BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg494332
Length=3216
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G46400.1 | Symbols: AT PRP39-2, PRP39-2 | Tetratricopeptide ... 4796 0.0
> AT5G46400.1 | Symbols: AT PRP39-2, PRP39-2 | Tetratricopeptide
repeat (TPR)-like superfamily protein | chr5:18820032-18824650
FORWARD LENGTH=3239
Length=3239
Score = 4796 bits (2597), Expect = 0.0
Identities = 2987/3173 (94%), Gaps = 35/3173 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTGACGACGGAGGTTAGGACCGCCGTCTCCGATAAGGAACCATTGCCACCGTCTCCA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1 ATGGTGACGACGGAGGTTAGGACCGCCGTCTCCGATAAGGAACCATTGCAACGGTCTCCA 60
Query 61 CAATTAGACGGATCTAGTGATTTCCTCGACAACGATAGATTACAAGAAACTTTCTCCAGT 120
|||||||| | || | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 61 GAATTAGACAGCTCCACTGATTTCCTTGACAACGATAGATTAAAAGAAACATTCTCCAGT 120
Query 121 GGAGCTCTTGATTTTGATGAATGGATTTTGTTAATCTCCGAAAT--AGA-GACTTCGTTC 177
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 121 GGAGCTCTTGATTTTGATGAATGGACTTTGTTAATCTCCGAAATAGAGACGACTTCGTTC 180
Query 178 CCCGATGATATTGAGAAGTTATGTTTAGTTTACGATGCTTTCTTGTTGGAGTTTCCATTG 237
|| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CCTGATGATATTGAGAAGCTATGTTTAGTTTATGATGCTTTCTTGTTGGAGTTTCCATTG 240
Query 238 TGCCATGGCTATTGGAGGAAATATGCTTACCATAAAATAAAGTTATGCACTTCAGAAGAT 297
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 241 TGTCATGGCTATTGGAGGAAATATGCTTACCATAAGATAAAGTTATGCACTTTAGAAGAT 300
Query 298 GCTCTTGAAGTTTTCGAACGAGCAGTACAAGCAGCTACTTATTCTGTAGCTGTATGGCTC 357
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCTGTTGAAGTTTTCGAACGAGCAGTACAAGCAGCTACTTACTCTGTAGCTGTATGGCTC 360
Query 358 GACTATTGCGCTTTCGCTGTTGCTGCTTATGAAGATCCTCATGATGTTAGTAGATCATTT 417
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 361 GACTATTGTGCTTTCGCTGTTGCTGCTTATGAAGATCCTCATGATGTTAGTAGATTATTT 420
Query 418 GAGAGGGGGCTTTCATTTGTTGGAAAAGATTATTCTTGCTGCAATCTTTGGGACAAATAT 477
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 421 GAGAGGGGGCTTTCATTTATTGGAAAAGATTATTCTTGCTGCACTCTTTGGGACAAATAT 480
Query 478 ATAGAATATCTTATGGGGCAGCAGCAATGGAGTTCATTGGCTCATTTATATCTCCGGACC 537
|||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 481 ATAGAATATCTTTTGGGTCAGCAGCAATGGAGTTCACTGGCTAATGTATATCTCCGGACC 540
Query 538 CTGAGATATCCATCCAAAAAGTTGGATCTCTATTACAAAAACTTCAGGAAGATTGTGGCT 597
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 541 TTGAAATATCCATCCAAAAAGTTGGATCTCTATTACAAAAACTTCAGGAAGATTGCAGCT 600
Query 598 TCTTTGAAAGAGAAGATTAAATGTAGAATAGATGTTAACGGAGACCTTTCTTCAGACCCC 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TCTTTGAAAGAGAAGATTAAATGTAGAATAGATGTTAACGGAGACCTTTCTTCAGACCCC 660
Query 658 ATGGAAGAAGATTTGGTCCTTACACGTCACACTGATGAGGAGATCTCTGTTGTTGTAAGA 717
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 661 ATGGAAGAAGATTTGGTCCATACACGTCACACTGATGAGGAGATCTCTATTGTTGTAAGA 720
