAAAGATGCAACCTC 1040
Query 1020 AGCAACCTGGCTATAACAGTTCACGAGTTTACCTGGAGCTGTTGGCTGATCTTCCTTGGG 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1041 AGCAACCTGGCTATAACAGTTCACGAGTTTACCTGGAGCTGTTGGCTGATCTTCCTTGGG 1100
Query 1080 AGAAGGCAAGCGAAGAACATGAGTTGGATCTAAAAGCAGCAAAAGAACGTCTTGACAGTG 1139
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1101 ATAAGGCAAGCGAAGAACATGAGTTGGATCTAAAAGCAGCAAAAGAACGTCTTGACAGTG 1160
Query 1140 ATCACTATGGTTTAGCCAAGGTCAAGCAACGGATCATTGAATATCTGGCTGTTAGAAAGC 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1161 ATCACTATGGTTTAGCCAAGGTCAAGCAACGGATCATTGAATATCTGGCTGTTCGAAAGC 1220
Query 1200 TTAAACCAGATGCGAGAGGCCCAGTATTGTGCTTCGTTGGTCCACCAGGTGTGGGAAAGA 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1221 TTAAACCAGATGCGAGAGGCCCAGTATTGTGCTTTGTTGGTCCACCAGGTGTGGGCAAGA 1280
Query 1260 CATCTTTGGCATCGTCTATTGCAGCTGCATTAGGTAGAAAATTTGTTCGCTTATCTTTGG 1319
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1281 CGTCTTTGGCATCATCTATTGCAGCTGCATTAGGTAGAAAATTTGTTCGCTTATCTTTGG 1340
Query 1320 GTGGTGTGAAAGATGAAGCTGACATTAGAGGACACAGAAGGACTTATATAGGAAGCATGC 1379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1341 GTGGTGTGAAAGATGAAGCTGACATTAGAGGACACAGAAGAACTTATATAGGAAGCATGC 1400
Query 1380 CAGGGCGCCTCATTGATGGGCTAAAGAGGGTCGGTGTTTGCAATCCAGTTATGCTGTTGG 1439
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401 CAGGGCGCCTCATTGATGGCCTAAAGAGGGTTGGTGTTTGCAATCCAGTTATGCTGTTGG 1460
Query 1440 ATGAGATTGACAAAACAGGCTCGGATGTTCGGGGTGATCCAGCTTCTGCACTGCTGGAGG 1499
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1461 ATGAGATTGACAAAACAGGCTCAGACGTTCGGGGTGATCCAGCTTCTGCACTGCTCGAGG 1520
Query 1500 TTTTGGATCCAGAGCAGAACAAATCTTTTAATGATCACTATCTGAATGTTCCATATGACT 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1521 TTTTGGATCCAGAGCAGAACAAATCTTTTAATGATCACTATCTGAATGTTCCATATGACT 1580
Query 1560 TATCAAAGGTGGTTTTTGTTGCCACTGCAAATAGGGTTCAACCTATTCCACCTCCTCTTC 1619
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1581 TATCAAAGGTGGTTTTTGTTGCCACTGCTAATAGGGTTCAACCTATTCCACCTCCTCTTC 1640
Query 1620 TAGACAGGATGGAGCTAATTGAGTTGCCTGGTTATACGCAAGAGGAAAAACTTAAGATAG 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1641 TAGACAGGATGGAGCTAATTGAGTTGCCTGGTTATACGCAAGAGGAAAAACTTAAGATAG 1700
Query 1680 CTATGCGCCATCTGATTCCTCGAGTTCTAGATCAGCATGGGCTTAGTTCTGAGTTCCTCA 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1701 CTATGCGCCATCTGATTCCTCGAGTTCTAGATCAGCATGGGCTTAGTTCCGAGTTCCTCA 1760
Query 1740 AGATTCCAGAGGCTATGGTAAAGAATATAATTCAGAGGTACACAAGAGAAGCCGGTGTTC 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1761 AGATTCCAGAGGCTATGGTAAAGAATATAATTCAGAGGTATACAAGGGAAGCCGGTGTTC 1820
Query 1800 GTAGTCTAGAGAGAAACTTGGCTGCTTTAGCTCGTGCAGCTGCTGTGATGGTTGCAGAGC 1859
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1821 GTAGTCTAGAGAGGAACTTGGCTGCTTTAGCTCGTGCAGCTGCTGTGATGGTGGCAGAGC 1880
Query 1860 ATGAACAAACTCTTCCGTTGAGCAAAGATGTGCAGAAACTTACATCTCCTCTGCTTAATG 1919
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1881 ATGAACAAAGTCTTCCGTTGAGCAAAGATGTGCAGAAACTTACATCTCCTCTGCTTAATG 1940
Query 1920 GTAGAATGGCCGAGGGAGGCGAAGTGGAAATGGAAGTTATTCCAATGGGTGTAAATGATC 1979
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1941 GTAGAATGGCCGAAGGAGGCGAAGTGGAAATGGAAGTTATTCCAATGGGTGTAAATGATC 2000
