BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg494345
Length=2556
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G46280.1 | Symbols: MCM3 | Minichromosome maintenance (MCM2/... 3984 0.0
> AT5G46280.1 | Symbols: MCM3 | Minichromosome maintenance (MCM2/3/5)
family protein | chr5:18769697-18773658 REVERSE LENGTH=2588
Length=2588
Score = 3984 bits (2157), Expect = 0.0
Identities = 2434/2566 (95%), Gaps = 25/2566 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTTTCGAAGAACCCAGATTTTGTTAAGAAATGGATGTACCGGAGGAGACGAGGCTTCGCC 60
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 24 CTTACGAAGAACCCAGATTTTGTTAAGAAATGGATGTGCCAGAGGAGACGAGGCTTCGCC 83
Query 61 ACAAGCGAGATTTTATCCAGTTCCTCGATAACATGTATATGGATGAAATCAAAGCTTTGG 120
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 84 ACAAGCGAGATTTTATCCAGTTCCTCGATAGTATGTATATGGAGGAAATCAAGGCTTTGG 143
Query 121 TACAGCAAAAACGTCACCGTCTCATTATTAATATCTCTGATATTCATCACTACTTCCGCG 180
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| | |
Sbjct 144 TACATCAAAAGCGTCACCGTCTCATTATTAATATCTCTGACATTCACCACCACTTCAGGG 203
Query 181 -ATTCTGCCTCTAGGATACTGAAGAATCCAAATGAGTATATGCAGTCATTTTGTGACGCA 239
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 204 AAGT-TGCCTCTAGGATACTGAAGAATCCAAATGAGTATATGCAGTCATTTTGTGACGCA 262
Query 240 GCCACTGAAGCTACTCGCGGTATTGACCCTAAATACTTGAAGGAAGGAGAGCAAGTCCTT 299
||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 263 GCCACTGAAGCTACTCGTGCTATTGACCCTAAATACTTGAAGGAAGGAGAGCTTGTCCTT 322
Query 300 GTTGGTTTTGAAGGTTATTTTGTCTCTCGTGTTGTGACTCCTAGAGAGCTTCTCTCTGAG 359
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 323 GTTGGTTTTGAAGGTTATTTTGTTTCTCGCGTTGTTACTCCTAGAGAGCTTCTCTCTGAT 382
Query 360 TTTATCGGATCTATGGTTTGTGTTGAGGGCATTGTCACCAAATGCTCTCTTGTGAGGCCA 419
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 383 TTTATTGGATCTATGGTCTGTGTTGAGGGCATTGTCACCAAATGCTCTCTTGTGAGGCCA 442
Query 420 AAGGTTGTTAAAAGCGTACACTTTTGTCCATCAACCGGTGAATTTACCAATCGAGATTAT 479
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 443 AAGGTTGTTAAAAGCGTTCACTTTTGTCCATCAACCGGTGAATTTACCAATCGAGATTAT 502
Query 480 CGAGACATAACATCTCACGCCGGTTTACCCACTGGGTCTGTCTATCCCACAAGGGATGAT 539
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 503 CGAGACATAACATCTCACGCTGGTTTACCCACTGGCTCTGTCTATCCCACAAGGGATGAT 562
Query 540 AAGGGAAACTTATTGGTGACTGAGTATGGGCTGTGCAAATACAAAGATCATCAGACCTTG 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 563 AAGGGAAACTTATTGGTGACTGAGTATGGGCTGTGCAAATACAAAGATCACCAGACCTTG 622
Query 600 TCAATTCAAGAAGTGCCTGAAAATGCTGCTCCTGGTCAGCTTCCACGAAGCGTTGATGTC 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 623 TCAATTCAAGAAGTGCCTGAAAATGCTGCTCCTGGTCAGCTTCCACGAAGCGTTGATGTC 682
Query 660 ATAGCTGAGGATGACCTTGTTGACTCATGCAAGCCAGGAGATCGAGTGTCTGTTTTCGGC 719
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 683 ATTGCTGAGGATGACCTTGTTGACTCATGCAAGCCAGGAGATCGAGTATCTGTTTTCGGT 742
Query 720 ATTTACAAAGCTCTTCCGGGAAAAAGCAAGGGTAGTGTAAATGGAGTCTTTAGGACTATC 779
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 743 ATTTACAAAGCTCTTCCTGGAAAAAGCAAGGGTAGTGTAAATGGAGTCTTTAGGACTATC 802