Query 718 GACTTGATGGGTCCTTCCTCTAGCTCAGCTGTGTCAAAAGCACTGCATGCATATTGGTCA 777
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 721 GAATTGATGGGTCCTTCCTCTAGCTCAGCTGTGTCAAAAGCACTGCATACATATTTGTCA 780
Query 778 ATTGGAGAACAGTTCTACCAAGACTCACAGCAGTTGATGGAGAAAATAAGCTGCTTTGAG 837
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATTGGAGAACAGTTCTATCAAGACTCACGGCAGTTGATGGAGAAAATAAGCTGCTTTGAG 840
Query 838 ACACAAATCCGCAGGCCTTATTTTCATGTAAATCCGTTGGACACTAATCAGCTCGACAAT 897
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 841 ACACAAATCCGCAGGCCTTATTTTCATGTAAAACCATTGGATACTAATCAGCTCGACAAT 900
Query 898 TGGCATGCATATTTGAGCTTCGCCGAAACATATGGGGACTTTGATTGGGCTATTC-ATCT 956
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||
Sbjct 901 TGGCATGCATATTTGAGCTTCGGTGAAACATATGGGGACTTTGACTGGGCTA-TCAATCT 959
Query 957 CTATGAGAGATGCTTAATACCATGCGCTAATTACACCGAGTTCTGGTTCCGCTATGTGGA 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CTATGAGAGATGCTTAATACCATGCGCTAATTACACCGAGTTCTGGTTCCGCTATGTGGA 1019
Query 1017 TTTTGTAGAAAGCAAGGGTGGAAGGGAGCTAGCAAACTTTGCATTGGCTCGAGCATCACA 1076
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1020 TTTTGTAGAAAGCAAGGGTGGAAGGGAGCTAGCAAACTTTGCATTGGCTCGAGCGTCACA 1079
Query 1077 AACTTTTGTCAAGAATGCATCTGTTATCCATCTATTCAATGCAAGATTCAAGGAACACGT 1136
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1080 AACTTTTGTCAAGAGTGCTTCTGTTATCCATCTATTCAATGCAAGATTCAAAGAACATGT 1139
Query 1137 TGGAGATGCATCTGCTGCTTCAGTTGCTCTGTCTCGATGTGGTGAGGAACTTGGTTTTG- 1195
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TGGAGATGCATCTGCTGCTTCAGTTGCTCTGTCTCGATGTGGTGAGGAACTTGGTTTTGG 1199
Query 1196 TTTTGGTTGAAAATGTAACTAAGAAGGCTAACATGGAAAAGCGCCTGGGTAATTTTGAAG 1255
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TTTTG-TTGAAAATGTAACTAAGAAGGCTAACATGGAAAAGCGCCTGGGTAATTTTGAAG 1258
Query 1256 GTGCTGTTACTACGTACAGAGAGGCTCTGAATAAAACGCTCATTGGAAAAGAAAATTTGG 1315
||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CTGCTGTTACCACGTATAGAGAAGCTCTGAATAAAACGCTCATTGGAAAAGAAAATTTGG 1318
Query 1316 AAACCACCGCCTTGCTGTATGTTCAATTTTCTCGCCTCAAGTACATGATTACAAATAGTG 1375
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1319 AAACCACCGCCCGGCTGTATGTTCAATTTTCTCGCCTCAAGTACGTGATTACAAATAGTG 1378
Query 1376 CTGATGATGCAGCTCAGATTCTGATAGAAGGCAATGAGAAAGTTCCTCACTGCAAATTAC 1435
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CTGATGATGCAGCTCAGATTCTGTTAGAAGGCAATGAGAATGTTCCTCACTGCAAATTAC 1438
Query 1436 TTCTTGAGGAACTTATAAGACTCTTGATGATGCATGGAGGGTCTCGACGAGTGGATTTGT 1495
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1439 TTCTTGAGGAACTTATGAGACTCTTGATGATGCATGGAGGGTCTCGACAAGTGGATTTGT 1498
Query 1496 TAGATCCTATCATAGGTAAGGAAATATCTCACCAGGCAGATTCCTCCGATGGTCTGAGCG 1555
||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1499 TAGATCCTATCATAGATAAGGAATTATCTCATCAGGCAGATTCCTCCGATGGTCTAAGCG 1558