Query 1980 ATGAGATTGGAGGCACCTTCCAGAGCCCCTCAGCTTTGGTGGTTGATGAGACCATGCTTG 2039
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2001 ATGAGATTGGAGGCACCTTCCAGAGTCCCTCAGCTTTGGTGGTGGATGAGACCATGCTTG 2060
Query 2040 AAAAAATCCTTGGGCCTCCAAGGTTTGATGACAGTGAAGCCGCTGATCGAGTGGCGTCAG 2099
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2061 AAAAAATCCTCGGGCCTCCAAGGTTTGATGACAGTGAAGCCGCTGATCGAGTGGCGTCAG 2120
Query 2100 CTGGCGTTTCTGTAGGTCTCGTTTGGACTACTTTTGGTGGAGAAGTCCAGTTCGTGGAGG 2159
|||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2121 CTGGCGTTTCAGTGGGTCTCGTTTGGACTACTTTTGGTGGTGAAGTCCAGTTCGTGGAGG 2180
Query 2160 CTACATCTATGGTAGGCAAAGGCGAGATGCATTTGACGGGCCAACTCGGAGATGTTATCA 2219
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2181 CTACATCTATGGTGGGCAAAGGCGAAATGCATTTGACGGGCCAACTCGGAGATGTTATCA 2240
Query 2220 AAGAATCTGCTCAATTAGCTCTTACATGGGTAAGAGCTCGTGCGTCGGATTTTAAGCTGG 2279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2241 AAGAATCTGCTCAATTAGCTCTTACATGGGTAAGAGCTCGTGCGTCGGATTTTAAGCTGG 2300
Query 2280 CACTTGCAGGGGATATGAATGTTCTTGATGGACGAGACATCCACATTCACTTTCCTGCTG 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2301 CACTTGCAGGGGATATGAATGTTCTTGATGGACGAGACATCCACATTCACTTTCCTGCTG 2360
Query 2340 GTGCAGTGCCGAAAGACGGACCTTCTGCGGGAGTGACTTTGGTGACAGCTCTGGTTTCGT 2399
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2361 GTGCAGTGCCGAAAGACGGGCCTTCTGCGGGAGTGACTTTGGTGACAGCTTTGGTTTCGT 2420
Query 2400 TGTTCAGTCAGAAACGAGTTAGAGCAGACACAGCCATGACCGGAGAGATGACACTCAGAG 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2421 TGTTCAGTCAGAAACGAGTTAGAGCAGACACAGCCATGACCGGAGAGATGACACTCAGAG 2480
Query 2460 GTCTCGTTCTACCTGTTGGTGGCATCAAAGATAAGATATTGGCTGCACACCGGTATGGTA 2519
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2481 GTCTCGTTCTGCCTGTTGGTGGCATCAAAGATAAGATATTGGCTGCACACCGGTATGGTA 2540
Query 2520 TCAAAAGAGTGATTCTACCGCAGAGGAACTCGAAAGACTTAGTTGAAGTACCCGCTGCTG 2579
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2541 TCAAAAGAGTGATTCTACCGCAAAGGAACTCGAAAGACTTAGTTGAAGTACCCGCCGCTG 2600
Query 2580 TACTTTCCAGTCTGGAGGTGATATTGGCAAAGAGAATGGAAGACGTTCTGGAAAATGCAT 2639
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2601 TACTTTCCAGTCTGGAGGTGATATTGGCAAAGAGAATGGAAGACGTCCTGGAAAATGCAT 2660
Query 2640 TCGAAGGAGGTTGTCCATGGCGGAACAACTACTCTAAATTATGACATATCCATACTTCTT 2699
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 2661 TCGAAGGAGGTTGTCCATGGCGGAACAACTACTCTAAATTATGACAAATCCTTACTTCTT 2720
Query 2700 CTC-TCTTTAAGACCACATT 2718
| | |||||||||||| |||
Sbjct 2721 C-CGTCTTTAAGACCATATT 2739
Score = 117 bits (63), Expect = 6e-25
Identities = 99/115 (86%), Gaps = 7/115 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 2715 CATTTGGTAAGGAATCAGAATCTTTGCATATCttttttttctttttCTTAATTTCTCCCA 2774
||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| || | | || ||||
Sbjct 2763 CATATGGTAAGGAATCAGAATCTTTGCATA-C-CCTTTTT-TTTCTC-T--TCTC-CCCA 2815
Query 2775 CCCTCCTCTCCCATATTGTATGTTTGTGTATGTAATGGGCTTAAATTTATCATCT 2829
| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2816 CTCACCTTTCCTATATTGTATGTTTGTGTATGTAATGGGCTTAAATTTATCATCT 2870
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 140567774286
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5