BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg494501
Length=3396
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G44790.1 | Symbols: RAN1, HMA7 | copper-exporting ATPase / r... 5284 0.0
> AT5G44790.1 | Symbols: RAN1, HMA7 | copper-exporting ATPase /
responsive-to-antagonist 1 / copper-transporting ATPase (RAN1)
| chr5:18075610-18079988 REVERSE LENGTH=3413
Length=3413
Score = 5284 bits (2861), Expect = 0.0
Identities = 3235/3409 (95%), Gaps = 52/3409 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 TTACATAAAGGAAAAAAGAAAGGTCTTTGAAACTTTCAAAT---CA-C--CATCATCGTC 56
|||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| || | |||||||||
Sbjct 37 TTACATAAAGGAAAAAAGAAAGGTCTCTGAGATTTTCAAATCACCATCATCATCATCGTT 96
Query 57 GAAGAAGACGAAGAAGAAT-TCTTCCTCTTTATCTTCTCCGATTTCTCAATCC-TCCCGT 114
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 97 GAAGAAGACGAAGAAG-ATACCTTCCTCTTTATCTTCTCCGATTTCTCAA-CCTTCCCGT 154
Query 115 CTGCTTGACGTCGAAATCTCATTAAAAAATGGCGCCGAGTAGACGGGATTTGCAGCTTAC 174
|||||| |||| | | || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 155 CTGCTT---GTCG-----T-A--AAGAAATGGCGCCGAGTAGACGGGATTTACAGCTTAC 203
Query 175 TCCGGTCACCGGAGAATCTTCTTCAGAGATCGGTGATATGGAAGAAGTTCGTCTTCTCGA 234
|||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 204 TCCGGTCACCGGAGGTTCTTCTTCCCAGATCAGTGATATGGAAGAAGTTGGTCTTCTCGA 263
Query 235 TTCGTATTACGACGAAGAGAACGCCGATGATATTTTGAGTAAGATCGAAGAAGGAGGAGG 294
||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||
Sbjct 264 TTCGTATCACAACGAAGCGAACGCCGATGATATTTTGACTAAAATCGAAG-A--AGGA-- 318
Query 295 AGGAGATGATTCCGGTTTAAGGAAGATTCAGGTCGGAATCACCGGTATGACTTGTGCTGC 354
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 319 A-GAGATGTTTCCGGTTTAAGGAAGATTCAGGTCGGAGTCACCGGTATGACTTGTGCTGC 377
Query 355 TTGTTCTAATTCCGTTGAAGGAGCTTTGATGAACGTTAATGGCGTCTTCAAAGCCTCTGT 414
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 378 TTGTTCTAATTCCGTTGAAGCAGCTTTGATGAACGTTAATGGCGTCTTCAAAGCCTCTGT 437
Query 415 TGCTTTGTTACAAAACCGAGCCGATGTCGTCTTCGATCCAAATTTAGTCAAGGAAGAGGA 474
|||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 438 TGCTTTGTTACAGAATCGAGCCGATGTCGTCTTCGACCCTAATTTAGTCAAGGAAGAGGA 497
Query 475 TATTAAAGAAGCTATAGAGGATGCTGGATTTGAGGCTGAGATTTTGGCTGAGGTTGTTG- 533
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |
Sbjct 498 TATTAAAGAAGCTATAGAGGATGCTGGATTTGAGGCTGAGATATTGGCTGAAG-AACAGA 556
Query 534 CTACTGGGACTACTTTGGTGGGTCAATTTACAATTGGAGGTATGACTTGTGCTGCTTGTG 593
| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 557 C-AC-AAG-CTACTTTGGTGGGTCAATTTACAATTGGAGGTATGACTTGTGCAGCTTGTG 613
Query 594 TTAACTCTGTTGAAGGAATTCTAAGAGATCTTCCTGGAGTGAAAAGAGCTGTGGTAGCTT 653
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 614 TTAACTCTGTTGAAGGTATTCTAAGAGATCTTCCTGGAGTGAAAAGAGCAGTGGTAGCTT 673
Query 654 TGTCTACATCATTAGGAGAAGTTGAGTATGATCCTAATGTTATTAACAAAGATGATATTG 713
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 674 TGTCTACATCATTAGGAGAAGTTGAGTATGATCCAAATGTTATTAACAAGGATGATATTG 733
Query 714 TTACTGCGATTGAAGATGCTGGGTTTGAAGGTTCGCTTGTGCAGAGTAATCAGCAGGATA 773
