BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg494731
Length=3028
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G42870.1 | Symbols: ATPAH2, PAH2 | phosphatidic acid phospho... 4468 0.0
> AT5G42870.1 | Symbols: ATPAH2, PAH2 | phosphatidic acid phosphohydrolase
2 | chr5:17185463-17189681 REVERSE LENGTH=3049
Length=3049
Score = 4468 bits (2419), Expect = 0.0
Identities = 2870/3076 (93%), Gaps = 77/3076 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAATGCTGTAGGTAGGATCGGAAGCTATATCTACCGTGGTGTAGGTACGGTTTCAGGT 60
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAATGCCGTCGGTAGGATCGGAAGCTATATCTACCGTGGTGTAGGTACGGTTTCAGGT 60
Query 61 CCGTTTCATCCATTTGGTGGTGCGATTGACATTATCGTCGTTGAACAACCTGATGGAACA 120
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CCGTTTCATCCATTTGGTGGTGCGATAGACATTATCGTTGTTGAACAACCTGATGGAACG 120
Query 121 TTTAAATCGTCTCCTTGGTATGTTAGATTTGGGAAATTTCAAGGGGTTTTGAAGAATAGA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 121 TTTAAATCGTCTCCTTGGTATGTTAGATTTGGGAAATTTCAAGGGGTTTTGAAGAATGGT 180
Query 181 AGGAATTTGATCAAG-ATTGAGGTTAATGGTGTTGATTCTGGTTTCAATATGTATTTAGC 239
|||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGGAATTTGATC-AGAATTGATGTTAATGGTGTTGATTCTGGTTTCAATATGTATTTAGC 239
Query 240 TCATACAGGACAAGCTTATTTTCTTAGAGAAGTTGAAGATGTTGTTGGTGAATCTGAGAG 299
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TCATACTGGACAAGCTTATTTTCTTAGAGAAGTTGAAGATGTTGTTGGTGAATCTGAGAG 299
Query 300 TGGTGAAGTTTATACTTTGTCTTCTGGTGATGAAGCTGAGACGACGTCTAAGAT-GGATG 358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || | || |
Sbjct 300 TGGTGAAGTTTATACTTTGTCTTCTGGTGATGAAGCTGAGACTA---CT-AG-TAGG--G 352
Query 359 ATGATGTTGTTGATAAGGTTAAGATTCCTTTGAAGTCTAGGAGTTGTAACTATGATTCTG 418
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 ATGATGTTGTTGATAAGGTTAAGATTCCTTTGAAGTCTAGGAGTTGTAACTATGATTCTC 412
Query 419 CTAGTCCTCGTAGTGGTAATGGGAAGATTGTTGGTAAGCCTGGGATTTTAGGGTTTGTGT 478
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 413 CTAGTCCTCGTACTGGTAATGGGAAGATTGTTGGTAAGCCTGGGATTTTAGGGTATGTGT 472
Query 479 TTGGTGGGAGATCGGTTAGGGAGAGTCAAGATGGTGGTGTTAGTTCTATTGAGAGAGCTG 538
|||||||||| || ||||| |||||||||||| |||||| | | ||||||||||
Sbjct 473 TTGGTGGGAGGTCTGTTAGAGAGAGTCAAGATTGTGGTG-T-G-------GAGAGAGCTG 523
Query 539 AGATTGCTGCTGATTTATTGGACGTTAAATGGTCTACTAATATCGATACTCGTAAGTGTG 598
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 524 AGATTGCTGCTGATTTATTGGAGGTTAAGTGGTCTACTAATATCGATACGCGTAAGCGTG 583
Query 599 GAAAAGGTAAATCTTCTGAGTCTTTGGATGGTAAAG-GGAGTGGTGAGAG---TAGTACT 654
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||
Sbjct 584 GAAAAGGTATGTCTTCTGAGTCTTTGGATGGTAAAGACTA-TGGTGAGAGTACTAGTACT 642
Query 655 AGTGGCAAATCTTGTGTTGTGGGTAGCTCGGAGATGTTAGTTGATTGCGATTCGATATTG 714
