BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg494774
Length=3115
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G42620.2 | Symbols: | metalloendopeptidases;zinc ion bindin... 4165 0.0
> AT5G42620.2 | Symbols: | metalloendopeptidases;zinc ion binding
| chr5:17066278-17071963 FORWARD LENGTH=3219
Length=3219
Score = 4165 bits (2255), Expect = 0.0
Identities = 2671/2861 (93%), Gaps = 72/2861 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTTTGTACAAATAGAG--AGAGATTGCaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaTCttttttt 58
|||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |
Sbjct 43 TTTTTGTACAAAGAGAGAAAGAGATTGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGA--TTTTTGT 100
Query 59 GTTGTTGAGGTTGCTGAAATCTAGATCACCTGTTTTGAATCAGTCTTACCTCAAAAA--C 116
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 101 -TTGTTGAGGTTGCTGAAATCTAGATCACCTGTTTTGAATCAGTCATACCTCAAAAACCC 159
Query 117 ---C-C----TA---------AATTGAATTTTTCAAAGCTTGAA-CAAGTAGTAGTAGTA 158
| | || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 160 TAACTCTTATTATCCTCTCCCAATTGAATTTTTCAAAGCTTGAAGAAACTAGTAGTAGTA 219
Query 159 ATCTTCGCTC--T-ATCTGATCCA--CTTTT-TCAAATTCTCGAGCT-AAATCTC-TGT- 209
|||||||||| | ||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||| ||| |||
Sbjct 220 ATCTTCGCTCTGTCGTCTGATCCATTTTTTTATCAAAATCTCGAGCTAAAAACTCTTGTG 279
Query 210 ATTAAGCAAATGAAATGCACTTTGTTTGA--TTGAGATTTGATGGAAGTGAAGCTGTTTC 267
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 280 TTTAAGCAAATGAAATGCACTGTGTTTGATTTTGAGATTTGATGGAAGTGAAGCTGTTTC 339
Query 268 -T-G-GGAATTTCATGGAGCTTTTAGTTCGTTCTTGTTCATGTTTTAGACTCTTTGTTTA 324
| | ||||||||||||| ||||||||| | | |||| ||| ||||||| |||
Sbjct 340 TTCGAAGAATTTCATGGAGGTTTTAGTTC---C-----C-TGTTGTAGGCTCTTTG-TTA 389
Query 325 -TAATCTCCAGCTTCGATTCGTCACTTT-CTGGGTTTTGTTGATTCTGTTGTGGTTAGGA 382
||| | ||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||| || |||
Sbjct 390 GTAA--T----CTTAGATTCGTCA-TTTCCTGGGTTTCGTTGATTCTATTGTTATTGGGA 442
Query 383 GCGTCTGATGCGAAAGCTAAGCATCATCGTCATCATCAT---CGAATAGCATTGGAAGGT 439
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 443 GCGTCTGATGCGAAAGCTAGGCATCATCATCATCATCATCAACGAATAGCAGTGGAAGGT 502
Query 440 GTGGAAAGTGGAGTTGATGGAGTATCATCTCATTCGTGTATACATGATCAGATTATAGAA 499
||||||||||||| | | | | ||| || |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 503 GTGGAAAGTGGAG-T-A--G-CT-TCA---CACTCGTGTATTCATGATCAGATTATAGAG 553
Query 500 CAGAGGAAGAGACCGGGTCGGAAAGTGTATTCGGTTACTCCTCAGGTATATCATGAGCCG 559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 554 CAGAGGAAGAGACCGGGTCGGAAAGTGTATTCGGTTACTCCTCAGGTTTATCATGAGCCA 613
Query 560 AGAAGTGTTGATAAAGCGTATCCGCATAATGGAAGGGTGTTGCTTAGTGTTTTTGATGAG 619
|| |||||||| ||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 614 AGGAGTGTTGAAAAAGCTTTTCATCATAATGGAAGGGTTTTGCTTAGTGTTTTTGATGAG 673
Query 620 GAGAAAGATGTGAAACAACCTATTAGGATTTATTTGAATTATGATGCTGTTGGTCATTCA 679
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 674 GAGAAGGATGTGAAACAACCTATTAGGATTTATTTGAATTATGATGCTGTTGGTCATTCG 733
Query 680 CTTGACCGAGATTGCCAACGAGTTGGCGATATTGTGAAGTTGGGTGAGCCTCCTTCAAGT 739
|||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 734 CTTGACCGAGATTGTCAACGAGTTGGCAATATTGTGAAGTTGGGTGAGCCTCCTTCAAGT 793
Query 740 ACTTTTCCTGCTGTTCCTGCTTGTAATCCTAATGTGAAACCTCCAGTTTCTGGTGATTGT 799
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 794 ACTTTTCCTGCTGTTCCTGCTTGTAATCCTAATACAAAACCTCCGGTTTCTGGTGATTGT 853