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 734 TTAATGCGATTGAAGATGCTGGGTTTGAAGGTTCGCTTGTGCAGAGTAATCAGCAGGATA 793
Query 774 AGCTTGTTTTAAGGGTTGATGGGATTTTGAATGAGCTTGATGCTCAGGTTTTGGAAGGTA 833
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 794 AGCTTGTTTTAAGGGTGGATGGGATTTTGAATGAGCTTGATGCTCAGGTTTTAGAAGGGA 853
Query 834 TACTTACGAGATTGAATGGGGTTAGGCAGTTTCGTCTTGACAGGATATCGGGAGAGCTTG 893
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 854 TACTTACTAGATTGAATGGGGTTAGACAGTTTCGTCTTGACAGGATATCTGGAGAGCTTG 913
Query 894 AGGTTGTGTTTGATCCGGAAGTTGTTAGTTCGAGATCTTTGGTTGATGGGATTGAAGGAG 953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 914 AGGTTGTGTTTGATCCGGAAGTTGTTAGTTCGAGATCTTTGGTTGATGGGATTGAAGAAG 973
Query 954 ATGGATATGGGAAGTTTAAGTTGCGTGTTATGAGCCCTTATGAAAGGTTGACTTCGAAAG 1013
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 974 ATGGATTTGGGAAGTTTAAGTTGCGTGTTATGAGCCCTTATGAAAGGTTGTCTTCGAAAG 1033
Query 1014 ATACTGGAGAGGCCTCGAATATGTTTCGGCGTTTTATCTCTAGTCTTGTTCTCAGTATTC 1073
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1034 ATACTGGAGAGGCCTCAAATATGTTTCGGCGTTTTATCTCCAGTCTTGTTCTTAGTATTC 1093
Query 1074 CTCTCTTCTTCATCCAAGTAATCTGCCCCCACATTGCTCTTTTTGATGCCTTACTGGTAT 1133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1094 CTCTCTTCTTCATCCAAGTAATCTGCCCCCACATTGCTCTTTTTGATGCCTTACTGGTAT 1153
Query 1134 GGAGATGTGGACCCTTCATGATGGGTGATTGGTTGAAATGGGCCTTGGTAAGTGTAATTC 1193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1154 GGAGATGTGGACCCTTCATGATGGGTGATTGGTTGAAATGGGCCTTGGTAAGTGTTATTC 1213
Query 1194 AGTTTGTTATCGGCAAGCGGTTCTATGTTGCAGCATGGAGAGCTCTACGAAATGGTTCAA 1253
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1214 AGTTTGTTATCGGCAAGCGATTCTATGTTGCAGCATGGAGAGCTCTACGAAATGGTTCAA 1273
Query 1254 CTAACATGGATGTGCTCGTCGCTCTGGGCATGTCTGCGTCTTACTTCTACTCTGTTGGGG 1313
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274 CTAACATGGATGTGCTCGTCGCTCTGGGCACGTCTGCTTCTTACTTCTACTCTGTTGGGG 1333
Query 1314 CTCTTTTATATGGAGCTGTCACTGGGTTTTGGTCTCCAACATACTTTGATGCAAGCGCCA 1373
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1334 CTCTTTTATATGGAGCAGTCACTGGATTTTGGTCTCCAACATACTTTGATGCAAGCGCCA 1393
Query 1374 TGCTGATAACATTTGTCCTGCTGGGAAAATATTTGGAATCCCTTGCAAAGGGGAAAACCT 1433
|||||||||| |||||| | |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||
Sbjct 1394 TGCTGATAACTTTTGTCTTACTGGGAAAATATTTAGAGTCTCTTGCAAAGGGGAAAACCT 1453
Query 1434 CAGATGCTATGAAGAAACTAGTACAGCTTACGCCAGCAACAGCGATTTTACTAATC-GAA 1492
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 1454 CGGATGCTATGAAGAAACTAGTACAACTTACGCCAGCAACAGCGATTTTACTAA-CTGAA 1512
Query 1493 GGCAAAGGAGGAAAGCCTGTAGGGGAAAGAGAGATAGATGCATTATTGATTCAGCCTGGT 1552
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1513 GGCAAAGGAGGAAAGCTTGTAGGGGAAAGGGAGATAGATGCATTATTGATTCAGCCTGGT 1572
Query 1553 GATACATTAAAAGTTCATCCCGGTGCAAAGATCCCTGCAGATGGTGTTGTGGTATGGGGT 1612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1573 GATACATTAAAAGTTCATCCCGGTGCAAAGATCCCTGCAGATGGTGTTGTGGTGTGGGGT 1632
Query 1613 TCAAGTTACGTCAATGAAAGTATGGTGACTGGTGAATCAGTTCCTGTATCAAAAGAGGTT 1672