||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 643 AGTGGAAAATCTTGTGTTGAGGGTAGCTCTGAGATGCTAGTTGATAGCGATTCGATATTG 702
Query 715 GAGACTCCTCTTGTTGCATCTCCTACGTTGCGGTTTCTTGATGAGAAAGAGCAGGATTTT 774
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 GAGACTCCTCTTGTTGCATCTCCTACATTGCGGTTTCTTGATGAGAAAGAGCAGGATTTT 762
Query 775 CGTGAAAGCACTAATGTGGAAGATTATTGTGAAGAGAATGTATCAAGTGGA---GTTGTT 831
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||
Sbjct 763 CGTGAAAGCACTAATGTGGAAGATTATTGTGAAGAGGATGGATCGAGTGGAGTTGTTGTT 822
Query 832 GAAAACGGTTTATGTGAAGCATCGAGTATGGTGTCCTCCATTACTAGTGAAGGGAGTGGA 891
||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 823 GAAAATGGTTTATGTGAAGCATCGAGTATGGTGTTCTCTGTTACTAGTGAAGGGAGTGGA 882
Query 892 AACGTAGAGAGCTTTGTGGAACCAAGAACCGAGACACTAGCACAGGATTCTGTTACTGGA 951
|||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| | ||||
Sbjct 883 AACGTAGAGATCTTTGTCGAACCAAGAACCGAGGCACTAGCAGAGGATGCTGTAAGTGGA 942
Query 952 TGTGTTCTGGATTCGAAGCAAGAACTGTTAAGTGCTCCTGAATCTGTGGAAATTGTAACA 1011
| | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 943 AGCGATCTGGATTCCAAGCAAGAACTGTTAAGGGCTCCTGAATCTGTGGAAATTGCAACA 1002
Query 1012 GTGGGTTCAGCTGACCAAGCGGATTTAGGGAGCATTGGCACTTCTCAAGAAGGAAGTAGC 1071
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1003 TTGGGTTCAGCTGACCAAGCGGATATGGGGAGCATTGGCACTTCTCAAGAAGGAAGCAGC 1062
Query 1072 ACTGGCTCTACAGTTCAAGATGAAAATAAGATCACCATAAACGATATGCATATCTCGGCA 1131
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1063 ACTGGCTCTCCAGTTCAAGATGAAAATAAAATCACCATAAAAGATATGCATATCTCGGCA 1122
Query 1132 GGAGATTTTGAGAAGTCTCAGTCAGCAAGTGGAGAAAGCATCCTGCAACCAGAGATAGAA 1191
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 GGAGATTTTGAGAAGTCCCAGTCAGCAAGTGGAGAAAGCATCCTGCAACCAGAGATAGAA 1182
Query 1192 GAAGAACAATTTTCCTTTAGCGATCTTGACGAAGGTAAACCTGGTGGTAATAGTTCTGGA 1251
||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1183 GAAGAACAATTTTCCTTTAGCGATCTTGATGAATGTAAACCTGGTGGTAATAGTTCTGTA 1242
Query 1252 GGGTCAAGTTCTCCTGATACTGTAAAAGTTGATGGGAAAGAGAGTTACGATGAAATTGAA 1311
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||
Sbjct 1243 GGGTCAAGTTCTTCTGACACTGTAAAAGTTGATGGGAAAGAGAGTTATGATGAAACTAAA 1302
Query 1312 ACTAGTCCTGAAAAAGGCGTGGTCGTGGAGAACTCAATCGCCTTGTCAGAGCCGATTAAC 1371
||||||||||||||| || |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1303 ACTAGTCCTGAAAAA-----GG-CGTGGAGAACACAATGGCCTTGTCAGAGCCGATTAAC 1356
Query 1372 ATAGAGAGGAAAAAGGATATC-TCTACAGATGAGATGGAGCGGTTGGTAGGATCATTACC 1430
|||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1357 ATAGAGAGAAAAAAGGATATCTTC-ACAGATGAGATGGAGCGGTTGGTAGGATCATTACC 1415
Query 1431 GATTATGCGGCTTCAAAACAACGATGATATGGATGCCAGTCCTTCTCAGCCTTTGAGCCA 1490
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1416 GATTATGCGGCTTCAAAACAACGATGATATGGATGCCAGTCCTTCTCAGCCCTTGAGCCA 1475
