BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg494638
Length=2137
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G43710.1 | Symbols: | Glycosyl hydrolase family 47 protein ... 3295 0.0
> AT5G43710.1 | Symbols: | Glycosyl hydrolase family 47 protein
| chr5:17552130-17556670 REVERSE LENGTH=2144
Length=2144
Score = 3295 bits (1784), Expect = 0.0
Identities = 2036/2154 (95%), Gaps = 31/2154 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGTTGAATCGTGATTGAAGGACGAGCCACCGAGTGACACAGTTG--AAA-T-AA-AA-CT 54
|||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| | || || ||
Sbjct 3 TGTTGAATTGTGATTGAAGGACGAGGCACCGAGTGACGCAGTTGAAAAACTCAAGAATCT 62
Query 55 CCTCGGACAAGAG--GAGATCCAGAGTGATGTCTGAGAAGATTCATTCAACACA-CAGAC 111
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 63 CCTCGGACAAGAGCAGAGATCCAGAGTGATGTCTGAGAAGATTCATTCAACACATTA-AC 121
Query 112 -ACAACTCTCACCAAAATAG--TTTATTGATGGAATCAAATATCAGGTGGCTTGTGTTTG 168
| ||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||
Sbjct 122 GA-AACTC-C-CCAAAATAGCTTTTATTGATGGACTCAAATTTCAAGTGGCTTTTGTTTG 178
Query 169 CCATCTTGATCTCTCTGACATTTTCAAGTTTTGTCCTTGACCATGGAGCTCTCGCCGAAA 228
||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||| ||||
Sbjct 179 CCATCTTGATCTCTCTGACATTTTCGGGTTTTGTTCTTCACCATGGAGTTCTCGCTGAAA 238
Query 229 GTGTTAAGCCTGATGAAGCTAAACAGCTTAGAGACGAGGTACGTGGGATGTTTTATCATG 288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 GTGTTAAGCCTGATGAAGCTAAACAGCTTAGAGACGAGGTACGTGGGATGTTTTATCATG 298
Query 289 CTTTTGATGGATATATGAACAATGCGTTTCCGCTCGATGAATTGAGACCATTATCTTGCC 348
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 299 CCTTTGATGGATATATGAACAATGCGTTTCCACTCGATGAATTGAGACCGTTATCTTGCC 358
Query 349 AAGGAGAAGATACTCTTGGAGGCTATGCGTTGACCCTGATTGACTCCTTGGATACATTAG 408
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 359 AAGGAGAAGATACTCTTGGAGGCTATGCGTTGACTCTGATTGACTCGTTGGATACATTAG 418
Query 409 CTTTACTTGGTGACCGAGAGCGCTTCACTTCTTCTGTTGAATGGCTTGGTAAAAACCTTC 468
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 419 CTTTACTTGGTGACCGAGAGCGCTTCACTTCTTCTGTTGAATGGATTGGTAAAAATCTTC 478
Query 469 AGTTTAATATAAATAAAACAGTCTCTGTGTTCGAGACAACTATCCGAGTCCTTGGGGGCT 528
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 479 AGTTTAATATAAATAAAACAGTCTCTGTGTTTGAGACAACTATCCGAGTCCTTGGGGGGT 538
Query 529 TACTTTCTGCTCATCTGATTGCAAGTGATTATGCAACGGGCATGAGAATTCCGTCTTACA 588
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 539 TACTATCTGCTCATCTGATTGCAAGTGATTATGCAACGGGCATGAGAATTCCATCTTACA 598
Query 589 ACAATGAATTACTAGTTTTGGCTGAGGATTTGACACGGAGAATGCTTCCTGCATTTGATA 648
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 ACAATGAATTACTAGTTTTGGCTGAGAATTTGGCACGGAGAATGCTTCCTGCATTTGATA 658
Query 649 CACCGACTGGAATCCCATTTGGATCTGTGAATTTGATGTACGGTGTTGACAAACATGAAA 708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 CACCGACTGGAATCCCATTTGGATCTGTGAATTTGATGTACGGTGTTGACAAACATGAAA 718
Query 709 GCAAGATAACATCAACTGCGGGTGGTGGTACTTTGTCTTTAGAGTTTGGCGTGCTTAGTC 768
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 GCAAGATAACATCAACTGCCGGTGGTGGTACTTTGTCTTTAGAGTTTGGCGTGCTTAGTC 778
Query 769 GTTTAACAAATGATCCTGTTTTCGAACAAGTTGCAAAGAATGCGGTGAGGGGACTATGGG 828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 GTTTAACAAATGATCCTGTTTTCGAACAAGTTGCAAAGAATGCGGTGAGGGGACTATGGG 838
Query 829 CACGTCGTTCAAATCTCGACTTGGTTGGTGCTCACATCAATGTCTTTACAGGTGAATGGA 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CACGTCGTTCAAATCTCGACTTGGTTGGTGCTCACATCAATGTCTTTACAGGTGAATGGA 898
Query 889 CACAGAAGGATGCTGGTATAGGAACAAGCATTGATTCCTTTTATGAGTATCTCCTCAAGG 948
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 899 CACAGAAGGATGCTGGTATAGGAACAAGCATTGATTCCTTCTATGAGTATCTACTCAAGG 958
Query 949 CTTATATACTATTTGGGGATGAGGAATATCTATACATTTTTCAAGAAGCTTATAGATCTG 1008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 CTTATATACTATTTGGGGATGAGGAATATCTATACATTTTTCAAGAAGCTTATAGATCTG 1018
Query 1009 CAATGCAGTACCTTCACAAGGATCCTTGGTATGTAGAAGTCAATATGGATTCTGCAGCTA 1068