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1633 TCAAGTTACGTTAATGAAAGTATGGTGACTGGTGAATCAGTTCCTGTATCAAAAGAGGTT 1692
Query 1673 GATTCACCAGTAATTGGGGGTACTATTAATATGCATGGTGCTCTTCACATGAAAGCTACA 1732
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1693 GATTCACCAGTAATCGGGGGTACTATTAATATGCATGGTGCTCTTCACATGAAAGCTACA 1752
Query 1733 AAAGTGGGATCTGATGCAGTTCTGAGCCAGATTATTAGTTTGGTCGAGACAGCCCAAATG 1792
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1753 AAGGTGGGATCTGATGCAGTTCTGAGCCAGATTATTAGTTTGGTCGAGACCGCCCAAATG 1812
Query 1793 TCTAAAGCTCCTATTCAGAAATTTGCGGATTATGTTGCAAGTATTTTCGTTCCGGTAGTG 1852
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1813 TCAAAAGCTCCTATTCAGAAATTTGCGGATTATGTTGCAAGTATTTTTGTTCCGGTAGTG 1872
Query 1853 ATTACTTTGGCATTGTTCACCTTAATAGGCTGGTCAATTGGTGGAGCTGTTGGAGCTTAC 1912
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1873 ATTACTTTGGCATTGTTCACCTTAGTAGGCTGGTCAATTGGTGGAGCTGTTGGAGCTTAC 1932
Query 1913 CCAGACGAATGGCTGCCGGAAAACGGGACTCACTTTGTTTTCTCGCTTATGTTCTCAATA 1972
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1933 CCAGACGAATGGCTTCCGGAGAACGGGACTCACTTTGTTTTCTCGCTTATGTTCTCAATA 1992
Query 1973 TCCGTTGTGGTAATTGCTTGTCCTTGTGCACTCGGATTGGCAACACCAACCGCTGTTATG 2032
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1993 TCCGTTGTGGTAATTGCTTGTCCTTGTGCACTTGGCTTGGCAACACCGACTGCTGTTATG 2052
Query 2033 GTGGCAACAGGAGTTGGAGCAACCAATGGTGTATTGATCAAAGGAGGTGATGCATTGGAG 2092
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2053 GTGGCAACAGGAGTTGGAGCAACCAATGGTGTATTGATCAAAGGAGGTGATGCATTAGAG 2112
Query 2093 AAAGCTCACAAAGTGAAGTATGTAATCTTTGACAAAACAGGCACCTTAACTCAAGGAAAA 2152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2113 AAAGCTCACAAAGTGAAGTATGTAATCTTTGACAAAACAGGCACCTTAACTCAAGGAAAA 2172
Query 2153 GCTACTGTGACAACCACAAAAGTCTTCTCAGAGATGGACCGTGGAGAATTCCTCACACTT 2212
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2173 GCTACTGTGACAACCACAAAGGTCTTCTCAGAGATGGACCGTGGAGAATTCCTTACACTT 2232
Query 2213 GTTGCGTCTGCTGAGGCTAGCAGTGAACACCCATTGGCAAAAGCTATAGTTGCGTACGCT 2272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2233 GTTGCGTCTGCTGAGGCTAGCAGTGAACACCCATTGGCAAAAGCTATAGTTGCGTACGCT 2292
Query 2273 CGGCATTTCCACTTCTTTGATGAATCCACTGAAGATGGCGAAACAAATAACAAAGATTTG 2332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2293 CGGCATTTCCACTTCTTTGATGAATCCACTGAAGATGGCGAAACAAATAACAAAGATTTG 2352
Query 2333 CAAAACTCTGGATGGTTACTTAATACCTCGGATTTCTCTGCTCTTCCCGGAAAAGGAATT 2392
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2353 CAAAACTCTGGATGGTTACTTGATACCTCGGATTTCTCTGCTCTTCCCGGAAAAGGGATT 2412
Query 2393 CAGTGCTTAGTCAATGAGAAGATGATTCTGGTGGGAAACCGTAAACTTATGTCCGAAAAT 2452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2413 CAGTGCTTAGTCAATGAGAAGATGATTCTGGTGGGAAACCGTAAACTTATGTCAGAAAAT 2472
Query 2453 GCCATAACCATCCCAGACCATGTCGAGAAATTTGTGGAAGATCTTGAAGAAAGCGGAAAG 2512
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2473 GCCATAAACATCCCAGACCATGTCGAGAAATTTGTGGAAGATCTTGAAGAAAGCGGAAAG 2532
Query 2513 ACGGGAGTCATTGTAGCCTATAATGGGAAATTAGTCGGTGTGATGGGAATTGCAGATCCT 2572