Query 780 CTCATAGCCAATAATATCGCTCTGCTCAATAAAGAAGCAAATGCACCTATATACAC-AC- 837
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 803 CTCATAGCCAATAATATCGCTCTGCTCAATAAAGAAGCAAATGCACCTATATACACTAAG 862
Query 838 CACGAGACCTACAGAACATTAAAAAGATTGCAGGAAGAGATGATGCGTTTGATCTTCTTG 897
|| ||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 863 CA--AGACCTAGATAACATTAAAAATATTGCACGAAGAGATGATGCATTTGATCTCCTTG 920
Query 898 CTCGTTCCTTAGCACCTTCTATTTATGGGCACGCTTGGATTAAGAAAGCAGTAGTTCTAC 957
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 921 CTCGTTCCTTAGCACCTTCTATTTATGGGCACGCTTGGATAAAGAAAGCAGTAGTTTTAC 980
Query 958 TGATGCTTGGTGGTGTTGAAAAGAACCTCAAGAACGGTACCCACTTGAGAGGAGACATCA 1017
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 981 TGATGCTTGGTGGTGTTGAAAAGAACCTGAAGAACGGAACCCACTTGAGGGGAGACATCA 1040
Query 1018 ACATGATGATGGTTGGTGATCCATCTGTTGCCAAATCTCAACTTCTGAGAGCGATAATGA 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1041 ACATGATGATGGTTGGTGATCCATCTGTTGCCAAATCTCAACTTCTGAGAGCGATAATGA 1100
Query 1078 ATATTGCACCATTGGCTATATCAACCACTGGCCGTGGTTCTTCCGGTGTTGGGTTAACTG 1137
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1101 ATATTGCACCTTTGGCTATATCAACCACAGGCCGTGGTTCTTCCGGTGTTGGGTTAACTG 1160
Query 1138 CTGCTGTGACTTCTGACCAAGAAACAGGGGAACGAAGACTAGAAGCCGGTGCAATGGTCC 1197
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1161 CTGCTGTGACTTCTGACCAAGAAACAGGGGAACGAAGACTAGAAGCTGGTGCAATGGTCC 1220
Query 1198 TCGCTGATAAAGGTATTGTGTGCATTGACGAGTTTGATAAGATGAACGATCAGGACCGAG 1257
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1221 TCGCTGATAAAGGTATCGTGTGCATTGACGAGTTTGATAAGATGAATGATCAGGACCGAG 1280
Query 1258 TTGCTATACATGAAGTGATGGAGCAACAGACTGTAACGATTGCAAAAGCTGGTATCCATG 1317
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1281 TTGCTATACACGAAGTGATGGAGCAACAGACTGTAACAATTGCAAAAGCCGGTATCCATG 1340
Query 1318 CATCACTGAATGCTAGATGCAGTGTGGTTGCAGCTGCAAATCCCATATATGGAACTTATG 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1341 CATCACTGAATGCTAGATGCAGTGTGGTTGCAGCTGCAAATCCCATATACGGAACTTATG 1400
Query 1378 ACAGATCACTGACTCCAACAAAGAACATTGGACTTCCAGATTCGCTGCTTTCTCGTTTTG 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401 ACAGATCACTGACTCCAACAAAGAACATTGGACTTCCAGATTCGCTGCTTTCTCGTTTTG 1460
Query 1438 ATCTGTTGTTTATTGTGTTGGATCAAATGGATGCTGGTATCGACACCCTGATTTCAGAAC 1497
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 1461 ATCTACTGTTTATTGTGTTGGATCAAATGGATGCTGGTATCGACAGCATGATTTCAGAAC 1520
Query 1498 ATGTCTTGCGCATGCATCGTTACAAAAACGATAGAGGTGAGGCAGGGCCAGATGGGAACT 1557
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1521 ATGTCTTGCGCATGCATCGTTACAAGAACGATAGAGGTGAGGCAGGGCCAGATGGGAGCT 1580
Query 1558 TGCCATACGCGAGAGAAGACGATGGTGAGAGTGAATTGTTTGTTAAGTATAACCAAACGC 1617
|||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1581 TGCCTTACGCGAGAGAAGACAATGCTGAGAGTGAAATGTTTGTTAAGTATAACCAAACAC 1640
Query 1618 TACATGGGAAGAAGAAAAGAGGCCAAACACATGATAAAACCCTTACGATTAAGTTCTTGA 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1641 TACATGGGAAGAAGAAAAGAGGCCAAACACATGATAAAACCCTTACGATTAAGTTCTTGA 1700
Query 1678 AGAAGTACATTCATTATGCCAAGCACCGTATTACGCCAAAACTCACTGATGAAGCATCAG 1737