Query 800 TGGTATAACTGCACTTTAGATGACATATCTGGCAAGGACAAGAAGCATCGCCTACACAAG 859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 854 TGGTATAACTGCACTTTAGATGACATATCTGGCAAGGACAAAAAGCATCGCCTACGCAAG 913
Query 860 GCTTTAGAGCAGACTGCAGATTGGTTCAGAAGAGCGTTGGCTGTTGAACCTGTGAAAGGG 919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 914 GCTTTAGAGCAGACTGCAGATTGGTTCAGAAGAGCGTTGGCTGTTGAACCTGTGAAAGGG 973
Query 920 AATTTGCGTTTAAGTGGATACTCTGCTTGTGGGCAAGATGGTGGTGTGCAGCTTCCTCGT 979
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 974 AATTTACGGTTAAGTGGATACTCTGCTTGTGGGCAAGATGGTGGTGTGCAGCTTCCTCGT 1033
Query 980 GAATATGTGGAGGAGGGTATTGCTGATACTGATTTAGTTCTATTGGTGACTACAAGACCT 1039
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1034 GAATATGTAGAGGAGGGTATTGCTGATACTGATTTAGTTCTATTGGTGACCACAAGACCT 1093
Query 1040 ACTACTGGTAATACCCTTGCGTGGGCTGTAGCTTGTGAACGTGATCAGTGGGGACGTGCA 1099
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1094 ACTACTGGTAATACCCTTGCATGGGCTGTAGCTTGTGAACGTGATCAGTGGGGACGTGCA 1153
Query 1100 ATTGCTGGGCATGTCAATGTTGCTCCCCGCCATTTGACTTCAGAATCTGGGACTTTGCTT 1159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1154 ATTGCTGGGCATGTCAATGTTGCTCCCCGCCATTTGACTTCAGAATCTGGGACTTTGCTT 1213
Query 1160 TCAGCAACTCTCATTCATGAGGTTATGCATGTCCTTGGCTTTGATCCGCATGCCTTTGCT 1219
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1214 TCAGCAACCCTCATTCACGAGGTTATGCATGTCCTTGGCTTTGATCCGCATGCCTTTGCT 1273
Query 1220 CATTTTAGAGATGAGAGGAAAAGAAGACGCACTGAGGTCACTGAGCAACAAATGGATGAA 1279
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274 CATTTTAGAGATGAAAGGAAAAGAAGACGCACTGAGGTCACTGAGCAACAAATGGATGAA 1333
Query 1280 AAGCTAGGCCGGTTAGTGACACGCGTAGTGCTTCCACGGGTTGTCATGCATTCGCGGCAT 1339
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1334 AAGCTGGGCCGGTTAGTAACACGCGTAGTGCTTCCAAGGGTTGTCATGCATTCACGGCAT 1393
Query 1340 CATTATGGAGCATTTTCTCAAAACTTCTCGGGTTTAGAACTTGAGGATGGAGGAGGACGT 1399
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1394 CATTACGGAGCATTTTCTCAAAACTTCTCGGGATTAGAACTTGAGGATGGAGGAGGACGT 1453
Query 1400 GGCACATCGGGTTCCCACTGGGAAAAGAGACTACTCATGAATGAGATAATGACTGGATCA 1459
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1454 GGAACATCGGGTTCCCACTGGGAAAAGAGACTACTCATGAATGAGATAATGACTGGATCA 1513
Query 1460 GTGGACACAAGATCAGTTGTTTCAAAAATGACTCTAGCGCTTTTAGAGGATAGTGGCTGG 1519
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1514 GTGGACACAAGATCAGTCGTTTCAAAAATGACTCTAGCGCTATTAGAGGACAGTGGCTGG 1573
Query 1520 TATAAGGCTAATTATAGCATGGCAGACCGTCTCGATTGGGGCCGGAACCAGGGGACTCAG 1579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1574 TATAAGGCTAATTATAGCATGGCAGACCGTCTCGATTGGGGTCGGAACCAGGGGACTCAG 1633
Query 1580 TTTGTTACATCTCCATGTAACATGTGGAAAGGTGCTTACCATTGTAACACAACCCAACTA 1639
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1634 TTTGTCACATCTCCATGTAACATGTGGAAAGGTGCTTACCATTGTAACACAACTCAACTA 1693
Query 1640 TCTGGCTGTACATACAACAGAGAGGCGGAAGGTTACTGCCCAATTCTAAGCTATAACGGA 1699
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1694 TCTGGTTGTACATACAACAGAGAGGCTGAAGGTTACTGCCCAATTCTAAGCTATAACGGA 1753
Query 1700 GACTTGCCTCAATGGGCCCGTTACTTTCCACAGCCTAACAAAGGCGGCCAGTCTTCCTTA 1759
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1754 GAATTGCCACAATGGGCCCGTTACTTTCCACAGCCTAACAAAGGCGGCCAGTCTTCCTTA 1813
Query 1760 GCAGATTATTGTACATATTTTGTTGCCTATTCAGATGGGTCTTGTACAGATATTAATAGT 1819
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1814 GCAGATTATTGTACATATTTTGTTGCGTATTCAGATGGGTCTTGTACGGATATCAATAGT 1873
Query 1820 GCGCGAGCGCCTGACAGAATGTTGGGTGAAGTGAGAGGGAGTGAATCCAGGTGTATGGCC 1879
|| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1874 GCACGTGCACCTGACAGAATGTTGGGCGAAGTGAGAGGGAGTGAATCCAGGTGTATGGCC 1933
Query 1880 TCATCTTTAGTGCGTACTGGGTTTGTTCGGGGTTCCATGACACAGGGGAATGGTTGTTAT 1939
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1934 TCATCTTTAGTGCGTACTGGGTTTGTTCGGGGTTCCATGACACAGGGGAATGGTTGTTAT 1993
Query 1940 CAGCATAGATGTAGAAATAATTTATTGGAGATTGCTGTGGAGGGAGTATGGAAGTTCTGC 1999
|| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1994 CAACATAGATGTAGAAATAATTTGTTGGAGGTTGCTGTGGAGGGAGTATGGAAATTTTGC 2053
Query 2000 CCTCAAGCTGGTGGACCAATTCGATTTCCCGGTTTTAATGGTGAATTGATTTGTCCGGCT 2059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2054 CCTCAAGCTGGTGGACCAATTCGATTTCCCGGTTTTAATGGTGAATTAATTTGTCCGGCT 2113
Query 2060 TACCATGAACTCTGCAGTACATCCGTAGTTTCTGTGCTTGGTCAATGTCCTAATTCTTGT 2119
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2114 TACCATGAACTCTGCAGTACATCCGTAGTTTCTGTACTTGGTCAGTGTCCTAATTCTTGT 2173
Query 2120 AACTTTAATGGAGATTGTGTTGATGGGAAGTGTCGTTGTCTCCTTGGTTATCTCGGTCAT 2179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2174 AACTTTAATGGAGATTGTGTTGATGGGAAGTGTCGTTGTCTCCTTGGTTATCACGGTCAT 2233
Query 2180 GACTGCAGAAACCGTTCTTGTCCTAATAATTGTAATGGACATGGAAAATGCACAACTCAA 2239
||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2234 GACTGTAGAAACCGTTCATGTCCTAATAATTGCAATGGACATGGAAAATGCACAACTCAG 2293
Query 2240 GGTGTATGCATATGTGAAAATGGATTTACTGGAATTGACTGTTCCACTGCTGTGTGCGAT 2299
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2294 GGTGTATGCATATGTGAAAATGGATTTACTGGAATCGACTGTTCCACTGCTATTTGCGAT 2353
Query 2300 GAACAATGCAGCCTACATGGAGGAGTGTGTGATAATGGGGTTTGCGAGTTCCGTTGCTCT 2359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2354 GAACAATGCAGCCTACATGGAGGAGTGTGTGATAATGGGGTTTGCGAGTTCCGTTGCTCT 2413
Query 2360 GATTATGCTGGCTACACATGTCAGAACAGCTCTAAACTAGTTACGAGTTTACTGGTGTGC 2419
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 2414 GATTATGCAGGCTACACATGTCAGAACAGCTCTAAACTAGTTACAAGTTTATTGGTGTGC 2473
Query 2420 AAAGATGTGTTGGAGAGAGACATGTCAGGGCAACATTGTGCTCCAAGAGAGCCTAGCATA 2479
|||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2474 AAAGATGTATTGGAGAAAGACATGTCAGGGCAACATTGTGCTCCAAGAGAGCCTAGCATT 2533
Query 2480 CTTCAGCAGCTTGAGGAAGTTGTGGTCATGCCTAACTACAATAGGCTCTTTCCGGGCGGG 2539
||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2534 CTTCAGCAGCTTGAGGAGGTTGTGGTAATGCCCAACTACAATAGGCTGTTTCCGGGCGGG 2593
Query 2540 GCTCGGAAGTTATTTAACATTTTCGGTAACAGCTATTGTGATGAAGCAGCTAAAAGACTA 2599
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2594 GCTCGGAAGTTATTTAACATTTTCGGTAACAGTTATTGTGATGAAGCAGCTAAAAGACTA 2653
Query 2600 GCCTGTTGGATATCGATCCAGAAGTGTGATATTGATGGAGACGATAGACTACGGGTATGC 2659
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2654 GCCTGTTGGATATCGATCCAGAAGTGTGATATCGATGGAGACGACAGACTACGAGTATGC 2713
Query 2660 CATTCAGCTTGTCAGTCCTATAATATGGCGTGTGGGGCTTCCTTAGACTGCTCAGATCAA 2719
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2714 CATTCAGCATGTCAGTCCTACAATATGGCGTGTGGGGCTTCTTTAGACTGCTCAGATCAA 2773
Query 2720 ACCCTTTTCAGCACAGCGGAAGAAGGCGATGCTGAATGTACGGGGTCTGGCGAAATCAGA 2779
|||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2774 ACCCTTTTCAGCACGGCAGAAGAAGGTGATGCTGAATGTACGGGGTCTGGCGAAATCAGA 2833
Query 2780 TCACCATGGTTTAGTC-GTTTGTGGAGTAGATTAGTAGCAA 2819
|| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2834 TCGCCATGGTTTAG-CAGTTTGTGGAGTAGATTAGTAGCAA 2873
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 154915519984
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5