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2533 ACGGGAGTCATTGTAGCCTATAATGGGAAATTAGTTGGTGTGATGGGAATCGCGGATCCT 2592
Query 2573 CTAAAGCGAGAAGCCGCTGTGGTTGTGGAAGGTCTCCTTAGAATGGGTGTTCAACCCATA 2632
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2593 CTAAAGCGAGAAGCCGCTTTGGTTGTGGAAGGTCTCCTTAGAATGGGTGTTCGACCCATA 2652
Query 2633 ATGGTTACTGGTGACAACTGGAGAACAGCAAGAGCAGTCGCCAAAGAGGTTGGTATCAAA 2692
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2653 ATGGTTACAGGTGATAACTGGAGAACAGCAAGAGCAGTCGCCAAAGAGGTTGGTATCGAA 2712
Query 2693 GATGTGAGAGCGGAAGTAATGCCGGCAGGAAAAGCTGATGTTATCCGTTCACTGCAAAAA 2752
||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2713 GATGTGAGAGCAGAAGTAATGCCAGCTGGTAAAGCTGACGTTATACGTTCGCTGCAAAAG 2772
Query 2753 GACGGAAGCACAGTAGCAATGGTAGGAGACGGAATCAATGACTCTCCCGCTCTAGCCGCT 2812
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2773 GACGGAAGCACAGTAGCCATGGTAGGAGACGGAATCAATGACTCTCCCGCTCTAGCCGCT 2832
Query 2813 GCCGACGTGGGAATGGCAATTGGTGCAGGAACAGATGTAGCAATAGAAGCAGCAGATTAC 2872
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2833 GCAGATGTGGGAATGGCAATTGGTGCAGGAACAGATGTAGCAATAGAAGCAGCAGATTAC 2892
Query 2873 GTTCTGATGAGAAACAACTTAGAAGATGTCATAACAGCCATCGATCTCTCCCGAAAAACC 2932
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2893 GTTCTGATGAGAAACAACTTAGAAGACGTTATAACAGCCATCGATCTCTCTCGAAAAACC 2952
Query 2933 CTAACACGAATCCGATTAAATTACGTTTTCGCAATGGCGTACAATGTAGTGTCAATCCCT 2992
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2953 TTAACACGAATCCGATTAAATTACGTCTTCGCAATGGCGTACAATGTAGTGTCAATCCCG 3012
Query 2993 ATAGCAGCAGGAGTGTTCTTCCCGGTTCTGCGGGTGCAATTACCGCCTTGGGCAGCCGGA 3052
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3013 ATAGCAGCAGGAGTGTTTTTCCCGGTTCTGCGGGTGCAATTACCGCCTTGGGCAGCCGGA 3072
Query 3053 GCATGTATGGCACTCTCTTCGGTTAGTGTTGTTTGCTCTTCTTTGCTTCTTCGAAGATAC 3112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3073 GCATGTATGGCACTCTCTTCGGTTAGTGTTGTTTGCTCTTCTTTGCTTCTTAGAAGATAC 3132
Query 3113 AAGAAGCCAAGACTTACCACTATTTTGGAAATCACCACGGAGTAAAAAAGTCCTTT-TTT 3171
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 3133 AAGAAGCCAAGACTTACCACTGTTTTGAAAATCACCACGGAGTAAAAA-GTCCTTTGTTT 3191
Query 3172 -CTTACATTGGAGTGACTTGACTACTTTTGTTTTGAAAATAATTTGTATTTACTTCtttt 3230
||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 3192 TCTTACATTGGAGTGACTCGACTACTTTTGTTCTGAAAATAATTTGTATTTACTT-TTCT 3250
Query 3231 tttttGCtgttgtttgttgttgttgtAATCATGTAACAACGATATTGGTCTTG-AGAGGT 3289
||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3251 TTTGTGCTGTTGTT-GTTGT------AATCATGTAACAACGATATTGGTCTTGGAGAGGT 3303
Query 3290 TTCtttttttCTGTAAGAAAATGTGTCCTCTCGGCCTTTGTTGTaaaaaaaaaaTGGTTT 3349
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3304 TTCTTTTTTTCTGTAAGAAA-TGTGTCCTCTCGGCCTTTGTTGTAAAAAAA---TGGTTT 3359
Query 3350 CGATGCTT-GTGCCCGAT-ATTAATGTAAAATGGTGAAAGTAGTGAATT 3396
|||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3360 CGATGCTTTGTGCTCGATTATTAATGTAAAATGGTGAAAGTAGTGAATT 3408
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 169012430967
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5