Query 1491 GTCATTTGACCCATGTTTCAATACTTCAAAGTTGGATTTGAGAGAAGATGAGTCGAGCTC 1550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1476 GTCATTTGACCCATGTTTCAATACTTCAAAGTTGGATTTGAGAGAAGATGAGTCGAGCTC 1535
Query 1551 AGGGGGTTTAGATGCAGAAAACGTTGCTGAGGGTAGCCCAAAATTAAAGGCATTCAAGCA 1610
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1536 GGGGGGTTTAGATGCAGAAAGCGTTGCTGAGAGTAGCCCAAAATTAAAGGCATTTAAACA 1595
Query 1611 TGTTATCGCTAATCCTGAAGTGGTCGAGCTCTCTCTTTGCAAGCACTTATTAAGTGAAGG 1670
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1596 TGTTATAGCTAATCCTGAAGTGGTCGAGCTCTCTCTCTGCAAGCACTTATTAAGTGAAGG 1655
Query 1671 AATGGGAGCCGAAGCGGCTTCTCAGGCTTTCAATTCCGAAAAACTGGATATGGAAAAGTT 1730
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1656 AATGGGAGCAGAAGCGGCTTCTCAGGCTTTCAATTCCGAAAAACTGGATATGGAAAAGTT 1715
Query 1731 TGCTTCTTTGGGCCCATC-AGTCCTGGAGAACGATAAGCTTATCGTGAAGATTGGTGGCT 1789
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1716 TGCTTCTTTGGGCCCATCGA-TCCTGGAGAACGATAAGCTTGTCGTGAAGATTGGTGGCT 1774
Query 1790 GCTATTTTCCATGGGATGCAGCTGCTCCTATTATCTTAGGAGTGGTTTCATTTGGGACTG 1849
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1775 GCTATTTTCCATGGGATGCAGCAGCTCCTATTATCTTAGGAGTGGTTTCATTTGGGACTG 1834
Query 1850 CCCAAGTCTTTGAACCCAAGGGTATGATAGCTGTTGACCGGAATGAGAAACCTGGTGATG 1909
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1835 CCCAAGTATTTGAACCCAAGGGCATGATAGCTGTTGACCGGAATGAGAAACCTGGTGATG 1894
Query 1910 TATTAGCTCAAGGCAGTGGAAGCTGGAAGCTTTGGCCTTTCTCTCT-CAGAAGATCAAGG 1968
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1895 TATTAGCTCAAGGCAGTGGAAGCTGGAAACTTTGGCCTTTCTCTCTGC-GAAGATCAACA 1953
Query 1969 AACGATA-CTGAAGCTTCTTCTTCTGGGGATACAGCTGAACCTGAAGATAAACAAGAGAA 2027
|| || | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1954 AAAGA-AGCTGAAGCTTCTCCTTCTGGGGACACAGCTGAACCTGAAGAGAAACAAGAGAA 2012
Query 2028 GTCGTCGCCAAGACCAGTGAAAAAGACGGTCAGGGCACTAACTCCAACTTCTGAACAATT 2087
|||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2013 GTCGTCCCCAAGACCAATGAAAAAGACTGTCAGGGCACTAACTCCAACTTCTGAACAATT 2072
Query 2088 GGCTTCGCTATATCTGAAAGAAGGAATGAATTCCGTGACTTTTACGTTCTCCACCAATAT 2147
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 GGCTTCGCTAGATCTGAAAGATGGAATGAATTCCGTGACTTTTACGTTCTCCACCAATAT 2132
Query 2148 TGTGGGTACCCAACAGGTAGACGCAAGGATTTACTTATGGAAATGGAATTCTCGCATAGT 2207
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2133 TGTGGGTACACAACAGGTAGACGCAAGGATTTACTTATGGAAATGGAATTCGCGCATAGT 2192
Query 2208 TGTGTCAGATGTAGATGGTACCATCACAAGATCGGATGTCTTAGGCCAGTTTATGCCTTT 2267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2193 TGTGTCAGATGTAGATGGTACCATCACAAGATCGGATGTATTAGGCCAGTTTATGCCTTT 2252
Query 2268 GGTTGGTATAGATTGGTCACAAACAGGTGTCACACATTTATTTTCGGCTGTAAAGGAAAA 2327