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1701 AGAAGTACATTCATTACGCCAAGCACCGTATTACACCAAAGCTCACTGATGAAGCATCGG 1760
Query 1738 AACGTATTGCAGAAGCATATGCGGATCTCAGAAATGCAGGTTCCGATACTAAGACTGGAG 1797
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1761 AACGTATTGCAGAAGCATATGCAGATCTCAGAAATGCAGGTTCCGATACTAAGACTGGAG 1820
Query 1798 GTACGCTTCCGATAACAGCAAGAACTCTAGAGACAATAATCCGTCTAGCTACGGCACATG 1857
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1821 GTACGCTTCCGATAACAGCCAGAACTCTAGAGACAATAATTCGTCTTGCTACGGCACATG 1880
Query 1858 CCAAAATGAAGTTGAGCAGAGAGGTTACTAAAGCCGATGCAGAGGCTGCCTTGAAGCTTA 1917
|||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1881 CCAAAATGAAGTTGAGTAGCGAGGTTACTAAAGCTGATGCAGAGGCTGCCTTGAAGCTTA 1940
Query 1918 TGAACTTTGCAATATATCATCAAGAATTAACAGAGATGGATGATCGCGAGCAAGAAGAAC 1977
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1941 TGAACTTTGCAATATATCATCAAGAATTAACTGAGATGGATGATCGTGAGCAAGAAGAAC 2000
Query 1978 GTCAAAGGGAACAAGCAGAACAAGAAAGAACACCAAGTGGCCGTAGAGGCAACCAACATA 2037
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 2001 GTCAAAGGGAACAAGCTGAACAAGAAAGAACACCAAGTGGACGTAGAGGCAACCAACGCA 2060
Query 2038 GGAATAATGAAAATGGAGAAGAGAATGACACTGCAAATGTCGACAGTGAAACAGCAGATC 2097
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2061 GGAATAATGAAGATGGAGCAGAGAATGACACTGCAAATGTCGACAGTGAAACAGCAGATC 2120
Query 2098 CCATGGAAGTGGATGAACCTCCAGTAGAGCAATTCAGCGGCACGGTCTCTGCAGCAAGGA 2157
| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2121 CAATGGAAGTAGATGAACCTTCTGTAGAGCAATTCAGCGGCACGGTCTCTGCAGCAAGGA 2180
Query 2158 TTGAAACATTTGAAAGAGTGTTTGGGCAGCACATGAGGACACACAGGCTCGACGACATTT 2217
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2181 TTGAAACCTTTGAGCGAGTGTTTGGGCAGCACATGAGGACACACAGGCTCGATGACATCT 2240
Query 2218 CTATTGCAGATATAGAGACTGTTGTCAACAACAATGGAGTTGGGGCTTCTCGTTACTCTG 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||
Sbjct 2241 CTATTGCAGATATAGAGACTGTTGTCAACAACAATGGGGTTGGAGCATCTCGTTACTCTG 2300
Query 2278 CAGATGAGATTATGGCTCTCTTAGAGAAACTACAAGATGATAACAAAGTGATGATCAGCG 2337
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2301 CAGATGAGATTATGGCTCTCTTAGAGAAACTGCAAGATGATAACAAAGTGATGATCAGCG 2360
Query 2338 ATGGCAAAGTTCATATCATTTGATCAT--GAAGAAACCCATGTTGATTGCATCATCA-C- 2393
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||||||||||||||| |
Sbjct 2361 ATGGCAAAGTTCATATCATTTGATCATATGAAGAAATCAATATTGATTGCATCATCATCA 2420
Query 2394 -CATATTAGAACTCAAAA-TAGTGTAGTATGAGAAGAGAACTCTTGTAAACCAAAATATC 2451
||||||||||||||||| |||||||||| | || | |||||| |||||||||||||
Sbjct 2421 TCATATTAGAACTCAAAAATAGTGTAGTA-GT-AA-A---CTCTTGGAAACCAAAATATC 2474
Query 2452 ATTTTGTATAATCTTTATTCATACTTTTTAAGTTATGTTTTTGCATTTACTAGTGAAGTA 2511
|||||||| ||||||||||||||| || | ||| | ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2475 ATTTTGTAAAATCTTTATTCATACGTTAT--GTT-T-TTT--GCATTTACTAGTGAAGTA 2528
Query 2512 AAACTGATGACAAA-TGCTTaaaaaaaCGCATCTGATTACAAAATT 2556
|||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2529 AAACTGATGATAAAATGCTTAAAAAAACGCATCTGATTATAAAATT 2574
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126872198847
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5