Query 1556 CAGAGGACAAAGAAGAGATATCAAATTTATACATGGAGTTTATTGATCTCTCTGGAACCA 1615
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 CAGAGGACAAAGAAGAAATATCAAATTTATACATGGAGTTTATTGATCTCTCTGGAACCA 1618
Query 1616 TCCATGATGTGAGGAAGGCTTTGGGTCGACACATAAAATTATTCCCCCATTCTGCTAGAG 1675
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1619 TCCATGATGTGAGGAAGGCTTTGGGTCGACACATAAAATTATTCCCACATTCTGCTAGAG 1678
Query 1676 CCAAGTTACATGGGTCCCGTCCTTCAGGAAATTCATTTAGAGAGTTGATTCAGAGAAGAG 1735
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 CCAAGTTACGTGGGTCCCGTCCTTCAGGAAATTTATTTAGAGAGTTGATTCAGAGAAGAG 1738
Query 1736 AGAAGACTCGTGA-CTGCTTGAATCAGGACCTCTTAACAAACAAAGGCATTAGCAGCACA 1794
|||||||||| || | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1739 AGAAGACTCGAGAGC-GCTTGAATCAGGACCTATTAACAAACAAAGGCATTAGCAGTATA 1797
Query 1795 GTCGATTCGAC-ACCAAAAGAAAAGAAAGAGTCATCTCTAGACCCTGATGGTGCCCAATC 1853
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||
Sbjct 1798 GTCGATTC-ACCACCAAAAGAAAAGAAAGAGTCATCTCTAGACTCTTATGGTACCCAATC 1856
Query 1854 TAAAGATGCTGTTCGGGCTGACTATGTAAACACTGAGCCTAATCGGGGGTGTCTGGCTTC 1913
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||
Sbjct 1857 TAAAGATGCTGTACGGGCTGACTATGTAAACACTGAGCCTAATCAGGGCTGTCTGACTTC 1916
Query 1914 AGGACATCTAGTTGAAAGAAAGGATAATGTTGCTGAGAGGGAGGA-TTTGTGGGAGTCAC 1972
||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| | |||||| |||||||
Sbjct 1917 TGGACATCTAGTTGAAGGAAACGATAATGTTATTGAGAGGGAG-ACTTTGTGTGAGTCAC 1975
Query 1973 AGAGAGATCTGTCCATGGGATTAAAAGCTGATGAAGGTGGTGGACGCTCTCGTGAAGTTA 2032
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1976 AGAGCGATCTGTCCATGGGATTAAAAGCCAATGAAGGTGGTAAACGCTCTCATGAAGTTA 2035
Query 2033 GCCTACCAATCCAAGCCACACCAAAACATGGTTTTGTCACTAAACAAGCTTACTTCTCGT 2092
||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2036 GCCTACCGATCCAAGCCTCACCAGAACATGGTTTTGTCACTAAACAAGCTCACTTCTCGT 2095
Query 2093 CCAGTTCTGTAGATACTGTGAAAACAGATGCTATAGTGATCCAACCTAGTGGCTCACGGA 2152
||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2096 CCAATTCAGTAGATACTGTGAAGTCAGATGCTATAGTGATCCAACCTAGTGGCTCACAGA 2155
Query 2153 GTCCCCAAAGTTACCAAAGCCAAGAGTCTCTCAGGCAAACTGGTCGGAGCAGGTACC-CT 2211
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2156 GTCCCCAAAGTTACCAAAGTCAAGAGTCTCTCAGGCAAACTGGTCGGAACAGGTACCAC- 2214
Query 2212 AGAAGAGATTTAAACCAGACT-CATAGAGATTCGAAACCTCGTTCTCGAGAGAGACCTCC 2270
||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2215 AGAAGAGATTTAAACCAGA-TGCACAGAGATTCAAAACCTCGTTCTCAAGAGAGACCTCC 2273
Query 2271 TCAGATGTCGTATTCTCCAGTCGGAACTGGTCGTGAAATTCCCGGTCAGCACATGGAAGT 2330
||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 2274 TCAGATGCCATATTCTCCAGTCGGAACTGGTCGTGAAATTCTTGGTCAGCACATGGCTTT 2333
Query 2331 TGCTCCTCGAGACAATCGAGCAGCGCTACAAAGCTCAATCTCACAGAATCCGCAAAACCA 2390
| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 2334 TACTCATCAAGACAATCGAGTAGCGCTACAAAGCTCAACCTCTCAGAATCCGCAAAACCA 2393
Query 2391 ATTTCACAACTCTGCACTTCAGATGCATCCTGTGGTTCAAACATTCAATGCTTATCCTCA 2450
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2394 ATTTCAGAACTCTGCACTTCAGATGCATCCTGTGGTTCAAACATCCAATGCTTATCCTCA 2453
Query 2451 AACTCAGATACTTGGTCAGCACATGATTGTATCGCCTCCAGACTCACAGAATCTGCAGAA 2510
| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 2454 ATCTCAGATACATGGTCAGCACATGATTGTATCCCCTCCAGAGTCACAGAATCCGCAGAA 2513
Query 2511 CCAATATCAAAACTCTACATCTCAGGTTCAAACCTCCTTTGCCTATCCTCAAACTCAGAT 2570
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2514 CCAATGTCAAAACTCTACATCTCAGGTTCAAACATCCTTTGCTTATCCTCAAACTCAGAT 2573
Query 2571 TCCTCAGAATCCAGTGCAAAGTAACTACCAACAAGAAGGTCAGATGCAGAGTCATGAAGC 2630
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2574 TCCTCAGAATCCAGTGCAGAGTAACTACCAACAAGAAGGTCAGATGCAGAGTCATGAAGC 2633
Query 2631 TTATAACCAGATGTGGCAACAGTATTATTATAGCTATTATTACTATCAGCAACACCAACA 2690
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2634 TTATAACCAGATGTGGCAACAGTATTATTATAGCTATTATTACTATCAGCAACAGCAACA 2693
Query 2691 GCTTATGTCTGAACAGCCACAACCAAATCAGAACCCTCAGCCACAACTAGATCAGAATCT 2750
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2694 GCTTATGTCTGAACAGCCTCAACCAAATCAGAACCCTCAGCCACAACTAGATCAGAATCT 2753
Query 2751 TCTGCAACTTCTCTCCAAACAGTACCAATCTCAAGCCAGTACTCAGTATCCACAACCTCA 2810
| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||| ||
Sbjct 2754 TGTGCAACTTCTCTCCAAACAGTACCAGTCTCAAGCCAAAACTCAGTATCTACAACCACA 2813
Query 2811 ACAGGTGAAGGAACAGCTCAATACACAGCAACAGAGCCAAGAACCAGAAAATCAGCAGCA 2870
||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2814 ACAGGTG--G-AACAGGTCAATACACAGCAACAGAGTCAAGAACCACAAAATCAGCAGCA 2870
Query 2871 AATTCAGTTCCAGcaacaacaacaagaa------tggttccaacagcaaca--a-tggca 2921
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2871 AATTCAGTTCCAGCAACAACAACAACAACAAGAGTGGTTCCAACAGCAACAGCAATGGCA 2930
Query 2922 acaacaacaGTATTTTCTCTATCTTCAACAACAGCAGTTGCAAGGAGAAGCAAAAGGCGA 2981
|||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2931 ACAACAGCAGTATCTTCTCTATATTCAGCAACAGCAGTTGCAAGGAGAAGCAAAAGGCGA 2990
Query 2982 TGAACAAAGACCCTCTATGCCACAGCCACAGGTCTCCACAACAAACAGTGATGTTCAAAA 3041
||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2991 TGAACAAAGACTCTCTATGCCGCAG-----GGT-TCCACAACAAACAGTGATATTCAAAA 3044
Query 3042 GAGTCAAGAATCTGGAGCAGTCAATGAAGCAAATCTATCTTCTGACACTTCCATCAGTTC 3101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3045 GAGTCAAGAATCTGGAGCAGTCAATGAAGCAAATCTATCTTCTGACACTTCCATCAGTTC 3104
Query 3102 TATATGAATCTCATGAAAGCCGATGGACACGTAACTGATTGTGTTATTAAAAA 3154
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3105 TATATGAGTCTCATGAAAGCCGATGGACACGTAATTGATTGTGTTATTAAAAA 3157
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 159982381227
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5