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2253 GGTTGGTATAGATTGGTCACAAACAGGTGTTACACATTTGTTTTCGGCTGTAAAGGAAAA 2312
Query 2328 TGGATATCAGTTGATATTTTTAAGTGCACGCGCGATTTCTCAGGCCTCAGTCACAAGACA 2387
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2313 TGGATATCAGTTGATATTTTTAAGTGCACGCGCGATTTCTCAAGCCTCAGTCACAAGACA 2372
Query 2388 ATTTCTAGTTAATCTCAAACAGGATGGAAAAGCATTGCCGGATGGGCCTGTTGTTATCTC 2447
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2373 ATTTCTAGTTAATCTCAAGCAGGACGGAAAAGCATTGCCGGATGGGCCTGTTGTTATCTC 2432
Query 2448 TCCTGATGGCCTCTTTCCGTCGTTGTTTCGGGAAGTAATTAGAAGAGCACCTCATGAATT 2507
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2433 TCCTGATGGTCTCTTTCCTTCGTTGTTTCGGGAAGTAATTAGAAGAGCACCTCATGAATT 2492
Query 2508 CAAGATTGCTTGCTTGGAGGAAATACGGG-CATTGTTTCCTCCCGAACATAACCCCTTCT 2566
||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2493 CAAGATTGCTTGCTTAGAGGAGATACGGGGC-TTGTTTCCTCCCGAACACAACCCATTCT 2551
Query 2567 ATGCTGGTTTTGGAAACAGAGACACGGATGAGATAAGCTACCTTAAAGTCGGAATCCCCC 2626
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2552 ATGCTGGTTTTGGAAACAGAGACACAGATGAGATAAGCTACCTTAAAGTCGGAATCCCCC 2611
Query 2627 GAGGAAAGATCTTCATAATTAACCCAAAGGGAGAAGTAGCAGTGAATCGTAGGATTGATA 2686
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2612 GAGGAAAGATCTTCATTATTAACCCAAAGGGAGAAGTAGCTGTGAATCGTAGAATTGATA 2671
Query 2687 CAAGATCATACACAAATCTTCATGCTCTTGTCAACGGAATGTTCCCAGCTACAACCTCTT 2746
||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2672 CAAGATCATACACAAATCTTCATACTCTTGTTAACAGAATGTTCCCAGCTACATCCTCTT 2731
Query 2747 CAGAACCGGAGGACTTTAACACTTGGAATTTTTGGAAACTGCCTCCTCCATCGTTTACGT 2806
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2732 CAGAACCGGAGGACTTTAACACATGGAATTTCTGGAAACTGCCTCCTCCATCGCTTATGT 2791
Query 2807 -A-----atgat---gatgatgataatgatgatg-TT-GTCTTCAAGAAAATGCAGATTA 2855
| ||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2792 GATGCTGATGATCATGATGATGATAAAGATGATGATTTGTCTTCAAGAAAATGCAGATTA 2851
Query 2856 GTTGATAGAGATAACAAATTGGTGGTCTGGTGTAGTCT--------ATTTC----A---- 2899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |
Sbjct 2852 GTTGATAGAGATAACAAATTGGTGGTCTGGTGTAGTTTTTTTTTTCATTTCTTGGACACG 2911
Query 2900 ---tt-ttttttttGTT---ACACTGGTTTCATATCACAGGTTACGATGTATGCGCAGTT 2952
|| |||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2912 AGGTTCTTTTTTTTTTTGTCACACTGATTTCATATCACAGGTTACGATGTATGCCCAGTT 2971
Query 2953 ATATACTTGTATATATATATTGAAAAAGTGTTGGACACTGTTCATTAAAACATTTTGAAA 3012
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2972 ATATACTTGTATATATATATTAAAAAAATGTTGGACACTGTTCATTAAAACATTTCGAAA 3031
Query 3013 TTTAAGAGAATCATAA 3028
||||||||||||||||
Sbjct 3032 TTTAAGAGAATCATAA 3047
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 150550995943
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5