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1019 CAATGCAGTACCTTCACAAGGATCCTTGGTATGTAGAAGTCAATATGGATTCCGCAGCTA 1078
Query 1069 TTGTCTGGCCAGTATTTAACAGCCTTCAAGCTTTCTGGCCAGGACTTCAGGTTTTAGCTG 1128
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TTGTCTGGCCAGTATTTAACAGCCTTCAAGCTTTCTGGCCAGGACTTCAGGTTTTAGCTG 1138
Query 1129 GAGATGTTGATCCGGCAATTAGAACTCACACTGCCTTCTTTAGCGTCTGGAAACGATATG 1188
|||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GAGACGTTGATCCAGCAATAAGAACTCACACTGCCTTCTTTAGCGTCTGGAAACGATATG 1198
Query 1189 GTTTCACCCCTGAGGGTTTTAATCTTGCTACACTTAGTGTCCAGTATGGGCAAAAGAGTT 1248
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GTTTCACCCCTGAGGGTTTTAATCTTGCTACACTTAGTGTCCAGTATGGGCAAAAGAGTT 1258
Query 1249 ATCCCCTAAGGCCGGAACTAATCGAGAGCACATATTGGTTGTACAAAGCTACCAGAGATC 1308
||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 ATCCCTTAAGGCCGGAATTAATCGAGAGTACATACTGGTTGTACAAAGCTACCAGAGATC 1318
Query 1309 CCAGGTATCTTGATGCAGGACGTGACTTTGTGGCTAGTTTGCAATACGGGGCAAAATGTC 1368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 CCAGGTATCTTGATGCAGGACGTGACTTTGTGGCTAGTTTGCAATACGGGGCAAAATGTC 1378
Query 1369 CTTGCGGTTATTGTCACATCACAGATGTAGAACTTCATAAACAAGAAGATCACATGGAGA 1428
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CTTGCGGTTATTGTCACATCACAGATGTAGAACTGCATAAACAAGAAGATCACATGGAGA 1438
Query 1429 GCTTTTTCCTCGCAGAAACTGTAAAGTACTTATGGCTACTCTTCGACTTAGCTGTTGACT 1488
|||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1439 GCTTCTTCCTCGCAGAAACGGTGAAGTACTTATGGCTACTCTTTGACTTAGCTGTTGACT 1498
Query 1489 CAGATAACCTCGTTGACAATGGCCCTTACAAGTATATCTTTAGCACGGAAGGTCATCTTT 1548
| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || || |||||||| |
Sbjct 1499 CGGATAACCTCGTAGACAATGGCCCTTACAAGTACATCTTCAGTACTGAGGGTCATCTCT 1558
Query 1549 TACCATTAACACCGCAAATATCTCTAGCTCGGGAACGTTGCTCTTACTTTGGCGGATATT 1608
||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1559 TACCAATAACACCACAAATATCTCTAGCTCGGGAACATTGCTCTTACTTTGGTGGATACT 1618
Query 1609 GTCCAAGCAATTCCACAAAACTGGAACAAGAAGTCCTTGAAGAAGAGAGTAATAACGATG 1668
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||
Sbjct 1619 GTCCAAGCAATTCCACAAAACTAGAACAAGAAGTCCTTGGAGAAGACAGTAGTAACGATG 1678
Query 1669 ATCGCAGTAACAGCT-ATCCTTACCACGAATCTTTTCCAATTACCGGTTTGATAAAGGGT 1727
||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 ATCACAGTAAC-GATTATCCTTACCACGAATCTTTTCCAGTTACCGGTTTGATAAAGGGT 1737
Query 1728 TTATGCCCAGGACTAACACATGCTCAGAAATACGGTTTGTCTTATGTTCTACCGGAGAAG 1787
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1738 TTATGTCCAGGACTAACACATGCTCAGAAATATGGTTTTTCGTATGTTCTACCGGAGAAG 1797
Query 1788 ACAGATCGTGAAGATGTTGA-CGAAGCTAAACCGGTAGTTACTAGCAGTTCAATTGTGCT 1846
|||||||||||||||||| | | || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1798 ACAGATCGTGAAGATGTTAATC-AACCTAAACCGGTAGTTACAAGCAGTTCAATTGTGTT 1856
Query 1847 GATCACGGATCAAAGAGTGG-GAAAGAAACCACAGGAAGAAGAAGGATTTACTTCTCAGT 1905
||| ||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 AATCTCGGATCAAACAGTGGAGAA-GAGACCACAGGAAGAAGAAGGATTTACTTCTCAGT 1915
Query 1906 CTGAACCAATAATGACAATCTCTGGTGGTAGTAGCAACGACCAAACAGGTCAAGAGTTAA 1965
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1916 CTGAACCAATAATGACAATCTCTGGTGGTAGTAGCAACGACCAAACAGGTCAAGAGCTAA 1975
Query 1966 CCTTGTTAGAGTCAGAAACTGATGATCAAAGATTATACTCTTCTTAACTCTCTCATTTAT 2025
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1976 CCTTGTTAGAGTCAGAAACTGATGATCAAAGATCATACTCTTCTTAAATCTCTCATTTAT 2035
Query 2026 TTATATGTTTCAAA-AAGAAGATTACAAAACCTTTAT-TTAGGAATATAGATTAATATTC 2083
|||||||| || | ||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||| |
Sbjct 2036 ATATATGTTCCACAGAAGAAGATTACAAAAACTTT-TGTTAGAAATATAGATT------C 2088
Query 2084 AGTTATACAATCTCATCAAGAATCTTGAATCCGTCTTGTGTTGATCGATTGTTG 2137
|||| | ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 2089 AGTTTTCCAATCTCATCAAGAATCTTGAATCCTTCTTTTGTTGATCGATTGTTG 2142
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 105973350495
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5